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三公九卿，各自设有自己的一套机构，处理日常工作。大事总汇于丞相，最后上报皇帝裁决。
地方实行郡县制。西周以来的分封制在秦国得到了彻底地改变。丞相李斯强烈反对分封制，他认为周朝就是因为实行分封制，将王分到各地当诸侯王，他们的权力才进一步扩大，逐渐与中央疏远，皇帝越来越难管这些诸侯王，最后导致周朝分崩离析。他认为秦朝应汲取周朝的失败教训，要设置郡县，由皇帝亲自任命官吏进行治理，秦国的安定也就牢牢抓在皇帝手中。秦始皇采纳了李斯的建议，在全国设立了36郡，郡下设县。郡的长官是郡守，县的长官有两个名称，一是县令，一是县长。县以下依次是乡、亭、里、什、伍，这是一种准军事化的管理体制。基层老百姓们以5家为一个基层单位，由伍长负责；什则由10家组成，由什长负责。
为了使国家更快、更稳地发展，秦朝首先严格管理官吏，秦始皇制定了一套严明的法令，专门治理官吏。法令极其严厉，使得所有官员都遵纪守法，办事效率极高。同时，秦朝也给这些官吏很高的权力、地位，“以束为师”。
秦始皇在全国范围内设置的这套帝制机构，好像一张庞大的权力之网，从中央到地方，从郡到县，到乡、亭、里、什、伍，层层控制，整个权力集中到中央，再通过中央集中到皇帝一人手中。所有的大臣和郡县长官，都由皇帝一人任免。秦朝的这套政治制度，在我国古代政治制度中是空前专制的。在中国秦朝以后两千多年的封建社会中，基本上都沿用了这一套制度。这一制度对巩固中华民族的统一，促进社会经济的发展和文化事业的繁荣，都起到了十分重要的作用。
因秦朝刚刚建立，各方面的发展都还不够完善。国家要统一，经济要繁荣，民族要团结，除了有一套帝制机构之外，还必须建立各种统一的制度。长达几百年的封建割据使得全国混乱不堪，要在全国各地建立起一套完整的政治、经济、文化等制度，就显得更为重要了。
在制定完整而统一的规章制度之前，秦朝政局非常混乱。为此，秦朝首先是颁行统一的法律。商鞅变法时，采用魏国李悝所著的《法经》作为秦国新法律的蓝本。李悝的《法经》共分六篇：“盗法”、“贼法”、“囚法”、“捕法”、“杂法”、“具法”。商鞅在此基础上又增加了“什”、“伍”连坐法，又把“法”改变为“律”。秦始皇统一六国后，把秦律颁布全国执行，结束了战国时代各国法律条文不一致的状况。秦律具有苛刻严明的特征，对“治吏”尤为重视，大量律条是针对官吏制定，官吏犯过，刑罚必加，绝不宽恕。李斯当时向秦始皇建议：“今天下已定，法令出一。”在此之前的各国法律制度，都有很大不同。秦始皇就把秦的法律颁布全国，令全国各个郡县统一执行。所以，秦朝吏治清明，官吏不敢贪污受贿，也不敢玩忽职守，办事效率极高。
秦朝统一之初，各国货币形制基本上都不相同，而且计量单位也不统一。为了统一货币制，秦始皇立即下令废除六国旧货币，制定新的统一货币。新制定的货币分为两种：黄金为上币，以镒为单位；圆钱为下币，以半两为单位。新的货币制的制定，给当时秦朝的商品交换提供了很大的方便。
度量衡制度也是秦朝需要改革、统一的一项制度。原来各国的度量衡制度不仅大小、长短、轻重不同，单位、进制也不同。以量来说，秦国以升、斗、斛为单位，魏国以半斗、斗、钟为单位，齐国以铆、釜、钟为单位。公元前221年，秦始皇向全国颁行新的、统一的度量衡制度，规定度为寸、尺、丈、引；量为斛、斗、升、合、仑；衡为铢、两、斤、钧、石。
车轨大小、交通要道的宽窄也需要统一。秦始皇下令，全国统一车轨，大车的两轮之间皆宽六尺，所有不符合这些规定的车辆一律禁止使用，史称“车同轨”。这一措施对交通运输业起到了积极的促进作用。
语言是一个国家发展的交流工具。由于秦朝统一之前，各国各自为政，都有自己的语言、文字，《说文解字•；叙》中记载：“言语异声、文字异形。”这种文字不统一的局面严重影响了秦朝的发展。为此，秦始皇命丞相主持文字改革工作，下令须“书同文字”。李斯废除了各国的异体字，统一了偏旁的形态，固定了偏旁的位置，规定了字体的笔数，全国一律使用笔画简单、书写方便、易于读认的“小篆”，又叫“秦篆”，就这样第一次规范了汉字。
为了推广统一的文字，李斯写了《仓颉篇》，赵高写了《爰历篇》，胡毋敬写了《博学篇》，都用小篆字体，共有3 300个字，作为范本，向全国推行。
秦始皇开创的帝制机构和建立的各种统一制度，使得中国在两千多年前成为世界上疆域最大、文化最发达的统一的多民族国家。在此之后的相当长一段时期，中国封建社会的经济、科学、文化迅速发展，并居于世界前列。
《图说…开国大帝》 秦始皇嬴政北筑长城 南戍五岭
中国是一个多民族的国家。战国时期，北方居住着少数民族匈奴人。匈奴已经进入了奴隶制社会，他们占有今内蒙古、宁夏一带的广大草原。匈奴人常常袭掠与其接壤的秦、赵、燕三国北部边地。
秦朝统一以后，匈奴人仍然南下侵扰。为了保证中原地区的安定，秦始皇派大将蒙恬率兵30万，镇守北疆。经过几次英勇战斗，蒙恬终于攻取了河南地（今内蒙古马加河以南及伊克昭盟地区）、高阙（今内蒙古狼山中部到兰山口）、阳山（今内蒙古马加河以北的狼山、阴山）、北假（今内蒙古马加河以南夹山带河地区）等地，还在这里设置了34个县，分别筑有县城。公元前211年，秦始皇从中原地区迁徙3万多户人家到这里落户。接着，秦始皇便开始大规模修筑长城，把战国时秦、赵、燕三国修建的长城连接起来，再修筑了一部分，修筑后的长城西起陇西临洮（今甘肃岷县）、东至鸭绿江，长达1万余里，这就是举世闻名的万里长城。
万里长城，是古代世界历史上最伟大的建筑工程之一，是中华民族勤劳、勇敢和智慧的结晶。它的建成，对于北防匈奴，保卫中原地区经济、文化的发展，起到了巨大的作用。它是中华民族的象征、华夏儿女的骄傲。
秦朝初年，浙江、福建、江西、湖南南部及两广地区，居住着一个古老的民族———越族。当时，他们还处于氏族社会时期，各个部落和部落联盟大小不一，居住分散，时人称为百越。
秦始皇统一中国后，在北击匈奴的同时，又派大将屠雎率50万部队对百越地区采取了重大的军事行动。秦很快征服了闽越，但在进攻南越和西越时，秦军遭到了顽强抵抗，加之岭南地区交通不便，军需供应困难，战争相持不下。为了支援战争，秦始皇一面在中原征发兵马，一面命令监御史禄率兵在今广西兴安县北开挖灵渠，把湘江和桂江支流———漓江之间的交通贯通起来，灵渠建成后大大方便了军需供应和兵员运输。经过八年征战，终于平定了百越，统一了岭南地区，并设置了南海郡、桂林郡和象郡。
战争期间和战争之后，先后有50万中原人，“戍五岭，与越杂处”，他们带去了中原先进的生产工具和生产经验，客观上促进了这一地区的经济、文化发展。从此，越族人民就永远成为祖国大家庭中的一员，百越地区也从此成为中国领土不可分割的一部分。
全国统一之后，领土骤然扩大，在当时交通设施简陋的情况下，一旦有战事发生，局面很难迅速得到控制。为了调发士卒和转运粮草方便，秦始皇在统一全国的第二年，开始在国内修筑驰道。
驰道以咸阳为中心，东到燕、齐，南至吴、楚，北达九原（今内蒙古包头西），西到甘肃东部，南北东西，四面贯通，全长达数千公里。驰道宽达50步，路面用锤夯打，平坦坚实，道路两旁每隔3丈植树1棵。此外，在今四川、云南、贵州等偏僻地区的崇山峻岭之中，又修筑“五尺道”，以适应这些地区战争的需要。
驰道的修筑，对于秦王朝有效地控制全国，镇守边疆，起到了非常重要的作用。这些驰道战时便于调兵、运粮，平时便于驿传。
秦始皇在统一全国后的11年中，曾5次到全国各地巡视民情，察看防务，平均每两年1次。所到之处，都要刻立石碑、申张秦法、歌颂统一，宣扬皇帝的威德，以巩固国家的统一。秦始皇的每次巡游，基本上都是沿驰道进行的。
秦始皇凭借其强大的军事实力横扫六国，一霸天下。六国虽然被消灭了，但还有大量六国的旧贵族、官吏、士人，隐名埋姓，潜藏在各地；他们甚至还掌握着大量的兵器，另外秦国在与六国的交战过程中有许多兵器流散于民间，这是一种不可低估的潜在的危险因素。因为这些兵器很可能会被六国的旧贵族们利用起来，进行反秦的军事活动，构成对秦政权的严重威胁。于是，秦始皇下令，全国各地，任何人不得以任何方式私藏兵器，违者严惩。各郡、县官吏必须采取强制手段，收缴流散于民间和旧贵族手中的兵器。最后，这些收缴的兵器集中在咸阳加以销毁，改铸成12个大铜人，各重24万斤。秦始皇这种兵器不藏于民间的做法，为以后历代封建帝王所效仿。
与此同时，为了防止原有六国的军事设施如城郭、险塞等，被各国贵族用来作为反秦的据点或屏障，秦始皇命令各地，“堕坏城郭，决通川防，夷去险阻”，消除各种军事上的隐患，同时也方便了交通和水利的建设。
《图说…开国大帝》 秦始皇嬴政焚书坑儒 禁办私学
为了控制全国的舆论与宣传，秦始皇实行了文化专制，以稳定政权。他采取了李斯的建议，实施“焚书坑儒”政策来巩固皇权。
公元前221年，六国的遗老遗少和贵族大肆引经据典谈论朝廷政事，虽然朝廷法令严酷，但时间一长，他们也就胆大妄为了。特别是那些儒生们，他们借用兴办私学名义，借古讽今，惑乱百姓，给朝廷造成极大的不利影响。大量的舆论宣传直指新政权，秦始皇深感问题的严重性，他要寻找解决这种局面的有力措施。
公元前213年，秦始皇在咸阳宫召集群臣举行宴会庆贺自己北筑长城、南伐百越的功绩。博士仆射周青臣首颂秦始皇“神灵圣明”。他说：“陛下统一海内，灭亡诸侯，改设郡县，无战争之患，百姓人人感到幸福快乐，这是前所未有的盛事。这样的帝王之业，可以传至万世。”然而旧势力的代表人物淳于越却提出：“商、周的王位能够传一千多年，是因为分封制的实施。现在陛下设郡县、去分封，假如有的人突然起来篡权，没有辅佐怎能相救呢？”并借机攻击道：“事不师古而能长久者，非所闻也。”群臣一片哗然。秦始皇也让众臣放开思想，各抒己