天命十一年七月间，病势加重，往清河温泉疗养，二贝勒阿敏为他杀牛祭神，但并无效果，便乘船顺太子河而下，并传谕大福晋阿巴亥前来迎接，会于浑河。大福晋到达后，又溯流至叆鸡堡（距沈阳城四十里）。这说明对大福晋是很宠爱的。八月十一日，因背疽突发，这一代枭雄终于与世长辞。
第一部分大福晋殉葬疑案 上
日本稻叶君山《清朝全史》第十二章云：“然太祖之柩未冷，宫庭之间，又演出惨剧。”这惨剧，首先表现在对一个妇女身上，即太祖的妃子。大福晋殉葬疑案大福晋殉葬疑案
太祖的孝慈皇后是叶赫部的首领杨吉砮幼女杨吉砮后来被明将李成梁所杀，儿子纳林布禄继为贝勒，也为成梁袭破，而太祖年轻时又曾被成梁抚养。孝慈后病重时，想见一见她的母亲，太祖遣使臣往迎，纳林布禄不允许。这是因为仇恨李成梁而迁怒于太祖。，姓纳喇氏，名孟古姐姐，十四岁嫁太祖，这就是后来继位的清太宗皇太极的母亲。后又娶另一纳喇氏阿巴亥，年才十二岁，少于太祖三十岁。她是乌拉部首领布占泰的侄女，而布占泰却是太祖女婿。阿巴亥生下三个儿子：阿济格、多尔衮、多铎。她长得很漂亮很伶俐，孝慈后死后，即立为大妃（皇后）。
可是《满洲老档秘录·大福晋获罪大归》中却有这样一段戏剧性的记载：
太祖另一个妃子泰察氏，先已向太祖举告宫婢纳札与人私通事。到天命五年（一六二〇）三月，又向太祖告发，大福晋（指阿巴亥）给了大贝勒两次酒食，大贝勒都接受了，给了四贝勒一次酒食，四贝勒受而未食，而且曾二三次遣人到大贝勒家，还曾深夜出宫二三次。太祖闻言，便命侍卫彻查，得悉泰察并非诬告。
代善是元妃佟佳氏所生儿子。佟佳氏是最早归太祖的一个妻子，代善之兄为褚英，因褚英被太祖处死，代善便当作长子，故称大贝勒。四贝勒指皇太极，皇太极为太祖第八子，他在“四大贝勒”中为第四名，故称四贝勒。
太祖起先说过，他若逝世，即将大
清太祖努尔哈赤晚年朝服像。由于宁远之败，这位常胜英雄带着他未能实现的跨越辽西、进军关内的梦想，离开了人世。福晋及她所生诸子托付大贝勒，所以大福晋倾心于大贝勒。每值赐宴会议之际，必艳妆往来大贝勒之侧。众贝勒、大臣虽微有所知，只是私自腹非，不敢直告太祖，生怕冒犯大福晋和大贝勒。
太祖不想以此暧昧事加罪大贝勒，便借口大福晋窃藏金帛，派人查抄，查抄的官吏至界凡界凡，原为太祖攻明时一个重镇，在迁往辽阳前，他就驻在界凡。，大福晋急以金帛三包，送至侍卫扈尔汉所居山上，后为扈尔汉发觉，告诉太祖。太祖立即派人往山上查察，果然属实，便将扈尔汉家中收容财物的奴婢杀死。蒙古福晋又告小阿哥家也藏有彩帛三百端，大福晋娘家也抄出银钱满箱。大福晋还以朝服私给参将之妻，以财物私给村民。太祖大怒，便以大福晋罪状告知众人。这时大福晋遗留宫中的衣物，已经不多了。
大福晋个人有这么多财物，正见得太祖平日掳掠之多，她可以随意分送别人，又见得大胆专擅，而这自然因为向来恃宠的缘故。
太祖因皇妃泰察不避嫌怨，首先举发，故而宠爱，命她侍膳。对大福晋的处置，“实属罪无可逭，惟念三子一女，遽失所恃，不免心中悲痛。姑宽其死，遣令大归”。这是说，大福晋的罪状全由于私藏金帛，擅自授受，最后则以驱逐了之，想必为了家丑不可外扬之故，对大贝勒代善故也未加处分。
不仅如此，大福晋后来又回到太祖身边。天命六年四月，“汗（指太祖）之大福晋来辽东时，放在皮箱里之假发等零碎什物失落了。居沈阳城东伊边屯一名叫袁丰明者于四月十六日前来告称：（此物）为别的汉人拾得了。汗曰：即为我所恩养之人前来禀报，赏银五两。”假发是因为满族妇女须笼大髻之故，可见大福晋的“大归”只有一年光景。她嫁太祖时，孝慈后还在世，两个夫人之间的对立是不难想像的。孝慈后一死，她便立为大妃。当时太祖的福晋很多，为什么偏偏看中她，可见她自有为太祖喜爱之处，皇太极对她的忌妒也是不难想像的。
到了太祖死后，大福晋和她三个儿子，便成为孤儿寡妇，阿济格只有二十一岁，多尔衮十四岁，大福晋的悲惨末日跟着到来了。
据《清太祖武皇帝实录》：
（孝慈后）崩后复孝慈高皇后谥册。立兀（纳）喇国满泰贝勒女为后，饶丰姿，然心怀嫉妒，每致帝不悦，虽有机变，终为帝之明所制，留之恐后为国乱，预遗言于诸王曰：“俟吾终必令殉之。”诸王以帝遗言告后，后支吾不从。诸王曰“先帝有命，虽欲不从不可得也。”后遂服礼衣，尽以珠宝饰之，哀谓诸王曰：“吾自十二岁事先帝，丰衣美食，已二十六年，吾不忍离，故相从于地下。吾二幼子多儿哄（多尔衮）、多躲（多铎），当恩养之。”诸王泣而对曰：“二幼弟吾等若不恩养，是忘父也，岂有不恩养之理？”于是，后于十二日辛亥辰时自尽，寿三十七，乃与帝同柩，巳时出宫，安厝於沈阳城内西北角。又有二妃阿迹根、代因札亦殉之。
第一部分大福晋殉葬疑案 下
这部太祖实录是各版中最早的一种，尚未删改，这一段又很质朴地记载了一幕活生生的人间惨剧。
活人殉葬本是蛮性的遗留，这种残酷的风俗远在殷代已经盛行。郑天挺《探微集》中曾举清太宗死，二章京殉死，世祖死，栋鄂妃殉死，孝慈后死，太祖命四婢殉之，多尔衮死，侍女吴尔库尼殉死等事件。可见妻妾殉夫，奴婢殉主，是满洲的旧俗，并不限于殉君上。殉葬的理由是赴阴间去侍候主子，皇帝对后妃其实也是主子。其中有的是自愿的，有的是强迫的，自愿者恐也是极少数。太祖大臣雅荪，曾自誓欲殉葬，后又图谋逃奔，因而为太宗所杀。
但从上述《实录》首段来看：太祖恐怕大福晋日后将乱国，所以“俟吾终必令殉之”，那等于太祖预谋要杀死大福晋了，后段又谓大福晋说“吾不忍离，故相从于地下”，岂非自相矛盾，欲盖弥彰？大福晋如不死，阿济格、多尔衮的年龄虽比皇太极少，但凭她的才能，使儿子践位为君，颇有可能，所以对太祖“遗命”，学者曾有怀疑。
太祖病重时，为什么又召大福晋来？是不是特地要她来殉葬？这是很难说得通的。太祖晚年，对过去幽弟杀子的举措已隐感痛心，不至再有这样忍心的“遗命”。多尔衮是他心爱的儿子，他怎么会让十四岁的儿子成为无父无母之人。他对大福晋还是有感情的，大福晋和代善有暧昧关系当是事实，要杀早就杀了。病重时要她前来，自是商量身后之事。
日本稻叶君山《清朝全史》（但焘译）第十二章，对此事曾有评论：
吾人推求其故，当由于太宗争夺汗位，出此隐谋。谓出于太祖之遗言，其实与事实上适相违反也。就朝鲜所闻，则太祖临死时谓贵永介（指代善）曰：“九王（指多尔衮）当立而年幼，汝摄位后，可传九王也。”贵永介以嫌疑，遂让洪太氏（指皇太极）。……是太祖欲以最宠所出之多尔衮继汗位，因子幼母寡，暂以长子摄位，其心苦矣。然而太宗前半生之骨肉相贼（残），祸因亦自此始。
第二部分从政敌到拥立 上
文中的“就朝鲜所闻”，是指朝鲜人李肯翊所著《燃藜室记述》二十七所记《清人入关前史料选辑》第一辑。，但这时多尔衮地位还不高，还未成为一个旗主，所以太祖已有传位于多尔衮之意未必符合事实，不过，他的能干的生母大福晋如活下去，对皇太极自必成为一种威胁，稻叶氏推测逼继母殉死，出于皇太极争位的隐谋却是很有道理的。
总之，大福晋的被迫自尽，反映了宫闱之间十分尖锐的皇权之争，也可说是政变的隐蔽表现。
顺治是清太宗皇太极的儿子，孝慈皇后的嫡亲孙子。多尔衮是大福晋的儿子。这两位皇后都姓纳喇氏。入关以后，她们都已身殁，而属于这两个女人系统的明争暗斗，却仍很激烈，顺治的生母，却又有下嫁多尔衮的传说。民间本有“清官难断家务事”的谚语，到了宫闱之间，又介入政权的争夺，便显得错综复杂了。从政敌到拥立从政敌到拥立
太祖生前，对自己能否必成帝业本无把握。他逝世时，明朝还是天启七年（一六二七），所以，他也未曾有建储继立的明文。他起先曾属意于长子褚英，褚英不得其死，便令次子代善执政，可是代善又与大福晋发生了暧昧关系。其次，代善的住宅比太祖宫室讲究，众贝勒要代善迁出，作他们宴饮、集会的衙署，代善不肯，因而又招致太祖的不满。还有，代善次子硕托投明未遂，太祖得悉这是因为代善听信后妻谗言，要杀死硕托，迫使硕托欲叛逃，诸贝勒大臣所以不说话，是因害怕代善夫妇之故，太祖便斥责代善：“像你这种人如何够资格当一国之君。”
这是代善所以为太祖憎恶的原因。
据《太祖武皇帝实录》：天命七年（一六二二），八固山王（即八和硕贝勒）等问太祖，我等何人可嗣父皇。太祖说：“继我而为君者，毋令强势之人为之。此等人一为国君，恐倚强恃势，获罪于天也。八固山王，尔等中有才德能受谏者，可继我之位。”下面则申阐八固山王共理国政的好处。也即八旗自决的重要性。
孟森《八旗制度考实》说：“此段文字为太祖制定国体之大训，非太宗所心愿。”这分析是很中肯的。
后来太祖逝世了，据王氏《东华录·太宗》，是这样记载着：
大贝勒代善长子岳托、第三子萨哈廉告代善曰：“国不可一日无君，宜早定大计。四贝勒才德冠世，深契先帝圣心，众皆悦服，当速继大位。”代善曰：“此吾素志也。天人允协，其谁不从？”次日，代善书其议，以示诸贝勒，皆曰善。
《清太宗皇太极吉服像》轴。
下面记太宗（皇太极）再三辞谢，众人坚请不已，才始答应。此亦历来之官样文章，在官样文章的背面，我们所见到的，却是代善与太宗皇太极之间的矛盾，早就很尖锐了。
太祖生前，固未明言将传位于太宗，但后期对太宗确有偏爱，这自必引起代善的猜忌。天命四年萨尔浒之战，代善请示太祖后，挥师东向，太宗却不顾太祖的劝阻，抢战于代善之前，冲上山岗立功。亦见太宗咄咄逼人之势。
而最突出的是天命六年九月，太祖向其亲信阿敦（太祖从弟）询问诸子中谁可继位，阿敦起先不敢明白表示，只说“知子莫若父，谁敢有言？”太祖要他直说，他便说：“智勇俱全，人皆称道者可。”太祖知道这是指太宗。
这次密语却为代善得知，因而对太宗“深衔之”。阿敦又密告代善说：皇太极和莽古尔泰、阿济格要杀害你，事机紧迫，须加防备。代善乃向太祖哭诉，太祖将莽古尔泰等三人招来，都矢口否认。太祖以为阿敦在挑拨离间，便将阿敦逮