得加以删改重编，以配合当前的政治斗争。1951年在“推陈出新”的口号下，戏曲界就曾经出现了反历史主义、公式主义的倾向，出台了一些不伦不类的《新白兔记》、《新天河配》、《新大名府》等剧本。冯雪峰坚决反对这样做。他告诫整理文学古籍的编辑，要有“朴学家的精神”，整理的目的，只在于“给读者提供一个可读的本子”，不得随意删改。至于如何正确引导读者去其糟粕，取其精华，可以在前言中对作品进行分析。为此，他具体指导了《水浒传》《三国演义》《红楼梦》等古典小说的整理工作。他主持的这一工作，在全国起了示范作用。1952年整理本《水浒传》面世时，《人民日报》发表了社论，各大学、中学、报社、图书馆、研究所，甚至演剧队，都纷至沓来邀请出版社去作报告，北京旧书摊上一直在廉价抛售的古典小说，顿时身价陡涨。为此，他还在报刊上写过几篇有关《水浒传》的长文，大大地纠正了时弊。
据当时主管他的工作的胡愈之说：“人民文学出版社搞得很不错，雪峰有眼光，有魄力，出版了许多优秀的文艺书籍，也拒绝了不少‘有来头'的不够出版水平的书稿。”（《我所知道的冯雪峰》）的确，他在出版方面所做的工作，既得到了社会的肯定，也得到了领导的赞扬。
但是，由于他在用人和采用选题方面有自己的主张，因此人家就说他“不听周扬的指挥”，搞“独立王国”。他承认，自己对周扬有偏见，也时有不敬之处，但他并不是盲目反对周扬。1954年文化部批准了社内出书的六个侧重面，冯雪峰感到很高兴，曾向人说过：“现在方针明确了，好办了。”他巴不得周扬来管，可是周扬并不怎么管，并到处说“管不了”，怎能说他“搞独立王国”？再说，他也并未把出版社当做自家的宅基地，在这里营造自己的建筑，有关出版方面的重大问题，都是向当时中宣部其他领导请示汇报的。
其次，说他主持制订的出版方针，只强调“提高”，反对“普及”；只出版现代文学作品，不出版解放区和当代作家的作品。这是反对以周扬为代表的正确的文艺路线。对此，他颇感委屈。诚然，在如何看待“普及”与“提高”的关系上，他与周扬是存在分歧的，但他并未将两者看成是对立的东西。他既抓了“提高”读物的出版，“普及”读物也未被忽视。在“普及”方面，他抓了两套丛书的出版，一是《文学初步读物》，计九十多种；一是《文学小丛书》，计一百五十余种。1953年起，还出版了《中国民间文学丛书》。至于所指责的后一点，也不合乎事实。他一上任，就抓了选编解放区自延安文艺座谈会以来优秀作品的《中国人民文艺丛书》，专收建国后重要著作的《文艺建设丛书》和专收描写战争题材的《解放军文艺丛书》。
冯雪峰还承认，在日常言谈举止中，他对周扬是不敬的，有时态度近乎粗暴。但他不是傲视一切，轻视所有地位在他之上的人，对其他的“顶头上司”，还是严守下级服从上级的组织纪律的。
当人家提到他“反对周扬”时，他承认这一事实，而且也想今后改变这种状况。他深深感到，他与周扬的紧张关系，也影响了他与社领导之间的关系。在当时的社领导成员之间，被划成了“周扬派”和“雪峰派”。他常常与一位副社长闹矛盾，也许这是工作方面的矛盾，但人家却看成是“周扬派”和“雪峰派”的矛盾。1954年，王任叔（巴人）调来人民文学出版社任副社长，开始，他与王关系融洽，配合默契，有人出来反对王任叔，他还出来做工作，说这些同志对王任叔缺乏了解，但慢慢两人也疏远了。王来社不久，就将靠近冯雪峰的聂绀弩等人打成小集团，这使冯闷闷不乐。1954年冯雪峰在《文艺报》受批判，其时中宣部第二次宣传工作会议指示各出版社年终总结“个人崇拜与个人作用”问题，而王任叔却布置检查“脱离政治、脱离实际”的问题。冯雪峰认为这是在他后院放火。王还亲自去文化部要求明确部对社的领导关系。冯认为这是利用他与周扬的矛盾，偏袒或是投靠周扬。
他与周扬的矛盾，不仅影响了社领导成员之间的关系，也在群众中产生了很不好的影响。社内一些信服和尊敬冯雪峰的人，曾公开在黑板报上对王任叔进行过讽喻和挖苦。此事惊动了文化部，不得不派一位副部长前来批评教育，为王任叔的工作撑腰。
对所有这些情况，冯雪峰认为自己要负一些责任。这种状况如果再继续下去，不仅在文艺界会使多年积累下来的矛盾更为深化、复杂化，也会对党的出版事业造成损失。他在会上承认了反对周扬的事实，不仅是追于形势，也出自一番真情，即希望与周扬搞好关系，从而做好工作。至于他所承认的“反对周扬实际上就是反对党”，那是迫于形势的违心之谈。
《人民日报》在1957年8月7日的报道中点了他的名，而社内又马上撤销了他的整风组长的职务，开全社大会对他进行揭发，搞“配合作战”。他预感到凶多吉少，这自然使他想起了震撼全国的《文艺报》事件。
1952年2月，冯雪峰接替丁玲兼任《文艺报》主编，他确定其宗旨是：“《文艺报》是一个以宣传和捍卫马克思列宁主义文艺思想、积极开展文艺批评为主要任务的刊物”，“它的原则，就是组织和发表一切有利于人民、为社会主义建设服务的文艺事业的发展的评论”（分别见《雪峰文集》第3卷第575页、第2卷第814页）。他深感该报作为党在文艺上的喉舌的重要地位，兢兢业业地为宣传党的文艺政策、宣传马克思主义文艺理论而废寝忘食地工作。他在该刊上发表的社论和文章不计其数。刊物是办得活泼而又有内容的，当然在当时正风行政治化的文艺批判的大背景下，在讲求学理的批评中也夹有过“左”的色彩和杂音，以致一直被某些人认为是“雪峰派”的胡风，也暗暗地将他划入了“左的宗派主义”。胡风的书信称冯为“二马”，甚多微词。附带说一下，冯雪峰在解放初期，也许是受当时大气候的影响，在文艺批评中，也时有简单化的倾向。1951年萧也牧发表过一篇有争议的小说《我们夫妇之间》，文艺界的批判本来已经很失分寸，冯雪峰还跟随其后，说作者的态度“在客观效果上是我们的阶级敌人”（《文艺报》第4卷第5期），挥起了他历来厌恶的简单粗暴的政治批判的棍子。
尽管这样，冯雪峰在以简单粗暴的政治批判取代文艺批评的大潮中，仍然是落伍者。
《文艺报》1954年18期转载了李希凡、蓝翎两位青年评论工作者批评俞平伯“红学”研究的《关于（红楼梦简论）及其他》。在转载时，主编冯雪峰执笔写厂一则“编者按”，以示郑重。按语说：
这篇文章原来发表在山东大学出版的《文史哲》月刊今年第九期上。它的作者是两个在开始研究中国古典文学的青年；他们试着从科学的观点对俞平伯先生在《红楼梦简论》一文中的论点提出了批评，我们觉得这是值得引起大家注意的……作者的意见显然还有不够周密和不够全面的地方，但他们这样地去认识《红楼梦》，在基本上是正确的。只有大家来继续深入地研究，才能使我们的了解更深刻和周密，认识也更全面；而且不仅关于《红楼梦》，同时也关于我国一切优秀的古典文学作品。
这则按语很简短，无非是两个意见：一、充分肯定两位青年作者文章的意义和价值“值得引起大家注意”，“不仅关于《红楼梦》，同时也关于我国一切优秀的古典文学作品”这两句话，是从观点和方法论上作出肯定的；二、指出作者的研究并不是“红学”研究的终结，这是一句大实话，也符合作者文章的实际。大家认为，作者在批评俞平伯时，忽略了俞在“红学”研究上的进步，评价不够中肯；而曹雪芹的世界观，特别是其“色”、“空”观念对其创作的影响也被忽略了。冯雪峰看到了这些问题，但他说的是如此委婉。这说明他着意肯定的是文章的大方向，即“科学的观点”，没有求全责备。
冯雪峰的态度是积极的，意见是中肯的，对两位作者也特别热情。据当时在《文艺报》的两位目击其事的编辑说：“冯雪峰非常热情地接待了李希凡、蓝翎这两位青年文艺工作者，而且送到大门外，替他们叫三轮车，还付了车钱……”（转引自丁玲：《悼雪峰》）
真是“大有不测风云，人有旦夕祸福”，就是为这么一件事，掀起了一次全国性的大批判，文艺界批，学术界也批，从中央到地方都在批。
1954年10月28日，《人民日报》发表袁水拍的《质问（文艺报）编者》的文章，指责《文艺报》对“唯心论观点的容忍依从”和编者的“资产阶级贵族老爷态度”。紧接着，全国文联和作家协会主席团连续召开联席会议，冯雪峰不得不写出《检讨我在（文艺报）所犯的错误》（载《文艺报》1954年第20期）。根据上面下达的口径，承认自己“是立场上的错误，反马克思列宁主义的错误”。12月8日全国文联和作协主席团联席会议作出《关于（文艺报）的决议》，决定改组《文艺报》的编辑机构，免去了冯雪峰的主编职务。
这事闹到如此严重地步，是冯雪峰始料未及的，事后也仍然想不通。虽然他根据组织的需要，公开作过检讨，但一直认为这是“有苦说不出，低头挨闷棍”。
对这一问棍，开始，他怎么也猜不透。
李希凡、蓝翎的文章9月刚发表，10月就在中央报刊上转载，一转载就掀起了一个运动。这到底是为什么？待到毛泽东同志抓住这个问题，并从整个意识形态领域阶级斗争的需要来部署战斗时，冯雪峰才稍有觉悟。他知道，对他的批判，只是为更大的战斗打开一个缺口。紧接着就在哲学界、历史学界以及整个学术界，开展了对胡适学术思想的批判。冯雪峰对毛泽东同志的这一战略部署是理解的，但也难免有点牢骚，1957年揭发他的右派言行录中就有一条：“对批判《文艺报》不满，说那是‘城门失火，殃及池鱼'。”
尽管批判《文艺报》的主要目的不是整冯雪峰，但因有毛泽东同志的过问，于是冯雪峰便成了一个可疑人物，而对他有成见并想整治他一下的人就心实胆壮了，他的日子也就越来越难过了，几乎每次运动都把他当做异己力量捎带上，即使找不到证据把他打下去，也得把他当做嫌疑犯挂起来，火烧一番。这次批判“丁、陈反党集团”，也许是“在劫难逃”了，他不时这样想。
未出冯雪峰所料，这次他的确是“在劫难逃”了。
尽管冯雪峰的检查是有相当诚意的，“周扬当天是表示满意的，邵荃麟也表示满意”，但一场大规模的揭发、批判冯雪峰的斗争，正在紧锣密鼓声中酝酿着。就在冯雪峰这次检查前后，“周扬召集了一次小会，有林默涵、刘白羽等参加。周扬提出揭发冯雪峰历史上的叛党等问题不是主要的，‘主要关键在1936年上海那一段，要有个有力量的发言。'他提出要夏衍来讲。夏衍发言之前，又开过一次小会，讨论夏衍发言，为夏衍发言定了基调