有不少同志对“三面红旗”提出质疑，实践中又遭遇重大挫折，为什么还要继续高举？这些问题，毛泽东不会不考虑。他不仅会考虑，而且还会比一般同志考虑的都要深远。问题是“三面红旗”是在反对彭德怀“右倾机会主义”的问题上概括出来的，是“要向全世界作战”的，尤其过去曾把“三面红旗”说成是毛泽东的伟大创造，如果否定了“三面红旗”，就相当于否定了毛泽东自己。这一点，恐怕是毛泽东很难面对的。
从后来的情况看，毛泽东对“三面红旗”还要不要继续高举的问题，他一直在考虑。比如，七千人大会不久，1962年4月9日，毛泽东在最高国务会议上，谈到过去几年的工作时说：“比如‘三面红旗’究竟还要不要，究竟还对不对之类，要有一个实践的过程，要有一个做的过程。”表明他允许大家怀疑“三面红旗”，其正确与否还要由实践去检验。一年多以后，1963年5月，毛泽东在杭州主持制定的关于开展社会主义教育运动的“前十条”对“三面红旗”则给予了充分肯定。“前十条”说：“所有这一切，也证明了党高举总路线、人民公社、大跃进三面红旗，是完全正确的，是伟大的。”①但事隔一个月，1963年6月，毛泽东在武汉的一次会议上谈到“三面红旗”时，却又讲了这样一番话：“‘三面红旗’这个口号从哪里来？一面红旗还不够要三面？总路线是父亲，大跃进、人民公社是儿子。大跃进的大字是从哪里来的？相当乱，原来在莫斯科只提跃进。”②“跃进，这是违背唯物辩证法的。跃进，就是质变，没有量变怎么有质变呢？”“什么‘三面红旗’，这是三元论，我们是马克思主义哲学一元论，只有一面红旗，就是总路线。”③
这表明，毛泽东一方面在坚持“三面红旗”，一方面对“三面红旗”在进行认真地反思。按照这个思路往下想，周恩来在1964年底做政府工作报告时，只提总路线，不提“三面红旗”也就可以理解了。
上述情况似可以说明：七千人大会仍然保留了“三面红旗”的提法是一个非常复杂的问题。有来自国际的因素，而且较大；有对“三面红旗”的模糊认识，说到底是对传统社会主义的认识局限问题；还有领导者个人得失的考虑等等。
通常说来，七千人大会只是初步地总结了经验。这个“初步”怎么理解，现在的情况比较明了，基本包括两层含义：
其一是由大家对社会主义的认识水平所决定的。当时的人们在总结经验时已经意识到，社会主义是怎么一回事？如何搞社会主义？并没有解决。这是中国科学院副院长张劲夫的讲话。他还讲到：“中央同志说，对社会主义现处在初中程度。康生同志说，他是红领巾，我们连幼儿园也够不上。”④现在看来，这个话是比较符合实际的，也是当时情况的真实记录，所以七千人大会对过去经验教训的总结也就只能是初步的。
其二，即上面所说的国际因素和毛泽东对“三面红旗”的坚持与之有着很大的关系，它阻碍了人们对过去工作教训的深入探讨。1964年底以后，对“三面红旗”提得越来越少，毛泽东的兴趣，也逐渐转移到抓阶级斗争方面去了。