果都在文化上世代相传；宗教活动上的从一个社会在下一代社会的万千变化都是以学习为基础，而不是以基因为基础，第二个层次的选择是生态学的选择，不管教会的选择对信徒的情感如何重视，也不管受人欢迎的常规如何易于学会，实际形成的实践活动最终还得接受环境要求的检验，如果宗教在战争中削弱自己的社会，造成环境的破坏，缩短人们的寿命，干扰人们的生殖繁衍，那么它必定走向衰亡，不管它们在短期内的情感效益如何，最后，在第三个层次上，在上述复杂的文化进化和人口波动的循环之中，基因的频率也在不断改变。
现在我们面前的假说就是：教会的选择使某些基因的频率受到相应一致的改变，我们知道，人类的基因对人体神经系统、感觉系统以及内分泌系统的功能作出程序规定，从而也几乎必然影响学习过程，基因制约着某些行为的成熟过程和其他行为的学习规则，宗教行为中的下列因子，很可能是由行为发展程序和学习规则所定型的：乱伦禁忌、一般禁忌、外族恐怖、神圣和亵渎的简单二分法、铺张声势、等级统治制度、对领袖人物的毕恭毕敬、迷信领袖人物的超凡魅力、迷信战利品以及狂喜或失神体验等，所有这些活动有助于划定一个社会群体的界线，并以绝对无疑的忠诚把它的成员结合在一起，我们的假说要求有这么一些约束力的存在，同时要求这些约束力有一个生理学的基础，而且也有一个遗传根源，这一假说意味着教会的选择是受一连串事态所影响的，在一代之间，这些事态从基因开始，通过生理学达到受制约的学习活动。
根据这个假说，基因频率本身反过来被一系列不同选择——教会的、生态学的和遗传学的——所改变，那些能够不断提高信教的生存和繁衍的宗教活动，将会遗留下一些生理学上的控制调节手段，而在一代人之间，这些手段会有利于上述活动的普及，规定这些手段的基因，也会受到特别的垂顾，由于在个体的发展中，宗教活动和基因有比较大的距离，因而在文化进化中，两者的差异可能变得很大，甚至某些群体，如舍克族人有可能采用某种在一代或几代人之间能降低遗传适应性的宗教常规，但在经过许多代以后，这些基本的基因将由于屈从而付出代价，整个人口将会降低，其他一些基因，由于主宰着某些机制，以抗拒由于文化进化而出现的适应性减退，将居于主导地位，而这些异乎常情的宗教活动也就逐渐消失了，这样，文化就无情地考验着占统治地位的基因，但所有这一切不过是用一套基因来代替另一套基因而已。
如果我们只就生态学和遗传学的层次来考察宗教的作用，那么这种关于基因和文化间相互作用的假说既可以得到证明，也可以遭到反驳，而生态学角度的考察是最容易理解的，我们只需问道；每种宗教活动对个体或部落的福祉有些什么影响？这种活动在历史上是怎么起源的，并且是在什么样的环境条件下产生的？如果这种相互关系的确是代表了对某种必然性的反应，或者在许多代之间提高了社会的效率，那么它就和相互作用的假说相符合，如果这种相互关系与设想中的大相径庭，甚至不能以一种相对简单而合理的方式与生殖适应性相联系，上述假说就很难成立，最后，通过发展心理学所揭示的、受遗传程序控制的各种学习制约因素，也必须证明是与宗教活动中的主要潮流相一致的，如果不一致，这个假说也是可疑的，在这种情况下有理由设想：文化进化可能只是摹拟了遗传进化在理论上所预言的模式。
为了要就充分广泛的一系列题目进行研究探讨，必须将宗教行为的定义加以扩大，以包括巫术和某些被奉若神明的部落仪节，以及围绕神话构成的更为精致的信仰，我相信，在这样一步之后，有关的证据仍然是和基因文化相互作用假说相一致的，在宗教史上与之相抵触的事件是不多的。
让我们先考察一下宗教仪式，对罗仑兹－廷伯根个体生态学的最初的热情，推动一些社会科学家对人类的礼仪和动物通讯行为进行了一番类比，但是这种比较，从最好的方面看，也是欠准确的，大多数动物的表现只是一些不连续的信号，传达着有限的意义，它们相当于手势、面部表情和人类非语言交际中的原始声响，有少数一些动物的表现，如求仍的复杂形式和鸟类的交尾等等，是如此精致而给人深刻印象，有些动物学家偶尔也把它们称之为仪式，但是，即使在这种情况下，比较也会令人产生误解，人类的大多数仪式，具有一种超乎直接信号价值的东西，正如迪尔凯姆所强调指出的，人类的仪式不仅标志出社团的道德价值，并且对它们加以强调和确认，使之具有更大的活力。
宗教的神圣仪式是人类所特有的，它们的初级形式与巫术有关，是企图操纵自然力和鬼神的一种积极尝试，从西欧洞穴中所发现的旧石器时代的艺术中，看得出人们对狩猎动物特别关注。有很多场面表现矛和箭插入了猎物的驱体，有些图画描绘人们化装成动物在跳舞，或者在动物面前俯首站立，也许宗教仪式的功能正是一种交感巫术，它根源于这样一种想法，即想象中的事情终于也会在实际中发生。这种期待性的行为，可与动物的意向性运动相比，而这种意向性运动，在进化过程中往往被仪式化，变成一种交际信号。蜜蜂的来回摇摆舞蹈动作，实际上是从蜂房到食物间飞行路线的一种小规模预演，作为“8”字形舞蹈的中间动作的“直跑”，在方向和时间延续上的变化，实际上是随真正飞行中方向和时间的变化而改变的，原始人对于这些复杂的动物行为的意义，应该是容易理解的，巫术过去是，在某些社会中现在仍然是。由某些特殊的人物来施行的，他们有的叫作巫师，有的则术士，或者叫巫医，人们相信，只有他们才具备与自然界中超自然力量打交道的秘密知识力量。正因为如此，他们的影响有时会超过部落的首领。
正如人类学家拉帕波特在最近就这个题目所发表的评论中指出的，宗教神圣仪式，看来是以直接的和生物学上有利的方式为原始社会的交流和表现提供服务的，仪式能提供有关部落和家庭力最与财富的信息，在新几内亚的马林人中，并没有头人或首领在战争期间强迫别人效忠，而是由一群人跳起一种仪式性的舞蹈，个人则通过参加这种舞蹈来表明他是否愿意给予军事上的支持，这种群体联合的力量是根据参加人员的数目来决定的，在更为高级的社会中，军事检阅运用国家宗教的设施和仪式加以装点，也是为了相同的目的，西北海岸印地安人有名的大宴宾客的仪式，使个人有机会通过他们用来招待宾客的东西来炫耀他们的财富，这样，首领人物就能进一步鼓动本族人去创造更多的财富，从而扩大家族的力量。
仪式也有助于使人与人的相互关系正规化，否则往往会造成含糊或错误的印象，成年礼是最好的例子，男孩子由童年进入成年时，从生理和心理上讲都是逐渐而缓慢的，常有这种情况，当一个人应该象成人一样作出反应时，他却表现出十足的孩于气，反之亦然，这就使社会很难把这样一个人明确地归于儿童或成人，成年礼就能消除这种模糊不清，把一个连续渐进的过程，武断地变成一个一分为二、明确无疑的过程，这种礼仪也能加强青年人与接纳他的成人群体之间的联系。
人们的头脑倾向于用二分法去处理问题，这也表现在巫术之中，社会科学家，加罗伯特。莱文，基思。托马斯和莫尼卡。威尔逊等人，对巫术的心理原因研究进行了出色的重建，他们的研究表明，巫术的直接动因一部分是情感上的，一部分是理性上的，在一切社会中，巫师所处的地位，或者是治病，或者是念咒，只要他的作用没有受到怀疑和挑战，他和他的家族亲人，就享有愈来愈大的权势，如果他的作为不仅是有益的，而且通过仪式受到认可，他们就对社会的精诚团结作出了贡献。这样，巫术制度化在生物学上的好处就一清二楚了。
对行巫者的搜捕，即对巫术的反对，是一种更令人迷惑不解的现象，对于我们的理论探讨是很有意义的挑战。为什么人们常常会声称自己着了魔，或宣布社会遭了巫术，而到邻居中搜寻邪恶的超自然力量？驱魔法和宗教法庭中对异端的审讯，是和巫术一样复杂和重要的现象，但它们的动机却根源于个体对私利的追求。在英格兰都铎王朝（1485－1603）斯图亚特王朝（1603…1649，1660…1714）时期。对行巫者的搜捕风靡一时，许多历史文献记载了这一事实，在这个时期以前（1560…1680），天主教会为信教的公民提供了一整套周密细致的仪式系统，以避免邪灵和恶咒的伤害，无主教会事实上实行了一整套合法的巫术，但是，宗教改革取消了这种心理上的保护作用，新教的牧师们一方面谴责老教的陈规旧习，另一方面又肯定有妖术的存在，由于丧失了礼仪上的反措施，着了魔的人就转而反对、搜捕行巫者，除了公开指控他们，还企图置之死地。
对当时法庭记录的深入研究，说明在这种迫害后面，有一种更为深刻的动机，这里有一个典型的案例：原告拒绝了一个贫穷妇女乞求施舍的要求后，遭遇到个人的不幸，例如歉收或家中亲人死亡，原告通过把罪责归于乞讨者而达到了两个目的。首先，他深信不疑他的麻烦和不幸是由乞讨者引起的，因而采取了直接行动，这样做出于对某种逻辑的顺从，认定被怀疑的女巫的插手是和他的个人灾祸有关的，第二种动机却是十分微妙而不易加以证明的。
托马斯认为：憎恶感和责任感之间的冲突，产生了某种矛盾心理，驱使人们把门外的乞讨者粗暴地赶走，但死后又受着良心谴责的折磨，这种随之而来的罪责感，成为指控巫术的肥沃土壤，因为灾害事件的发生很容易被视为是行巫者的一种报复行为。对行巫者的指控，往往产生于这样一种社会心理态势，即该社会对于应该如付对待不能自立生存的成员，已经没有一个明确的看法。这种态势反映了两种并存而对立的主张之间在道义上的冲突——一种主张认为，不工作者不得食，而另一种看法则认为，富人周济穷人是善举。
因此，在把这种进退两难的情况转变为对恶鬼邪灵宣战时，原告也就对这种实际上更为自私的行动，找到了某些可以自圆其说的理由。
在肯尼亚的尼安桑干人中，对于行巫者的认定，往往不是通过正式的批露，而是借助于流言蜚语，尼安桑干人的头目们，包括家长、长老、头人以及法庭审判员，一般对巫术的故事持否定态度，往往通过协商和仲裁来解决争端，由于程序很不严格，个别的人就可以钻空子。散布谣言，进行指控，以达到他们个人的目的。
巫术以及其他形式的法术，由于与日常生活的实际问题密切相关，这就通常使它们与较高级的“真正的”宗教互相区别开了。多数学者都遵循迪尔凯姆的看法，把神圣的东西，也就是宗教的核心，和世俗的东西，即巫术和日常生活中见到的东西