本可以保留天皇制，主张不逮捕也不起诉天皇。占领日本后，麦克阿瑟曾与日本天皇裕仁进行了一次秘密会面。双方对会谈始终讳莫如深，３０年后的裕仁说：“当时与麦克阿瑟将军有君子协定，永不透露。”东京审判中，卫勃讯问东条：是谁最后就开战问题向天皇进言的？除了你还有谁？东条说出两个人，但均是死无对证。然而，卫勃讯问东条的第二天，便正式宣布法庭对日本天皇裕仁不起诉。美国的庇护，使最大的战犯裕仁逃过被逮捕、被判决的命运。为保护天皇，甚至对皇亲也没有追究。在巢鸭监狱的秘密讯问室里，除了松井石根强调了朝香宫亲王对南京大屠杀应负的责任外，田中隆吉也指出：朝香宫鸠彦的上海派遣军在南京事件中的表现是恶劣的。但这些都被掩盖了，朝香宫没有被追究。罪恶累累的陆军元帅、皇亲梨木宫守正被作为战争嫌疑犯抓了起来，但几个月后又被麦克阿瑟释放。
二是对犯有严重细菌战的主要战犯——日本七三一部队的缔造者、陆军中将石井四郎没有审判。像这样一个对人类犯下滔天罪行的魔鬼，居然逃脱了追究，这是美国当局为一己利益而背弃人类正义的结果。美国记者鲍威尔利用美国的“情报公开法”获得了美军最高机密情报，发现战后麦克阿瑟的助手与七三一部队残余人员进行幕后交易的经过：七三一部队成员向美军提供他们的研究成果，而盟军则赦免他们。美国十分看重日本通过残酷的各种活体试验得到的资料，美军负责处理此项事务的专家说：“石井部队的资料是出资数百万美元和长期进行研究的成果，这种资料是附着于活体试验的，受到良心的责备，我们在实验室是无法取得的，我们为了取得这些资料仅仅花费七百美元的很少一点钱而已，是廉价品。”于是，美国军方和国务院决定：“由于日军细菌战情报的重要性，美国政府决定不揭发日本细菌战集团中的任何一个人员为战犯。”
三是没有清除日本的军国主义分子。１９４６年１月４日，盟军总司令部向日本政府提交了一份清洗计划，要求罢免和清洗的七类人：第一类为战犯，第二类为职业军人和陆海军部特别警察和官吏，第三类为极端民族主义、暴力主义和秘密爱国团体的主要成员，第四类为参与大陆翼赞会、翼赞政治会和大日本政治会活动的主要成员，第五类为同日本扩张有关的金融机构和开发机构成员，第六类为占领地行政长官，第七类为其他军国主义者和极端民族主义者。上述人员均被要求免去公职，剥夺其竞选议员的资格，以排除其对政治的影响。初步统计，以上七类人员在日本共有２０多万人。但是，这份计划后来并没有得到切实的执行。更有甚者，随着冷战的加剧，美国的对外政策转向反苏、反共、反对中国革命，急欲把日本变成反共的东方前哨阵地。因此，美国占领当局竟不顾中国和全世界人民的反对，对日本战犯竭力庇护和大批释放。到１９５８年４月７日，所有未服满刑期的战犯都得到了赦免。其中，有的竟当上了日本政府要员。美国政府的这些做法，就使东京审判的成效大大地打了折扣。
２ 国民党对日本战犯的审判
抗日战争胜利后，１９４５年１１月６日，国民党政府成立了以秦德纯为主任委员的战争罪犯处理委员会，并相继在各地逮捕和审判日本战犯。其中，以南京审判最著名，影响最大。
经过艰苦而激烈的较量，南京法庭惩治了一批侵略中国、罪大恶极的日本战犯。该庭共办案５２件，对其中对中国人民犯下滔天罪行的谷寿夫、矶谷廉介、酒井隆、高桥坦４名日军高级将领和疯狂屠杀中国民众的田中军吉、野田毅、向井敏明、松本洁、三岛光义等判处极刑。
南京大屠杀的首恶、曾任日本第六师团中将师团长的谷寿夫在战后作为战犯嫌疑在东京被驻日盟军总部逮捕，经中国方面要求，于同年８月被引渡到中国。
为了保住自己的性命，谷寿夫冥思苦想出无理狡辩的“三部曲”：首先是矢口否认有南京大屠杀：“我在南京大街上连个死人也没有看到过，甚至连杀人的事都没有听说过，只是在战争结束后，从报纸上看到有南京大屠杀这回事。”其次是面对大量事实，把罪责推个一干二净。谷寿夫以退为进狡辩说：“南京不幸事件的中心点是在城内中央部以北，下关方面的扬子江沿岸及紫金山方面，在此等地方的主力为第十六、九、十一、一百一十、十三、三等各师团及重藤支队（旅团）等兵团之行政区，与我第六师团无关。”第三是“即行调转”不在现场说。这是谷寿夫在“陈述书”中拿出的自以为最厉害的一招：“我师团于入城未几，即行调转，故无任何关系。”
为做好对谷寿夫的审判，中国法官由南京红十字会负责人和掩埋尸体的人陪同，到中华门外花神庙的万人坑实地视察，又从南京中山码头、草鞋峡、燕子矶、东岳庙、斩龙桥等地取回大量证据。
同时，在南京各城区广贴征求罪证的布告，动员受害、目击群众起来揭露谷寿夫的罪行。在此基础上，他们开庭几十次，传讯了１０００多名中外证人，拿到了侵华日军自己为炫耀武功而拍摄的电影、写的日记、报刊和中外有关书籍，确定日军在南京一地屠杀了３０余万非武装的中国人。法官们据此写出了针对谷寿夫罪行的很有分量的起诉书，对谷寿夫可能采取的狡辩战术进行了充分分析，制定了有针对性的审判方案。
１９４７年２月６日，中国国防部审判战犯军事法庭在南京黄浦路口的励志社（现在的南京市中山东路３０７号）大礼堂，对谷寿夫开庭公审。
石美瑜庭长庄重地宣布公审开始后，公诉人陈光虞严正地宣读起诉书。起诉书控诉谷寿夫１９２８年任第三师团长期间入侵山东济南等地，参与制造济南惨案；１９３７年率第六师团入侵华北，沿途纵部任意抢劫居民，强迫中国妇女做慰安妇；旋即直扑南京参加大屠杀，杀害几十万人。
法官质问谷寿夫：“被告谷寿夫，你对检察官指控你在南京大肆屠杀无辜百姓的犯罪事实，还有什么话说？”