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殷海光得知这一“笑话”后，在信中对雷震大加鼓励，“欣闻老前辈断尾（指开除党籍）”，“可喜可贺”。他认为，蒋介石杀人如麻，祸国殃民，作为一个败军之将，逃到台湾来仍然要老百姓，甚至正在受教育的娃娃崇拜、拥护、效忠、服从他，简直太不像话。他决定再次撰文拆穿蒋氏父子在台湾搞“党化教育”的祸心，使人们认清蒋介石的真面目。于是，在１９５８年，他先后写出了《我们的教育》和《学术教育应独立于政治》两篇文章，发表于《自由中国》杂志。这两篇文章强烈呼吁官方停止“党化教育”，要求学术自由、简化课程，为“国家”保留一片生机。
这两篇文章公开向蒋介石的言论挑战，在社会上产生巨大的影响，得到了广大读者的支持，殷海光也以民主斗士的形象受到人民的欢迎。李敖曾对这一时期的殷海光有高度的评价：“他以简明的分析，高明的远见，清明的文笔，为历来糊涂的中国人指点了迷津。在思想指向以外，他在政论方面的文章，出色得使敌人和朋友都为之失色。”同时，由于他的文章矛头直指当时执掌党、政、军、特四大权力的蒋经国，也为他后来遭到官方残酷迫害埋下了伏笔。
作为殷海光的学生，６０年代的李敖在斗争的视野上并没有超越他的老师，但他的斗争方式却有所改变。《自由中国》及其同仁的下场也使得他不可能重蹈覆辙。他避开了那个强权政治，由殷氏的对政权和制度宣战而转变为局部的阵地战，集中火力，逐个报销。战场缩小了，而论敌却更加具体、更加清晰了。
从某种程度上讲，中西文化论战的文章，虽然树敌八面，但并非造成李敖被四面“围剿”的主因，真正导致他腹背受敌的，是他１９６３年发表的一组文章中对台湾文化知识界的两个高峰——台湾大学和中央研究院，以及对他的老师沈刚伯、史学界泰斗李济等人的批判。
这一组文章讨论的中心话题是教育文化部门中学术人才的老化问题。这是作者在人生方向定位以后投向社会的一束重磅炸弹，是作者直面社会种种腐败现象的思想批判的第一次大爆发。作者与“五四”时期的学术界作比较，指责现今学术部门的老人们不求进步、缺乏朝气，只是把持现状的衰朽与堕落，十足表现出他们“没办法”和“无能”的丑态。面对学术界的一班“二流货”和不入流的庸才，作者的心情是沉痛的。虽然他当时依然是台大文学院历史研究所的研究生，但他什么也不顾得了，“我宁肯牺牲掉在台大文学院历史研究所的学籍（还差半年，就可得硕士学位），不管三七二十一，终于‘发难’。”
１９６３年１１月１日，《文星》７３期刊载了李敖炮轰高等教育的第一篇文章：《高等教育的一面怪现状》。
台大文学院是李敖选取的典型个案。在这篇万字长文中，他首先把批评的矛头直接指向了自己在台大的老师沈刚伯。“我每次看到死气沉沉的沈刚伯，从死气沉沉的台大文学院中荡出来，我就忍不住一肚子鸟气。”他认为沈刚伯心胸狭窄、排挤异己：当从大陆撤守的时候，台湾大学校长傅斯年有一个抢救“第一流”教授的计划，在被抢救的人中，朱光潜名列前茅。可是谁能想到这个计划竟被现任台大文学院院长的沈刚伯“扣”住，为了保住自己的学术地位和政治前途，沈暗中作梗，阴错阳差，终于使朱光潜教授不能到台湾。最不可原谅的是“他身居高位，却不拉屎一点上。这是败坏中国学术与学风的真正罪恶”。因此，他要“炮轰这个文学院和‘沈刚伯型’的老教授，使他们受到文字上最厉害的惩罚，使他们多少要假装有点‘赧颜为人师’的惭愧。”使其“把戏被拆穿了、劣迹被昭彰了、学术者‘风度’被炸掉了”，这是作者第一次指出“高等教育的一面怪现状”的结果。作者在该文中用统计学的方法对台大文学院展开剖析，指出绝大多数台大教授中存在的四大特征：寿比南山、不研究、不让贤、也不发表论文，以及两大流行症：“分赃”和“意淫”。比如作者指出，在文学院中，４０岁以下的教授一个都没有，而现在的教授绝大多数都在４０岁以前就当了教授。他们虽然不研究、不让贤，但“还是照当教授不误，照样念一本焦黄的讲义，照样搓麻将，照样‘学界分赃’，照样长吁短叹说：‘年轻人真不行呀！我们后继无人呀！他们接不上棒呀！他们程度不够呀！’”在文章中，李敖深刻地指出了教育与政治的关系，“从长远的眼光看、从‘十年树木，百年树人’的眼光看，却是教育影响政治。‘革命之成功、必有赖于思想之变化’，只有教育才能使思想变化，主持教育的人，自己若不先思想变化，只是敷衍守成，盘踞下去，摆不出新气象，国家如何能有希望？”作者处江湖之远，依然忧国忧民的心情溢于言表。同时，作者又指出了教育界一潭死水的原因：缺乏强有力的制衡或考核的力量。“对教育界的黑暗腐化，没有人去‘扒粪’”，导致体制僵化，在其位者高枕无忧。
该文发表后，在台湾产生了“强烈而普遍的反应”。有的说作者快人快语，有的说作者勇气十足，有的说作者哗众取宠，有的说作者大逆不道，有的说李敖是受人指使，甚至还有人说作者叛师毁友，应该“依法追诉”等等，由此而后，一场轰轰烈烈的大辩论展开了。
一个月后，李敖又在《文星》抛出了第二篇文章：《师道与是非》，对传统的卫道士们予以驳斥。文章围绕什么是真正的“师道”展开议论，对不讲“是非”的名分观展开批判。深刻地指出：“在中国传统内，名分底下无真理、辈分底下无是非、师道底下无直道。”“老师是永远不可违背的、不可批评的”，所谓“当仁不让于师”，只是一个“能看而不能摸、更不能摘下来耍”的牌子，谁如果不信此言，硬将《论语》的教条拿来实行，就“一定要被围剿”！这是中国历史上“狭义的师道迷信”所带来的必然结果。李敖认为真正的师道是存在的，“师道”是“经师”与“人师”的同体，包括“言教”与“身教”。作为教师，除了单纯的传授知识以外（第一层次），它还要树立人格上的楷模（第二层次）。凡是“老师其外，误人其中”的老师，都不能算是老师，都应该剥夺他应有的名分、应该走开。“在真正的‘师道’底下，任何名分上的关系、任何‘狭义的师道迷信’，都抵不住真理与是非。只有把真理与是非放在‘师道’的牌位上面，这种裂痕才有了弥补的共同标准。”“任何有点进化头脑的老师，都不该为自己学生的‘背叛’感到惊骇或难过，因为这种‘背叛’，乃是一种对进步的督促。”自然，“任何有点好汉作风的学生，都不该为‘背叛’自己的老师感到内疚或不安，而觉得这是什么大逆不道的事。”作为一个受教育者，面对并不令人乐观的教育体制和社会环境，都不应该人云亦云，随大流，而要能有所超越。“你不能在羊圈里学做一只老虎，还是得自己想办法。当然，要做羊，就不必学，羊在哪里都是羊，做羊是无师自通的。以羊为师，除了吁吁吁，又能学到什么呢？”①
但是在任何国家任何地区，教育与学术界的腐败都不是某个人的问题，究其根源都会追溯到体制问题。正因如此，作者付出失学、失业的代价所换来的是：现状依然如旧。“惊魂甫定，遮羞完毕，有人又从麻将桌边浮了出来，照旧打出了‘白板’，做成了‘清一色’，然后望望窗外，喘气说：‘吓！这次台风好大呀！’”
关于高等教育怪现状的讨论，正反双方撰文颇多。正方如梁实秋的《整顿高等教育的几
点意见》（《文星》７４期１２月１日）、蒋匀田的《如何矫正高等教育的怪状》（《文星》７４期１２月１日）、乔龄的《人才之叹》（《大华晚报》１２月２日）；反方如洪炎秋的《一个教授的自觉》（《中央副刊》１２月２８日）、梁容若的《天国之路》（《中央副刊》１２月２日）、刘世超的《大学的师资问题》（《新时代》３卷１２期）等，各呈己见。然而反方的重点慢慢转移到一个方面：“大学教授待遇菲薄论”。因为“待遇菲薄”，所以不能专心做学问、不能研究、不能发表论文、不能退休、不能新陈代谢、不能这个、不能那个……总之，一切都没法子，一切都得维持现状——拖！
李敖认为，这种观念正是教育黑暗与腐败的症结所在，它是那些老而不退者的“定心丸”、“安魂药”、“遮羞的帘子”、“老不长进的帘子”，是一种“偷天换日的技巧、一种移花接木的把戏”。基于此，１９６４年７月１日，李敖又在《文星》第７５期发表了《论“占着茅坑不拉屎”》一文。作者以洪炎秋文章为靶子，在本文中给予揭穿。
在发表《高等院校的一面怪现状》的同时，李敖又发表了《李济：他的贡献和悲剧》一文，把第二个目标对准了台湾岛上的最高学术机关——中央研究院。
台湾大学和中央研究院是台湾知识界的双峰，一个是最高的教育机关，一个是最高的学术机关。为了把它们的主要问题拿出来进行检验，前面李敖选取了台湾大学的文学院及其主持人沈刚伯，这里作者把矛头对准了历史研究所及其主持人李济。这两位学界掌门人是“亲家”，且都是气焰震“主”（台大校长钱思亮、研究院院长王世杰，两人被震成了小傀儡）的人物。在选取典型上，自然是首当其选。
李济，北平清华学校毕业，五四前夕公费留美，取得三个学位，２６岁获哈佛大学博士学位。回国后，起初在南开大学执教，后转入清华大学以讲师资格与梁启超、王国维、陈寅恪一起担任导师，主要从事考古研究，参加了河南新郑（１９２４年）、山西夏县西阴村（１９２５年、１９３０年）、安阳小屯（１９２８年至１９３７年共１５次）的考古工作。１９２８年任中央研究院历史语言研究所专任研究员兼第三组主任，后历任中央博物院筹备主任、故宫中央博物院理事，台湾大学历史系教授、考古人类学系主任、故宫中央博物院理事及中央图书馆联合管理处理事及出席菲律宾、西雅图等学术会议的代表，又曾在伦敦、斯德哥尔摩、墨西哥大学、华盛顿大学讲学，１９３８年起，被选为“英国皇家人类学研究所”荣誉研究员（Ｈｏ