第九战区根据以上战况，认为为保守赣北、鄂东主要阵地，不宜再向九江投入兵力而徒增损失，决定令第2兵团调整部署，并放弃九江。第2兵团总司令张发奎于25日22时10分下达撤退命令（先以电话下达）。大要如下：（1） 第4军附第155师即于本日晚占领狮子山、张家山至赛湖之线阵地，阻敌南进，掩护撤退；（2） 第29军团（欠第155师）于本日（25日）晚退守牛头山、金官桥、十里山亘城门湖之线；（3） 第25军于明日1时开始退守星子、东孤岭一带阵地；（4） 尔后第4军及第29军团即归吴总司令指挥。
守军各部队按照以上命令，于25日夜撤向新阵地。26日7时许，日军完全占领九江。撤向九江以南新阵地的第4军、第29军团等各部此后即改由第9集团军吴奇伟总司令指挥，竭力阻止入侵九江的日军南进。
7月27日至30日，守军均固守原阵地拒止敌人。至31日，因日军发动猛攻，守军退守东姑岭、牛头山、金官桥、钻林山亘城门湖之线，与日军对峙。
九江地扼鄂、赣门户，战略地位极为重要。守住九江，即可限制日军沿江西进，确保武汉安全；如被日军占领，则日军西可径取武汉，南可迂回南昌、长沙。因而军事委员会部署10万大军进行防守。但在日军1个新成立的师团和1个旅团以及部分海军进攻下，仅战斗3天，九江便告失守，这对保卫武汉的作战影响至巨。究其原因，除了在武器装备方面远逊于日军外，根本原因是高级指挥官指挥失当。主要表现在以下两点：一是准备不足。所有部队临战始进入阵地，敌情、地形不熟，有的甚至仓促应战。第二是兵力部署缺乏纵深配备。江、湖岸的防御多是一线部署，日军突破后，缺乏反击能力。
至于九江作战失利的直接原因及部分战况，张发奎有一详细报告给蒋介石。其主要内容为：
（1） 交通线破坏过早，阵地未能预先完成。查九江附近公路，如九星、九瑞、瑞昌至阳新，瑞昌至德安，永修至箬溪以及南浔铁路北段早经彻底破坏，九江附近工事事先亦未构筑。此次于短期内决定固守，九江部队虽勉强集中，而交通困难，筑城材料运输不及，阵地无法立臻巩固。职到浔视察时，野战工事仅三分之一，因之不利长期固守。
（2） 运输不良，兵站设施欠缺。九江方面兵站，事前殊欠准备，临时无人负责，使前线部队白昼困于飞机轰炸，夜间一面作工、一面运米，兵力疲惫，警戒自难周全，实为致败之因。故自敌在姑塘登陆后，九星路不能利用，在九江附近部队将近10万，仅恃九江至马回岭小径为后方连络线，因之粮弹之补给、伤兵之后送，均无法实施。士兵枵腹应战，伤兵呻吟道左，作战精神顿形颓丧。
（3） 军纪不良，民众逃亡。查此次各部向九江附近集中时，因运输困难，战时增设部队又骤难足额，沿途鸣枪拉夫、搜寻给养，不肖者且强奸掳掠，军行所至，村社为墟。职由阳新徒步经瑞昌到九江时满目荒凉，殆绝人迹。民众既失同情之心，军队自无敌忾之志。如此而欲其奋勇杀敌，自不可能。
（4） 连络不确，未能协同。查各部因通讯器材缺乏，致各军、师间及步、炮间纵横方向连络均欠确实，即连络员也甚少派遣，各自为政，互不相谋，故不能适时互相策应、收协同之效。
（5） 警戒疏忽。查防守江湖各部曾奉令饬团长以上主官值夜巡查。职召集各军、师长会议时，虽已经传谕告诫，并亲往巡视数次，乃各级官长仍有奉行不力者，致任敌在姑塘从容登陆，事前既失于察觉，事后复无法驱逐。又，敌在十二时登陆，至四时一刻始接第八军电话报告，致失增援时刻。
（6） 高级将领间缺乏自信心，中下级干部多无力掌握部下。职此次在浔数日，与师长以上各将领晤谈，每多借口新兵过多、防区太广或武器不足、战斗力弱，动摇必胜信念，影响作战士气；益以中下级干部掌握不力，精神涣散，故每逢敌机袭击，多数溃散，甚有未见敌人溃不成军者。
上述张发奎报告中“此次于短期内决定固守”等语说明原有“不固守九江”的决定。此种重大决策非蒋介石以外的人所能定。九江防守的无准备、九江附近公路的过早破坏都与原决策有关。从张发奎的报告中可知战役失败的部分实质性因素。
由于预备第11师“警戒失周，影响九江战局，第128师增援不力，反自溃散”，因而军事委员会撤销了这两个师的番号，将其部队调归其他部队。
（二） 九江以北太湖、黄梅战斗
江北地区第五战区的主要部署是以第3兵团配置在大别山北麓、第4兵团配置在大别山南麓以迎击敌人，而以第2军李延年部固守田家镇要塞。当日军向九江行动时，曾命令徐源泉集团军以一部向合安公路游击，牵制日军，但效果甚微。
第4兵团李品仙部在江北岸的具体部署是：
（1） 以第68军刘汝明部守备宿松、黄梅、小池口一带及大金铺亘双城驿的预备阵地；（2） 以王缵绪、廖磊、徐源泉等部配置在宿松、太湖、潜山西北方山麓，侧击西进之敌；（3） 第48军控置在广济，构筑预备阵地。
日军第6师团在波田支队及第106师团沿江进攻九江的次日（24日），由潜山向太湖方向进攻。此时第31军已从淮北转移至太湖西侧附近，以主力配置于太湖以西大别山东麓，以一部配置于潜山至太湖、宿松的公路地区。日军第6师团先头第11旅团在前进途中不断遭到第31军的有力阻击。经过3天的连续战斗，日军方于26日中午占领太湖。同日，日海军特别陆战队亦由小池口附近登陆，占领了小池口。守军第119师第69团撤向黄梅。
日军占领太湖后跟踪第31军，向西进击，遭到第31军强有力的反击。在太湖以西、大别山以东地区，双方不断增加兵力，逐个山头、逐个村落反复争夺，经3昼夜激烈战斗，第31军在杀伤大量日军后撤向英山地区。据日军第6师团统计，在与第31军战斗的几天中晖共遭到大小约290次反击。太湖以西山区的村庄多成焦土，残垣断壁及林中树干上弹痕累累。
日军击退第31军后即乘势向宿松、黄梅进攻。防守宿松城的仅有第119师的第693团，兵力薄弱，遂于8月2日放弃。黄梅守军第119师主力亦于8月4日放弃。第68军撤向黄梅以西广济地区。日军第6师团因伤亡太大，黄梅、广济间又为泛滥水障阻隔，遂停止前进，在黄梅、太湖地区进行补充整顿。
（三） 九江以南沙河、星子战斗
日军占领九江后，为了解除其侧背威胁和扩大战果以掩护其主力集结，为其战略展开准备条件，并未完全停止进攻，在进行总攻准备的同时，以一部兵力分向九江以南、以西继续推进。第106师团于7月28日沿南浔铁路两侧向沙河镇、南昌铺进攻，企图攻取德安。在沙河镇、纱帽山一带遭到守军第8军及第64军第155师的阻击。经激战后，守军退至钻林山、凤凰咀、南昌铺一线阵地坚守。日军遂发起猛攻，经过7天7夜的反复争夺，第106师团于8月4日突破了守军阵地，占领了南昌铺、凤凰咀阵地。8月5日，守军第3师及第155师发起猛烈的反击，激战至第二天，不仅夺回了阵地，而且杀伤了大量日军。日军第106师团于当晚（6日晚）组织进攻，很快即被守军击退。经整顿后，第106师团于8日再次组织进攻，仍被守军击退。9日，守军第8军又发动反击，再次重创敌人。至此，日军第106师团因死伤惨重、损耗过大已无力组织进攻。冈村宁次被迫令该师团暂停进攻，在第8军和第64军钻林山、牛头山阵地以北转为防御。双方暂时形成对峙。
日军第106师团参加进攻的共3个联队、9个大队（第147联队留芜湖，第113联队的第3大队留荻港），约16000人，在这次战斗中伤亡达8000人，战死联队长1人（第113联队长田中圣道大佐）、大队长3人，重伤联队长1人（第145联队长市川洋造中佐）、大队长2人、联队副官1人，中队长及小队长则死伤过半。
由于第106师团已无力进攻，且南浔路正面守军坚强而庐山地形险要，无法迂回，冈村宁次遂于8月12日令8月初刚到九江以南的第101师团在海军一部兵力配合下进攻星子，一方面牵制守军以策应其进攻瑞昌部队的作战，一方面为尔后攻取德安作准备。由于星子靠近鄱阳湖入口处，系鄱阳湖沿岸仅次于湖口的要冲，不仅是进攻汉口的重要基地，而且是将来实施鄱阳湖作战的主要基地，所以日海军“中国方面舰队”早在8月3日就已下令进攻星子。8月5日开始强行测量航道和扫雷。经过陆、海协同及疏通航道后，8月20日第101师团的第101旅团（欠1个联队）由海会出发，海军舰艇由鞋山出发，分别从陆上、水上向星子攻击前进，在海军航空兵的支援下，突破了守军第25军第52师的防线，第101旅团于当日傍晚迫近至星子郊区，海军陆战队也同时登陆。又经过一夜的激战，守军于21日西撤，日军占领了星子。
（四） 九江以西瑞昌战斗
九江失陷后，瑞昌成为阻敌西进的重要关隘。第九战区各部队的任务是固守现阵地，掩护主力开进，准备与敌在德安、瑞昌决战。战区命令第3集团军固守瑞昌及附近。第3集团军总司令孙桐萱遵照战区指示，以第12军的第22师守备膏梁铺、茨花山、天子山、陈家山、牯牛岭迄赤湖西南岸之线，并于丁家山、望夫山、平顶山之线设置前进阵地，以第81师沿江配置于大树下、朱庄、火龙山、马阳山地区，第20师位于太仆山、牛皮陈之线，构筑预备阵地。第3集团军复破坏青龙寺以东江堤，引水入湖，造成泛滥，以加强防御。此时，第32军团关麟徵部正向阳新集结。
1938年8月9日，日军多次将舰艇驶至徐家湾附近扫雷，日机亦屡向守军轰炸。第九战区除命第3集团军加强前进阵地的守备外，又命第32军团抽调第92军并附第2师由阳新东进增援。
8月10日，日波田支队乘舰艇多艘由青龙寺决口处驶入官湖，攻占港口。当晚陆续增兵，又攻占望夫山、平顶山阵地。这一段战斗颇为激烈，阵地反复争夺，双方死伤均甚重。13日，第2兵团总司令张发奎调整部署，令第3集团军的第22师固守马家垅、蜈蚣山现有阵地，第81师守备倪湾镇以东现有阵地，第20师守备天子山、陈家山、牯牛岭及预备阵地。令增援部队第92军附第2师作如下部署：第95师守备城门湖亘杨柳湖西南岸；第21师、第2师在瑞昌西北方高地构筑预备阵地，形成三线纵深防御，准备持久抵抗。另令炮兵第1群在通江岭以西地域占领阵地，阻止敌舰艇西进。
8月15日，波田支队一部400余人在大树下登陆，守军退守朱庄，形成对峙。此后全线战争仅局部争夺和火力交锋，较为平稳。但中国空军连日出动，轰炸湖口、九江一带日舰，沉、伤其多艘，并击落日机7架。中国空军亦被毁飞机1架、伤4架，人员伤亡10余人。
8月21日拂晓起，日军第9师团由于第6旅团增援而发动全线进攻。第22师当面的日军约3000人，在优势炮火及�