类的思维方式，是一盏历史上的思想明灯。
前面提到，中国传统教育界几乎清一色文人学者，而没有很多人经历过科学训练和思想洗礼。他们在思想上受到中国传统意识的深刻影响。所以，他们创办的中国大学传统与西方现代大学在学术研究的理念上也存在很多差别。中国的大学在传统上更加强调“知识” 以及对知识的理解。上世纪50年代，中国社会十分推崇“知识就是力量” 这句培根的名言。在这种口号下，大学教育鼓励，推崇单方向的求知，学习，演算，和熟练的技巧。但是现代大学，尤其现代研究型大学更为重视思考，想象，和创造。而创造的前提一定是“提问” 和“质疑。” 因此，西方大学在教学上的一个核心理念就是如何启发学生们“提出问题。” 芝加哥大学认为，大学应该培育学生“提出最难回答的问题” 的能力。老师和学生将一起寻找问题的答案。因为，对于很多问题，老师并没有解答。所以大学并不仅仅是教学已知，而且是探索未知的地方。
研究型大学最为重要的价值之一在于对知识的贡献。而产生新知识的学术行为就是一种创造活动。学术成果里必须含有许多丰富的，原创的，有意义的，有价值的知识。这成为对所有学术活动的唯一判据。博士论文定义为：“Significant contribution to knowledge。” 换句话说，如果一个论文没有对知识的重要贡献是不能通过的。
现代科学传统
笛卡尔的挑战是历史性的，他的质疑是前所未有的，他的认知哲学是现代科学的奠基。从此，人类在思维上走上不归之路。就在笛卡尔之后仅仅几十年，就出现了现代物理的鼻祖伽利略。在伽利略之后又出现了牛顿和达尔文。至此，西方世界的科学研究一发而不可收拾。更为重要的是，由于笛卡尔的思想，动摇了教会的权威；由于伽利略的工作，导致了现代科学的诞生。
我们知道，现代科学是在近代诞生的。现代科学研究的一个主要标志是科学学会的诞生。1660年英国首次成立了伦敦皇家学会 （Royal Society of London） 。不久，法国巴黎组建了巴黎科学院 （Paris academy of Sciences） 。之后，类似的学术团体如雨后春笋，相继在欧洲各地建立起来。这种学术团体的形成标志着现代学术研究的开始。而在此之前，许多探索工作都是个体，独立的，方法不规范的。因此，以学术单位为基地，以科学学会为活动范围，从事研究工作是现代科学的一个十分基本的，重要的特征。今天的学术活动必须依附学术研究单位。而完全个体的学术研究很难得到承认。
现代科学的核心就是基于科学的理念，通过统一，规范，系统，严谨的方法研究自然与社会。正是因为科学学会的建立，才有可能建立统一的，规范的，系统的，科学的研究方法。这种现代科学的方式根本性的区别于世界上所有其它的认知方法和途径。比如神学的，预言的，玄学的，易经的，感应的，等等。任何科学知识的获取必须通过严格的科学方法。其它方法得到的知识，即便是可行的，有用的也不属于科学的范畴，而不被科学界接受。
现代大学的另外一个特征就是仅仅以科学方法研究世界，包括自然和社会。世界上存在许多思想，理念，方法，但是对于现代大学，只有一种理念和方法：科学。大学所探寻的仅仅是科学真理；大学所创造的也仅仅是科学知识。大学的研究者们必须归属当代科学学会，参加学术会议，并且在学术界认可的学术杂志发表论文。除此之外，没有任何其它可能的方式。这种以科学的思维区别与社会上其它任何团体的特征是现代大学至高无上的标志。大学的学者们无论来自何种文化，宗教和信仰，都必需在校园从事科学活动，而不能把非科学的东西带入课堂。对于中国传统社会的理念和方法，比如感应术，算命，玄学，预言，都必须杜绝于校园之外。但是，完全可以用科学的方法研究这些社会现象和宗教历史。比如美国大学设立神学，历史，宗教等方面的学术研究。这与信仰完全是两回事。
思想启蒙运动传统
近代中国与西欧在历史进程上另一个本质的区别，就是自文艺复兴之后最为重要的思想变革：思想启蒙运动 ＇6＇。笛卡尔的哲学思想历史性地动摇了社会思维和教会统治。伴随现代科学的诞生，宗教社会开始分化而形成了所谓的“世俗社会。” 当笛卡尔第一个向权威吹响了挑战的号角之后，许多学者开始从认知上提出新的思维模型。其中包括法国人伏尔泰，苏格兰人休谟，德国人康德，尼采。这些思想家从哲学的角度出发，以学术的方式，深刻地批判教会。这些学者大多谙熟数学，因而懂得假设，逻辑，推理，结论等学术方法。他们以科学为武器，非常雄辩地指出宗教的荒唐，神学的非理性，教会的愚昧，以及圣经对人类思想的禁固和腐蚀。他们以自己独特的幽默；讥讽教会和迷信。我们来看看他们的名言：
伏尔泰：
Theological religion is the source of all imaginable follies and disorders； it is the mother of fanaticism and civil discord； it is the enemy of mankind。 （ tecn ）
Christianity is the most ridiculous； the most absurd and bloody religion that has ever infected the world。 （ tecn ）
The truths of religion are never so well understood as by those who have lost the power of reasoning。 （ tecn ）
Doubt is not a pleasant condition； but certainty is a ridiculous one。
休谟：
Is God willing to prevent evil； but not able？ Then is he important。 Is he able； but not willing？ Then is he malevolent。 Is he both able and willing？ Whence then is evil？ （ tecn ）
Generally speaking； the errors in religion are dangerous； those in philosophy only ridiculous。
尼采：
Do not let yourself be deceived： great intellects are skeptical。
God is a thought … it makes all the straight crooked； and all that stand reel。
“Faith” means the will to avoid knowing what is true。
西方启蒙思想家的特点是：他们都具备良好的学术训练和修养；不仅掌握语言，修辞，历史，和艺术的丰富知识，而且有深厚的数学和逻辑功底。他们的学术行为具有理性，逻辑，推理，分析，证据等科学研究的内涵和特点。因此，他们的批判非常致命。他们在分析和批判的基础上建立了独立的思想体系。值得指出的是，启蒙思想家的工作具有极强的学术性。所以，他们的思想被世界学术界接受，成为经典知识。比如，尼采的存在主义成为影响人类当代思维的哲学基础之一。
思想启蒙运动的伟大不仅仅在于挑战教会，而在于提出了革命性的思维理念。从而在根本上导致人类在思想上的进步。人们从教会走出来，形成了所谓的“世俗社会。” 而启蒙思想家便成为世俗社会的领路人。这种思想革命直接影响了大学的理念。于是，十九世纪的大学同时发生了根本性的变革。大学教育开始摆脱教会的控制和基督教育而转型为普通高等教育。许多大学，包括美国哈佛大学开始增加非宗教人文课程与科学课程。在办学理念上，也从培养神职人员转向普通人文教育（Liberal Arts Education） 。而这种转型的理论依据，就是纽曼模型。十九世纪下叶，由于洪堡柏林大学的建立，西方大学纷纷效仿，从而导致十九世纪末期的“美国大学运动。” 美国南加州大学，Johns Hopkins 大学派人到德国学习柏林大学的“研究型大学” 模式。很快，世界研究型大学如雨后春笋，在20世纪遍布西方各国。
由于思想启蒙运动，西方世界不仅产生了世俗社会，更为重要的是在十九世纪末期形成了“知识分子” 的群体。而大学为培养知识分子提供了教育的基础和活动的场所。知识分子的出现，给大学教育赋予了更有价值的目的和内容。
学术独立的传统
我们知道，西方大学渊源于教会大学。大学的教学与学术完全被教会控制。如果教会与政府是合为一体的，那么大学也受到政府的制约。在这样的环境下，学术是不可能独立的。虽然今天的西方大学摆脱了宗教和政府的控制，但是由于经费的要求，又必须依赖于政府和工业界的资助，从而产生了由政府和工业界导向的大学研究。但是工业界与大学在理念上格格不入。因此，过多的介入工业研发，会侵蚀大学的本质。另外，由于当今世界媒体的发达，社会思潮不断进入校园，使得大学的原本理念发生变异。比如，商业理念，市场意识，职业竞争，等等，都与大学发生根本性的冲突。 （ tecn ）
所以，即便是今天的现代大学，也都从不同的程度发展了纽曼和洪堡堡模型，而建立了各自在21世纪的新理念。比如，有的大学强调教育市场，而把管理机制与招生就业紧密联系起来，从而获得竞争力。还有些教育界人士认为，二十一世纪的大学必须运用企业的运作机制。比如经济核算，工作量评估等等。但是在高等教育的理念上并没有本质的变化。在众多的大学中，芝加哥大学是少数保持“原本大学模型”的著名大学之一。但是无论世界如何变化，西方大学都在尽力保持大学的独立和学术的独立，因为这是高等教育的命脉和认同。如果校园等同于社会和企业，大学就会失去自己的意义和生命。
普通教育的传统
中世纪的神学就是人类探索宇宙的全部学问。这种学问，由教会的学者通过自己的学术活动获得，并通过教会认可，接受，建立，从而具有绝对的权威性，是任何人都无法质疑的。这种知识再通过神父与牧师传授人间。这种循环规则便奠定了学术的两个重要方面：学术研究与神学教育，即古典大学的两大重要活动。需要指出的是，中世纪的社会，每一个人都是基督教徒。因为教堂就是传授神学知识的地方，所以这种教育十分普遍。由此，大学的学术活动与社会普及教育关系非常紧密。
这一点与中国的传统有关键的不同。中国的“大学，” 比如岳麓书院，是人数极少，远离社会，学者和学生独立活动的地方。在古代中国的教育传统中，尤其在对应于中世纪的时代 （岳麓书院时期在西方是中世纪） ，根本没有普通教育的概念。正好相反，统治者甚至刻意的把知识控制在极为少数人手中。有学者指出，南宋时期，中国统治者甚至雇用专职人员，刻意地制定十分繁复的文字，使得普及教育更为困难，以便更好的统治。所以，普通大学教育的意识在西方世界已经十分久远。而中国即便在今天，仍然推崇“精英教育。”
大学的目的是为社会培养优秀公民。其次才是训练工程技术人员的职业性目的。现代大学，尤其公立大学是建立于民众税收基础上的。这是现代文明社会的基础。这种普通教育的理念不是凭�