论开始激烈起来。资产阶级的批评家一般都把卢梭和百科全书派的决裂说成是由于个人的原因。他们认为卢梭的多疑、敏感和自寻烦恼的怪癖，狄德罗的疏忽，格里姆的阴险都是造成决裂的原因。这些无关紧要的原因，很可能反而掩盖了存在于双方思想意识本身中的更深的原因。但是批评家的职责正在于抛开一切流言，一直追溯到冲突的根源。因为这本来是阶级的冲突。百科全书派中的前进派（狄德罗，霍尔巴赫）同中间派（伏尔泰）一样，都是发展资产阶级的进步纲领的，而卢梭则代表民主大众的利益。民主大众虽更富有革命性，却没有积极的经济纲领，所以只好逃避在乌托邦内。
1758年，卢梭和艾比奈夫人决裂以后，便定居于蒙莫朗西，住在蒙·路易的一座小房子里。这是他一生中写作最多的时期。他首先发表了“致达兰贝尔论演剧的信”。这封信终于使卢梭与百科全书派完全决裂了。在信中，卢梭并没有反对一般的艺术，也并没有不加分辨地反对各种类型的戏剧。卢梭曾一再表明：他深信在一种不再是基于社会不平等而建立起来的制度下，艺术在道德方面是会起良好作用的。艺术应该有它伦理的和政治的内容。卢梭之所以反对古典戏剧，是因为他认为那是一种贵族艺术。他这种看法虽然不正确，但为了给人民艺术开辟道路，这种看法在当时也是必要的。“致达兰贝尔的信”的末段提出了关于人民和公民的节日的方案。这个方案后来在大革命时期被采用了。由大卫下令规定的重大的革命节日，在卢梭的著作中，是可以找得出理论根据的。
1761年利1762年，卢梭先后发表了三部最重要的著作：“新哀洛伊丝”、“社会契约论”和“爱弥尔”。这三部著作都具有教育意义。在此以前，卢梭只揭露了在以财产不平等为基础的社会中，他的同时代的人所以堕落的原因。现在他则指给他同时代的人一个新人的形象。“社会契约论”提出了一个民主的、平等的社会原则。那种社会里的人可以说都是由道德激励着的公民，换句话说，都是一些爱国者。
“新哀洛伊丝”一书，针对着贵族的腐化堕落，提出了一种合乎资产阶级理想的家庭道德；针对着色情和荒淫，提出了一种更健康的情感生活。
但是并不只此，处在当时那个时代的卢梭，认为要建设一个更好的社会，必须改造个人，所以他在“爱弥尔”一书中提出了一个合乎自然法的教育计划。
三部著作相互关联，好象都属于一个整个的伟大的计划。
但是卢梭思想的固有矛盾，以及他所代表的阶级的固有矛盾，在这三部著作里，随处都可以发现。只须一个比较详细的分析就可以把那些矛盾揭示出来。不过在这一简短的评述中，我们只想指出这三部著作每一部在历史上的重要性而已。
“社会契约论”是一部关于政治法的论著，内容非常抽象，读起来也比较枯燥，但这是一部宣布人民主权原则的、最深刻最成熟的著作。为了确保自己的自由，每个公民把自己置于代表公共意志的至高无上的主权支配之下，公共意志所体现的就是人民的意志。卢梭并把主权者，换句话说，就是把公共意志，和负责执行法律的政府区别开来。这里就出现了难题，因为卢梭停留在资产阶级的思想范畴，没有考虑到消灭私有制的问题。社会上既然有富人和穷人，那么如何防止富人攫取政权，强奸公共意志呢？这是资产阶级思想所不能解决的问题，卢梭只好用一些空想来摆脱这些难题。他赞赏财产的平等，赞赏能以阻止工商业发展的那些取缔奢侈的法律。他预感到这些方法是无济于事的，结果他只有求助于建立一种国教，来巩固国家的组织。
对于雅各宾革命党人，没有比这本书影响再大的了。在他们看来，这是一本革命道德，国民精神，总而言之，爱国主义的手册。再没有比卢梭的思想与世界主义更相径庭的了。正是在“社会契约论”里，人们可以最明显地看出，在1789年前，爱国主义和共和精神是密不可分的。
另一方面，根据卢梭的主张，既然所有公民已经把他们的一切权利都交与了最高权力者，则为了保障自由，最高权力者应当具有无限的权力。这种主张给雅各宾党人提供了实行革命恐怖的理论根据。
最后，“社会契约论”里的国民宗教论，曾启发罗伯斯庇尔树立了对最高主宰的信仰。
论儿童教育的专著“爱弥尔”，曾起过进步的作用，特别是人们如果把卢梭的思想和当时在学校里实施的那种教育加以比较的话，它的进步意义就更为明显。那些学校大部分都在耶稣会教士们手里，直到1762年他们被驱逐时为止。卢梭依照文艺复兴时代那些伟大的人文主义者的榜样，要求无论在生理上和精神上，人的全面发展。卢梭主张实行实物教育，尽可能地用对事物的直接观察来代替书本知识，在这种教育中，科学应当起主要作用，理论应当与实践相结合。爱弥尔所以学习一种手艺，是因为“我们已面临危机而革命的时代即将到来”，任何社会地位都难免要发生动摇。这种见童教育是以这样的原则为基础的：应该发展儿童的个性，尊重自然给予儿童的善良的禀赋，使他远离一切成见，远离一切不是以理性为基础的传统；总之，应该把他培养成一个能够独立判断的人。这在大革命的前夕是很重要的。
但是也许就是在“爱弥尔”一书中，卢梭思想上的矛盾和他的喜好空想的性格，表现得最为明显。首先卢梭对于儿童教育在培养新人方面应有的作用的看法是乌托邦式的。因为由谁来培养新人呢？为使儿童教育具有一种革命意义，首先应该教育那些教育者。由此我们可以看出十八世纪哲学家们的唯心主义，他们以为思想支配世界，因而认为要改造社会，必须改造个人。
另一方面，卢梭所想培养的是什么样的人呢？是自然人呢？还是“社会契约论”中的公民呢？
“从造物者手中出来时，一切都是好的，到了人的手里，一切都变质了”，这是“爱弥尔”一书开头的两句话。但是以后卢梭很快又肯定：“优良的社会制度是最善于改变人的本性的那种制度”。在这里，我们认为卢梭是徘徊于两者之间的，即：徘徊于资产阶级的爱国主义与资产阶级的个人主义之间，前者在雅各宾党人的英勇的乌托邦主义中曾找到过最出色的表现，后者，则是为了发展以竞争为基础的资本主义所必需的。我们可以说，在这里卢梭深刻地表达了资产阶级的基本倾向，这些矛盾的倾向是卢梭所不能超越的，因为要超越这些矛盾，只有近代的无产阶级才有可能。实际上，应当成为公民的爱弥尔，是与一切社会生活完全隔绝，在孤独中成长起来，至少在他十五岁以前是那样的。
这种反社会的倾向，后来竟被反动思想家所利用。现在资产阶级仍然特别注意使儿童在不知社会生活的情形下来受教育。另一方面，卢梭为了想使爱弥尔不受一切成见的影响，竟不让他知道人类的文化，而人类文化，乃是人们生活经验的果实。爱弥尔直到十二岁都没接触过书本，而且只是从那时起人们才开始启发他的智慧。从各方面看，卢梭可以算得是儿童教育家的鼻祖，不过使用的所谓新方法，实际上是表明了资产阶级文化的倒退。
因此，这部内容复杂的作品发生了双重的影响。它启发了雅各宾党的进步的教育计划，例如雷伯乐季耶·德·圣·法尔果和圣·鞠斯特的教育计划，但也助长了十九世纪以及今日某些儿童教育家的反动理论。
至于卢梭在“爱弥尔”一书中所写的著名的“撒瓦雅副主教发愿词”则应另当别论。在那篇发愿词中，卢梭陈述了他所主张的宗教原则。他相信灵魂不灭，相信天上有一个赏善罚恶的上帝。他所看到的自然界的奇迹和他的良知的直觉，使他确信上帝的存在，这种直觉即所谓“神赋的本能”。因此卢梭可以说是自然神论者。表面上他是和伏尔泰接近的，因为伏尔泰也是自然神论者。卢梭和伏尔泰完全一样，否认出于这一教会或那一教会的一切神圣启示、教仪和信条。他所理想的宗教和伏尔泰所理想的一样，很可以不用教士。我们不应当忽略卢梭和其他哲学家一样，是向教会作斗争的，因为教会是封建制度的主要堡垒。
实际上，卢梭创立自然神论的愿望是和伏尔泰的愿望完全不相同的。伏尔泰不接受唯物主义，至少他没有正式承认过唯物主义，因为他需要在人世之外有一个监视人民的神，使人民服从，并保护私有财产。相反地，卢梭则需要一个神作人民的安慰者，在人世之外，替被压迫的人复仇，惩治恶人，也就是说惩治富人。
“若真没有神的存在，当今有权势的人们、富人们、幸福者们一定是很高兴的。但是对来世生活的期待，却可以安慰人民和受苦者的现世生活。”
为了判断“发愿词”在历史上所起的作用，不应仅以研究其中简单的信条为满足。我们可以断言，卢梭因为保持了一种宗教信仰，所以更容易和他那一时代的小资产阶级和人民相接近，因为对于他们来说，天主教仍然是有一种强有力的影响的。恩格斯曾经指出，在法国，唯物主义起源于贵族；百科全书派始终是和人民有距离的。此外，卢梭还和宗教进行了妥协，因而移转了斗争的重心。这已不是理性对宗教的斗争，而是人民——农民、小资产阶级，无论他们是否信仰宗教——反对贵族和富人的斗争了。我们可以说在“发愿词”里，已经蕴含有罗伯斯庇尔政策的思想。罗伯斯庇尔深刻地了解：如果一方面要消灭人民群众的宗教成见，而同时要把他们团结起来反对贵族，那是不可能的。在那个时候，吉隆特党人一般都是无神论者，也是百科全书派的拥护者（例如孔多塞），他们都背叛了大革命。
在这具有决定意义的时刻，卢梭的自然神论起了有益的作用。
尽管如此，在哲学思想史上，如果拿“发愿词”和百科全书派的唯物主义相比的话，不能不说前者标志着一种退步。卢梭竟乞灵于宗教上的蒙昧主义，由于他断言他的良知，先于一切理性，向他启示了神的存在，因此卢梭便为信仰主义敞开了大门。反动派没有放过利用这一事实的机会。“爱弥尔”刚一出版，勒夫朗·德·彭比年主教就祝贺卢梭创立了一个介于基督教与哲学家之间的第三派。所以马克思主义的大师们认为他们受狄德罗和百科全书派的影响大于卢梭的影响，那是不无理由的。
在今天，我们很难想象“新哀洛伊丝”一书，在过去许多世代中所产生的影响，因为象那种伤感的笔调现在已经没有那么大的动人力量了。这部通信体裁的长篇小说标志着小说史上的一个转折点。同时由于“新哀洛伊丝”一书所提问题的多样性，我们几乎可以说它是一部卢梭主义的百科全书。
在卢梭以前，小说只是供人消遣的言情文学所惯用的体裁，“新哀洛伊丝”一书给予这种贵族式的文风一个决定性的打击，因而使小说向现实主义道路迈进。在卢梭以前，并非没有伟大的现实主义小说家，例如勒萨日、马利沃、普勒弗斯特都