征可分为六个阶段：第一阶段延续了一百天；这个时期最重要的军事行动是谢迪曼会战，其结果是占领了贝尼—苏夫省和法尤姆省。第二个阶段用了12月和1月共五十天；萨乌阿卡战斗和塔赫塔战斗是这段时期中仅有的两次战争。在此期间，占领了米尼亚、亚西乌特和吉尔加等省。第三阶段延续了三十天（1799年1月和2月）；这个阶段的最重要事件是萨姆胡德之战，马木留克兵被逐出尼罗河流域，失去了一切，逃到巴尔巴尔省的绿洲（在埃及边界以外和菲万达沙漠中）寻找避难所。这时三色旗已飘扬在全埃及上空了。第四个阶段包括1799年2月和3月的四十天；穆腊德别伊、厄耳菲别伊、哈桑别伊、拍波的哈桑等乘法军进军叙利亚之际回到尼罗河流域，向开罗前进，企图在那儿联合起来，一下子夺回上下埃及。他们在这次进军中遭到了失败，可是他们最重要的军事行动是消灭了上埃及法国分舰队的一部分船只和科普托斯之战。在第五阶段，拍波的舍利弗部蹂躏了亚西乌特和吉尔加两省，并迫害了当地的居民。第六阶段包括5月和6月；上埃及完全被征服了，穆腊德别伊和厄耳菲别伊带着一支小部队流窜到沙漠中。贝尼—阿定之战使这个美丽的村庄毁灭了。别亚尔将军占领了科瑟腊。远征叙利亚的军队返回开罗。全埃及——上埃及和下埃及——完全平静了。
拿破仑关于进行这次远征所给予德塞将军的训令内容可以归纳于下：进攻穆腊德别伊，把他击溃；在打败他以后，跟踪追击，把他赶出埃及边界和赶到绿洲里去。按照部队向前推进的情况，在清真寺的一些能控制尼罗河的极重要的据点加强工事，以保证航运。如果象预料的那样，在胜利进军之后发生了地方性的叛乱，他就进行镇压。进行这些战争的最终目的是要保证使这个国家真正屈服。可是为了达到这一目的，首先必需占领整个尼罗河流域。一个拥有一千二百名骑兵（马匹已得到补充）和一千五百名参兵（原属留在开罗的第三营）的师团，以及造船工程师为这次出征制造的八艘帆船，准备很快去支援他，并作为他的后备补充。
二、30日，德塞抵达贝尼—苏夫。马木留克兵对他没有作任何抵抗。马木留克人在法尤姆集中了一万八千名步兵和骑兵，还有一支由一百八十艘船只（其中有十二艘装了大炮）组成的舰队。舰队停泊在约瑟夫运河上。德塞本来可以从贝尼—苏夫向右边四法里远的法尤姆前进，去和穆腊德别伊作战。但他决定继续向尼罗河上游前进，到达约瑟夫运河的起点达鲁特—阿耳—舍利佛市镇，去截住敌人的舰队，把它封锁在运河里。如果穆腊德别伊的舰队和陆军不能抢先占据亚西乌特，以避免全军覆没的活，那么，法军将沿运河向下游推进，用陆军和分舰队的力量胜利地拿下法尤姆并缴获别伊们装在船上的所有珍宝。这将是对敌人的一个决定性的打击。在这种情况下，法尤姆无疑会落入法军手里，而不能延缓法军的前进。为了执行这个计划，德塞继续溯尼罗河而上，于9月4日抵达阿布—吉加。穆腊德别伊看出了他的敌人的意图以后，便命令舰队沿约瑟夫运河而上，在达鲁特—阿耳—舍利佛附近进入尼罗河。接着在亚西乌特的对面抛锚。他本人和他的军队仍旧留在法尤姆省，没有转移。他控制着约瑟夫运河的左岸，把右翼布置在运河沿岸，这样来和亚西乌特建立联系。在他的后面有一个小绿洲。5日晚上，德塞在阿布—吉加获得了关于敌舰队行动的消息。6日黎明，他率领第二十一轻步兵团的一个营朝右翼出发，走了八法里多路。他抵达巴汉萨，截断了约瑟夫运河的交通，可是已经太迟了。敌人的舰队已经通过了这个据点。只有十二艘装辎重车的船没有通过，经过一些对射之后，就把它们掳获了。这些帆船中有一艘船上有七门大炮。7日他回到阿布—吉加，在那里住了几天。他自信既然穆腊德别伊撤走了他的舰队，那末他自己一定会越过沙漠到上埃及去。他决定继续向尼罗河上游进军。他不停地向亚西乌特前进，于9月14日到达那里。当他到达时，敌人的舰队为了避免冲突，继续沿尼罗河驶往吉尔加。穆腊德别伊高枕无忧地留在法尤姆省。可是当他看到法军就在他前面六十法里的时候，便截断了法军与开罗的交通线，煽起米尼亚和亚西乌特两省叛乱，使德塞处于很危急的境地。德塞不能在敌人的侧翼迂回行动，因为他们通过沙漠和上埃及保持着交通联系，而且他们的后面还有绿洲作依靠。在这样的情况下怎么办呢？坚持实现自己的计划吗？这就等于孤注一掷。最明智的办法是退却，不上敌人的当。他正是这样做了。他向达鲁特—阿耳—舍利佛撤退，顺着约瑟夫运河而下，退到法尤姆。而敌人的舰队也顺着运河而下，到达达鲁特—阿耳—舍利佛和阿布—吉加。最后不知不觉地出现在贝尼—苏夫的对面。这整个省区以胜利的欢呼来迎接它。既然法国人退却了，那就意味着他们已被击溃了！当时法军也确实遇到极大的困难。船只每行一步都遇着浅滩。他们克服了所有这些障碍。10月3日，他们抵达法尤姆入口附近的阿耳—拉胡恩镇，占领了横跨运河的石桥。这就使他们能够在运河两岸相机行动。经过两个月的疲劳行军，他们共走了二百法里，可是什么也没有得到。
德塞由于经过多次小战斗、行军和撤退而失去了耐性，他干脆向有着同样心情的穆腊德别伊奔去。两军相遇了。马木留克人的军队散布在沙漠中谢迪曼村的所有高地上，离约瑟夫运河一法里远。敌军共计有二千名马木留克兵（其中包括可怕的骑兵）、八千名阿拉伯骑兵和八千名阿拉伯步兵，还有四门大炮。法军有步兵三千四百人、骑兵六百人，总共是四千五百人，大炮八门。德塞把自己的步兵和骑兵排成一个方阵。他利用一个由三个狙击兵连组成的小方阵去进行侦察。炮战开始了。狙击兵组成的小方阵由于不慎和主力离远了。穆腊德别伊正确地估计了情形以后，就向它展开进攻。指挥小方阵的勇敢的瓦列特大尉命令兵士们和敌人硬拼。他们沉着地执行了这个轻率的命令。结果四十名最勇敢的马木留克兵死于刺刀之下，但敌人的战马都飞快地跑掉了。小方阵被突破了，一些兵士被歼灭了。如果大方阵不来援助他们的话，他们会全部牺牲的。霰弹和枪弹阻止了马木留克兵的进攻，迫使他们退到大炮射程之外的地方。然而由敌人步兵支援的炮兵向前推进了，并占领了对法军很危险的射击阵地。为了解除大炮的威胁，法军直接向大炮扑去。阿拉伯步兵经过猛烈而短暂的交火之后，支持不住了，于是他们的大炮被法军夺了过来。惊惶不安的穆腊德别伊企图用骑兵冲锋来夺回大炮，但是骑兵被击退了，而阿拉伯人也逃往沙漠里去了。法军赢得了战争的胜利，但德塞的损失是相当巨大的：死亡、负伤和被俘的达四百人，即占法军人数的十分之一。马木留克人损失了五百名精兵，其中包括三个别伊和一些基阿希夫。阿拉伯人的损失和马木留克的相等。阿拉伯的贝都英人不愿再打了，他们把穆腊德别伊抛弃了。后者把自己的军队集结于盖拉克湖对岸。如果法军再追击他，他就打算退到小绿洲去。德塞待在谢迪曼村，在那里掳获了敌人的一部分辎重车。第二天，他撤回法尤姆。过了几天，这一省的居民都屈服了。穆腊德别伊大失所望。当他进攻小方阵得手时，他以为他又是天之骄子了。那知竟是梦想！狡猾不再管用了。
整个10月份，德塞忙于组织法尤姆的行政管理工作。他派遣大量船只装着黑麦、蔬菜和饲料运往开罗，而从开罗领回弹药和军服等物品。他的部队里有很多患眼炎的病人。他把他们全部送到伊勃腊吉姆别伊的医院①诊治。他的各团队都从后备队里补充了相应数量的健壮兵士。但是他没有去追击马木留克兵，给了他们以喘息的机会。德塞的军队在消除了原先的不安情绪之后，便开到了约瑟夫运河畔的巴汉萨，而停泊在阿布—吉加的分舰队则从左边掩护他们。这样一来，他们成了从贝尼—苏夫起的整个上埃及和巴汉萨起的整个约瑟夫运河的主人。德塞的左翼占据着贝尼—苏夫，右翼占据着法尤姆。
①即设在伊勃腊吉姆别伊以前的官邸里的医院。——俄文版编者
10月底，上埃及谣言纷纷，说土耳其已对法国宣战，德热札尔司令正向开罗挺进，这个大城市已发生暴动，所有法国人都被消灭了。于是人心开始浮动起来了。善于利用一切机会的穆腊德别伊派了若干马木留克兵到各个据点去，在法尤姆大部分地方同时掀起了暴动。这样，德塞又从本省首府出发，向竖起暴动大旗的各个村庄进军。他的进军路线正和暴动者的路线相交叉。暴动者预先商量好从各据点出发，一齐到米尼亚会合。11月8日，他们占领了米尼亚城郊的一些房屋。城里有一支由三百名法国人组成的卫戍部队，此外还有一百五十名病员。贺朴列尔上校是该城的卫戍司令。罗本将军也在医院里养病。东方军队中的病员有把枪放在床边的习惯。这时候，他们大多数人患眼炎，并且多少有点疏于医治；但他们还是能够作战的。敌人占领该城时，没有遇到顽强的抵抗。他们醉心于掠夺财物和在满城乱窜。罗本将军利用他们这个弱点，首先把所有住在医院里的兵士集合起来，然后以两路纵队向敌人猛攻，消灭了他们二、三百人。其余的敌人吓得魂不附体，连忙逃命。居民们为了报仇，都来参加法军。当德塞发觉他的路线与暴动者的路线相交叉的时候，他就拐过弯来，连夜跟踪追击。他非常担心米尼亚的医院。第二天黎明时，他抵达米尼亚城，才知道卫戍部队和病员的可贵行动和他们所取得的胜利。
但是，总司令不满意这种慢吞吞的军事行动。他写信给德塞说：“您离开开罗已经三个月了，真没想到您还是待在法尤姆。”德塞的骑兵不够，因此，象谢迪曼战役那样的战争只能给他如下两种结果：战争失败时就全军覆灭，战争胜利时不能乘胜扩大战果。增援的一千二百名骑兵终于编成了，他们带了一个轻炮兵连和六艘装备完善、船舷保护得很好的兵舰，由开罗出发了。统率这支军队的达乌将军是一个优秀的军官，后来升为元帅和厄克缪耳公爵。在这些兵舰中有一艘叫《意大利》号，它上面有几间客厅，客厅里的家具都覆盖着里昂绸子，因为这些客厅预定是供大本营用的。
三、德塞在援军到达之后，沿着约瑟夫运河右岸的陆路前进。这时，约瑟夫运河就象塞纳河上一些最优美的地方一样。两岸的土地长满庄稼，豌豆和大豆已结荚，橙子树正开着茂盛的花。运河和尼罗河之间的地方是最美丽的。那里村庄很多，一眼就可以看到三、四十个。穆腊德别伊竭力避免一切冲突，一开始就退往亚西乌特；但法军坚决追击他。他们于12月20日抵达米尼亚。这个城市位于尼罗河左岸，是一个巨大而又十分美丽的城市。法军在那里夺取了四艘搁浅的船舰，其中一艘上面装了一门发射十二磅炮弹的臼炮和十五门铁炮。第二天，�