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开罗的显贵有着和拿破仑同样的兴趣。他们高兴地注视着这场军事行动——这场军事行动应当把战场从他们的家园远远地移开，把它移到叙利亚去。他们愉快地希望看到埃及、叙利亚和阿拉伯都由一个君主管辖。他们指派一个由五个最有教养的舍伊赫组成的代表团到各清真寺去宣传，使伊斯兰教徒对军队抱好感，在法国人面前保护伊斯兰教徒的利益并鼓舞阿拉伯人的爱国主义精神。这个代表团拥有整个东方最尊敬的人。这个大舍伊赫代表团的出发在全埃及居民中产生了极强烈的影响。本地人对法国人的成就感到高兴。受到这些精辟的议论的启发，他们的智慧被一些新的、他们以前完全陌生的思想开通了。
军事建筑工程处长修西病了，他的伤口还没有长好，他希望回法国去。他离开了部队，同二百名伤员（瞎眼的或切断手足的）一起在亚力山大港登上了一号大运输舰。航程开始还顺利，但后来因船上的储水用尽，就在西西里岛靠岸取水并采办新鲜食物。凶狠的岛上居民袭击了该船，杀死了修西和一些身经百战、出生入死的不幸的兵士。这些犯下如此可怕罪行的凶手却未受到惩处。据说，他们还因此受到了褒奖！
征叙军队总共需要三千头骆驼和三千头驴以运载粮食、饮水和辎重。分开来说，即需要一千头骆驼来驼载一万四千人两个星期所需要的粮食，并运载骑兵、总司令部和炮兵所乘马匹所需的两个星期的饲料，还需要二千头骆驼来驼运三天的饮水，其所以只带三天饮水，是因为到了卡提亚和阿耳－阿里什就可以补充饮水。三千头驴子是按每十名步兵一头驴子的比例分配的，这样就可使每名步兵随身携带15磅行李。
三、12月20日，德热札尔部下一位将军（阿勃达拉赫）率领一千二百名军队在加沙扎营。1799年1月2日，他以四千名队伍占领了阿耳－阿里什。列尼叶将军从1月初起就在卡提亚要塞上配备了卫戍部队。1月23日，他把司令部迁到萨利希亚；2月5日，又把它迁到卡提亚；6日他从那里出发，8日到达马苏迪亚水井，引起阿耳－阿里什兵营的惊慌不安。伊勃腊吉姆别伊的一名马木留克通信兵被我军俘掳了。他供述了一些非常夸大的情报。提心吊胆的列尼叶将军立即派遣信使骑单峰骆驼赶到总司令处，向总司令报告他将会陷入的危险情况。
早晨八点钟，列尼叶在离阿耳－阿里什大炮射程远的地方设置了阵地。土耳其兵占领了阿耳－阿里什炮台和村前阵地。村中房屋都是用石头建筑的。敌人在炮台大炮掩护下，在村内建立了防寨。他们刚一判明法军骑兵人数不多，就命令自己的骑兵猛扑法军的侧翼和后方。土耳其兵防守着所有的水井和棕榈林。法军的兵营设置在一座小砂丘上，那里无水，无荫蔽也无饲料和木柴。土耳其人时刻盼望阿勃达拉赫率领其余的部队和十二门大炮从加沙赶来。这十二门大炮预定是作武装炮台用的，因为炮台里现在仅有三门大炮。敌人的阵地是很坚固的。列尼叶也懂得这一点，但在环境的压力下，他下令进攻敌阵。他准备得非常好。经过激烈的炮战以后，第八十五团就用冲击方式占领了阿耳－阿里什村。五百名土耳其兵被杀死或被俘掳，其余二千五百人都逃入炮台里去了，并被包围在炮台之中。土耳其骑兵向后退却，退到离阿耳－阿里什半法里的地方建立阵地，并从两侧控制通往加沙的道路。这里有大山谷掩护他们。列尼叶这次损失了二百五十人（阵亡和被俘掳的）。军中因此发生怨言，他们把这次损失归咎于他。这些怨言是不公平的，列尼叶将军已经做了谨慎和情势所要求他做的一切。
11日傍晚，阿勃达拉赫从加沙率领八千人到达阿耳－阿里什，来拯救这里的卫戍部队。他跟着自己的骑兵队驻在厄吉朴土斯谷地的右岸。列尼叶的情况变得很危急了，可是克列别尔师团在曼札耳湖岸达米塔上船后，已在离卡提亚二法里的彼卢集亚废墟的提纳炮台附近登陆。2月6日，这个师团赶紧向阿耳－阿里什推进，12日早晨到达那里。
克列别尔将军开始封锁炮台。12日早晨，列尼叶将军把自己的师团集中在谷地左方阿勃达拉赫师团对面的棕榈林里。13和14两日，他侦察好地形，作好战斗部署，向即将指挥他的部队的军官们发出指示。14日晚间他实行了一个仅在战斗中才有可能的最巧妙的军事动作。晚上十一点钟，他从自己的兵营出发，向右前进，在前进了一法里的地方，就沿着厄吉朴土斯谷地行走；随后跨过谷地，把军队排成战斗队形；把左翼衔接谷地，右翼布置在叙利亚方面。这样，他就占领了一个与敌军左翼相垂直的阵地。接着在万籁俱寂之际，师团分为三个团纵队，三个团纵队彼此间拉开距离，而炮兵则摆在中间；他又在离每个团纵队二百步处集中一队掷弹兵，并且给每队掷弹兵配备五十名骑兵，使每队总人数达到二百人。此后，他以同样的队形向敌方前进。刚一遇到敌人的首批哨兵，他就停了下来，确定自己的位置。三队掷弹兵从三个不同的方向往敌营猛扑。每一队掷弹兵都带有几个秘密的灯笼，每个士兵都用白手巾缠着衣袖；加以语言不同也使法军便于辨认敌我。一眨眼间，阿勃达拉赫的兵营大为恐慌。列尼叶率领中路纵队冲到巴夏的帐篷里，巴夏刚刚来得及徒步逃脱。伊勃腊吉姆别伊的一些基阿希夫都被俘掳了。敌人阵亡的四、五百人，被俘掳的有九百人。他们的全部骆驼、大部分马匹以及全部帐篷和辎重等，都丢弃在战场上。惊恐万分的阿勃达拉赫飞奔逃走，逃到汉尤努斯才得收集自己的残部。列尼叶的军队阵亡三人，受伤十五至二十人。17日，他在敌人先前占领的阵地上扎营，掩护围攻阿耳－阿里什。这次战役从各方面来说都足以使将军获得沉着镇定、英明指挥的美誉。
2月初，亚力山大港前面出现了两艘英国主力舰和大约十五艘其他船舶。它们用大炮轰击城市，但法军的海岸炮垒给以准确的还击，使英舰立即失去了作战能力。很明显，敌人的目的是要威胁亚力山大，以阻止法军向叙利亚进军，因为这时罗多斯的军队还没有准备好。
总司令率领博恩和兰恩两个师团从开罗出发。2月9日，他在阿耳－汉卡宿营，10日到达别耳别伊斯。这一天他前往谘议会代表团驻地比尔克兵营。这是一座完全东方式的兵营。十五名舍伊赫每人都有三个帐篷，这些帐篷具有亚细亚的富丽堂皇的特色。总司令同他们一起进早餐，参观了他们的兵营，晚上仍然回到别耳别伊斯大本营。2月11日，他在科腊伊姆棕榈林下布置宿营。刚刚打开帐幕，列尼叶将军的信使就骑着单峰骆驼赶到了，他带来了列尼叶将军2月9日早晨在马苏迪亚水井附近写的紧急情报。列尼叶报告说：根据他得到的消息，德热札尔的军队正在前进，一支大部队已到达阿耳－阿里什。因此，他在这大沙漠中间的处境已变得非常困难。这个情报使得总司令立即继续登程。他骑着单峰骆驼前进，经过彻夜行军以后，于2月15日黎明到达阿耳－阿里什，其时夜战已告结束。他走向阿勃达拉赫的兵营，对军队表示满意，因为他们有很好的夜战功绩。大本营、后备辎重队以及博恩和兰恩的两个师团12日到达萨利希亚宿营，13日到达阿耳－阿腊斯，14日到达卡提亚，15日到达比尔－阿耳－阿布德，16日到达比尔卡－阿伊什，17日到达马苏迪亚，并先后于2月18日、19日和20日到达阿耳－阿里什。
看来，阿勃达拉赫的失败并没使炮台守军泄气，他们显然仍旧充满决心要作最顽强的抵抗。卡法列利将军因此建筑了两座炮垒：一座由八门八磅炮和四门榴弹炮组成，这是作进行平射用的；另一座炮垒则是作穿洞用的。他把后一座炮垒配置在离敌炮台十法里处，并利用了建立在那里的石头仓库。这个炮垒装配了四门十二磅炮。18日，第一个炮垒轰击敌炮台，用火力压服了它的炮兵的活动，逼得他们哑然无声。法军还有几门十二磅炮放在后备辎重队里，它们最早要在20日才能运到。多马尔田下令加倍备马接运；结果有两门炮在19日早晨运到，他立即用它们去加强炮垒火力。在大约五、六小时内，敌炮台的墙壁就被洞穿了。贝尔蒂埃将军要敌炮台守军投降。这支守军不受任何权威人士领导，只受四个指挥官的指挥。他们选派两人出来答复，说他们奉命与炮台共存亡，他们坚决服从命令，不愿听从任何建议。最后，他们提出停战两周的最后通谍，说如果他们在两周内得不到援兵，一定交出要塞，这些指挥官都装得很坚决，并表示已准备冒险冲击。法军离炮台极近，以致伊马姆们对士兵的讲演和他们诵读的祈祷文都可以听得见。所有守军全是宗教狂热分子。冲击或许会有成就，但可能使法军损失四、五百人，而我们的处境则不容许作这样的牺牲。同时，时机紧迫，一分钟也不能错过。阿勃达拉赫已在汉尤努斯集中军队，他每天都获得了援军。守军的举动很明显地是在等待援军。阿耳－阿里什水井的储水也将用尽，所以必需结束这场战斗。
多尔马田将军把师团的榴弹炮集中在一个地方。2月20日早晨，他炮击炮台。炮手们非常准确地发射了八、九百发炮弹，炮弹在守军中间散布了惊恐和死亡。每颗炮弹都打死或打伤了敌人，因为它们都在这座小炮台里面爆炸了，而守军则是一个挨着一个挤在这个炮台里的。在这种情况下，守军只好改变腔调，发出投降信号。四位指挥官经过徒劳无益的争论后，签订了由他们提出的投降条件。守军把武器放在炮台前面斜坡上，交出马匹，并立誓越过沙漠退往巴格达，在这个战争期间不再拿起武器反对法兰西；在一年内，既不回埃及也不回叙利亚。法军派护送队把他们护送到去巴格达的头几个路站上（每个路站相隔六法里）。在争夺阿耳－阿里什村的战斗中，当大炮轰击敌炮台时，敌炮台中有七百人阵亡、负伤或被俘。敌军中有三百名马格里布人要求法军录用他们。炮台里还留有二百五十匹马、一百头骆驼和三门大炮。俘虏、军旗和大炮等都送往萨利希亚，交谘议会代表团，再从那里送往开罗。当法军凯旋进入胜利门①时，这些战利品都出现在行列中。工兵们修补了缺口，重新把炮台修好，随后还新建筑了四座眼镜式堡垒，以扩大炮台的容量并使其能够扫射附近的谷地。