大德修学，尊者不愿，仍愿出外修学。於是复至夺得把所，夺命复往最初所依师饶窝那所。饶尽十三日之久，为授喜金刚灌顶。又命其作黑如噶法（以人骨为饰被天衣，涂炭），仍还宫，佯狂三月。王及妃与臣民皆悲痛，遂罢立太子议，听其所之。尊者得命，寅夜返饶所，饶命返夺得把所，习中观七年。後又依其他上师，於声明八论，因明十六难，身语意三种工巧，医药八部大论，乃至不共内明。复从善因明者听《正理滴论》。时有外道论师与其亲友师辩难。此外道论师，曾折服善因明者五次，故其身後特张五伞以为志。既至，适其师以头痛小恙，命尊者往应，辩竟胜之。於是名大震。此噶当格西绰龙巴所传，绰即尊者之高足弟子也。
以上所说，皆在尊者二十一岁以内之所成就者。自是以後，复至黑山道场，亲近罗睺罗古达（亦名饶窝那古达，但非前之饶窝那）此喇嘛，曾得喜金刚现身，金刚空行母授记，得成就者。尊者依之，遂授大灌顶，命名曰智密金刚。直至二十九岁时，修学金刚乘法，於经教教授，通达无余，颇自满意。被空行母（空行母，梵语札格衣马）引至一大宫殿，示以无量密经，皆其所未见。并语以汝之所见，仅如殿之一角，马之一尾耳，乃折其慢。先是尊者曾发愿，随同其上师阿旺夺得巴之後，愿即身成佛。至此，罗睺罗古达，以无碍神通至其前，谓之曰，汝欲学阿旺之解脱行（清净），以汝之此身，尚不可能，须出有作饶益众生事业。又本尊空行母亦谓之曰：毋贪尘染，速出家利生。又一夕，梦至一殿，释尊居中，众圣围绕。尊者在末座一隅。闻释尊问：末座男子，有何贪恋而不出家（事见详传）。尊者至是乃依上师本尊及梦兆之劝请，往投持律仪大众部加行位，住於第三，空性定三昧耶之上师，名麻麦者，请求剃度而正出家，命名为燃灯智。（空性定，即初得无相三昧耶，谓初知色相无自性；次，为半边定，如半月之三昧耶；再次，则有明得定、明增定、朗顺定、无间定等四殊胜定，及时现前。空性定，仅初解外无自性，次解心无自性。此处不过略为附说。）
尊者由是至三十一岁，遍学显教，上至中观、唯识，下至经部、有部（有部根本四部，包括小乘十八家。）别於 婆沙论，如俱舍明显教理（於戒之细分，条分缕析，三百颂都为一卷。）复特依止法铠论师，於阿登打补惹日至十二年之久。（寺在印度一山上，此山如供曼遮之全形，中间一峰突出，周环四院，附二小院，等同须弥四洲日月形。相传初有一内道居士，与一修起尸法者为伴侣，一日修起尸者，以密法起尸吐舌，居士割其舌，即能飞行，飞至此山，成曼遮形，因思於其上建佛寺，乃飞回交舌，取尸致富，得方便法，将尸之肉割下，不伤其骨，肉能自长，即成为金，以此建寺。寺中常有出众智者数百人，每六日来问难一次。）是时尊者已於东印度成就班智达之名（即大善巧博学多能之士）。因自思已於教法了达无余，如何始能证知。方作此思时，其师罗睺罗古达，以无碍神通至其前，而告之曰：汝已通教，已见本尊，已得有定，然距佛位尚远，应努力修大慈悲心，应以大慈悲心为本尊（指四臂观音等法）。在汝未出轮回之前一刹那，应努力作度众生事。依本传所载，事迹甚多，兹不繁讲。又尊者曾往朝菩提道场，见二妇人，一老一少，互相问答，一问：依何为速成佛陀之学处，一答：依菩提心。尊者知为度母，乃绕至殿中顶礼。释尊现身而告之曰：善男子，依菩提心而成正觉。又至龙树修学处，有象开口告曰：行者欲成佛陀，须依菩提心。尊者於是乃决定修菩提心。遂广求已发菩提心之上师教授，後闻色领把金洲大师之名，业力相应，心喜不已。时金洲住海洋外，乃乘木船，率班智达等众百五十人往。中途遇风，被魔王噶日汪鸠作逆风吹离海岸，遇大鲸鱼，将吞其舟，魔兴雷雨，众皆束手无策，遂求尊者救度。尊者为入密法心吉马波（现红色阎魔本尊相），始脱险。计程本六日可达，而延至十三日之久。比至海岸，寻访大师，暂憩十日，为鉴别上师功德，先就其弟子修禅定者，叩其梗概，始通名申其来意。众为通白，谓有西南大善巧者，将至其前，求师给生菩提心教授。上师大喜曰：甚望甚望。乃与五百弟子整三衣迎之。尊者亦整衣肃众，依制或持钵，或持尘，一百五十人中，尊者居首，地藏班智达次之。此会之盛，尊者自记为人天希有，天雨曼陀罗花，引至其处，尊者供以琉璃水晶瓶，中贮各宝，内外莹澈，上师谓此为最妙象徵。於是如父子相亲，为说菩提心教授。教授分二：一、文殊，二、弥勒，所传，皆承传不断不缺。大师於一一教授，修习至十二年始成。师命尊者往北方雪山地宏法（指西藏），於是回印度，振宗风，住菩提道场三年，三次降伏大外道，乃受藏王迎请而至西藏。以上明尊者所得教之功德。总之，无论依经依教，主要皆在生起菩提心。於此故不厌详说。
丙二、如理修行所得证之功德
“三藏灵文，能摄尽一切佛教。故证之功德，亦以戒定慧三学摄之。”
教虽分显密，而不说戒定慧之教法者，内道无之。丝毫恶不作，戒也，善法圆满奉行，定也，圆满调伏自己身心，慧也。此即佛教义。身心最难调，惟最深空义智慧，乃能调伏。如俱舍云：”不以智慧调伏身心，如长处黑暗，不见天日。”或问：证之功德，包含五位、三身、四智，但言三学，如何能尽摄。须知以三学为主，而分之为三种摄法，自依止善知识起，至生起菩提心，摄於戒，修止摄於定，修观摄於慧。故云三学之功德，即可总摄一切。或问，佛之法身，此亦能摄否，当答能摄。惟修三学，始能证得法身，故亦可摄。又当知教之三学、证之三学，并非如水火之不相容。即以心经而论，亦包含三学。故凡大乘果位，无不包含三学者。大乘资粮道，亦含三学，其他亦然。何以戒学为先，因戒者，所以遮止外境放逸散乱故。定者，所以遮止内境放逸散乱故。外境不遮，而能遮内境者，未之有也。三学亦称三宝，有难得、无价、无缺陷（去灾障功用）欲意四种作用。故内证功用，皆可以三学摄尽。无论大小显密，莫不以此为依。
丁一、具足戒学。先讲尊者具足比丘戒
“戒学者，定慧一切功德之所依，千经万论之所赞。欲求证得定慧，先须具足净戒为增上缘。於此有三：初、具足殊胜别解脱戒者。尊者於受得比丘戒後，爱护其戒，如 牛之爱尾，守护轻细，犹且舍命不渝，於诸重禁，夫复何说，大持律上座之称，於焉起矣。”
无著菩萨云：”戒如大地，凡动植矿物均依之而生。”人之内心，欲得全无沉掉之殊胜定，无戒不能生起。设有人问，外道亦有四禅定，亦属戒乎。须知内道之三学，乃殊胜之三学。外道或说有戒定而无慧学，後当详说。
殊胜别解脱戒，又为菩萨戒及金刚乘戒之基。有别解脱戒，然後菩萨戒、金刚乘戒始能生长。《炬论》云：”八分戒中，除比丘外，尚有七分，必全具乃为受菩萨戒之殊胜因缘。”尊者受得净行比丘戒，爱护其戒，如 牛之爱其尾，因之博得大持律上座之誉。（西藏雪山有野牛，爱护其尾，常举至背，若其尾之一毛牵於树，必解而後去，虽遇猎人至前，舍生命亦所不惜。）比丘戒明文，虽仅二百五十三条，而细微事件，为数甚多，亦如 牛尾上之毛，故举为喻。云大持律上座者，谓於戒具两种功德：一、善巧稳固，称上座。二、於戒能了达、能行，称大持律。尊者於别解脱戒之爱护如是。当时曾有一班智达赞之曰：”具足声闻乘律仪，护戒如 牛爱尾，应称大持律上座，於此尊前我敬礼。”以上可证明尊者之比丘戒如是。
次、具足菩萨戒
“尊者於修习慈悲为本菩提心之教授，虽曾多所参学，别经久时，特依金洲大师修习由弥勒、文殊，降及无著、寂天，辗转传来最胜教授，於自他相换之菩提心，随得生起。由愿入行，而受学处，广修诸行，毫无违越。”
随得二字，在藏文原意，谓不假造作，油然生起。尊者於弥勒所传之由因入果，文殊所传之自他相换，二种融合修习，以生起菩提心。云何由愿入行而受学处，谓由愿菩提而至行菩提。学处，谓六度万行。云何称为愿行两种菩提心，如《入行论》云：”如人发心欲往印度，称为愿，实行前往，称为行。”菩萨戒有十八重、四十六轻，尊者於不犯六度而受诸难行处，皆能不违越。以上言尊者於菩萨戒具足如是。
最後、具足金刚乘戒
“以具观自身成本尊之生起次第，及金刚心圆满次第之三摩地，随成瑜伽之尊。特别於所制禁戒，无所违越，诸三昧耶，如理守护。”
尊者於父续母续应守禁戒，如十四根本戒、语戒、守手印戒、三昧耶戒（谓誓言）均能如理守护，与法理不违。（身语意一刻不忘失之守护，谓之如理守护。）守戒而详二次第者，以坚护诸根门生起次第，舍去凡俗，如本尊意，知此为守戒方便。圆满次第中之空乐禅定，若能安住，乃最大守戒方便。
“如上三种禁戒，非仅受时暂起勇进，亦於受後各别随行，终不违犯。设有违越，亦疾各依还净仪轨，除罪清净。”
此为尊者特别垂示後人轨则，使勿轻细违越（细谓支分）。尊者之规矩：设有犯，不待翌晨天明，即当反省净忏。尊者曾在印度道中，有细分违犯，请同行稍待，乃於行李取出庄严佛塔，对之悲涕忏悔後始就途。又尊者本传自述，谓生平对於解脱戒丝毫无犯。对菩萨戒间有细分一二，金刚乘戒忏已还犯，犹如天雨，次数极多。以上总明尊者之於三戒如是。至於还净，仪轨各各不同。居士及比丘戒，各有还净法。菩萨戒还净仪，可依《虚空藏菩萨所问经》所说。金刚乘戒，依金刚萨埵百字明及烧大护摩。以上乃不共还净。其共同还净者，即《金刚萨埵巴窝总忏悔文》（马鸣菩萨造）。粗重还净，另有生起次第。
丁二、具足定学
“具足定学有二：一、共者，得止中心之堪能。二、不共者，证得最极坚固之生起次第。又修禁制之行六年，或云三年。”
兹讲尊者之定学。尊者於定，分粗细二相，均极坚固。禁制（藏文都夕合宿五），乃密乘中之不定行，集为定行。乌居地诸空行母曾作金刚赞而赞之。前言尊者现红色阎摩王，即由生起次第之所生起。
丁三、具足慧学
“具足慧学有二：一、共者，谓得止观双运之观行三昧。二、不共者，成就圆满次第之殊胜三昧。”
兹讲尊者之慧学。观行三昧，谓通达中观空性，即此已达加行位。不共圆满空乐定，谓已得幻化身铁证。尊者曾自述谓得幻化身，不随业牵引，即已得自在意。
以上明尊者之三学，皆非片面，而实具足共与不共之二种。
乙三、於佛教中所作之事业分二：丙初、於印度所作。丙二、於西藏所作。
今初、於印度所作者
“於金刚座大菩提寺，曾经三次制诸外道，令受佛教。复於内宗上下诸部，有未达及邪解疑惑