、参谋长联合计划署（含作战计划委员会）、联合情报委员会（含经济作战局）、心理战联合委员会，其他还有如野战运输、通讯、后勤、气象、军需分配等附属机构。疑难问题一般由这些下属机构解决，专家们常被派往前线出任某一战区指挥官的高级参谋。
罗斯福统领全局，主要精力用于全球战略的筹划、与盟国协调关系以及制定战时外交政策并构想战后世界格局。重大战役的制订也要与罗斯福密切磋商，由他审定总政策和总目标后，由参谋长联席会议确定运输供应、装备分配和兵力配置，具体作战方案一般均由当地司令官制定。鉴于总统本人涉事太多，精力有限，罗斯福特任命李海海军上将为总司令的参谋长，实即由李海充当他与参谋长联席会议间的中介。罗斯福很喜欢直接去白宫里警戒最森严的地方——白宫地图室，以详细了解战争进程的最新情况。一批才识过人的年轻军官日夜轮流在这里工作，把接收到的军事电讯及时反映在各类地图上。为便于罗斯福坐在轮椅上查看，地图室的地图悬挂得很低，不同颜色的小旗和指示针标识出美国三军在全球的位置以及变幻莫测的战局。在地图室里，罗斯福就可以把命令经五角大楼联络中心发布到世界各地。
对于分布在各战区的美军司令官，罗斯福作为总司令有权直接任免或调换。参谋长联席会议也常向他举荐一些有潜质的军官和军功卓著的老将军，前者如５０岁的德怀特·Ｄ·艾森豪威尔，后者如乔治·Ｓ·巴顿，都是由马歇尔陆军参谋长建议起用的。至于骄纵自负的道格拉斯·麦克阿瑟，是现代美军发展史上的特殊人物，自一战以来在军内就享有独特的地位，战前任菲律宾军事顾问，在珍珠港事件的前４个半月时出任美国陆军远东司令部司令。
在整个大战期间，参谋长联席会议的职责权限一直没有明确地规定下来。李海将军经常代表罗斯福出席联席会议，于是当然地主持会议，制定议程，签署主要文件和决议。李海在其回忆录里指出：由于缺乏对参谋长联席会议职权范围的明文规定，这就使得这一组织具有很大的灵活性，它可以根据战争情况变化的需要而变更其活动范围，这种变更往往同总统的想法有关，总统足智多谋，实际上通过这个机构直接指挥着这场战争。
另外，前所未有的大战为罗斯福扩大总统作为总司令的职能提供了充分的可能性。如他广泛而极限地行使总司令的职能，绕过国会以超龄军舰换取英国海军基地，允许美军开往格陵兰和冰岛，以总司令的身份加强和监控战时生产，发布行政命令划定〃军事区〃，将１０多万日侨和日裔美国公民强行送进〃集中营〃。
由于盟国联合作战的需要，罗斯福与丘吉尔于１９４２年１月２３日共同创建了联合参谋长会议，以密切协调英美军事行动。美方成员主要是参谋长联席会议的三人和李海将军，英方成员有英国陆军元帅艾伦·布鲁克爵士及其代表、海军大臣庞德爵士及其代表、空军上将波特尔爵士及其代表、国防大臣丘吉尔等。李海强调：“我们只是工匠，只是根据各自总司令交给我们的总计划制订出具体而明确的战略方针而已。”罗斯福自１９４３年起，俨然就是盟国陆海军司令，他〃愈益成为全球战争的中心人物〃。大多数职业军人都钦服他的领袖才能。史汀生认为美国陆军史上，从来没有一个比他更优秀的统帅。艾森豪威尔写道：“罗斯福先生的某些政治措施，我是永远不会赞成的。但是他是战时国家统帅，我完全是从他这个身份认识他的——而且从这个身份来看，我觉得他完全满足了大家对他的期望。”
战时经济体制给美国带来了战时繁荣。自大萧条以来长期难以整治的经济顽症在一一消失。原来国内经济捉襟见肘，现在出现了大量游资。１９３９年美国国民生产总值是９１０亿美元，１９４５年则高达２１５０亿美元。失业这个顽症消失了，工人参军留下的空额吸收了大量适龄青年、退休老工人和家庭妇女，就业人数从４５００万增加到６６００万。股市行情终于看好，１９４３年公司的利润超过了１９２９年。从事农业的人也在战争景其中兴旺发达起来，罗斯福说服农场主们放手生产，让美国成为战时世界粮食的主要供应者。农业科技的发展也促进了农业生产力的提高。自美国参战以来，美国人每周平均收入几乎增长了１倍。《时代》周刊称，〃美国骤然富起来了——似乎全国各地一下子富起来。〃低收入家庭的生活比战前有了明显好转。这种情形相对于整个欧洲国家，简直是天壤之别。
由罗斯福政府创建并控制的战时经济体制使美国名副其实地充当了〃民主国家的伟大兵工厂〃，为第二次世界大战的胜利起到了决定性的前提作用。美国在防御准备和实际参战的５年期间（１９４０年７月至１９４５年７月），用于军火生产的支出为１８６０亿美元。各类〃兵工厂〃制造了８６３３８辆坦克，２９．７万架飞机，１７４０万支枪枝，大量的大炮装备和军火，６４５００艘登陆艇，以及数千艘军舰、货船和运输舰。这些军火物资并非完全用于美国。从１９４１年３月到１９４５年１２月，按照租借法案转运的商品和提供的劳务，约达４９１亿美元。其中大约６０％给英国，２２％给苏联。
罗斯福在１９４３年初坦率地向国会承认：“第一次处理这样大的事情总需要一个试验摸索的过程，犯错误是难免的。……我们从所犯的错误中吸取了教训。我们取得了经验，这就使我们今年能够改善战时经济管制的必要机构，能够简化行政手续。〃情况表明正是如此，战时体制在经历了开头两年在所难免的某些被动、凌乱和浪费之后，渐入佳境，几乎没有了一丝希特勒所嘲笑的〃没落而效率低的民主国家〃的那种特征。在这个过程中，罗斯福自觉地负起了医治由于他的行政管理方法而造成的伤痛的责任。尽管他有自己所了解的弱点，但他能应付总统这一职务带来的挑战。
运筹帷幄
１９４１年圣诞前夜，华盛顿的节日气氛依旧。白宫轮廓映现在火树银花中，两天前抵美的英国首相丘吉尔正参加罗斯福在白宫草坪上点燃圣诞树的仪式。当缀满缤纷饰物的圣诞树闪烁出瑰丽的光芒时，罗斯福向眼前３万多〃为自由而奋斗的同事们〃介绍了他的〃伙伴、老相识和好朋友〃。随即，首相以其渊博华丽的词藻发表了动情的演说：
“从事自由事业的同事们，我能够在我的杰出朋友——总统用来把美国千家万户连成一体的、由圣诞的友爱和仁慈所组成的项圈上增添一个小小的链节而备感荣幸。……这是个奇异的圣诞节，让儿童们畅快地过一夜吧！让圣诞老人的礼物使他们玩得更尽兴吧！让我们这些成年人也尽情地和他们一起畅享无限的快乐吧！然后让我们再重新面对摆在我们面前的严峻使命和艰难的岁月吧！”
圣诞节的翌日，丘吉尔到国会山向两院联席会议致辞，应对裕如的首相作了他生气最伟大的演说之一。他指出英美在未来的岁月里，为了人类文明的命运将庄严地并肩战斗。为唤醒议员们的亲近和认同感，首相说：“我不禁想起：如果我的父亲不是英国人而是美国人，而我的母亲不是美国人而是英国人，那我大有可能凭自己的力量成为诸位在座中的一员。〃顿时，雷鸣般的掌声经久不息……
丘吉尔此行的目的在于同罗斯福举行一次〃审议整个战争计划〃的会议。罗斯福热情地表示欢迎，并希望会议不仅要协调盟国的战略，而且还要阐明政治目标，并在此基础上起草一份能号召国内外团结一致的声明。于是，代号为〃阿卡迪亚〃的会议便在华盛顿召开了。会议进展顺利，在所有重大问题上都达成了协议。双方重申两国参谋人员早先作出的决定，确认德国始终是最主要的敌人，打败德国是盟国的最首要任务，〃先欧后亚〃战略不能改变；双方决定成立英美联合参谋长委员会，在太平洋地区建立英、美、荷盟军联合司令部，成立军需品分配委员会等５个联合机构，统筹盟国在军火、船运和原料等方面的经济活动；罗斯福还强调了苏德战场的重要性，并决定恢复援助苏联。
阿卡迪亚会议的主要政治成果，是起草一份所有参加反轴心国战争的国家所必须接受的原则宣言。该宣言是由美国国务院起草、罗斯福表示赞同、经与丘吉尔和苏联政府磋商并加以修改后形成的。１９４２年元旦，美、英、苏、中等２６个反法西斯国家的代表齐集白宫，签署《联合国家宣言》。宣言重申《大西洋宪章》的宗旨与原则，并规定：各签字国政府保证使用品全部军事和经济资源来抵御与之处于交战状态的轴心国成员及其附属国；保证同本宣言签字国政府合作，保证不同敌人单独停战或媾和。至此，不同社会制度、种族、信仰和语言的国家在打败法西斯的共同旗帜下，实现了从政治、经济和军事方面的空前大联合，以美、英、苏、中为主体部分的国际反法西斯同盟正式宣告成立。
罗斯福在苏德战争爆发后就立即主张大力援助苏联。代理国务卿韦尔斯在次日发表了《谴责德国侵略苏联》的声明。罗斯福在１９４１年６月２４日举行记者招待会，宣布包括苏联在内的所有抵抗轴心国的国家，都将得到美国的援助。同日，他撤销了对价值约４千万美元的苏联资产的冻结。次日，他宣布不对苏联实施中立法，以便美国船舶能驶往苏联港口。不久他宣布美国将在１０月１日前，将苏联要求的物资运往苏联。罗斯福在７月底派霍普金斯以总统私人代表的身份访问莫斯科，使命是：与莫斯科〃讨论一个十分重要的问题，即我们如何才能够最迅速有效地使美国向正在对希特勒德国的背信弃义的侵略进行伟大抵抗的贵国所提供的援助，可以得到使用。〃霍普金斯在７月３０日至８月１日的访苏期间，与斯大林进行了长时间的亲密会谈。他所代表的诚挚使斯大林几乎不加设防地让他得到了他想知道的一切。英国著名历史学家阿诺德·汤因比对此评论说：“霍普金斯作为一位对盟国事业贡献很大的杰出人物，取得了这项战争中的一项最重大突破。他突破了俄国人层层设防的保密措施，从一切资料的最终源泉取得一份对苏联情况和前景的详细说明。他此次出访的重要性无论怎么强调都不为过份。他说服了斯大林这个生性多疑的人相信美国（和英国）愿意帮助，他还须说服英美两国政府相信俄国政府有决心并且有能力打胜，尽管英美政府仍然先入为主地认为俄国的抵抗不久就会崩溃。这是赢得了这次战争的英俄美同盟的基础。〃斯大林向美国提出要求援助的性质本身表明，他是从长期的基础来考虑这场战争的。在随后的几年里，霍普金斯是一个真诚的，甚至无所忌惮的苏联的朋友，他对苏联为赢得这场战争所作的巨大贡献毫不怀疑。他力图让罗斯福也意识到这一点。
现在，《联合国家宣言》使美苏正式地成为战时盟友。１９４２年６月１１日，赫尔与苏驻美大使李维诺夫在华盛顿签订关于�