04年第二次修正、2005年全面修订，并于2006年1月1日起施行。为了配合新《公司法》的施行，国务院修订了《公司登记管理条例》，国家工商行政管理总局相应修订出台了《公司注册资本登记管理规定》（第22号令）。这些新的公司法规引发了以下会计问题。
1．实收资本（股本）
新《公司法》将实缴资本制度改为认缴资本制度，注册资本可以分期缴纳，同时对首次认缴比例及认缴年限作了规定。新《公司法》第26条、第81条，《公司注册资本登记管理规定》第11条规定，公司全体股东或全体发起人的首次出资额不得低于注册资本的20％，其余部分由股东或发起人自公司成立之日起两年内缴足，其中，投资公司可以在五年内缴足。因此，在分期出资的情况下，公司账面的实收资本与注册资本前期就不一致。
在公司设立的时候，新公司法规对股东的出资方式名宽实严。新《公司法》第27条规定：“股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。”新公司法规考虑了股东出资在实践上的多元化，采用了列举和概括相结合的办法对出资方式进行了规定。但是在新《公司法》第28条、第84条，《公司登记管理条例》第20条、第21条，《公司注册资本登记管理规定》第12条均有这样的规定：股东或发起人首次出资以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。而验资报告（公司法上称为验资证明）又是申请设立公司所需提交的必备文件之一，在公司还没设立的情况下，对出资的非货币财产是无法办理其财产权的转移手续。因此，以非货币财产出资只能在公司设立以后的分期出资中获得许可。
新的公司法规，对不得作为出资财产的作了限定。《公司登记管理条例》第14条《公司注册资本登记管理规定》第8条均规定：股东或发起人不得以劳务、信用、自然人姓名、商誉、特许经营权或者设定担保的财产等作价出资。
新公司法在降低注册资本门槛、取消无形资产出资比例限制的同时，规定了货币出资的最低比例。新《公司法》第26条降低了有限责任公司注册资本的最低限额，规定为人民币3万元。不再根据行业区分公司注册资本最低限额（50万元、30万元、10万元），以适应公司开展多种经营的需要。新《公司法》第81条对股份有限公司的注册资本由原来的1000万元降至500万元。降低股份有限公司设立的资本门槛，便利了股份有限公司的设立，有助于更多的社会资金转化为创业资本。新公司法取消了无形资产出资的比例限制（旧的公司法规规定一般企业为20％，高新技术企业为35％），又对货币出资的最低比例作了规定，以避免公司财产如全属于非货币资产带来的价值的不确定性和变现困难，有助于维持公司的债务清偿能力。新《公司法》第27条规定：“全体股东的货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的30％。”从另一角度看，公司设立时以无形资产出资的比例最高为70％。
上述内容是针对一般公司而言。无形资产出资比例问题，在拟上市公司中又有不同的规定。《首次公开发行股票并上市管理办法》（中国证监会第32号令）第33条规定：“发行人应当符合下列条件：（一）最近3个会计年度净利润均为正数且累计超过人民币3000万元，净利润以扣除非经常性损益前后较低者为计算依据；（二）最近3个会计年度经营活动产生的现金流量净额累计超过人民币5000万元；或者最近3个会计年度营业收入累计超过人民币3亿元；（三）发行前股本总额不少于人民币3000万元；（四）最近一期末无形资产（扣除土地使用权、水面养殖权和采矿权等后）占净资产的比例不高于20％，（五）最近一期末不存在未弥补亏损。”由此可见，无形资产占净资产比例不得高于20％是股份有限公司首次公开发行股票的一个前置条件。
2．转增资本
新《公司法》第169条规定：“法定公积金转为资本时，所留存的该项公积金不得少于转增前公司注册资本的25％。”法定公积金转增资本的25％比例限定，新旧公司法一致，但新的公司法更进一步明确了法定公积金转为资本时，所留存的该项公积金不得少于转增前而不是转增后公司注册资本的25％。这是一个更加明确的规定，便于实务操作。在旧的公司法下，转增资本后的余额不得低于注册资本的25％，是转增前还是转增后，并不明确，导致实务界争论不止。在2005年度注册会计师全国统一考试辅导教材《会计》中指出，盈余公积转增资本时，转增后留存的盈余公积的数额不得少于注册资本的25％，也是模糊的。
现在需要讨论的问题有，有限责任公司变更为股份有限公司时，法定盈余公积是否全额转增资本？应该说，有限责任公司变更为股份有限公司以净资产注资，也是资本转增的一种形态，应当受这一法律的规范。
《公司注册资本登记管理规定》第19条中指出：“以资本公积、盈余公积和未分配利润转增注册资本及实收资本的，应当说明转增数额、公司实施转增的基准日期、财务报表的调整情况、留存的该项公积金不少于转增前公司注册资本的25％。”这里的公积金，并没有限制为盈余公积，而是扩展至资本公积。这种规定是对公司法的补充还是修改？是一个值得探讨的问题。
以资本公积转增资本还有另外的限定。就一般企业而言，根据现行会计制度的规定，资本公积明细项目有资本溢价、接受捐赠非现金资产准备、拨款转入、股权投资准备、外币折算差额、关联交易价差、其他资本公积等。其中准备类资本公积是所有者权益的一种准备，在未转入“其他资本公积”明细科目之前，不得用于转增资本。就上市公司而言，根据财政部《关联方之间出售资产等有关会计处理问题暂行规定》（财会＇2001＇64号），对上市公司与关联方之间显失公允的交易价格部分，一律不得确认为当期利润，这部分价差不得用于转增资本。
新《公司法》对企业年度中间实现的利润可否用于转增资本问题，并无明确的规定。我们认为，企业在年度中间对以前年度结余的未分配利润实施转增资本的方案，应予认可，年度中间对本年度实现的利润实施转增资本方案，应从严掌握。年度中间实现的利润并不是一个决算数，以此进行转增资本，会由于年度所得税汇算清缴以及下半年经营业绩等，而出现虚增资本的风险。以本年度实现利润转增资本，实质上是利润分配的一种特殊形态。在实务工作中，我们不妨参照财政部《关于中外合营企业能否预分利润问题的规定》（＇86＇财工字第22号）的精神。该文指出：“中外合营企业在未进行年度决算以前，因企业盈利或亏损的最终结果尚不清楚，注册会计师对企业的年度会计报表和全年账目尚未审查并出具报告，企业一般不能预分利润。但对企业经营状况好，没有到期债务，按规定预交所得税后仍有较多利润的，经企业主管部门和同级财政部门批准，可预分一部分利润。”因此，我们认为，企业在未进行年度决算以前，一般不能用当年实现的利润转增资本；对经营状况好，没有到期债务，以及按规定预交所得税仍有较多利润的企业，如投资各方确需以本年度实现利润转增资本的，则必须提出申请，报工商行政管理部门核准后，企业可用当年实现的一部分利润转增资本，账面的未分配利润也不宜全额转增资本。
3．股份回购
新《公司法》增加了公司可以收购本公司股票的两种情形，为实行公司员工股权激励机制，解决公司合并、分立中异议股东权利保护问题提供了条件。考虑到公司收购本公司股票，毕竟属于公司资本制度中的特例，容易孳生弊端，因此，在增加回购期限的同时，又作出一些限制性规定。如为了将股份奖励给公司员工而收购公司股票的，不得超过本公司已经发行股份总额的5％。新《公司法》第143条规定：“公司不得收购本公司股份。但是，有下列情形之一的除外：（一）减少公司注册资本；（二）与持有本公司股份的其他公司合并；（三）将股份奖励给本公司职工，（四）股东因对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份的。”
“公司依照第（三）项规定收购的本公司股份，不得超过本公司已发行股份总额的5％；用于收购的资金应当从公司的税后利润中支出；所收购的股份应当在一年内转让给职工。”
这一规定引发了两个问题。一是用于奖励员工的股份，其收购资金在公司的税后利润中开支与中国证监会和财政部的有关规定不一；二是会计处理问题。
其一，国家法律与部门规定不一的问题。中国证监会曾于2001年6月29日印发了《公开发行证券的公司信息披露规范问答第2号一一中高层管理人员激励基金的提取》（证监会计字＇2001）15号），其中规定：“公司能否奖励中高层管理人员，奖励多少，由公司董事会根据法律或有关规定作出安排。从会计角度出发，公司奖励中高层管理人员的支出，应当计入成本费用，不能作为利润分配处理。”财政部财会＇2001＇43号文规定：“公司为对中高层管理人员实施激励机制采用的奖励措施，由公司根据其管理权限，依据法律或者有关规定作出安排。公司无论以何种形式奖励中高层管理人员，其发生的支出均应计入公司当期的成本费用。公司以前年度提取的、用于奖励中高层管理人员的激励基金未按上述规定处理的，作为会计差错予以更正。”而且在新会计准则体系中，《企业会计准则第11号——股份支付》第6条也规定：“完成等待期内的服务或达到规定业绩条件才可行权的换取职工服务的以权益结算的股份支付，在等待期内的每个资产负债表日，应当以对可行权权益工具数量的最佳估计为基础，按照权益工具授予日的公允价值，将当期取得的服务计人相关成本或费用和资本公积。”
可见，上述几个文件都规定，奖励给职工的股票或股票期权等应当计入相关的成本或费用中。
其二，会计处理问题。财政部《关于公司法施行后有关企业财务处理问题的通知》（财企＇2006＇67号）对此作出了如下规定：
（1）公司回购的股份在注销或者转让之前，作为库存股管理，回购股份的全部支出转作库存股成本。但与持有本公司股份的其他公司合并而导致的股份回购，参与合并各方在合并前及合并后如均属于同一股东最终控制的，库存股成本按参与合并的其他公司持有本公司股份的相关投资账面价值确认；如不属于同一股东最终控制的，库存股成本按参与合并的其他公司持有本公司股份的相关投资公允价值确认。
库存股注销时，按照注销的股份数量减少相应股本，库存股成本高于对应股本的部分，依次冲减资本公积金、盈余公积金、以前年度未分配利润；低于对应股本的部分，增加资本公积金。
库存股转让时，转让收入高于库存