麦克阿瑟占领了民都洛，等于打开通向吕宋岛的南大门。对此，日军当然不能漠然视之。
当时日本海军幸存下来的舰只分别集中在日本内海、新加坡和越南的金兰湾。这些舰船包括有“大和”号战列舰在内的6 艘战列舰、4 艘航空母舰、10 艘巡洋舰、40 艘驱逐舰和43 艘潜艇。倘若日军把这些舰船组织起来，在海上统一行动，完全有可能打败进攻民都洛的美军舰队。但是，自从在莱特湾遭受惨败后，日本海军士气低落，不敢贸然出动。在日军控制的水域内，只要有一艘舰船出动，必被美军潜艇追踪猎击。美军潜艇仅在1944 年就击沉了日军7 艘航空母舰、1 艘战列舰、9 艘巡洋舰、许多艘驱逐舰和数十艘勤务船只。
尽管如此，日军还是派出从苏里高海峡侥幸逃掉的志摩舰队袭击美军登陆舰船。
圣诞节前夜，志摩舰队从金兰湾出发，经南中国海驶往民都洛，在距该岛200 海里时，被一架美国海军飞机发现。当时，金凯德已把航空母舰和战列舰组成的支援舰队撤走，准备登陆吕宋岛，在民都洛海域仅留下一些鱼雷艇。听到日军舰队驶近民都洛，金凯德大惊失色，一面命令鱼雷快艇阻击拦截，一面派出由4 艘航空母舰和8 艘驱逐舰组成的特混舰队，前往救援。
然而，这时美军在民都洛已有100 多架飞机。鱼雷快艇刚出海迎击，肯尼就把他的飞机送上天空，把正在向岸卜炮击的志摩舰队赶走，并击沉了一艘日军驱逐舰，彻底消除了日军对民都洛的海上威胁。
“纳西维尔”号巡洋舰在民都洛航渡中被“神风队”飞机炸坏后，麦克阿瑟把他的旗舰转移到了“波依斯”号轻巡洋舰上。这时，他根本不把“神风队”放在眼里，他最关心的是登陆吕宋岛，而且要亲自参加这次战役。
他加紧准备发动最大也是最后一次登陆战役。登陆行动将由克鲁格的第6 集团军实施，下辖第1、第14 军，共20 万人，其中作战部队13 万人。另外还有一支8 万人的预备队，准备在晚些时候登陆。这样，美军地面兵力将达到28 万人，参战的舰船将达1000 艘以上，堪称太平洋战争以来规模最大的一次战役。
根据作战计划，第6 集团军将在林加延湾（仁牙湾）登陆，第1 军在左，第14 军在右，上岸后即沿宽阔的平原向马尼拉推进。少量部队在苏比克湾西北海岸和马尼拉湾南面的纳苏格布登陆，以封锁巴丹半岛和科雷希多半岛，并准备从北面和南面奇袭马尼拉。为支援登陆，肯尼的陆基航空兵和金凯德的舰载机将负责掩护并压制吕宋南部的日军机场；哈尔西的第3 舰队将执行压制台湾和吕宋北部日军机场的任务。
山下奉文自莱特决战失败后，就料到美军早晚要登陆吕宋岛。这位“马来之虎”除了手中几个师的步兵外，已没有海军和航空部队助战了。他已领教了麦克阿瑟这个对手的神威，他承认对手是个伟大的军人，作为伟大的军人就要追求最高的荣誉。不幸的是，麦克阿瑟的成功，将要建立在他惨败的基础上。
但是，他不甘心就这样失败，他要让麦克阿瑟吃够苦头，让世人通过他山下打得最后的一仗知道他的厉害，承认他是日本军事史上最优秀的军人之一。
他知道自己手头这点兵力根本无法同麦克阿瑟较量。如果把部队全都部署在林加延湾的滩头，那恰恰中了麦克阿瑟的计，他们会在美军猛烈的海空轰炸下血肉横飞。他也不想采用固定阵地死守的战术，因为美军会把这片地区封锁起来，一点儿一点儿地啃掉。他要制定一个凡兵俗将所不能制定的“静电干扰”计划，即采取“保存自己，各自为战，长期抗战”的方针，不准备打胜，而是缠住对手，尽量拖延美军对日本的进攻。
他把第14 方面军分成3 个集团：实力强大的“尚武”集团、中等实力的“振武”集团、松散的“建武”集团。他亲自指挥由15．2 万人组成的“尚武”集团，以吕宋岛中北部山区为根据地，坚持“独立的和长期的抗战”；以横山镇雄中将指挥的“振武”集团，总兵力10 万人，配置在马尼拉东部山岳地带，与“尚武”互为犄角；以冢田喜理智中将指挥的“建武”集团是些杂牌军，总兵力3 万人，将死守克拉克基地群，力争尽量多地消耗美军。这种以基地为根、以山岳为背，让开平原，威胁侧翼，长期抵抗，审时度势用兵的方略，如能实现，必将使麦克阿瑟陷入一场旷日持久的消耗战中。美军将力争夺一个山头、一条山谷消耗数月的时间，直到被拖垮为止。
计划完成后，山下开始大转移。他把他的司令部连同3500 吨弹药、500吨武器、4500 吨粮食、200 吨药品、150 吨纸币、50 吨金币、各种被服、器材、车辆等均迁住山区。离开马尼拉时，他不仅留下了被他屠杀的大批菲律宾抗日勇士、美军战俘和不服从撤退命令的日军的尸体，而且还留下了“山下之宝”之谜。战后。许多人如同北非人寻找“隆美尔之宝”一样，在菲律宾到处寻找这次转移中被山下带走的金银财宝。
重返马尼拉
1045 年1 月9 日拂晓，麦克阿瑟率领着他的庞大的登陆部队抵达了林加延海岸。
这是个在台风季节中少有的晴天。当磅礴的朝阳从吕宋的苍茫大地跃出时，天边那银灰色的亮带迅速向左右和上方扩散，吕宋岛上隐没在昏暗中的莽林、村舍、沙岸、海堤、小船魔术般地变出来，呈现在麦克阿瑟的眼前。
麦克阿瑟看到眼前樯橹蔽天、战舰如云的景象，十分感慨，对萨瑟兰说道：“自从我离开这里，脑海中就一直浮现着这幅图画。看到它，又勾起了我对我们家族往事的无限怀念。”
他急于回到马尼拉大饭店，那里曾经是他的家。他命令克鲁格：“即刻登陆，不要顾虑重重。山下是要打持久战的，进攻马尼拉吧，不会有严重的抵抗。我从第一次世界大战起就一直在陆军中打仗，我了解那里的每条田坎和小丘，我这回的判断肯定出不了错。”他又补充道：“1 月26 日是我的生日。”
克鲁格明白自己上司这句话的潜台词：我要在马尼拉切开生日蛋糕。
9 时30 分，美军开始登陆。由于日军放弃了滩头抗登陆的战术，因此美军登陆很顺利，除受到北侧高地上的敌迫击炮兵的抗击外，几乎未遇什么抵抗就上了海滩。
登陆以后，克鲁格的两个军迅速向纵深穿插，到日落前建立了纵深4 英里的滩头堡，比预计的要大5 倍，而美军全部损失不到100 人。
登陆5 个小时后，麦克阿瑟率领他的司令部成员像在莱特岛一样，乘小艇绕过栈桥，在一片平坦的沙岸边冲滩涉水上岸。
1 月13 日，麦克阿瑟正式将他的司令部搬到岸上的达古番镇。这时，日本人的飞机，无论是常规飞机还是自杀飞机，都从吕宋的天空中消失了。这使得麦克阿瑟完完全全像个战场指挥官，无所顾忌地乘坐敞篷吉普车深入到前线的各个角落巡视，无论走到哪里都受到士兵们和菲律宾人的欢迎。
视察中，他发现克鲁格进展缓慢，在几乎没有遇到抵抗的情况下，部队在4 天里只前进了10 英里。按这个速度什么时候才能攻下马尼拉？至少需要两个月！而他向参谋长联席会议保证将在登陆后两周内解放马尼拉。另外，
在战役前，尼米兹曾要求他将借给他的舰船在2 月上旬送还，尼米兹要用它们来加强第5 舰队，以发动硫黄岛和冲绳岛战役。麦克阿瑟因担心日本海军攻击滩头阵地，认为在夺取克拉克机场、陆基飞机能够提供有效的支援之前，他需要这些舰艇保护滩头阵地和通往林加延的交通线，因此不想把它们还给尼米兹。尼米兹多次索还，认为日本海军己对菲律宾构不成什么威胁了，如不归还他的舰船，会影响太平洋舰队的作战行动。麦克阿瑟当然不愿承担这个责任，因此对进展速度更加关注。他要求克鲁格加快攻击速度，尽快夺占马尼拉：“冲向马尼拉！扭住日本鬼子不放，把他们揍得灵魂出窍！节省你的兵力。但心须冲向马尼拉！拯救圣托马斯集中营的美军战俘。攻下马拉卡南宫和议会大厦！”
但是，克鲁格是个职业军人，他懂荣誉，却不懂政治。他也想飞兵直取马尼拉，使自己成为美军在太平洋战场上第一位收复一个国家首都的将军。但是他不能不顾及讨厌的左翼，山下的“尚武”集团随时会像一只华南虎一样咬断他的脖颈，如果他轻敌冒进的话。
克鲁格认为，战争的目的是消灭敌军的有生力量，夺取城市也要以此为前提。这是拿破仑时代就已确立的军事法则。他要对整个集团军的几十万官兵的生命负责，而不是对麦克阿瑟的生日负责。因此，尽管麦克阿瑟严令加速进攻，他仍然有条不紊地推进，并把第1 军的步兵第32 师、第25 师和第6 师配置在左翼，以攻击态势钳制住山下的“尚武”集团，然后才让第14 军的骑兵第1 师、步兵第37 师和第43 师步步为营，向马尼拉推进。
麦克阿瑟本来很赏识克鲁格这位没进过什么学校，靠自我奋斗成才的军官，早在他担任陆军参谋长时，克鲁格就是他手下的作战计划处处长。他对克鲁格的评价是：“攻击时迅速准确，防御时坚韧果敢，胜利时谦逊克制，我不知道他失败时会是什么样，因为他不曾打过败仗。”
但是，这次麦克阿瑟却火了，因为克鲁格的计划将拖延他重返马尼拉的时间表，他开始认真考虑解除克鲁格职务。
克鲁格见麦克阿瑟如此固执，实在无可奈何，只得下令部队加快攻击速度，因为他不愿意在战争行将结束时离开战场。
第14 军进展速度加快，3 天内推进了几十公里，打到距林加延100 余公里的打拉，经过短暂休整后开始向克拉克机场发动进攻。
防守克拉克机场的“建武”集团是由海军基地官兵、空军地勤人员、不成建制的步兵组成的杂牌军，战斗力较弱，虽有坚固工事，但仍抵不住美军的强大进攻。1 月29 日，日军放弃克拉克机场。美军迅速南插，于月底进至距马尼拉只有40 多公里的卡隆比特。
麦克阿瑟本想到马尼拉切开自己生日蛋糕，但克鲁格却没有帮他实现这个愿望，心中有些沮丧，对克鲁格产生了不信任，他决定把战略预备队第8集团军调上来，抢先夺下马尼拉。
第8 集团军司令罗伯特·艾克尔伯格中将曾在布纳战役中表现出色，因与萨瑟兰关系紧张而一直未受重视。这次被起用，是麦克阿瑟做给克鲁格看的。
1 月29 日，第3 集团军第11 军第38 师在苏比克湾西北海岸登陆。次日，该师夺占苏比克湾北岸的奥隆阿波和圣安尼尼奥以东的圣马塞利诺机场，并迅速向东推进，与第14 军会台，阻止“建武”集团向巴丹半岛逃窜。
1 月31 日，艾克尔伯格亲率第11 空降师（缺1 个旅），在马尼拉湾以南的纳苏格布登陆。第11 空降师是美军在太平洋战场上唯一的空降师，兵员精锐，装备良好，一直憋着劲想同在诺曼底登陆战役中屡立功勋的第82、第101 空降师一较高低。麦克阿瑟用兵有术，一直把该师关在莱特，以蓄锐气。现在放虎出宠，果然凶狠无比。
登陆后，第11 空降师迅速占领附�