在第一件事的基础上，皇太极开办的第二件事，就是初创国家体制和制度。
他即位不久，就在汗王手下破天荒地开设了一个文馆。文馆的职能，一是翻译汉文典籍，一是记注本朝政事，并处理所有往来书信及臣下奏章，还参与议政。这又是后金国的第一次。文馆表面上是个办事机构，实际上是皇太极进行改革的咨询处，随着皇太极推行的调整与改革的深入，它越来越具备综理国事的功能，成为国家内阁的雏形。引人注目的是，文馆里当值的大臣有很多汉官，范文程、宁完我、鲍承先、高鸿中是其中最著名的。
天聪五年（公元1631年），皇太极接受文馆中范文程、宁完我、鲍承先等汉族章京们的联名疏请，仿照明制，设立吏、户、礼、兵、刑、工六部，各由一名贝勒总理部务，六部与汗王之间，以文馆为枢纽，各负其责，纷繁杂乱的国家事务也就渐渐理顺了。
比较努尔哈赤所建立的后金政权，汗王之下，只有五个议政大臣、十个理事官，几乎谈不上什么国家机构，实在是很简陋很原始的。
此后，随着后金的不断发展强大，国家机构也随着急遽膨胀。五年后，文馆改为内三院，即内国史院、内秘书院、内弘文院，设大学士和学士等官；又停了贝勒掌六部，把贝勒等皇亲贵族置于国家机构之外，皇太极独主政务；最后，管监察的都察院和管蒙古事务的理藩院成立，完成了三院八衙门这一套比较完整的国家机构。
可以看到，皇太极的改革调整是有限度的。他没有从根本上除旧立新，而是对旧制度加以限制，再另立新制度与之平行，分享其权力。如八旗制度与八衙门并存、议政王贝勒大臣会议之外又设内三院。这是由当时的客观条件造成的。在强敌环伺而国势不稳的情况下，满洲社会能够承受这种渐进式的改革而没有发生大的分裂和内战，应该说是皇太极的极大成功，充分展示了他的明智和远见。
皇太极继位（5）
不过，满洲社会想要进一步发展经济，提高生产力，就必须更快地脱离氏族奴隶制社会的束缚，尽快地完成封建化过程。表现在国家政权方面，就是必须放弃努尔哈赤晚年所制定的八旗旗主联合共同主政、社会财富也由他们平均分配的体制。事实上，这种氏族社会军事民主合议制，已经严重地阻碍着后金的前进：事权不一，各吹各的号，各唱各的调，没有集中统一的领导，在政治上、经济上和军事外交上都会陷于被动和混乱。
皇太极谨慎地，但又是坚决地开始了集权的努力。
皇太极虽然登上汗位，但从登基那天开始，便一直实行着四大贝勒并坐大政殿同受群臣朝贺的形式，而且还按月分值，国中一切政务，都由值月贝勒掌管，成了轮流执政。三大贝勒以汗兄自居，拥功自傲，在皇太极继位后，都或多或少地有谋逆及藐视汗王的表现。无论对国家还是对汗王本人，这都是不能不解决的问题。
皇太极极力笼络优待四小贝勒，尤其是拥有两白旗的多尔衮、多铎兄弟，以增强与三大贝勒抗衡的力量。
皇太极长期保持着对三位兄长的谦恭和礼敬，长期维持与三位兄长并坐受朝贺的御殿之礼，但是，在他即位后的第二个月，便向每旗派设了一名掌管旗务大臣，有参与国政的权力，有稽察旗内一切事务的权力，直接向汗王负责。
不久，又扩大了议政会议的范围，所有贝勒都参与议政，每旗再增派三名议政大臣，打破了八旗旗主独享的对国政的控制权。
天聪三年（公元1629年）以政事烦杂、不应使兄长过于劳累为理由，免去三大贝勒按月分掌国事的旧例，而以诸小贝勒代理值月当班。
兄弟并坐南面受朝贺的形式，竟维持了差不多六年！这对雄心勃勃、胸怀大志的皇太极来说，实在是一种痛苦的磨砺、意志的考验。
皇太极就是皇太极，不是别人。他沉着冷静，聪睿而又坚韧，善于等待时机。一旦时机出现，他就会毫不犹豫地紧紧抓住，抓住不放，并极力使这时机得到最充分的利用，一点儿也不浪费。
第一个时机出现在天聪四年（公元1630年），第一个撞上网来的是二大贝勒阿敏。
阿敏是舒尔哈齐的二子、努尔哈赤的亲侄、皇太极的堂兄。当初舒尔哈齐企图拥兵自立，移居黑扯木时，阿敏也是怂恿者和追随者。努尔哈赤一怒之下杀掉舒尔哈齐的长子和三子、囚禁舒尔哈齐之后，还要杀阿敏，由于代善和皇太极诸兄弟极力讲情才得活命。在后来的统一女真的战争中，阿敏英勇作战，竭力表现，终于获得努尔哈赤的谅解。也出于对舒尔哈齐之死的歉疚，在后金立国的时候，努尔哈赤任命阿敏为四大贝勒中之二贝勒，获得很大权势。
但阿敏内心深处，对皇太极父子积怨已久，皇太极继位前后，不时有所流露。
在皇太极继位之际，阿敏就曾以“出居外藩”作为拥立条件，被皇太极否定。
天聪元年，阿敏受命入侵朝鲜，朝鲜国王已经遣使请和，达到了皇太极的战略意图，阿敏却执意进兵，被同行的岳托和阿敏之弟济尔哈朗阻止。他又提出：自己早就羡慕明朝皇帝及朝鲜国王的城郭宫殿，想要在这里屯田耕种长驻，并拉拢同舒尔哈齐一样获罪而死的褚英之子杜度一同留下，显然是想组成与皇太极父子对立的联盟，实现“出居外藩”自立王国的打算。因遭到岳托、济尔哈朗、杜度这些一直坚决拥戴皇太极的年轻贝勒们的激烈反对，阿敏的企图才再次落空。
阿敏经常违背皇太极的旨意，在驻防地域、家族婚嫁甚至与蒙古结盟这样重大的事情上与皇太极唱反调；还经常在大庭广众之下口出怨言，含沙射影地攻击皇太极；并借说梦，宣传自己有黄蛇护身，暗示自己是真命天子，其居心叵测，皇太极岂能不知。
天聪三年（公元1629年）十月，皇太极亲率大军伐明，阿敏留守沈阳。后金八旗军势不可挡，杀进关去，夺得明朝的京东四镇——滦州、永平、迁安、遵化。这一空前胜利，使皇太极雄心勃勃地制定了内外夹攻山海关，而后向关内迅速推进的计划。后金上下为之欢欣鼓舞，而阿敏对此表现冷淡，无论在皇太极出征期间还是班师回沈阳，他都没有一句恭请圣安的话；倒是向提前返回沈阳的岳托、豪格两贝勒大摆架子，自己居中盘坐，要他们遥拜一次，近前复拜一次，俨然国君。
次年三月，阿敏受命替换济尔哈朗守永平，以大贝勒的身份，统辖京东四镇的后金兵马。不到三个月，四镇尽失，阿敏不仅在失地前就大肆杀降，撤退时，又将永平、迁安的官民屠尽。六月，失地屠民的阿敏回到沈阳。愤怒的皇太极不准阿敏及败归的诸将入城，严厉斥责指挥失误，败坏大局，并因屠民而留下无穷后患。到这时候，妄自尊大的阿敏也不得不服罪了。
阿敏被议得十六项大罪，当死。皇太极从宽免死，只革去大贝勒和旗主贝勒之称，终身幽禁。所属人口财产均给其弟济尔哈朗，并使他继为镶蓝旗主。济尔哈朗感恩戴德，对皇太极的忠诚至死不渝。这样，原来有离心倾向的镶蓝旗就牢牢掌握在汗王手中，汗权得到加强。这个机会应该说是阿敏自己送上来的，因为他坚持分裂、坚持野蛮的屠杀政策，其实罪有应得。
皇太极继位（6）
很快，第二个时机来到了，是在天聪五年（公元1631年），这一次轮到了莽古尔泰。
莽古尔泰英勇善战，在统一女真的过程中，立有不少功劳。不过他为人凶暴、蛮横又不免粗鄙，在诸兄弟之中并无威望，他与诸兄弟的关系也都不融洽。
努尔哈赤在世的时候，他为讨得父亲的欢心，竟而潜弑生母；当处于太子地位的代善与努尔哈赤因岳托兄弟受继母虐待而相对峙的时候，莽古尔泰毫不犹豫地站到父汗一边，与代善翻脸。这一类的行为使他得到汗父的提拔，成为四大贝勒中的一员。而努尔哈赤崩逝的国丧期内，他又与同母的妹妹莽古济、弟弟德格类盛装宴饮、吹弹作乐，这是很古怪的事情。至少可以表明，在他鲁莽简单的外表下面，隐藏着十分复杂而又难以言说的个性和情感。
大贝勒的权势地位，更助长了莽古尔泰性格中的暴躁粗鲁，使他很容易动怒，一动怒就不计后果，口出狂言。在这一年八月后金围攻大凌河的战场上，莽古尔泰为此付出了沉重的代价。
为了各旗兵马差遣调动是否公平，莽古尔泰与皇太极发生口角。皇太极指责莽古尔泰每每违误命令，莽古尔泰抗辩并反指皇太极差遣不公，言来语去，争吵升温，莽古尔泰竟恼羞成怒，说：“你怎么专跟我为难？我不过看在你是汗王的面上，处处顺着你，你还嫌不够，非得杀了我不可吗？”暴怒中的莽古尔泰，猛地把佩刀从身后转到前面，手按刀柄怒视皇太极。
一旁的德格类大喝一声：“你这举动大悖，谁能容得！”说着奋拳殴打莽古尔泰，就手把他推开。
莽古尔泰竟不听劝阻，迁怒于德格类，大骂：“你这蠢货竟敢打我！”哗啦一声，抽刀出鞘五寸多长。德格类知道利害，不顾一切地把他这位同母兄推走了。
莽古尔泰太过分了，以致目睹全部过程的大贝勒代善也气愤地说：“如此悖乱，简直不如去死！”
努尔哈赤去世时，莽古尔泰的实力与威望都无法与皇太极抗衡，所以他采取的是既不争位也不拥戴的落落寡合的态度。但这并不等于他对皇太极即位口服心服。他的不服，此刻表现得淋漓尽致。
莽古尔泰的行为太愚蠢，不久就被议为“酒醉后御前露刃”罪，革去大贝勒名号，降为一般贝勒，夺去五牛录属员（占全旗属员的五分之一），罚银一万两。正蓝旗的势力受到沉重打击。
究竟不像阿敏那样罪情重大，不能一撸到底，更不能论死罪或囚禁，从代善及诸贝勒议莽古尔泰之罪时强调“酒醉”来看，他们心里对莽古尔泰还是有回护之情的，皇太极懂得不能违众的道理，也需要保存自己敬兄爱弟的名声。但即使是这样的处理，也给皇太极带来意外的收获。
天聪六年（1632年）正月朝贺之际，礼部参政提出：莽古尔泰已因悖逆之罪革除大贝勒名号了，不应仍与汗王并坐受贺。莽古尔泰自然不能反对，代善在诸多压力和暗示之下，也不得不主动表示：既拥戴皇上为君，又与皇上并坐，非礼也，从今以后，皇上南面中坐，他和莽古尔泰侍坐两侧。
皇太极欣然接受了大贝勒代善的好意。这样，从公元1626年登上汗位，到此时他才真正南面称孤。这不止是一种形式上的改变，更是实力上、名义上和人们观念上的一次突破。汗王独尊的地位、汗王集权的努力开始得到承认。
这是皇太极善于审时度势、抓住机会的两次十分成功的例证。但他的成功远不止此。在后来对大贝勒代善及诸贝勒的恩威并举而使之降服的过程中；在用反间计借崇祯帝之手杀却明朝大将袁崇焕的计谋中；在将八旗军由单一的满八旗扩充为包括满八旗、汉八旗、蒙八旗在内的二十四旗国家军事力量的行动中；在处理后金与朝鲜、蒙古、明朝的复杂关系中，他都因有极高的审时�