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太和四年（369年）桓温从枋头败归后，由于徐、豫问题业已解决，才敢于从姑孰越建康，一度城广陵而居。此举当是就近清理盘根错节已数十年的北府异己势力，同数年前进驻姑孰以图解决豫州问题一样。咸安元年（371年），乃有桓温入建康，废海西公而立会稽王司马昱为帝（简文帝）之事，打破了多年以来呈胶着状态的东晋政局。
废立之议，倡自郗超。但《魏书》卷九六《司马睿传》谓桓温“宿有此谋”；《晋书》卷六七《郗超传》亦谓桓温“宿有此计”。看来，郗超不过是揣摩桓温之意而发之罢了。从策略上说来，桓温一生持重，在夺取权力时也往往是欲取先与，一步分作几步走。以对付殷浩为例，先是一再逼殷浩北伐，待北伐失败后表而废之。以夺取徐州为例，废范汪而以徐州予庾希，免庾希而以之予郗愔，最后才从郗愔手中取得。桓温废海西公，是他图谋篡取皇权、代晋自立的若干步骤中的重要一步。废海西公，以情势度之，有两种可能的反应：或有反抗，或无反抗。反抗，有对待袁真、袁瑾父子的办法可用，即临之以兵；无反抗，则有对待郗愔的办法可用，即畀以自养之地。桓温于咸安元年十一月丁未从白石入建康，越日己酉海西公出宫，简文帝即位，未遇障碍，一切顺利。琅邪王氏的王彪之甚至还为桓温废立寻找历史根据，制定礼仪。越六日乙卯，武陵王晞免官归藩。接着，桓温诛夷为己宿怨而又宗强的庾氏、殷氏人物，更换殿中禁军，并以亲信人物郗超直宫省中，侍从（实际上是监督）简文帝。辛酉，桓温自白石还姑孰。自丁未至辛酉，桓温留都不过半月，朝局种种都确定下来了，一废一立，皆出桓温。从此桓温奠立了自己在朝廷牢固的权威地位，形成了“政由桓氏，祭则寡人”的权力格局。桓温置简文帝于皇帝地位，与当年置郗愔于徐州刺史地位一样，又一次使用了欲取先与的策略，不过这次是在最高的权力层次上使用。
但是，在简文帝临死之前，桓温将要在政治权力的阶梯上走完最后几级的时候，极大的障碍出现了。几家最有影响的门阀士族，主要是太原王氏，陈郡谢氏，他们在朝廷还拥有潜在力量，亟思抗拒桓温的非分之求，以图维护东晋司马氏的帝位，恢复门阀士族之间的平衡状态。
当时朝廷在位的士族人物，多数曾居桓温军府，是桓温的故吏。如谢安曾为桓温司马，王坦之曾为长史，郗超曾为参军，王珣（王导子王洽之子）曾为主簿，等等。他们都深知桓温的政治志向。但是他们之中愿意协助桓温，为桓温所用的，只有郗超一人。当简文帝立，郗超为中书侍郎入直宫省之时，谢安、王坦之为侍中，都在简文帝左右。所以桓温并不放心朝局，一直居于姑孰而不入朝，直到翌年七月简文帝之死为止。
简文帝死，至孝武帝立，其间不过五日，朝局却围绕所谓简文帝遗诏问题，展开了以桓温为一方，以王坦之、谢安为一方的尖锐激烈斗争。此事史籍所载互有歧异，大体说来有三个系统：一为《晋书》，包括简文、孝武等纪，桓温、王彪之等传；一为《建康实录》；一为《通鉴》。此外，其它史料还有一些。兹以《通鉴》纪事为主，参照《晋书》、《建康实录》以及其它史料，考校异同如下。
《通鉴》：（咸安二年七月）甲寅，帝不豫。急召大司马温入辅，一日一夜发四诏，温辞不至。
案：帝不豫之日系于甲寅，不知所据。急召当有诏。《魏书》卷六九《司马星传》录其中一诏，曰：“吾遂委笃，足下便入，冀得相见。不谓疾患遂至于此。今者惙然，势不复久，且虽有诏，岂复相及？……天下艰难，而昌明幼冲眇然，非阿衡辅导之训，当何以宁济也！国事家计，一托于公。”从语气看来，四诏中此诏非最早者。托桓温阿衡辅导，则明知昌明（即继立的孝武帝）为其掌中物，不得不作此态，或者意在求桓温阿衡辅导如伊尹，而求其勿为王莽耳。
桓温辞不入都，有疏荐谢安、王坦之，见《桓温传》。这自然是故作姿态，以观王、谢士族的反应。疏有“皇子幼稚”之语，则知作于太子未立之时。传谓疏未及奏而筒文帝崩。
立太子，《简文帝纪》谓在乙未，《孝武帝纪》谓在已未。《通鉴》从《孝武帝纪》。己未在甲寅后五日，而乙未则甲寅后三十余日。如简文帝不豫在甲寅不误，则立太子事急，当以己未为允，简文帝之死即在立太子当日。简文病发甚猛，至死不过数日，宜一日有四诏，而桓温疏亦未及奏。
《通鉴》：遗诏“大司马温依周公居摄故事”。又曰：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”侍中王坦之自持诏入，于帝前毁之。帝曰：“天下，傥来之运，卿何所嫌？”坦之曰：“天下，宣、元之天下，陛下何得专之？”帝乃使坦之改诏曰：“家国事一禀大司马，如诸葛武侯、王丞相故事。”是日帝崩。
案：遗诏本敕温“依周公居摄故事”，见于《王坦之传》；又敕温可自取天下，见于《建康实录》卷八，最早当本之于《宋书》卷二五《天文志》三。这两层意思应当都包含在简文遗诏中，说明简文帝预见到桓温有篡夺的可能，又不希望果然出现这种局面，所以请求桓温以居摄为度，不要逾越。如果不能约束桓温，桓温篡取与否，就全在他自己了。
遗诏谓“天下，傥来之运”，“傥来”语出《庄子》，成玄英疏谓“意外忽来者耳”。简文盖以己之得立全出于桓温，予夺取舍，全在桓温之意。所以“傥来”与“君自取之”是互相照应的。
《通鉴》把“君自取之”与“居摄”二事用“又日”相连，说明均为遗诏之文，是正确的。《晋书·王坦之传》和《建康实录》则各录其一，都不全面。王坦之改诏，把“君自取之”和“居摄”二事都去掉，改用“如诸葛武侯、王丞相故事”，是对桓温的一次重大打击。《桓温传》说：“温初望简文临终禅位于己（案，这就是桓温废海西公、立筒文帝之意，也就是简文帝对桓温所说‘君自取之’之意），不尔便为周公居摄。事既不副所望，故甚愤怒。”桓温不满足于诸葛亮、王导地位，知道这是门阀士族太原王氏、陈郡谢氏作梗，与弟桓冲书曰：“王、谢处大事之际，日愤愤少怀”云云。
遗诏是简文病后“一日一夜频有四诏”之外的又一诏，未发而毁，由王坦之改作，可见其时官中惶恐勿遽之状。
魏晋以来，帝王（或实际上是而名义上尚不是的帝王）托孤时任臣属自取天下，简文帝此诏以前尚有两见，一为刘备，一为孙策，都是创业伊始，局势未稳之时的事。《三国志·蜀志·诸葛亮传》：刘备病笃，谓亮曰：“若嗣子可辅，辅之；如其不才，君可自取。”刘备托孤语，盖效法孙策托孤。《三国志·吴志·张昭传》注引《吴历》：孙策临终，以弟孙权托张昭日：“若仲谋不任事者，君便自取之。”刘、孙二例虽各有其历史背景，要皆是君臣肝胆相照之词，与简文帝之被迫作此表示者，情况大不一样。
《通鉴》：群臣疑惑，未敢立嗣。或曰：“当须大司马处分”。尚书仆射王彪之正色曰：“天子崩，太子代立，大司马何容得异？若先面谘，必反为所责。”朝议乃定。太子即皇帝位，大赦。
案：事本《王彪之传》。群臣未敢立嗣，须桓温处分者，就是等待桓温作出是否自取的决定，桓温不取，太子始得即帝位。王彪之为仆射，不当预草诏机事，但处朝班权贵之列，故得显言于朝堂，意在释群臣之惑而坚立嗣主之心。立太子、遗诏、帝崩三事均在一日之内，群臣知诏之所立而又不敢奉诏行事，足见桓温权势之重和群臣的畏惧之心。不过其时京师宫省之变，变在须臾，而无论是在官省或在朝廷，桓温党羽曾无一人参与机事，因而桓温在此数日之内反而处于被动地位而受制于士族王、谢。这种情况的出现，归根到底是桓氏地望不高、门户不强所造成的，桓温亦莫可如何。枋头败后桓温气势有所衰降，不敢贸然行事，也是原因之一。
《通鉴》：崇德太后令，以帝冲幼，加在谅，令温依周公居摄故事，事已施行。王彪之曰：“此异常大事，大司马必当固让，使万机停滞，稽废山陵，未敢奉令，谨具封还。”事遂不行。
案：事见《王彪之传》。桓温居摄之议一发于简文帝而见阻于王坦之，再发于崇德太后而见阻于王彪之。彪之在外朝，不奉崇德太后令，具封还内请停，其事与王坦之以侍中于宫中毁诏相类，只不过一在内，一在外而已。王彪之曾反对以桓温弟桓云为豫州刺史，又为桓温废海西公事定礼度仪制，可见他对桓温态度是有违有从，犹豫不定，此时以太原王氏、陈郡谢氏态度明朗，所以王彪之也坚定了抗拒桓氏的立场。不过琅邪王氏地望虽高而人才凋落，不像太原王氏、陈郡谢氏那样方兴未艾，具有影响政局的更大潜力。其时习称的王、谢之王，并不是指琅邪王氏而是指太原王氏，这是值得注意的。
以上就是简文帝遗诏问题的始末。据此可知，遗诏问题中涉及桓温，实际上有三种意见。第一种意见是，桓温自己希望简文帝禅位给他，但惮于士族王、谢而不敢强取。简文帝料到其身后桓温有篡夺的可能，于是有“君自取之”的话。但是简文帝却亟不愿发生这样的事，因而有第二种意见，即予桓温以周公居摄之位。桓温依周公居摄，这可说是司马皇室的意见，简文帝遗诏，最初是这样写的，太子即位以后崇德太后令，也是这样写的。居摄者代替皇帝执行权力，但皇帝成年后应当“复子明辟”。这是司马皇室在不移晋鼎条件下，给桓温最大的让步。第三种是王、谢士族的意见，他们既不允许移鼎，也不同意桓温居摄，只同意桓温按诸葛亮、王导故事行事。尽管这时桓温掌握军事优势，但是政治优势却在王、谢一边。桓温终于不得不接受这种裁决。简文帝死后数月，宁康元年（373年）二月，桓温由姑孰来朝，本有诛王、谢，移晋鼎的打算，但是格于形势，未敢下手，只就前一年冬所谓彭城妖人卢悚率众突入殿庭一事穷加究治，此年稍后，桓温病，病中犹讽朝廷求九锡，谢安等延宕其事。七月，桓温死。
自桓温废海西公而立简文帝，到简文帝临终遗诏，到桓温之死，其间一共只有一年半的时间。这是激烈的权力之争的一年半，是朝野鼎沸的一年半，是晋室不绝如线的一年半。我们归纳史实，可以看到如下一些现象和问题：
一皇权的最低点 皇位的一废一立，全凭桓温一言定局，被废的海西公无可奈何，被立的简文帝也无可奈何。简文帝手诏报桓温诛武陵王晞之请中有言曰：“……如其大运去矣，请避贤路”，意即由桓温任意选择皇帝，包括桓温自帝。所以简文遗诏中有“君自取之”