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桓玄、杨佺期兵至石头，王恭所遣北府将刘牢之军据竹里，夹击建康。此时中枢权力已经转移至会稽王世子司马元显之手。王恭以门第傲物，既恃刘牢之的武力，又以部曲将薄遇刘牢之。司马元显利用这一矛盾，遣原为北府将的高素①说刘牢之倒戈。王恭败走被擒，与其子弟党羽俱斩。这样，作为孝武帝后党的太原王氏的王蕴一支，也告覆灭。
本书《论郗鉴》篇曾论及东晋门阀政治出现的两个基本条件，一是皇权不振，一是士族专兵。太元以来太原王氏活跃之时，孝武帝力图重振皇权，又图以司马道子的相权相辅，是皇权不振这一基本条件已在改变之中，或者说已有了改变的可能性。太原王氏二支之中，居京口重镇的王恭，兵力仰赖于并非门阀士族的刘牢之；先后居上游荆、江的王忱、王愉，也都无兵权在握，是士族专兵的这一基本条件已不存在。所以，代表门阀政治一个特定阶段的太原王氏两支的覆灭，实际上也是东晋百年门阀政治的终场。
太原王氏在东晋的政治作用消失了，东晋一朝的门阀政治从此结束。但是，司马氏政权的命运也处在风雨飘摇之中。政局山重水复，前路何在，什么力量将代之而起，孝武帝开始的振兴皇权的历史趋势是否还能继续下去，这一切，此时此刻尚不见端倪。
王恭死后，刘牢之代王恭居北府之任，北府重镇第一次落到将门出身的下层士族之手。刘牢之率北府兵至京邑以拒上游之师，杨佺期、桓玄、殷仲堪回军蔡洲，司马道子信左卫将军桓修（桓冲之子，桓玄从兄，尚简文帝女武昌公主）之谋，以桓玄为江州，杨佺期为雍州，黜殷仲堪为广州，而委桓修以荆州之任，居上游之核心。桓修说：“西军可说而解也，修知其情矣。若许佺期以重利，无不倒戈于仲堪者”（《殷仲堪传》）。由此可知，上游诸军存在重重矛盾，其军事实力的关键在杨佺期。殷仲堪初不接受朝命。但是，桓玄一则喜于江州宠授，二则喜于与荆州桓修为邻，所以意存观望，有接受朝命的可能。杨佺期亦在可否之间。但是桓、杨将士家属多在殷仲堪治下的江陵，殷仲堪命将士南归荆州，否则大军至江陵，将悉戮余口，以此胁迫桓、杨置朝命于不顾。这种复杂的利害关系，使得殷—桓—杨联盟又维持了一个短暂的时间。他们彼此以子弟为质，盟于寻阳，共拒朝命，不过盟主地位已由殷仲堪改属桓玄。此时，孙恩之众已起于会稽，上游之事朝廷已无力顾及。
隆安三年（399年），殷仲堪与杨佺期共谋袭击桓玄，反被桓玄分别消灭。桓玄并有殷、杨军力，独揽上游，对建康威胁甚大。只是由于孙恩之众横扫三吴，上游才得短期敛兵，未向下游发动攻击。
元兴元年（402年），司马元显讨伐桓玄，桓玄乘机举兵东下，至于姑孰，北府将刘牢之向桓玄投降。桓玄入京师总揽大局，刘牢之所领的徐、兖刺史亦为桓玄所夺。桓玄杀司马元显，流司马道子。刘牢之惧祸，拟奔江北，途中自缢而死。桓玄消灭了一切对手，并趁卢循主力泛海南下之机，于元兴二年十二月代晋为楚。
① 《北堂书抄》卷九○、《太平御览》卷五二九引。
② 《太平御览》卷八九二引。
③ 《太平御览》卷六六六引。
① 哀帝王皇后为孝武帝王皇后之姑，但哀帝在辈分上却是孝武帝之侄。可见东晋士族婚姻并不讲究行辈。庾冰妹为明帝皇后，而庾冰女又为明帝之孙废帝皇后。周一良先生《魏晋南北朝史札记》“婚姻不论行辈”条，以南朝事例说明士族婚姻不论行辈，甚是。不过这一现象六朝都是如此，不只南朝，也不只东晋，孙吴时已多有此等例证。六朝婚姻行辈错乱特多，我想士族通婚范围过于狭窄，可供选择的余地甚少，所以再不能拘泥于行辈了。
① 忱，《晋书》误为悦。
① 以青、兖二州刺史镇京口而不带徐州刺史，这是由于徐州刺史已为宰相司 马道子兼领之故。以下王恭以青、兖二州刺史镇京口，亦同此。
② 据《南齐书》卷一五《州郡志》（下），太元四年前秦陷襄阳后，桓冲避居 上明，“重戍江南，轻戍江北。”王忱刺荆州，始还治江陵。
③ 庾楷党于王国宝，见《晋书》卷八四《王恭传》；王国宝以庾楷为豫州刺史 在十五年八月，见《宋书》卷二○《五行志》（一）。
① 分见《通鉴》大元十六年九月及《世说新语·言语》“桓玄义兴还后”条。
① 东汉胡广屈从千梁冀，背弃与李固、赵戒共立长君之约，获讥于当世。《后汉书》卷七四《胡广传》谚曰：“万事不理问伯始（胡广字），天下中庸有胡公。”《通鉴》太元二一年胡注曰：“谓依违权奸之间以保禄位。”
① 关于天师道与晋末政治关系，下章有说。
① 高素出乐安高氏，世为北府将，事详下章。
五 小 结
上述晋末政争的五个阶段，是江左的太原王氏由极盛到覆灭的过程，是严格意义的门阀政治最终结束的过程，也是司马氏的东晋政权彻底败落的过程。东晋末年政局，由主相相持演变为两藩对立，再变为孝武帝死后两藩联合以抗中枢，再变为一藩失败一藩成功，再变为桓玄暂得独揽权力而成篡局。在这十余年瞬息变化的政局中，不论是皇帝，是相王，是权臣，是藩镇，是士族，没有一个人得以成为时局的重心。百年门阀政治的格局破坏了，而皇权政治并没有真正树立起来。中枢既昏乱，又虚弱。如果说有什么势力在这十余年中真正起了作用，那就是上下游两强藩所倚恃的军队：上游是以杨佺期雍州兵为主的军队，下游是刘牢之的北府兵。
上下游这两支军队，都是由边境地区的北来流民为主体而组成的。军队的统领，刘牢之是出自将门的次等士族；杨佺期虽出弘农杨氏高门①，亦因晚渡及婚宦失类而不得预于胜流，实际地位与刘牢之相近，只能算作次等士族。北府兵和雍州兵，军队由次等士族的武将率领，而武将则由门阀士族指挥，武将和门阀士族之间一直存在矛盾。王恭轻视刘牢之，桓玄以寒士裁抑杨佺期，都是同样的性质。所以这两支军队都有脱离士族统治的倾向，实际上是走着与士族相对独立的但却是迂回曲折的发展道路。
在门阀政治无法继续，皇权政治不得复兴的条件下，只有刘牢之、杨佺期的军队具有澄清局势、恢复安定的潜在作用。但是这些伧荒武将并不理解自己能起的作用和自己的历史使命，不具备使自己的军队完全脱离门阀士族附庸地位的意识。他们没有一定的方向，始终只是在百年门阀政治造成的迷宫里跌跌撞撞。
以下游武将刘牢之论，他虽然握有一支决定建康命运的军队，但他一叛王恭而降司马道子，二叛司马道子而降桓玄，三叛桓玄而走上绝路。他始终只是为了自存，而又终于无法自存。《谢安传》谢安疑刘牢之“不可独任”，《刘牢之传》牢之参军刘袭谓“一人而三反，岂得立也！”刘牢之的行动并不只是个人晕头转向、进退失宜问题，而是反映了本来是门阀士族的工具的伦荒武将转化为社会统治力量时必然出现的曲折。居间行计以促成刘牢之的反复的，一次是司马道子派出的高素，一次是司马元显派出的何穆之，这二人都是北府旧人，但也都不明白北府兵的历史作用。不过，也还应当看到，刘牢之几次倒戈后，北府兵既未真正归于司马道子父子，也未真正归于桓玄。桓玄蓄意剥夺刘牢之兵权，先是自己兼领徐州，后来又以桓修出镇京口，并徒刘牢之于会稽，以北府兵配诸桓。尽管如此，北府兵并不为桓玄所用。当刘裕进攻桓玄时，桓玄以桓谦等人拒战，“谦等士卒多北府人，素慑伏裕，莫敢出斗，……谦等诸军一时奔散”，事见《晋书》卷八五《刘毅传》。甚至在刘牢之自杀以后，北府势力还能重建，并团聚在刘裕周围，成为刘裕驱逐桓玄，压平卢循，进行北伐，废晋立宋的主要力量。
至于上游杨佺期的武力，与刘牢之的北府兵相比，性质上很相像而结局却又不同。杨氏的兵力是上游荆州的决定力量，没有它，殷仲堪和桓玄很难有所作为。而杨氏兄弟始终只是依违于门阀士族势力之间，没有独立发展的打算，与刘牢之所统北府兵相似。不过，杨氏兄弟的武力被桓玄兼并后，就成为门阀士族桓氏的工具，成为桓玄入京代晋的垫脚石，这又与北府兵完全不同。桓玄兼并杨佺期，这是局部问题；桓玄终于被北府将刘裕所灭，这是全局问题。从局部看来，门阀士族可以吃掉强大的伦荒武将；从全局看来，门阀士族的统治地位终将要被伧荒武将所取代。
还有，即令是荆州这一局部，桓玄兼并杨佺期，也没有长期地改变荆州地区门阀士族与伧荒武将的关系。《梁书》卷一○《萧颖达传》：“江陵素畏襄阳人”。陈寅恪先生《述东晋王导之功业》①一文据此立论曰：“此点不独涉及梁武帝之霸业，即前此之桓玄、刘毅、沈攸之，后此之梁元帝、萧詧诸人之兴亡成败，皆与之有关也。”东晋以来，特别是桓温居江陵以来，上游侨人门第较高者常居江陵，门第较低而有武力者大率居襄阳附近，与下游侨人门第较高者居建康，门第较低而有武力者大率居京口附近相类似。《南齐书》卷一五《州郡志》（下）：襄阳、江陵“步道五百，势同唇齿。”江陵必须用襄阳的武力，始能维持上游的统治；襄阳的武力总是在关键时刻，影响甚至决定江陵的政局。这就是“江陵素畏襄阳人”的历史背景。杨佺期之后有鲁宗之。据《宋书》卷七四《鲁爽传》，太元末鲁宗之自扶风至襄阳，开始以其武力影响江陵政局。他在以后的关键时刻三入江陵，一是支援刘道规灭桓氏余党，一是助刘裕灭刘毅，一是抗拒刘裕而未成功。入刘宋后，门阀政治的格局不存在了，但襄阳武力对江陵政局的举足轻重作用，大体如旧。此点越出本题范围，无庸细究。
这里再顺便谈一下与其时政局关系密切的孙恩问题。《魏书》卷九六《司马睿传》曰：“德宗（司马德宗，即晋安帝）以来，内外乖贰，石头之外，皆专之于荆、江；自江以西，则受命于豫州；京口及于江北，皆兖州刺史刘牢之等所制，德宗政令所行，唯三吴而已。”上下游的藩镇兵皆不在司马道子父子之手，道子父子欲补充京师兵力以求自保，只有从三吴一隅徵发，于是而有发东土诸郡“免奴为客者”，号之曰“乐属”，移置京师以充军役之事，终于激发三吴农民起义。所以从导火线说来，东晋的农民起义正是东晋统治者长期内争的直接结果。徵发“免奴为客者”为兵，其事同晋元帝太兴四年（321年）“免中州良民遭难为扬州诸郡僮客者以备征役”，性质是一样的，但时机迥异，所以后果各不相同。
孙恩家族，在西晋时已跻入