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南渡士族都是亡官失守之士，有其迫切的家族利益急待追求。首先，他们要庇托有所，脚跟能够立定。他们固然要保全司马氏的皇朝，使司马皇朝能对南渡士族起庇护作用，但绝不乐意晋元帝真正发挥皇权的威力来限制他们。而从晋元帝方面说来，与士族共有神器，毕竟不是他所心甘的。所以，要稳定共天下的政治秩序，要取得皇权与士族的平衡和士族之间的平衡（这里又包括侨姓士族与吴姓士族的平衡和侨姓士族各门户之间的平衡），还需要经过一场政治倾轧和实力较量才行。于是我们看到，有晋元帝重用刘隗、刁协以抑王氏兄弟之举，由此又引出王敦与执政王导勾结，以南人钱凤、沈充为援共叛晋室之举。
王敦叛乱两次举兵，牵动的矛盾并不全同。王敦一叛，以“清君侧”即反对刘隗、刁协为名，得到士族的普遍支持，这说明士族在东晋的特殊地位和特殊权益，是不容皇权侵犯的。王敦再叛，欲取代司马氏而独吞江左，以士族共同反对而告失败，这说明司马氏皇权也不容任何一姓士族擅自废弃。历史的结论是，只有皇权与士族共治天下，平衡和秩序才得以维持。所以，本来只是两晋之际具体条件下形成的“王与马共天下”的暂时局面，就被皇权与士族共同接受，成为东晋一朝门阀政治的模式。此后执政的庾氏、桓氏、谢氏，背景虽各有不同，但都不能违背这一结论，企图违背的人，都未能得逞。因此，王与马、庾与马、桓与马、谢与马共天下的格局延续多年，始终没有大的变动。
淝水战后，形势出现了重大变化。其时士族势力已经大不如昔，东晋政权也成为枯木朽株。孝武帝所作重振皇权的努力，功效甚微而触发的矛盾却很复杂。门阀政治的格局，以太原王氏两支各自凭借后党妃党的地位，交斗于主相之间而呈崩坏之势。孝武帝死后，破坏门阀政治的代表人物，是执政的皇室人物司马道子、司马元显父子；而门阀士族的代表人物，则是原为孝武帝亲信而居徐州京口之任的太原王氏王恭，以及上游的殷仲堪与桓玄。
王恭起兵败死后，桓玄并吞殷仲堪等上游兵力，进驻建康，消灭了司马道子父子的势力。如果桓玄处置适宜的话，这本来是重振门阀政治的一个时机。都下重要的门阀士族人物，几乎都支持桓玄，接受了桓玄的官职。《通鉴》元兴元年（402年）谓“玄初至，黜奸佞，擢俊贤，京师欣然，冀得少安。”《世说新语·文学》还说其时泰山羊孚从京口诣玄，致笺赞颂曰：“明公启晨光于积晦，澄百流以一源”，桓玄即用为记室参军①。但是桓玄走得太远，不旋踵而代晋立楚，破坏共天下的局面。对此，门阀士族自有其不安之处，但亦未见有多表现，我们只知羊孚曾坚持异议。《世说新语·伤逝》：“桓玄当篡位，语卞鞠（卞范之）云‘昔羊子道（羊孚）恒禁吾此意（案此时羊孚新丧）’”，云云。羊孚禁桓玄篡晋，可能反映了怯懦的门阀士族的共同心愿，但并无实际作用。真正有力量反对桓玄此举的，是北府将孑余的刘裕。《宋书》卷一《武帝纪》刘裕语何无忌曰：“桓玄必能守节北面，我当与卿事之；不然，与卿图之。”
看来，都下的门阀世族对桓玄的态度，颇似昔日他们之对待王敦。迎桓玄入都并与之合作，意在去司马道子父子的专擅而长门阀士族的威风；阻桓玄称帝立楚，意在维持门阀士族与司马氏共治而防桓玄独吞江左。江左之初，诸门户与王敦关系，正是如此。这是门阀政治在权力分配上所必需的。君以此始，亦必以终。不同的是，王敦一叛再叛，门阀士族不但直接表示了意见，而且也采取了有力的行动，即赞同其清君侧之举而用兵力阻止其篡晋之谋，态度明朗，反映门阀士族力量强大，足以有所作为；桓玄兴师入都及后来废晋立楚，门阀士族赞同其消灭司马道子父子势力而未敢公然阻止其篡晋，态度暖昧，反映门阀士族的虚弱，丧失了举足轻重的力量。
刘裕驱逐了桓玄，使桓玄的起落成为东晋门阀政治的一次回光反照。昔日决断机枢的门阀士族，一般都无所作为，从王谧奉玺册于桓玄开始以至南朝之末，在改朝换代之际总是随例变迁，无复秦楚。与之相应，东晋统纪由次等士族刘裕恢复以后，重建士族与司马氏共治的门阀政治局面是再也不可能了。不过次等士族收拾残局，代晋建宋，格于各种原因，也并非可以一蹴而就，还需要相当准备，还得有一个过程。东晋义熙政局就是这样一个过程，其历史内容，无非是为门阀政治回归皇权政治准备必要的条件。
四 门阀政治和流民
东晋门阀政治，严格说来，居政而有实权者只限于侨姓士族，吴姓士族只不过是陪衬。吴姓士族政治上不能获得更多好处，经济上却必须坚守既得利益，不容侵犯。王敦起兵，曾责备刘隗辈行刻碎之政，其中一条是“复依旧名，普取出客。”唐长孺先生认为侨民旧籍无从稽查，依旧名所取的当为江南土著豪强地主的佃客，因而王敦此举，意在联系江南大姓，激起他们对晋室的怨恨和反抗①。这一分析是中肯的，同以后司马元显发东土诸郡免奴为客者为兵，激起东南八郡大姓和被征发者一起反抗，情况大体一样。
吴姓士族坚守自己的经济利益，东晋政府正常的租赋兵徭取给，越来越困难，而兵役征发，困难尤大。因此，从北方南来止于江淮的流民群，就成为东晋朝廷注目的对象。流民群驻足未稳，田宅不立，同仇敌忾，有抗胡的热情。但是他们在艰险中觅道南来，本未受江左政权的羁绊，对江左政权未必竭诚效忠。江左政权也必然能够理解，流民群可用而未可随意用，要用得其时，用得其法，用得其人，用得其所，而且还要估计风险。虽然如此，朝廷每当困窘之时，总会自然而然地想到流民群。可以说，东晋一朝大事，几乎都与流民群有直接的或间接的关系。
征发零散流民之为扬州与江南诸郡僮客者为兵，成为王敦之乱的导火线，是众所周知的。东晋为平王敦之乱，没有其它兵力可资凭借，仍然只有动用流民武装。此事发谋于郗鉴、桓彝等人而为明帝采纳，卒灭王敦。但是作为后果，却孕育出流民帅苏峻之乱，这当然是郗、桓辈始作桶者和晋明帝始料所不及的。
尽管苏峻之乱教训了东晋当轴诸公，但仍无法改变东晋对于使用流民的需求。于是，产生了安顿流民以图得其死力的长远打算，即给流民田宅，用强藩加以控制，组织流民军队屯驻在京师以外的要地作为威慑力量。这样组织起来的流民武装，本意主要是用于防御外敌，不是用于北伐，更不是用于内争。使用流民成功的事例，首先是郗鉴对京口的经营。后来谢玄从流民和流民帅中募北府兵将成功，由此而有淝水之战的胜利，这与郗鉴早期经营京口因而得以羁縻江淮以北的流民帅，当有重要关系。
与下游北府经营相应，上游也出现了襄阳的经营。诸庾、诸桓控制上游时都十分重视襄阳流民的作用，其经营办法与下游京口相似。所以襄阳的流民武装，得以成为屏蔽荆、江的重要力量。不过，下游的建康得京口的保障，上游的荆、江有襄阳的武力，彼此各有所恃，又使东晋一朝上下游势力对峙的局面得以长久相持。本来是用于防御外敌的威慑力量，在内争中实际上起着作用，而且作用越来越大。
东晋一朝门阀政治，通常是由两三家当权士族分据内外，相抗相维。表面看来，这只是荆、扬的地域条件形成的，但是归根结底，还是由于上下游两支由门阀士族支配的主要是流民组成的武装形成均势，互相制约使然。苏峻乱后的七十余年中，分据上下游的武装力量没有刀兵相见，使东晋社会赢得了和平发展的时间，也使上下游的流民武装兔除了为士族门阀间的权力角逐而流血牺牲，这毕竟是一件颇有积极意义的事。
孝武帝死后，随着纷坛政局的发展，上下游所分别依仗的流民武装北府兵和襄阳兵，纷纷从抗御外敌的前线直接转入内战，其领袖人物，上游是杨佺期，下游是刘牢之，都可以归入次等士族代表人物一类。他们本来分别统辖于长江上下游的藩镇，属于门阀士族武装。后来他们卷进内战，都是自觉或不自觉地想使自己脱离门阀士族附庸武装的地位，逐渐发展成为独立的政治势力。但是数十年相沿的门阀政治束缚了他们的手脚，禁锢了他们的头脑，使他们摸索不到成功的道路，杨佺期终于成为门阀士族桓玄进入建康，代晋自立的垫脚石，刘牢之也被桓玄迫蹙至死。不过，他们失败的教训终于使刘裕聪明一些而获得成功，而刘裕的成功终归又是靠京口流民的力量。
东晋一朝，皇帝垂拱，士族当权，流民出力，门阀政治才能维持。等到士族不能照旧当权，司马氏也不能照旧垂拱而居帝位的时候，已经走到历史前台的流民领袖人物既抛弃了司马氏，也改变了门阀政治格局，树立了次等士族的统治秩序。但是历史并未因此而断裂，历史的逻辑在晋宋之际仍在顽强地起作用。次等士族的代表刘裕既继承了孝武帝伸张皇权的遗志，又在朝堂上安排了虽丧元气但有余威的门阀士族的席次。皇帝恢复了驾驭士族的权威，士族则保留着很大的社会政治影响。这就是具有南朝特点的皇权政治。刘宋前期，士族人物还凭借历史遗留的优势地位，在相当的程度上干预和操纵政治。不过这种情况并不长久，越到后来就越不显著了。
五 门阀士族的经济基础
世家大族和士族的存在，都是以大田庄为其物质基础。依靠宗族，大田庄经济比较容易形成，比较容易巩固，也比较容易持久。东汉大田庄经济状况，已有相当多的文献和考古资料足以说明了。
汉魏之际的大动乱，使北方本来是比较巩固的大田庄突遭破坏，普遍地发生了抛荒易主的情形。《三国志·魏志·司马朗传》所谓“民人分散，土业无主”，《后汉书·仲长统传》所谓“田无常主，民无常居”等等，当是包括大田庄破坏情况而言的。等到大乱稍息，流民渐归，田庄主抢占土地，恢复产业，又形成了一股浪潮。荀悦《申鉴·时事》所忧富人专封专地，主张“耕而勿有，以俟制度”，就是针对这股浪潮而言。司马朗、仲长统、荀悦，都是其时农村产业变化的见证人。至于荀悦所俟的“制度”，依魏晋的实际而论，其内容不是遏止这一浪潮，而是寓承认于限制。
乱后复起的大田庄主人，有些是原来的世家大族，但并不都是原来的世家大族。他们之中，有的成为魏晋士族中的