1、犊子部的补特伽罗
首先建立轮回主体的是犊子部。犊子部是佛灭三百年左右，由说一切有部分出的部派。其后由此部分出法上部、贤胄部、正量部、密林山部等四部。依众生一般的思维而言，无我就不能说轮回，轮回就不能说无我，既说轮回又说无我，为什么？这个问题实在有加以回答的必要。
犊子部和他的支派都建立了不可说的补特伽罗来回答这个问题，他认为心心所是刹那生灭的；色法的根身，在相当时间，虽不灭而暂时地安住，但终于随一期生命的结束而宣告坏灭，有情的色心没有一法可从前世到后世。犊子部的学者认为，在色心处，有一个不可说的补特伽罗，贯通三世，生命之所以轮回不已，就是由于这个不可说我。如《俱舍论》卷三十《破我品》说：
若定无有补特伽罗，为说阿谁流转生死？……若一切类我体都无，刹那灭心于曾所受久相似境，何能忆知？……若实无我，业已灭坏，云何复能生未来果？15
《异部宗轮论》也说：“其犊子部本宗同义……诸法若离补特伽罗，无从前世转至后世，依补特伽罗，可说有移转。”16犊子部所建立轮回主体的不可说补特伽罗，与《奥义书》所说的我并不相同。《奥义书》所主张的“我”是创造宇宙，或谓“我”是个人我（小我），同时亦是宇宙中心原理之大我（梵语Brahman，意谓宇宙原理），与“我”乃为一体、同一。更进一步主张唯“我”方为真之实在，余皆虚幻。而犊子部的不可说补特伽罗，是非与平常所说五蕴同一的东西，又非是在平常五蕴之外所独立的东西，它非假非实、非有为、非无为、非常、非无常、非离蕴、非即蕴，只可以说是不可说我，如此则解决了轮回与无我的矛盾，而且也解决了外道神我论者的问难。
此不可说补特伽罗不仅是轮回的主体，同时也是记忆的保持者，如《大毗婆沙论》卷十一言：“犊子部说，我许有我，可能忆念本所作事，先自领纳今自忆故。”17从犊子部所立之不可说补特伽罗具有的这二种功能性质看，与后来唯识学上的阿赖耶识有异曲同工之处。瑜伽行派的阿赖耶识，也在说明它是随众生的业力而去感果的轮回主体；同时，因为阿赖耶识有执持种子的功能，所以能保持过去的经验并且明记不忘。由此可见，犊子部所立的不可说补特伽罗与唯识学上的阿赖耶识，在作为轮回主体和保持记忆这两种功能上意趣是一致的。2、化地部的穷生死蕴
这种由犊子部率先提出的不可说补特伽罗，一开始便受到佛教各派的抨击，虽然如此，却开始影响到各个部派佛教，也暗地里建立出种种变相地带有“我”的含义的学说，如化地部的穷生死蕴。
此穷生死蕴，见于《摄大乘论》和《成唯识论》，因为在汉译的小乘论典和《异部宗轮论》里并没有这一说法。玄奘所译《摄大乘论》说：“化地部中，亦以异门密意，说此名穷生死蕴。”18《成唯识论演秘》第三卷末说：“穷生死蕴等者，至金刚定，断烦恼尽，生死永息，名穷生死。”19要想了解此穷生死蕴的意义，可以依于《摄论无性释》，其卷三中言：
于彼部中，有三种蕴：一者，一念顷蕴，谓一刹那有生灭法。二者，一期生蕴，谓乃至生死恒随转法。三者，穷生死蕴，谓乃至得金刚喻定恒随转法。20
依于无性释来看，一念顷蕴，是指组合生命的五蕴，刹那刹那的生灭变化，不是一成不变的。但如果生命是如此刹那刹那的变化不停，为什么会有生命的一期安住呢？于是化地部说此一期生蕴，在粗显的五蕴内，有一个与生命共存亡的微细的一期生蕴，此一期生蕴随一期生命的结束而结束。此中便又有一个问题，即此一期生命结束，还有生命继续而来，此生命如何前后相续？化地部把这个功能交给了穷生死蕴，认为穷生死蕴，在生死未解决之前，一直继续到生死最后边际。
化地部所立的遍历轮回而不息的轮回主体——穷生死蕴，在唯识学者看来，就是阿赖耶识的异门说。因为穷生死蕴具有永恒相续，可以从前生到今生，再延至后生。这个功能，在唯识学者看来，只有阿赖耶识才有，除此之外，再无余法有此功能，所以认为穷生死蕴是阿赖耶识的异门说。
3、上座、分别系的有分识
另外，上座部和分别说系的有分识，亦是作为生命轮回主体的面目出现的。“有”乃指欲有、色有、无色有三有；“分”，是成分之义，也就是构成的条件和原因。上座、分别说系的学者，把细心看成三有轮回的主因，所以叫有分识。此有分识的安立，是从九心轮而来。《成唯识论枢要》卷下说：
上座部师立九心轮：一有分、二能引发、三见、四等寻求、五等贯彻、六安立、七势用、八反缘、九有分。然实但有八心，以周匝而言，总说有九，故成九心轮。21
这九心轮的安立，说明了心识的活动因有分识的终而复始，所以也就形成了生死轮回。此中有分识是轮回主体之心，其特性是体恒不断，周遍三界，为三有之因。《成唯识论述记》卷四曰：“分别论者，旧名分别说部，今说假部。说有分识，体恒不断，周遍三界，为三有因。其余六识，时间断故，有不遍故，故非有分。”22此有分识从过去到现在，由现在到未来，一直前后不断地相续不已，贯通于三世的特征，与唯识学上阿赖耶识思想极为接近，因为唯识学上的阿赖耶识其体也是不断、遍于三界，亦是三有因分之识，所以唯识学者认为，有分识是唯识学上阿赖耶识的异门安立。
4、大众部的根本识
大众部的根本识，是有情一切心识的总根源，即是六识生起的所依。《阿含经》只说六识，在大众部认为此根本识是离六识而别立的。因为大众部是主张一心相续的部派，认为无论哪个有情都是有心的。但这里便有一个问题出现，因为佛陀曾在经上说无想定和灭尽定为二无心定，在这二定中，六识的心心所皆暂时停止活动，入此二定的有情，无有前六识，这与大众部主张的一切有情皆有心是相违的。于是大众部立根本识，他们认为，在无心二定中，虽然没有前六识，但此二定中尚有微细心存在，此微细心便是六识的所依，即根本识。大众部的根本识，唯识学者认为它是阿赖耶识的密意说，如无著在《摄大乘论》中说：“于大众部阿笈摩中说，亦以异门密意说此为根本识，如树依根。”23印顺导师也认为根本识最接近于阿赖耶识，其《唯识学探源》中有言：“《解深密经》的阿陀那识，《楞伽经》的一切根识，都是直接从这“根本识”演化而来的。”24这种根本识与补特伽罗、穷生死蕴、有分识相比，其轮回主体意义不很明显，但从它是其他识生起的根本这一特性来说，它与唯识学上的阿赖耶识有明显的一致性，所以后来的唯识学者认为根本识是阿赖耶识的异门密意识。
5、说一切有部的爱、乐、欣、喜四阿赖耶
关于四阿赖耶的说法，依无性释及《成唯识论》说，此是说一切有部所传《增一阿笈摩》，余部所传，无此诸句，今汉译《增一阿含经》没有此文。关于爱、乐、欣、喜四阿赖耶的解释有二种，有世亲释和无性释。依《摄大乘论世亲释》的解释是：“世间众生爱阿赖耶者，是总标句；如其次第，复以余句约就现在、过去、未来三时别释。”25 依《摄大乘论无性释》说：
爱阿赖耶者，此句总说贪著阿赖耶识；乐阿赖耶者，乐现在世阿赖耶识；欣阿赖耶者，欣过去世已生阿赖耶识；喜阿赖耶者，喜未来世当生阿赖耶识。此性于彼极希愿故，由乐欣喜，是故总名爱阿赖耶。26
以上对于四阿赖耶的解释，显示出一切有部所说的阿赖耶，无论是过去、现在、未来都是众生所执著的，而且这个执著，从无始以来，一直到金刚心，总是那样牢牢地坚执不舍，恒生爱执，这在小乘所承认的前六识是不能承当的，因为小乘的前六识有间断，不具备恒常性，所以四阿赖耶也常被唯识学者认为是阿赖耶识的异门安立。
以上无论是犊子部的不可说补特伽罗，还是化地部的穷生死蕴，上座、分别说系的有分识、大众部的根本识、说一切有部的爱、乐、欣、喜四阿赖耶，都是在说明生命从前到后的延续中有一个转变、相续、潜隐的心识存在，它们是轮回的主体。这个轮回主体所具有的性质，阿赖耶识也同样具有，故后来的唯识学者认为：它们其实就是阿赖耶识的异门密意说。如《摄大乘论》中言：
复次，声闻乘中亦以异门密意，已说阿赖耶识，如彼《增一阿笈摩》说“世间众生，爱阿赖耶，乐阿赖耶，欣阿赖耶，喜阿赖耶。为断如是阿赖耶故，说正法时，恭敬摄耳，住求解心，法随法行。如来出世，如是甚奇希有正法出现世间。于声闻乘《如来出现四德经》中，由此异门密意，已显阿赖耶识。于大众部阿笈摩中，亦以异门密意，说根本识，如树依根。化地部中，亦以异门密意，说此名穷生死蕴。有处有时见色心断，非阿赖耶识中，彼种有断。27
当然，在部派佛教中，是绝对没有八个识的思想，它们也决不承认有一个阿赖耶识存在。但是，部派佛教安立的这些生命轮回主体的性质和功能，在唯识学上第八阿赖耶识也同样具有，所以我们可以下结论，在部派佛教中隐含着阿赖耶识思想。
（三）大乘经典中的赖耶思想
虽然《阿含经》和部派佛教中都隐含有阿赖耶识思想，但唯识学上的阿赖耶识却是依据大乘经典建立的。大乘经典中与唯识学有关的有六部经典，依《成唯识论述记》云：“今此论爰引六经，所谓华严、深密、如来出现功德庄严、阿毗达磨、楞伽、厚严。”28此六经中《如来出现功德庄严经》没有汉译。《华严经》与唯识的关系并不是太大，只是由于《华严经》中《十地品》提出“三界唯心”的思想，这种以心为本的思想得到了后世唯识学者的认同， 并受到了重视。在后来的唯识论典中，当论及到“万法唯识”时，总引用此经的“万法唯心”作为教证，因此，把此经作为唯识宗所依之经典。
而《楞伽经》和《厚严经》真常色彩极为浓厚，印顺导师在其《印度佛教思想史》中谈及《楞伽经》和《厚严经》时就把它归入到“融唯识而成的‘真常唯心论’里”，并且说：
由于此二部经（这里是指《楞伽经》和《厚严经》），引用了五法、三自性、八识、二无我成语，所以一般误以为是瑜伽学的。……这是如来藏系的瑜伽行者，融摄阿赖耶识系的法义，成立自宗——真常为依止的唯心论。29
此外在《论三谛三智与赖耶通真妄》一文中也说：
《楞伽经》说五法、三自性、八识、二无我，多同于瑜伽唯识学，而立如来藏藏识心，立无漏习气非刹那，是在依他性通二分的基础上，与如来藏缘起更接近一步。30由于以上原因，所以本文只以与唯识关系最为密切的《阿毗达磨大乘经》和《解深密经》为代表来考察大乘经典中的阿赖耶识思想。
1、《阿毗达磨大乘经》中的阿赖耶识思想
《阿毗达磨大乘经》，有人认为它是