意；心有依托于意而起之义，故名为识。
大乘唯识家的说法：大乘唯识家对心意识的解释有通有别，通则心、意、识可以互相解释。别则其体各别，“心”为第八阿赖耶识，“意”指第七末那识，“识”指前六识。盖因阿赖耶识之集起义胜，故名为心；末那识之思量义胜，故称为意；前六识之了别义胜，故称为识。为什么大乘唯识家要说心意识是不同的呢？佛在经上说“心意识三”的教法，唯识学者认为心意识各各有其自体。首先此中的意及识二体性是有别的，因为此中意乃指无间灭意和染污意。无间灭意，乃大小乘所共许的。而对于染污意，小乘不许其有，故本论以若无染污意便有六种过失来使染污意成立。这六种过失即：如果没有染污意，则有不共无明不得有、五同法不得有、训释词不得有、无想定和灭尽定差别无有、无想天一期生中应无染污、无我执恒行的六大过失。若立染污意，则无其过。所以必须立染污意。此染污意离六识外别有其体，而识即前六识。意和识既各有体，如是此心，亦应别有其体。
此应别有体之心是指什么呢？本论说是阿赖耶识，如论言：“心体第三，若离阿赖耶识，无别可得。”100此心是指阿赖耶识，因为心的意义是积集，即由色、心、心所、善、染、无记种种现法熏习种子之所积集，如论言：“何因缘故亦说名心？由种种法熏习种子所积集故。”101而阿赖耶识的功能也是能积集杂染诸法，故心即是阿赖耶识。因此，由此心的存在能证明阿赖耶识的存在。
4、声闻教中的阿赖耶识
论主在引用大乘经典证明阿赖耶识的存在后，又在声闻经教中找出了阿赖耶识的异名安立。这种以声闻经教中存在着阿赖耶识的异门安立，来反驳声闻不承认阿赖耶识是最为有力的。因为你们既不承认阿赖耶识存在，为什么在你们的经典中有出现阿赖耶识的异门安立呢？本论所找出声闻乘异名安立阿赖耶识的有：声闻乘《如来出现四功德经》中的四阿赖耶、大众部的根本识、化地部的穷生死蕴。如论曰：
复次，声闻乘中亦以异门密意，已说阿赖耶识，如彼《增一阿笈摩》说：世间众生，爱阿赖耶，乐阿赖耶，欣阿赖耶，喜阿赖耶。为断如是阿赖耶故，说正法时，恭敬摄耳，住求解心，法随法行。如来出世，如是甚奇希有正法出现世间。于声闻乘《如来出现四功德经》中，由此异门密意，已显阿赖耶识。于大众部阿笈摩中，亦以密意，说此名根本识，如树依根。化地部中，亦以异门密意，说此名穷生死蕴。有处有时见色心断，非阿赖耶识中，彼种有断。102
声闻乘《如来出现四功德增一阿笈摩》中有曰：“世间众生，爱阿赖耶，乐阿赖耶，欣阿赖耶，喜阿赖耶。”由于众生爱、乐、欣、喜阿赖耶，故不得解脱。在大乘唯识学者看来，这爱、乐、欣、喜四阿赖耶就是指阿赖耶识，但是小乘学者并不以为然，他们执五取蕴、贪俱乐受、或萨迦耶见名阿赖耶。无著论师认为此等诸师，愚阿赖耶，故作此执，故而一一加以破斥。如本论曰：
若五取蕴名阿赖耶，生恶趣中一向苦处，最可厌逆，众生一向不起爱乐，于中执藏不应道理，以彼常求速舍离故。若贪俱乐受名阿赖耶，第四静虑以上无有，具彼有情常有厌逆，于中执藏亦不应理。若萨迦耶见名阿赖耶，于此正法中信解无我者，恒常厌逆，于中执藏亦不应理。103
由上可见，应有大乘唯识家所说的阿赖耶，此阿赖耶识是被众生微细我执所执为自内我，它的行相非常微细，众生虽在恶趣，无论他多么厌逆恶趣的五取蕴，要求出离，但他们还是恒于藏识爱执随逐；第四静虑以上的有情，于贪俱乐受虽恒有厌逆的心，但于藏识还是那样爱执随逐；深信无我的学佛者，虽在厌逆我见，时时以无我观照，但于藏识还是爱执随逐。所以说声闻教中所说的四阿赖耶一定是唯识学上所说的阿赖耶识。
此外大众部的根本识、化地部的穷生死蕴，这些都被唯识学者认为是阿赖耶识的异门安立。从前面部派佛教中赖耶思想的分析中，可以知道这些存在的性质和功能是前六识所不能承担的，而唯识学上的阿赖耶识却具有，故得出结论说部派佛教中存在着赖耶思想。论主显然也注意到了这个问题，所以在论证阿赖耶识的存在时，说他们都是唯识学的异门密意说。陶静综上所述，无论是大乘经典还是部派佛教中，都提到了阿赖耶识这一存在的地方。这一存在的性质和功能是前六识所不具备的，唯有唯识学上的阿赖耶识才具有，所以我们可以肯定地说，唯识学上的阿赖耶识是圣言量，为佛陀所说。
（二）理论论证赖耶存在
本论在引用大小乘经典证明赖耶存在的同时，给赖耶下了定义，并界定了范围和作用。其中最重要的作用，就是一切染净诸法生起的因缘，也即是本品的品题——所知依，说明如果没有阿赖耶识，则一切染净诸法将没有所依处，也就不能生起。但是小乘学者却认为，不必要有一个阿赖耶识作为染净诸法的所依处，一切染净诸法生起的所依可以建立在转识或色心中，不必要再安立一个阿赖耶识。唯识宗为了破斥此种说法，再次从染净诸法离赖耶不成来论证赖耶的存在，对小乘的异执给予破斥，从理论上说明了一定要有阿赖耶识存在，杂染清净方可成立。“杂染”主要分为烦恼杂染、业杂染、生杂染三类；“清净”分为世间清净、出世间清净两类。本论从这五个方面论述了阿赖耶识必然存在。
1、烦恼杂染离赖耶不成
众生长沦生死，茫茫无有尽期，此生才尽，彼生便现。究其原因，皆因众生有贪、嗔、痴、慢、疑、见之六根本烦恼和随烦恼，这些烦恼在阿赖耶识中留下了习气，在时机成熟时，阿赖耶识中的习气再起现行，于是众生就如此循环不已。除了阿赖耶识以外，其他六识都不具有储存此等烦恼习气的功能。如论言：“云何烦恼杂染不成，以诸烦恼及随烦恼熏习所作彼种子体，于六识身不应理故。”104为什么说六识身不具备储存习气，也即是储存种子的功能呢？今以眼识为例来说明。论言：
若立眼识贪等烦恼及随烦恼俱生俱灭此由彼熏成种非余：即此眼识若已谢灭，余识所间，如是熏习，熏习所依皆不可得，从此先灭余识所间，现无有体眼识一彼贪等俱生，不应道理，以彼过去现无体故。如从过去现无体业，异熟果生，不应道理。又此眼识贪等俱生所有熏习亦不在成就：然此熏习不住贪中，由彼贪欲是能依故，不坚住故。亦不得住所余识中，以彼诸识所依别故，又无决定俱生灭故。亦复不得住自体中，由彼自体决定无有俱生灭故。是故眼识贪等烦恼及随烦恼之所熏习，不应道理；又复此识非识所熏。105
意思是说：假如我们主张眼识为所熏，所熏必须与能熏俱生俱灭，故此眼识便与烦恼以及随烦恼俱生俱灭；但此作为所熏处的眼识因为有其他转识的生起，便会灭去，不能一味相续。然而，熏习必是摄持在所熏的相续中，如果说所熏没有了，熏习当然也没有，如此贪等烦恼熏习及熏习所依的眼识都了不可得。如果说已经灭去的眼识，现在因眼识的生起又与贪等俱生，这不合理，因眼识早已过去，现在并无实体，就如从过去久远现无有体的业力，而能生新的异熟果，这自然是不合理的。故而说以眼识为所熏处，则贪等烦恼的熏习不成。不但是贪等烦恼熏习不成，与贪等俱生的眼识中所有的熏习因为没有依住处亦不成立，因眼识所有的熏习，无有所熏的依住处。首先，它不能住于贪中，因贪欲是能依的不自在心所，并且不能一类相续。其次，也不能住余识中，因为诸转识各自所依不同，余识亦不能相续，而且眼识与耳识等，又不可能俱生俱灭，既不能俱生俱灭，余转识当然不能作为眼识的所熏处。最后，眼识的熏习也不能住自体中，自体决定无有俱生俱灭，因为同时不能有二眼识俱起。
如上所说，眼识不受烦恼的熏习，不能成为烦恼的所熏处；与贪等烦恼俱生眼识之所有熏习也不得成。其他转识也和眼识一样，决不能作所熏处。本论在说明了眼等六转识不能作为烦恼熏习处，必须要有阿赖耶识执持烦恼种后，又用另外两种现象证明一定要有阿赖耶识执持染种子。
其一，如果没有阿赖耶识，则离欲后退烦恼杂染不成。如论言：“从无想等上诸地没来生此间，尔时烦恼及随烦恼所染初识，此识生时应无种子。”106意思是：从无想等上界下生欲界的天人，如果没有阿赖耶持染种的话，那他们来欲界的染识从何而生呢？如果说是由以前欲界染识而生是不可能的，因为在上升无想等界时，这欲界染识已除，现无有体，这现无有体的过去染识，不能为初生染识的生因。所以非承认有阿赖耶识持杂染种，相续来现在，上界有情虽没有欲界染识，但这染识的种子，阿赖耶中还是存在的，所以当上界寿尽生下界时，阿赖耶识中的染识种子便生起现行了。
其二，如果没有阿赖耶识，则对治识生烦恼杂染不成。如论言：“对治烦恼识若已生，一切世间余识已灭，尔时若离阿赖耶识，所余烦恼及随烦恼种子在对治识中，不应道理 。”107对治识，就是无漏心最初生起，在入无漏观时，一切世间有漏的余识都已灭去，但出观时，有漏的世间识还会生起，如果说无赖耶，这世间识如何生起？
再者，对治识初生时仅断见道烦恼，而修道烦恼并没有断，如果此时没有阿赖耶识，那修道才能对治的，见道所余的烦恼及随烦恼种子在什么地方呢？如果说在此初生的对治识中，这是没有道理的，因为此对治识自性是解脱的，并且受熏持种者，必须与能熏俱生俱灭，对治识与余烦恼及随烦恼的能熏现行不可能俱生俱灭，它如何能摄修道所断的种子呢？所以必须要有阿赖耶识持修道所断的染种。总之，前六转识没有储存染种的功能，要想保存烦恼种子只有承认阿赖耶识，否则，烦恼种子便无有保存处，离欲后退，或是对治识生时，后面所起的烦恼便会无因而生，如此则成无因生种的过失，所以阿赖耶识必定存在。
2、业杂染离赖耶不成
从导致果报的染业来说，这也需要阿赖耶识存在。因为如果没有阿赖耶识，有情十二缘起的因果链条中“行缘识”和“取缘有”就没有理由成立。如论言：“云何为业杂染不成？行为缘识不相应故。此若无者，取缘有亦不相应。”108十二因缘法是永恒不变的真理，佛观察此真理而开悟，并为众生开示此法。它指出了人类生存之苦恼如何成立（流转门），又如何灭除苦恼而至证悟（还灭门）。从流转门而言，由无明缘行、行缘识、识缘名色、名色缘六入、六入缘触、触缘受、受缘爱、爱缘取、取缘有、有缘生、生缘老死如是形成了有情的生死链。
这个生死链最初是由于无明，而无明是一切烦恼的根本，众生轮回的关键在于有烦恼，而众生由于烦恼造作身语业之后，这些身语意业在未受果之前是不会散失的，这未感果而不散失的身语意业种子将保存于何处？如果说它没有保存处