是依他起相，但无始来它从没有以纯粹面目出现过，所出现的一直是与某种色彩结合在一起的和合体。所以现实中出现的就是“依他起相上遍计所执相”的和合体、和合相；而“言说习气”或名言种子，就是此和合体的种子，所以称为“依他起相上遍计所执相言说习气”。
因此，此处的种子概念（即习气）与后期唯识论、如《成唯识论》中的种子概念并不相同。因为在《成唯识论》中，种子只有实法能熏成，种子生成的也只是实法；像青瓶等和合体是假法，假法不可能熏成种子，而种子也不可能生成和合体之假法。但本经没有出现实法概念，或者说，没有作实法、假法等的区分，而是将一切有漏法都视为虚妄之物；但要保持因果法则，各有漏法又须有各自的种子，因此，青瓶有青瓶的种子，红瓶有红瓶的种子……。至于纯净无色玻璃瓶，由于无始以来它始终没有单独存在过，所以也就没有它的种子。
但或许有人会有疑问：既然如此，经中为什么说“清净颇胝迦宝”是“依他起相”？本经的《无自性相品第五》中有一段话或许有助于解答此问题：“然由有情于依他起自性及圆成实自性上，增益遍计所执自性故，我立三种无自性性。”这就是说，遍计所执自性毕竟是在依他起自性上“增益”的东西，净分依他起法上是没有这些东西的＇16＇，这实际上是前后期唯识论的共同看法，差别只是：《成唯识论》不认为遍计所执自性有种子，所以，即使如第六识和第七识在依他起事物上生起遍计所执，也不会产生二个种子（依他起种与遍计所执种）生一法之困境。
如此理解《解深密经》的种子概念，本经的上下文就贯通了。即相对于第一个比喻，在此比喻中，出现了种子（即习气）的概念。种子意味着因与果之间有着确定性的联系。用上述转换的比喻来理解，青瓶熏成了青瓶的种子，红瓶熏成了红瓶的种子……；进而，青瓶种子能生起青瓶，红瓶种子能生起红瓶……。因此，种瓜得瓜，种豆得豆，绝不会由牛生羊、由鸡生鸭，或由善生恶果、由恶生善果。
此比喻中还可探讨的是另一个问题：缘生与名言的关系。依他起相是缘生的，遍计所执相是名言而成的，那么，“依他起相上遍计所执相”如果成为一个和合体，是否意味着这是一种缘生与名言的二元决定论？或者，这种二元决定论是否就是本经的真实意思？换言之，前期唯识经典中，缘生与名言，依他起自性与遍计所执自性，到底是什么关系？让我们再从下面的总结中寻找解答此问题的线索。
４．三自性相互关系的理论总结
在两个比喻之后，本经对三自性的相互关系作出了说明。
“复次，德本，相名相应以为缘故，遍计所执相而可了知；依他起相上遍计所执相执以为缘故，依他起相而可了知；依他起相上遍计所执相无执以为缘故，圆成实相而可了知。” ＇17＇
按此处文字来理解：遍计所执自性是来自于“相名相应”，依他起自性是来自于对依他起相上的遍计所执相的妄执（或者说，知道了遍计所执相就可知道依他起相），圆成实自性则是消除了对依他起相上的遍计所执相的妄执。但这些观点又如何理解呢？
首先来分析遍计所执自性。什么是“相名相应”呢？前期唯识论对一切法的分类，常用“五法”概括：相，名、分别，正智，真如。《楞伽经》第1卷说：“于五法、自性、识、二种无我，究竟通达。”＇18＇其中，“五法”就是上述相、名等五法，“自性”即遍计所执等三自性，“识”即八识，“二种无我”指“我空”和“法空”二种无我。因此，“五法”是前期唯识论的最基本最重要的范畴之一。“五法”中，前三类法囊括了一切有漏法，其中，“分别”就是识和心所；“相”和“名”是由识和心所变现出的所诠和能诠，即“相”是被认识的事物，“名”是能诠释事物的名称。此处体现的是“唯识无境”的思想，即唯有识（包括心所）存在，万法都由识变现。“正智”和“真如”则囊括了无漏法。“相名相应”就是说：事物（“相”）及其名称（“名”），有着本质的联系，名称体现了事物的本质特征。这是世人的看法，在唯识论看来，这种看法是错误的＇19＇。
其次，怎么理解“依他起相上遍计所执相执以为缘故，依他起相而可了知”？
此句中的“遍计所执相执”相当于后来诸论所说的遍计所执自性执。前期的三自性理论一般都认为是遍计所执自性（执）生依他起自性，或依他起自性依遍计所执自性（执）而生起。
如《瑜伽师地论》七十三卷指出：“问：依他起自性缘何应知？答：缘遍计所执自性执应知。” ＇20＇即依他起自性是依遍计所执自性执而生起。
七十四卷则对遍计所执自性和依他起自性的作用作了总结：“问：遍计所执自性能为几业？答：五。一、能生依他起自性。……问：依他起自性能为几业？答：亦五。一、能生所有杂染法性。二、能为遍计所执自性及圆成实自性所依。……”＇21＇即遍计所执自性的最主要作用是“能生依他起自性”，而依他起自性的第二位作用是作为遍计所执自性的所依。
以上引文中，一说遍计所执自性，一说遍计所执自性执，这两个概念是否有区别？应该说是有区别的。以我执为例，我执就是对“实我”的执着，即认为存在着“实我”。“实我”是遍计所执自性，是不存在的东西，是“无”；但“我执”这种执着（即这种认识、这种观念）是“有”。进而，这种执着（“我执”）既有现行，必然也能熏成种子，且其种子是如此坚固，以至要彻底清除这种执着，修道人要历经三大阿僧祗劫。再以“认绳为蛇”（即在黑暗中误将绳看作蛇）之错觉而心生恐惧为例，蛇实际上是不存在的，所以是遍计所执自性；但这一错觉是存在的，所以作为现行，此错觉（遍计所执自性执）会熏成种子。只要此错觉（遍计所执自性执）不破除，下次再在同一地点相同的条件下看到绳子，仍会将其认作蛇，再次心生恐惧。因此，遍计所执自性是“无”，而遍计所执自性执是“有”，不但有现行（即能执心），还有种子。如《瑜伽师地论》81卷所说：“执着相者，谓诸愚夫无始时来相续流转遍计所执自性执及彼随眠。”＇22＇其中的“随眠”就是种子。
由上可见，遍计所执自性与遍计所执自性执，密切相关，却又是并不相同的两个概念。说“遍计所执自性生依他起自性”，那是一种粗略的说法；更准确的说法应为：“遍计所执自性执生依他起自性”。那么，为什么遍计所执自性执能生依他起自性？
如上所说，遍计所执自性执就是对遍计所执自性的执着，换种说法，遍计所执自性执就是能执之心（包括其形成的观念）。如《瑜伽论记》四十二卷指出：“遍计所执自性执者，是能执心。”＇23＇此能执心是依赖遍计所执自性而生起，所以就称为“依他起”。如《瑜伽论记》同一处所说：“遍计所执性，虽无有体，然能生彼能执之心，名所依止。……现行能执心是依他性。” 这就是说，能执之心识是依遍计所执自性生起的，所以是依他起自性。进而，“由执遍计熏成八种种子，亦是依他性摄。”即八识的种子又是由能执的八识的现行熏成的，所以也是依他起自性。如此就是遍计所执自性（执）生依他起自性。
在上述观点中，说能执心能依遍计所执自性而生起，当然也有一定的合理性，如第六识就能依遍计所执自性的“实我”、“实法”而生起我执和法执。但前后期唯识论的差别在于：是否八识都能依遍计所执自性而生起？《成唯识论》认为只有第六识和第七识能，而前期唯识经典倾向于八识都能。
那么，什么是“依他起相上遍计所执相执以为缘故，依他起相而可了知”呢？
如回到前面转换后的比喻，“依他起相上遍计所执相”，就相当于青瓶、、红瓶、绿瓶、黄瓶等相；“依他起相上遍计所执相执”，就相当于认为实有青瓶等相之能执心。为什么以此能执心为缘，就可知道依他起相是怎么回事？因为此能执心能熏成青瓶等“言说习气”（即名言种子），而此“言说习气”又能生起现行能执心。现行熏种子，种子生现行，这就是依他起相。
因此，并不是有一个依他起相种子、一个遍计所执相种子，由二个种子生起了“依他起相上遍计所执相”。实际存在的只是“依他起相上遍计所执相执”的现行和种子，即认为实有青瓶等相的能执心的现行和种子。
由此可见，在本经的体系中，缘生与名言并非是二元决定论，二者实际上是统一的。种子是名言熏成的，所以种子都是名言种子；由名言种子生起现行，就是缘生。换种说法就是：名言生执着（即遍计所执自性执），执着之现行熏成名言种子，名言种子又生现行。
至此我们可以对《解深密经》的三自性与其唯识理论体系的关系作一总结。一切法都是名言性的，所以都有遍计所执自性。一切法都以“一切种子心识”为所依，具体地说，名言性的法在此识中熏成种子，种子遇缘又生起现行，所以，一切法都是依他起的，都有依他起自性。一切法都以真如为体，所以也都有圆成实自性。如此说来，一切法都有三自性。
四、三无性观
但一切法都有三自性的思想，与此前广为流传的《大般若经》的“一切法无自性”思想似乎矛盾。对此，本经在《无自性相品第五》中以“三无性”的理论来解决此矛盾。
该品一开始，胜义生菩萨就提了一个相当棘手的问题：世尊在过去时中说了种种法，但又说“一切诸法皆无自性”，这有何“密意”？这里的问题实际上是说：如果真的“一切法皆无自性”，那世尊说的种种法也都是虚妄不实，又有什么意义？而如果世尊说的种种法是真实不虚，那么，“一切法皆无自性”是否不能按其字面意义来理解，而须对其字面意义作出限定，对其真正意义给予明确说明？
其中“密意”的含义，《成唯识论》第9卷作了明确说明：“故‘佛密意说一切法皆无自性’，非性全无；说密意言，显非了义。”＇24＇即佛“密意”说“一切法皆无自性”，并非一切法的自性完全没有。这种“密意”的说法，是“不了义”的。所谓“不了义”，究竟是什么意思呢？“不了义”有二层意思。一是话说得不明显，需要补充说明，才能使其意思明确。二是在教理的层次上，不是处于最高层次。唯识宗说“一切法无自性”是“不了义”，就是从这两方面来说的。
首先，对“一切法无自性”，空宗是不加任何限定的，即此观点是无条件成立的；唯识宗则认为，此观点的成立，是有一定条件的。
在《无自性相品》中，世尊对胜义生菩萨上述问题的回答是：“胜义生当知，我依三种无自性性，密意说言：一切诸法皆无自性。”＇25＇即“一切法无自性”是依据三种“无自性性”来说的。三种“无自性性”就是相无自性性，生无自性性，胜义无自性性。
“云何诸法相无自性性？谓诸法遍计所执相。何以故？此由�