能是圣父为我们的罪受苦而死在十字架上。故此，很快地，初代教会便拒绝了圣父受苦派及撒伯流主义，并公开宣判之为异端。
圣父与圣子同本质
那么如何正确地解释主耶稣所说的：「我与父原为一」呢？首先，「原为一」应解释为「就是一」，因为动词是现在时态；在希腊文中表达持续性的就是「一」。故不可解释在天上时父与子原为一，在地上父与子不为一。圣父与圣子应该永远为一。不过，重要的问题是「一」的解释。
希腊文之文法十分谨慎，不但名词、代名词有阳性、阴性、中性之分别，连形容词及数目字都有性别之分。例如：「他是一位优秀的男选手」，则名词「选手」、代名词「他」、形容词「优秀的」、数目字「一位」都要用阳性的词句。而在希腊文中，若要申论与「位格」有关之事，要用「阳性」的用词，否则就是论到与「位格」无关之事了。
《约翰福音》第十章三十节即主耶稣所用的「一」字是「中性」的数目字，正如《约翰福音》第十七章十一节、二十一至二十三节所用的，故并非说主耶稣与圣父是同一位格，更不是说圣子就是圣父，否则众圣徒与圣父及圣子都是同一位格了。从上下文来看，是论到圣父与圣子在保守羊群永生的意旨上是同一的，在护卫羊群的安全的权能上是同一的，在拯救羊群事工的运用上是同一的。再由圣经许多其他经文可以推论出这也是指「本质上的合一」。圣父是完全的神，圣子也是完全的神，圣父与圣子一同行事，一同运用权能，一同保守羊群，圣子所作的就是圣父所作的，圣父与圣子除了在十字架上赎罪的时刻外，是永不分离的。父在子里面，子在父里面，世人看见了圣子，就是看见了圣父，故可以说从本质、权能、意旨、事工、计划等方面来看，圣子与圣父「就是一」，但并非「位格」上的同一。
这样的概念在《约翰福音》第一章一节也很清楚地表达了出来：「太初有道，道与神同在，道就是神。」「太初有道」这四个字将于下文讨论。但「道与神同」在希腊文之意义乃是「道与神面对面的同在」或「道与神面对面交谈地同在」。故道与神必是两个「位格」，不可能是一位。但下一句「道就是神」需要特别解释：在希腊文圣经中「神」字是放在句首，但没有冠词，而「道」字是有定冠词，却是放在后面。如此特殊的文法是有双重含义：其一，是不可译成「道是一位小神」；其二，是应该译成「道就是神」，但其意义不是说道与神是同一位，乃是指道与神是同一的，道的「存在内容」就是神的「存在内容」，或说道的本质就是神，故道就是神。神（圣父）是完全的神，道（圣子）也是完全的神。故接下来说：「这道太初与神同在，万物是藉着他造的……道成了肉身……正是父独生的荣光。（约一2、3、14）故圣父与圣子虽不同位格，却是同本质、同现存、同等、同尊、同荣、同工等，三个位格，一个本质，三位一体之真神。
「父是比我大的」（约十四28）
「父是比我大」的这句话也被许多人所误解。初期教会中有部分信徒只尊圣父为至高完全的神，而圣子只是次等的神、是被造的神、是有「开始点」的神。圣父大于圣子，不仅在事工的秩序上，更是存在的本质上。因为主耶稣是圣父的独生子，而按照世理之推论：「生者早于被生者」，故圣父的存在应该先于圣子。只有圣父是永恒的存在，而圣子却是在创世以前「某一时刻」被圣父所生。因而圣父与圣子存在的本质不同；只有圣父是永恒的，而圣子是有开始的。
主后三百年左右，埃及亚历山大城的亚流长老，是集此说法之大成者。他强调「曾有一段时间是圣子尚未存在的时候」，并认为圣子无论如何地「被生」，也都等于「被造」。故大胆宣告圣子是被圣父所造的「次等神」，圣子的次等神性本质是与圣父的完全神性不同。加上圣灵又是被圣子所造，故其神性本质又更低一等。因之形成了三个位格又三种本质的「三位三体论」。教会当时为了解决此项争议而召开「尼西亚大会」，至终将亚流派判作异端。极其遗憾的是，近代的异端「耶和华见证人」又重蹈此一覆辙。
「尼西亚大会」中，以亚他拿修（Athenasius）为首的教会领袖，极力反驳亚流之错谬。强调圣子是「被生」而非「被造」，并采取是「永恒的出生」，正如阳光生出于太阳之生，绝非「生者早生于被生者」之「生」。圣子与圣父是同永恒，也是同本质而非相似本质的。凡圣父所具有的完全神性，也是圣子所同样具有的完全神性。这重要的主张就成为《尼西亚信经》（TheNiceneCreed）的核心，也是直到如今众教会所持守之三位一体信仰的基础。
此外，《约翰福音》开头的「太初有道」四个字，也需要仔细探索。由于「太初」二字在希腊文中既是「起初」。若按常理推论，「起初」必有一起开始点，若「道」是从该起始点才开始存有，则必有起始点之前的时刻是「道」尚未存在的。如此一说又再度陷入亚流派之错谬。
「太初有道」正解之关键乃在「有」这个字。「有」字的希腊文时态是「不完成式」，也就是所谓的「过去进行时态」。其意义为「在过去某一时刻已经一直继续不断地存有了」。故即使「太初」有起始点，但在那起始点时，道已经继续存在了，并且是无始永恒地先存了。所以「道」就是「神」，道就是与父神有完全相同的本质。
圣子虚己而顺服圣父
那么耶稣所说「父是比我大的」是什么意思呢？其实从该段上下文即可看出，那是指救赎事工计划之安排。主耶稣说：「父怎样吩咐我，我就怎样行。」（约十四31）话说不久，主耶稣要上十字架受难，尔后复活升天，并要回到父那里去。按照救赎计划所安排，圣子一直凡事甘愿顺服天父的旨意。由他的降世、事工、受难、复活、升天等，莫不遵照圣父的旨意来成就救世的大功。故圣经中皆以「圣父差遣圣子降世，圣子顺服圣父行事」的说法作记载，从未有相反之用法。
例如，保罗论到基督说：「他本有神的形象，不以自己与神同等为强夺的，反倒虚己，取了奴仆的形象，成为人的样式，既有人的样子，就自己卑微，存心顺服，以至于死……」（腓二6～8）。这段经文的解释虽有争议，但最好是将「神的形象」和「与神同等」都指主耶稣降世之前之尊荣。有神的形象就是有神的本质，因旧约中多处论到神彰显其荣耀的形象，都是其本质之彰显，而与神同等就是与神同永恒、同权能、同荣耀、同事工、同地位等。但是圣子甘愿「虚己」——不是在道成肉身时虚掉了任何神的本质、性情、权能、尊荣等，乃是把完全的神性「隐藏」在一个卑微人子的里面。除非有信心的眼睛，否则一班人是看不到主耶稣的荣耀。但圣子在世时，可随时行使神迹和异能。诸如，医病、赶鬼、水面行走、变水为酒、把鱼饼变多、让死人复活，或显出比日头更亮之荣光等。然而，圣子一直甘愿自己卑微，存心顺服圣父，甚至舍命流血而死在十字架上，等候圣父叫他的身体由死复活并升上高天（参徒二24、32、33，三15，四10，五30、31，十40，十三30、34、37，十七31等）。故由此角度来看「父是比子大的」，然而这并非论到神性本质上之差异。
再者，圣经中有十九次提到主耶稣复活升天后，坐在神的右边，或说高天至大者的右边（参诗一一零一；太二十二44，二十六64；可十二36，十四62；路二十42，二十二69；徒二34，七55、56；罗八34；弗一20；西三1；来一3、13，八一，十12，十二3，彼前三22），并且圣父将天上地下一切所有的权柄都赐给了圣子（参太二十八18）；又将他升为至高，赐给他超乎万名之上的名，叫一切在天上的，地上的和地底下的，因耶稣的名无不屈膝，无不口称为主（参腓二9、10）；将来还要把一切仇敌都放在他的脚下。纵然如此，在永恒之中，圣子终究甘愿服在圣父之下，使圣父在万物之上，为万物之主（参林前十五25～28）。
这些经文一方面强调圣父与圣子「位格」不同，一方面也说明圣子甘愿虚己顺服圣父直到永远。故虽然圣父与圣子在「本质上」完全相同，但在「事工秩序」之安排上，圣父乃是大于圣子的。
圣灵是神
新约中论到「圣灵」共212次，而旧约中加上「耶和华的灵」与「主耶和华的灵」则有50次。许多经文显示圣灵具有位格之特性。譬如：思想（参林前二10、11）、情感（罗十五30）、意志（参林前二12）等。也具有位格之「行动」。诸如：圣灵能够指教（参路十二12）、说话（参太十20）、带领（参太四1）、作见证（参徒十三4）、默感（参彼后一21）、印证（参弗一13）等；又能接受位格之对待。好比：亵渎（参太十二31）、被欺骗（参徒五3）、被抗拒（参徒七51）等。再有，也有多处经文论到圣灵具有「完全的神性」。诸如：无所不在（参诗一三九7）、无所不知（参林前二10、11）、无所不能（参林前十二4～11；路一35～37）、无穷永远（参来九14）等。此外，圣灵亦是创造与扶持万有的主宰（参创一至三章；诗一零四29、30；伯三十三4），以及圣灵与神可互相交换用。譬如，欺哄圣灵就是欺哄神（参徒五3、4），从圣灵生就是从神生的（参约三5、7，一13）。旧约的主耶和华在新约中被称为圣灵（参徒二十八25～27；来三7～9）。圣经又经常把圣父、圣子、圣灵三位相提并列（参太二十八19；林后十三14；彼前一2）。故此，圣灵绝非只是神的能力或影响力或作为而已，乃是「永恒三位一体神」的第三位。
圣灵是由圣父「出来」，奉圣子之差遣而实施救恩在世人身上（参约十五26，十四16、17）。圣灵光照人悔改认罪（参约十六7、8），感动人认信耶稣为主（参林前十二3），让人重生并赐下永生（参约三1～16），永居信徒心中而印证、安慰、指教、引导其人生（参弗一13；罗八14～16；徒九31；约十四16、17、26，十六13），帮助信徒治死身体的恶行（参罗八13），释放信徒脱离罪和死的律（参罗八2），成全信徒结满美善的果子（参加五22），赏赐信徒各样属灵的恩赐（参林前十二7～11），充满信徒彰显上头的能力（参路二十四49；徒一8，二1～4）。三位一体真神的第三位――「圣灵」，将「圣子」所完成的荣耀救恩，实现在世人身上，成就了「圣父」所预定的美意（参弗一4…9）。
三位一体难以测度
若有人问，为什么神是三位一体的存有呢？答案是：圣经如此指示。人虽不知何竟如此，但圣经启示独一真神是三位一体的。
有何比喻能清楚讲述三位一体之真理呢？答案是：恐怕没有！勉强可用一个正三角形来思想。正三角形的三个角永远相等共存，但也只是一个三角形。此一比方的缺点，是无法表明圣子可以降世为人的真理。再者，或许可以使用「有限条件下」的「水、冰、汽」来揣摩。但假设这三位同时并存，但却能够永远不互相转换。这就表现出同一「氢二