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对唯识重要性的推崇可谓无以复加。在他的眼中，唯识学成了三教中最为精深与高明之道。范围三教，凡圣共尊，禅僧中如此褒扬唯识学的细腻作风与功用，外紫柏，恐难寻第二人。
其次，从教内性相二宗的比较中，显示唯识学不可替代的作用。紫柏云：
……当默诵八识颂。此颂乃相宗纲骨，相宗乃性宗五藏，如五藏相克不明，则一身便调养不来。至转识成智之旨，若相宗恍惚，断不能精了，此既不精了，即高论元微，刳真剔秘，若触境斗机，照用便提不出来矣。21
《八识颂》即《八识规矩颂》。据说玄奘在糅译《成唯识论》后，为概括讲述八识的不同功能，将八识分为四组（前五识、第六识、第七识、第八识），每组都有三个偈颂（每颂四句，每句七字），以此概括它的“规矩”，全颂共有四十八句，即《八识规矩颂》。22紫柏对《八识规矩颂》有专门的诠释著述。（下详）紫柏认为，相宗乃性宗五藏（脏），五藏不明，则性宗机用不活，照用不灵。他又说：
性宗通而相宗不通，则性宗所见，犹未圆满；通相宗而不通性宗，则相宗所见，亦未精彻。性相俱通，而未悟达磨之禅，则如叶公画龙，头角望之非不宛然也，欲其济亢旱，兴雷雨，断不能焉。是以有志于出世而荷担法道。若性、若相、若禅宗，敢不端诚而留神哉？惟相宗名义数多，若非心智妙密，委曲精搜，实未易明也。23
应该说，紫柏对唯识学的认识是较全面的。性、相、禅三者相互补充，扬长避短，正可对治晚明丛林痼疾。且性相融通是紫柏思想的重要组成部分，作为一名在丛林拥有巨大声望的禅僧，紫柏以禅宗为本位，合会性相，融通儒释，对晚明唯识学研究的兴起无疑起到推动作用。
二、 紫柏本人的唯识学研究
晚明唯识学研究在一开始就被定位为合会性相、对治禅病，24由于无法获得重要的参考资料，且唯识学研究者均为禅宗出身，所以当时唯识学研究表现了很强的实用性色彩，这与近代金陵内学院的唯识研究重“求真”要求有所不同。值得注意的是，紫柏的唯识学研究借鉴了华严宗师李通玄《华严合论》的思想，对李通玄华严研究给予了很高的评价。紫柏云：“阿赖耶，此言含藏，盖此识，能含藏觉义、不觉义与见、相二分。若地、水、火、风、空五大，乃因此识相分而建立也，见、识、觉、闻、知五大，亦因此识见分而建立也。又此识本自无体，体本不动智而有也。何以故，以不动智。智本无性，无性之义，古今难明，此义唯枣柏大士（李通玄）于《华严论》，发泄殆尽矣。然学者心识粗浮，论虽曾阅，了知此义者，不殊麟角焉，予虽不敏，试且解之。”25
紫柏率先垂范，以很大精力投入于唯识学研究，以匡治时弊，延续法脉，他的唯识学研究主要有以下一些特点：
首先，推崇唯识玄奘今学，反对安慧古学。唯识学在印度发展中出现了“古学”与“今学”之争26。无著和世亲奠定了瑜伽行派的理论基础，世亲的继承者有亲胜和火辨两家。较亲胜稍后并发挥亲胜学说的有难陀、德慧、安慧等，史称“前期瑜伽行派”或“无相唯识派” （唯识古学）；世亲的另一继承者陈那，不拘于世亲旧说，对瑜伽学说大加发挥，并特别注意用因明的方法阐发瑜伽学说（唯识今学），是“后期瑜伽行派”或“有相唯识派”的先驱，陈那的后继者有无性、护法、戒贤、法称等。玄奘在印度留学时随戒贤受学，戒贤之学源自护法。玄奘回国后，糅合了印度当时流传的唯识十家之说，借以贯通新旧唯识的鸿沟，独辟蹊径，奠定了唯识新学的理论基础，并确立中国的法相宗。
唯识学在中国的发展经历了三次译介时期27。在玄奘创建唯识宗之后，前期有关唯识学纷争均消融在玄奘及其后学的思想中。唯识宗作为一个宗派消亡后，晚明所能得到的研究唯识的著述只有玄奘的《成唯识论》、《八识规矩颂》等，诠释性著述荡然无存，仅在澄观《华严经疏钞》、延寿《宗镜录》、元峰《唯识开蒙问答》还有片断记载。紫柏唯识学研究建立在这些有限资料基础上，所以他的唯识研究只能以玄奘思想为蓝本，借鉴其它宗派，尤其是禅宗有关思想来展开。
唯识今古之争在义理上有众多表现，尤其在论证“唯识无境”问题上，二者分歧明显。难陀首创“见、相”二分说28及种子新熏论，他认为相分是无体的，见分也无其性相，所以难陀此论被称为“无相唯识说”。难陀之后，陈那在见、相二分思想的基础上，提出三分说，即除见、相二分外，尚有自证分作为证知见分的存在。安慧承继难陀旧说，又对陈那之说有所吸收，认为见相为偏计所执性，是不实在的，只有自证分属于依他取性，才是实在的，于是陈那的三分说，在安慧这里又成为一分说。
按照吕澂先生的诠释，陈那认为，“相分引起见分，见分所得的行相与相分一模一样，因此这个相分（所缘）也就是内境。这样，第一，相分是有实体的，实在的；第二，见分也有其行相。”29这就是“有相唯识说”。陈那之后，护法对其学说作了重大发展。其中之一就是完善了见、相分理论，提出“四分说”，即在三分说的基础上，加上“证自证分”一说，使四分理论臻于完备。但他也否认了难陀新熏说中认为种性不定的说法，强调种性不可改变。玄奘《成唯识论》是在护法《三十唯识颂》的基础上，吸收他学而成，所以他的唯识学从一开始就奠定在护法思想基础上。紫柏的唯识研究得力于玄奘学说，而在《成唯识论》中，安慧是作为护法的对立面出现的，这样，紫柏唯识学研究了也随之倾向于今学而反对安慧古学。
安慧与护法在阿赖耶识的变现与转依上存在着重大的分歧，而前者对“转识成智”问题的说明，成为紫柏批判安慧的把柄。紫柏云：
今安慧宗中，妄谓因中无漏五识，能缘真如，殊不知五识成智，必待第八识转而为根本智，然后五识转成所作智也。此中目此智为后得者何也？谓根本而后得也。以五识及第八识皆属现量，果上同转故也。彼谓因中五识未转智而能缘真如，非妄而何。纵于果上识虽转智，第能照俗而不能缘真如故，护法师曰：“果中犹自不诠真”，况因中乎？30
“转识成智”是唯识学转依成佛理论的核心与目的。“果中犹自不诠真”出自《八识规矩颂》第三颂。全句云：“变相观空唯后得，果中犹自不诠真；圆明初发成无漏，三类分身息苦轮。”31“变相”是变有相为无相，转有念为无念；“观空”是观我空、法空；“唯后得”是指后得智而言，此智是证得根本智后，对境再起分别，如明镜鉴物，来去无踪影，不受外物污染，又名后分别智。前五识因为触境亲缘相分的关系，在变相观空之后，不能和第六识一样，直缘无相的真如境界，所以在佛果转识成智时，不属根本智，而是属于后得智。正如紫柏所云：“根本智乃实智，能亲缘真如，后得智，乃权智，但能了俗，不能亲缘真如”，32也就是说，能直观真如之体者，为根本智，须变起真如之相而观之者，为后得智。只有前五识由有漏转为无漏，在第八识初转为大圆镜智时，此刻第八识必须遣相尽净，证得无相，在成佛刹那间，其相应心品方能转为大圆镜智，与此同时，前五识也随之转为成所作智。所以，对前五识而言，转变为成所作智是其亲缘真如的必备条件。但安慧认为，因中无漏五识能亲缘真如，所以紫柏对之作了批判。
不惟如此，护法心切的紫柏甚至将安慧所说贬为小乘，指责安慧只能达到小乘果头佛地位，不能望大乘项背：
小乘以无我为真如，断了六识分别执，便能六根互用，以为能亲缘真如。偈曰：小家果头佛，理量徒有名。迷名不知义，疑大而起诤。五识同一觉，是以眼可闻，耳不能见色。实非本根咎。咎在分别者。以故见思破，六根即互用。彼小不知此，未究七八五。三者晓然了，横计渠自破。既破弃旧法，悲哀归大乘。罗什首初师，疑什亦有辨，一朝悟大理，仍复师罗什。33
盖安慧者，小乘不知有八识，所知者唯六识耳。六识既灭，似无分别，似现量用事，便谓无道可进。殊不知小乘所证者，全是无明，即第八识中不觉也。故安慧妄论因中无漏五识即能缘。如此五识以大乘观之，安得无漏哉？以其通善恶无记之性 。小乘粗恶虽尽，细恶尚在，谓之无漏，可乎？谓之缘如，可乎？故护法意谓：变相观空，唯后可得智可能；而后得智，且非因中可得，要待转八识为根本智已，方得此智，所谓根本而后得。此是果上事，非因中荐得也。此智果上可以变相，亦不能觌体缘。如以根本智是实智，后得智是权智，实智可以缘如，权智可以应俗，权智果上，纵能随如，不过变相耳，不能亲缘也。然此五八，唯果上转识成智，六七因中便能转矣。如安慧言，妙观察智，因中缘如则亦可通，执无漏五识能缘者，大可笑也。34
应该说，紫柏对安慧的评价是有过激之处。
其次，对第六识转化功能格外重视。
“八识”中的第六“识”以整个世界（诸法）为对象，也称“法识”。又因为它以第七识“末那识”（意译“意”）为根据，又称“意识”。“意识”是具有逻辑推理的知性认识能力，能够对内外之境与过、现、未三世有思量、分别作用，具有现量（感觉）与比量（推理）两种功用。第六识又可以细分为四种，即明了意识、定中意识、独散意译、梦中意识。在八识中，意识最具主动性，它是一切善恶之业的制造者。
紫柏鼓唱“愚破智开，时可入道”35，而第六识对转识成智的特殊功效自然引起紫柏的注意，他认为八识中第六识的转化具有关键意义。他说：
识有多种，曰含藏、曰传送、曰分别、曰见色、闻声、嗅香、尝味、觉触、知法，总谓之八识。唯含藏前五，果转非因转也。六之与七，乃因转非果转也。然彼七识，皆坐转非行转也。行转也者，唯分别事识之能事也。夫何故？以其量备心所备故也。合理之谓比，谓比度而知，知而不谬于圣经。合辙故曰“比量”，不合则“非量”矣。“现量”也者，初无分别，照境无思也。是以有志于转识成智者，苟非精辨事识，则转识成智所以然之说，终不明矣。36
这段法语中，紫柏禅僧气质表现尤为明显，“八识”在这里却成了“九识”，“六识”也与“六尘”混为一谈，不过他的意图还是清楚的，即强调第六识在“转识成智”中的核心地位。就唯识学转依理论来说，紫柏如此看中第六识是有道理的。在转八识为四智的整个环节中，第六识是前五识的共同依据，37同时，它又以第七识末那识为根据，是连接后两识与前五识的桥梁。紫柏云：“识虽有八，能检名审义，精义入�