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智旭说“达大师以能所八法所成释性境二字”是不准确的。紫柏曾明确云：
“性境”者，谓所缘诸色境，不带名言，得境自相也。“相”者，青黄赤白之谓。“名”者，长短方圆之称。“现量”者，谓对境亲明，不起分别也。性境属境，现量属心。……性境若说根尘能所，八法而成，是落小乘。如唯识则无有此境。此境现前，如明镜照象，湛然明了，不起分别，如云“真境”也。57
紫柏显然是反对鲁庵的性境“实根尘能所八法而成”之说，他的“此境现前，如明镜照象，湛然明了，不起分别，如云真境也”亦无太大的谬误58，但紫柏“明镜照象”的比喻应该说有失当之处。细审紫柏之意，他显然有将境的“映照”与境外的“临照”混为一体的倾向，有视镜中“像”同于镜外“物”的可能。“照象”为一种一对一的“映射”，其间不存在“过滤”环节，但性境的“呈现”因是唯“识”的产物，所以必然有“识”在其中起作用，“过滤”作用在所难免。事实上，五识并非被动的“呈现”性境，现量在领纳性境之时，是依靠五识的缘虑了别作用完成的。
如果说紫柏的唯识研究因带有很强实用色彩而使得唯识本意有所隐晦或歪曲的话，那么其俗家弟子王肯堂的唯识研究就力图突破这一限制，研究显得谨慎与缜密。王肯堂是晚明唯识学研究中最为活跃的人物，而其起步正得力于紫柏的劝化。王肯堂尝云：“余闻紫柏大师言，相宗绝传久矣。鲁庵普泰法师，行脚避雨，止人家檐下，闻其内说法声，听之则相宗也。亟入见，乃一翁为一妪说。师遂拜请教，因留月余，尽得其学而去。疑翁妪非凡人，盖圣贤应化而现者。雪浪恩师法，即鲁庵之孙也。缘督又雪浪之孙也。而一雨、巢松二师，皆得法雪浪，称高弟子，其授受渊源有自矣。”59这一说法带有很强的神化色彩，但却道出了晚明唯识研究发展中的一条脉络。正是在紫柏的鼓励下，王肯堂亦由随紫柏参禅转而致力于唯识学的弘扬。在对唯识学研究的态度上，他曾转述晚明唯识研究大家一雨通润致其书云：“近世解内典，各出己见者多，第性宗理圆，作聪明注释，亦无大碍。相宗理方，一字出入，便谬以千里矣。”60就是秉承这一理念，王肯堂致力于晚明唯识研究著作的整理与校注。他曾汇拢诸家诠释唯识学的著述，编校出版，却又无法苟同诸家之说，在注解《成唯识论》后，取名《证义》，又编著《因明集解》，并说自己“虽有臆见，目未曾经考证，口未曾经商兑者，皆不敢入解。”61
王肯堂是晚明唯识学研究中专攻唯识而不涉余宗的重要代表，他的研究虽然不能完全摆脱《宗镜录》等的影响，但总是尽量以唯识思想诠释唯识经论。关于王肯堂《证义》之价值。圣严评论云：
唯识学主旨在以精辟的论理方法，谨严的组织分析，说明内在不动的识性以及外在变异的识相。菩萨即从识相而作重重分析，令众生按图索骥，转识成智，泯相归性。故说唯识，即是唯心。心有真妄，性有虚实，识有染净。性宗如果一味重视圆修圆悟，易于形成不知心及心所污染程度，不识心性的真妄虚实，不别自身修证的确切层次，相宗则将心心所法的活动情况，心性的真妄虚实交代清楚，修证层次历历分明。若以《俗诠》（高原明昱著）及《证义》作比较，前者的依据较少，故偶有臆测之见。后者广读大小乘经论，虽亦有与窥基等之唐疏有出入之处，大致说来，已经尽了不违唯识之说的全力，乃是一部值得学者们细加研究的好书62。
按照圣严法师的研究，晚明唯识研究有五个系统，而紫柏兴起唯识研究之风后，先后掀起两次高潮63，以王肯堂为中心，雪浪系、高原明昱系、紫柏系得以沟通联络，直接促使唯识学研究第一次高潮的兴起，王肯堂正是其中的核心人物。从这一角度上说，紫柏对晚明唯识的研究的兴起与壮大，贡献尤大。1 所谓大乘“三系”是按照印顺法师的分法，即性空唯名系，以龙树为首的初期大乘佛学；虚妄唯识系，以无著为首的中期大乘佛学；真常唯心系，以中国大乘宗派为主的后期大乘佛学。详见印顺：《大乘三系教判》、《大乘三系的商榷》，黄夏年主编《印顺集》第19…40页，中国社会科学出版社，1995年12月。
2 参见关于“正、负”哲学方法的阐述见冯友兰先生《中国哲学简史》第二十章《中国哲学在现代世界》第293…295页，北京大学出版社，1996年9月。
3 憨山德清：《达观大师塔铭》，《紫柏尊者全集》卷首，《续藏经》第一辑第二编，第三十一套，第四册，第314页。（案：本文引用紫柏著述均用上述《续藏经》第三十一册第四、五册，第三十二套第一册版本，《紫柏尊者全集》与《紫柏尊者别集》以下简称《全集》、《别集》）
4 紫柏在唯识学研究中师承不详，但他又说：“相宗之书，无有变通师承，学一分加一分缚，故于性宗禅宗上合会不来。若于相宗精了，则一切外书，亦总是佛法。”《全集》卷七，第四册，第380页。但这与他本人的相宗研究产生了冲突。
5 永觉元贤：《示尼净光》，《永觉元贤禅师广录》卷十，《续藏经》第二编第三十套，第三册，第255…256页。
6 紫柏真可：《龙泉别众示》，《全集》卷七，第三十一套，第四册，第375页。
7 同上。
8 同上，《法语》，《全集》卷一，第三十一套，第四册，第327页。
9 陈垣：《明季滇黔佛教考》（上），第303页，河北教育出版社，2000年12月。
10 无异元来：《宗教答响》，《无异元来禅师广录》卷二十三，《续藏经》第一辑第二编第三十套，第二册第144页。
11 蕅益智旭：《（大佛顶经玄文）后自序》，曹越主编：《明清四大高僧文集》之《灵峰宗论》，第364页，北京图书馆出版社，2005 年1月。（下引同，不详注）
12 案：吕澂先生认为此说为“皮相之谈”，见《中国佛学源流略讲》第336页，中华书局2002年。但吕先生在为《中国佛教》撰写的《唐代佛教》条目中，又说：“此宗理论过于繁细，难能通俗，终究归于衰落”。《中国佛教》第一辑第66页，东方出版中心，1996年，前后两说稍不同。
13 章太炎尝云：“盖近代学术，渐趋实事求是之途，自汉学诸公分条析理，远非明儒所能企及。逮科学萌芽，而用心益复缜密矣。是故法相之学，于明代则不宜，于近代则甚适，由学术所趋然也。”（章太炎：《答铁铮》，黄夏年主编：《章太炎集 杨度集》，第19页，中国社会科学出版社，1995年12月）聊备一说。
14 圣严：《明末的唯识学者及思想》，《中华佛学学报》第1期第1页，台北，1987年。
15 蕅益智旭：《重刻〈成唯实论自考录〉序》，《灵峰宗论》，第382页。 案：这里所说的“《俗诠》、《证义》、《集解》诸书”，是指是晚明唯识学者的代表性著述，即高原明昱的《成唯识论俗诠》、王肯堂的《成唯识论证义》、一雨通润的《成唯识论集解》，详见圣严法师《明末佛教研究》第三章《明末的唯识学者及其思想》。
16 如《全集》卷二，第三十一套第四册，第333页对第六识重要性的强调。卷三，第四册，第344页对“四分”的诠释。卷三，第四册，第346页对六识的推挹。卷七，第四册，第373…374页对阿赖耶识的诠释。卷七，第四册，第380页对相宗的推崇。卷八，第四册，第385…386页《论眼识》。卷九，第四册，第394页对转识成智、三量等的阐述。卷十二，第五册，第426页《唯识略解》。卷二十，第五册，第496页《六识功能偈》，卷二十，第五册，第493页《智识偈》。卷二十四，第五册，第525页《与雷雨居士》书中对相宗的推崇。
17 紫柏真可：《法语》，《全集》卷二，第333页。其中所云慧能偈即宗宝本《坛经？机缘品》第七：“大圆镜智性清净，平等性智心无病，妙观察智见非功，成所作智同圆镜。五八六七果因转，但有名言无实性，若于转处不留情，繁兴永处那伽定。”
18 在此点上，近代佛学的发轫者杨文会居士与紫柏有同样的主张，他也认为唯识为“末世救弊之良药”，“参禅习教之士，苟研究此道而有得焉，自不至颟顸佛性、笼侗真如，为法门之大幸矣。”（杨文会：《十宗略说》，《杨仁山全集》第152…152页，黄山书社，2000年1月）
19 唐大圆云：“佛教之有学，且足以纠正今世科学之误，匡西洋哲学之谬而特出者，则莫如唯识。”（《十五年来中国佛法流行之变相，载《海潮音》第16卷第1期）近代对唯识学的鼓荡均与其与近代西方科技在某些层面上有相近之处有关系。参见陈兵、邓子美主编《二十世纪中国佛教》第六章《唯识学的复兴》，民族出版社，2001年3月。唯识学与科学之间的纠缠是近代佛教兴起时引人注目的争议点，可参考何建明《佛法观念的近代调适》第二章《佛法与近代科学、迷信问题》，广东人民出版社，1998年10月。麻天祥《20世纪中国佛学问题》第五章《佛学与儒学及科学》，湖南教育出版社，2001年2月。
20 紫柏真可：《阿赖耶识四分略解》，《别集》卷一，第三十二套，第一册，第46页。案：此段引文与《全集》卷十二第426页的一段原文除一个字稍异外，其他完全一致，二者重复。《别集》在此段后亦有说明。
21 紫柏真可：《与雷雨居士》，《全集》卷二十四，第三十一套，第五册，第525页。
22 关于《八识规矩颂》的著者问题，历来认为为玄奘所作，但吕澂等人对此表示怀疑，认为《表示规矩颂》文义皆有瑕疵，且将“非量”和“现量”、“比量”并称为“三量”，又称难陀论师为“愚者”等，应非出自玄奘之手。
23 紫柏真可：《唯识略解》，《全集》卷十二，第三十一套，第四册，第426页。
24 参见张自强博士论文《唯识思想与晚明唯识学研究》，第二章，《法藏文库》硕博士学位论文，《中国佛教学术论典》七，佛光山文教基金会，2001年。圣严法师云：“明末的真可、德清、智旭等诸师……是为了禅的修行而学唯识，并以唯识配合着禅宗观念作解释。可见，明末的唯识学者是偏重于实用的。”（圣严：《明末佛教研究》，第190…191页）
25 紫柏真可：《法语》，《全集》卷七，第三十一套，第四册，第373…374页。
26 参见吕澂：《印度佛学源流略讲》第五讲，第四