25 紫柏真可：《法语》，《全集》卷七，第三十一套，第四册，第373…374页。
26 参见吕澂：《印度佛学源流略讲》第五讲，第四节《瑜伽行派和中观学派》，上海人民出版社，2002年9月。
27 即早期以菩提流支、勒那摩提、佛陀扇多等于北魏永平元年（508年）至洛阳，译出世亲《十地经论》、无著《摄大乘论》等经论，后研习成风，形成“地论师”阶段。其后，真谛（499…569）渡海南来，重译无著《摄大乘论》，世亲《摄大乘论释》等经论，形成“摄论师”时期。由于两派学者有纷争，玄奘遂只影孤征，远赴印度十五载，尽得唯识要义，回国创立唯识宗。玄奘的译介唯识经论在中国被称为新译，属于“有相唯识说”，其前翻译的唯识经论相对称为“旧译”，属“无相唯识说”。
28 关于唯识学的“四分说”，可参见方立天《佛教哲学》第九章《佛教的认识论》（下），第五节《四分、三性与四智说》，第314页…324页，中国人民大学出版社，1997年6月。
29 吕澂：《印度佛学源流略讲》第五讲，第四节《瑜伽行派和中观学派》，第240页，上海人民出版社，2002年9月。
30 紫柏真可：《唯识略解》，《全集》卷十二，第三十一套，第五册，第427页。
31 同上，《八识规矩》，《全集》卷十二，同上，第424页。
32 紫柏真可：《八识规矩》，《全集》卷十二，同上，第424页。
33 同上，《八识规矩》，《全集》卷十二，第五册，第424页。案：紫柏此处引用一典故。据《高僧传》卷二，鸠摩罗什早期小乘之师盘陀达多因罗什演倡大乘，遂与罗什辩论，后为罗说服，转而礼罗什为师。云：“和尚是我大乘师，我是和尚小乘师”。紫柏授戒师明觉也曾反执紫柏师礼。紫柏用此此典故，或有引为同道之意。
34 同上，《前五识略解》，《别集》卷一，第三十二套，第一册，第47…48页。
35 紫柏真可：《法语》，《全集》卷六，第三十一套，第四册，第391页。
36 同上，《长松茹退》，《全集》卷九，第三十一套，第394…395页。
37 玄奘：《成唯识论》卷五：“六识身皆以意转，然随不共立意义名，如五识身无相滥过；或唯依意，故名意识。”
38 紫柏真可：《法语》，《全集》卷二，第三十一套，第四册，第333页。
39 同上。
40 同上，《法语》，《全集》卷二，同上，第346页。
41 同上，《八识规矩》，《全集》卷十二，第三十一套，第五册，第424页。
42 紫柏真可：《六识功能偈》，《全集》卷二十，第三十一套，第五册，第496页。
43 《楞严经》，《大正藏》卷十六，第510页中。
44 圣严：《明末佛教研究》第220页，台北，东初出版社，1987年9月。
45 紫柏真可：《唯识略解》，《全集》卷十二，第三十一套，第五册，第426页。
46 紫柏真可：《唯识略解》，《全集》卷十二，第三十一套，第五册，第426页。
47紫柏尝云：“譬如一个醒人，少有昏生，虽闻外声，又不明了，虽不明了，又闻外声。唤他作醒，实不明了；唤他作昏，又闻外声。到此境界，谓之昏醒相半，有人唤之，则随醒边，无人唤之，则随昏边，既随昏边，外不了境，内不作梦，昏然而凝，能所未成，少顷入梦，能所则有。初者谓之证自证分，二者谓之自证分，入梦则分两分，能见者谓之见分，所见者谓之相分。”《法语》，《全集》卷三，第三十一套，第四册，第344页。紫柏曾不止一次使用此喻，显示他对此的认可。
48紫柏真可：《长松茹退》，《全集》卷六，同上，第四册，第394页。
49智顗：《修习止观坐禅法要》，《大正藏》卷四十六，第 462页中。
50关尹子名喜，曾为关令，与老子同时，老子《道德经》，系应其请而撰。刘向谓：“喜著书凡九篇，名关令子。”《汉书？艺文志》著录关尹子九篇，旧题周尹喜撰，即后世所谓之《文始真经》。此书当在老子《道德经》后，而道亦近似，故庄子《天下篇》叙古之道术以老子与关尹子并述。其大要在贵本重神，澹然无为，清静自守，独任虚无，随物因应。故亦即先秦之纯粹哲学派，或纯粹道学派。《文始真经》，又名《关尹子》或者《关令子》，简称《文始经》，模仿《道德经》的笔法，曾为英国著名科技史专家李约瑟所推挹。此书原本早佚，今本系后人伪托。共九篇，题为一宇、二柱、三极、四符、五鉴、六匕、七釜、八筹、九药。前有西汉刘向序，后有东晋葛洪序。《四库全书总目提要》说此书″为唐、五代间方士之解文章者所作，其内容为释氏 释迦牟尼的略称，指佛或佛教及神仙方技家之法，借儒言以饰之。”紫柏亦对此书甚为欣赏，曾就书中魂、魄理论作过评述，见《魂魄辨》，《全集》二十一，第三十一套，第五册，第499页。紫柏另对道家另一经典《皇帝素问》有所研修，见《读素问》，《全集》卷二十一，第五册，第502页。
51僧肇：《注维摩诘经》卷五，《大正藏》卷三十八，第381页上。
52憨山德清：《性相通说？八识规矩说》，转引自张志强《唯识思想与晚明唯识学研究》，《法藏文库》（7）第396页。案：《续藏经》本《憨山大师梦游全集》卷四十六《性相通说》（上、下）阙文，此段引文引见张志强博士论文第396页。
53智旭云：“禅宗自楚石琦大师后，未闻其人也，庶几紫柏老人乎？”《儒释宗传窃议有序》，《灵峰宗论》第333页。
54钱谦益：《与素华法师》，《牧斋有学集》卷四十，第1373页，《钱牧斋全集》（陆），上海古籍出版社，2003年8月。
55蕅益智旭：《复钱牧斋》，《灵峰宗论》第318页。案：此中所说的“交光”指交光真鉴法师，晚明僧侣，曾著《楞严正脉》，认为《首楞严经》中的“舍识用根”就是唯识宗所说的“转识成智”。憨山与交光有过交往，并有书信往来，见《憨山大师梦游全集》卷十三。但紫柏《全集》与《别集》中未见有与之的书札，不能判断紫柏是否读过此书。
56鲁庵普泰：《八识规矩颂补注》，《大正藏》卷四十五，第468页上。此段论述参考了张自强博士论文《唯识思想与晚明唯识学研究》第三章第二节《晚明唯识学中的“性境”义》。但张文对紫柏反驳鲁庵普泰的关键性说法却未见引用，殊为憾事。
57紫柏真可：《八识规矩》，《全集》卷十二，第三十一套，第五册，第423页。
58张自强论文就此句云：“于是性境似乎并非是在五识现量之中，而存在于五识现量之其外了”，恐有误，因紫柏“如云真境”的说法明确说明此境非“真境”。
59 王肯堂：《成唯识论集解序》，《续藏经》，第一编，第八十一套，第二册第152页。
60 同上，《成唯识论集解序》，《续藏经》，第一编，第八十一套，第二册第152页。
61 同上。
62 圣严：《明末佛教研究》第218页。
63 详见张自强博士论文，同前揭，第376…378页。