珠鬘》、《那若广释》、《六法》、绛秋旺波所著《宝帐难义释》、季麦迥勒所著《教授花穗》、《金刚空行》、《金刚宝帐》、共通的《桑布枳释论、不共通的《释续正本》、各种新解开示的《瑜伽母密续教义》、吉祥呼金刚（喜金刚别名）的所有甚深要义，都能善巧而且熟练。
再以吉祥时轮法类为例来说，宗喀巴大师对于《时轮本续一万二千颂释六万颂》，时轮略续三万颂系具种（香拔拉国的王族名），妙吉样称的不共说法花鬘诗体指导，这一略续的广释即白玛噶波所著《广释无垢光明论》，以及索玛纳塔所著《释论》、《瑜伽六支指南》、《那若法门广释》、《金刚手上集释》、《金刚心要释》等广释的支分及其附注补遗，都进行彻底研习，成为善巧精通者。
此外宗喀巴大师还对圣白伞盖佛母的许多法类、光明母法类、寒林（即尸林）法类、大孔雀明王法类、大千轮法类、叶衣母法类、独鬘母法类、顰眉度母法类、救度母法类、尊胜佛母法类等多种密法及不动金刚法类、古汝古里法类，妙音佛母法类、马头金刚法类、金刚手法类、摧坏金刚法类，秽积金刚法类、大鹏金翅鸟王法类等许多忿怒金刚法类，无量寺佛法类、妙吉祥（即文殊）法类、弥勒和观世音等许多法类，金刚空行母、狮相佛母等无量的文武本尊、十三尊大怙主明王、内外密三种丹坚却嘉（具誓法王）、四臂怙主明王、故谢（护法）法类、尸林主、吉祥天母的许多法类，红黑两种持弯刀护法、持杖护法、伯哲护法、十二女护法等许多男女护法、毗沙门法类、象鼻金刚（财神）法类、藏拔拉（财神）法类等许多财神法类，此外还有大轮王、不动佛、药师佛、能忏除罪业的三十五佛、十六尊者等显密经典中所说的佛、菩萨、本尊、护法等的灌顶、随赐灌顶、传经、诵授、教授秘诀等传承来源可信而且传统作法正确的法类，大都全圆听受而且掌握如是法类。此如《一切智宗喀巴大师传一百零八稀有史事》中说：“大师闻法的情况，如上所说诸节，在逐一列出之后，总的说来，凡属诸佛、菩萨、本尊、护法等之灌顶法类、随赐灌顶法类、传经法类、经文诵授等新旧教语、上下迦当派、萨迦、噶举、主巴、蔡巴等派的教法传承情况，各译师译本的差别，适应各自传统作法的法规，从堪称合量的自他宗派传承而来的诸师彼此耳传，互相接受之诸法类应有尽有，大师无不掌握于心中，而且通达调伏众生的许多不同之门，并知对本尊和诸神有各种不同的连结缘份。”这是说佛世尊金刚持的密意，由印度诸智者作解释而著出的如大海般的密宗论典，其中所有一切甚深要义，宗喀巴大师都自己进行实修，并为其他有情宣说，获得无所畏惧、善巧方便之权威地位。所有自他宗派的一切粗细要义，大师也都领会于心中，而成为不染邪法毒泉垢秽的灌顶、经教、教授秘诀等清净的教导甘露的无尽宝藏。因此大师真正成为无与伦比的全圆教主。
于此断句处，作中间赞颂说：
以教心要七断戒，（七种别解脱戒）
心中之宝作宝樽，
其中充满戒光明，
照破邪暗无踪影。（毁戒的邪暗）
共通智理恒河女，
妙智恒河掬以饮，
于此大地演五明，
无缘法性有情生。
文殊密教法流水，
流入勇金刚耳瓶，（耳如宝瓶）
充满中边智器中，
倾注令心安乐生。
文殊如母对爱子，
教导取舍诸要时，
游浪歧途各种根，
于师皆成如日明。（对于宗喀巴大师来说，皆成为如日光明）
所有诸佛密藏意，
金刚乘之要义深，
以细且博之智行，
无难受持赖慧心。
密续能熟甘露精，
师自精修对众生，
勤行法施无倦形，
除师任何密师尊。（除宗喀巴大师外的）
谁能于此浊世末，
以其悲智日光明，
照耀密教莲苑兴，
美名‘窝敏’［13］亦堪惊！
达到自他宗海岸，
甚深教导意充盈，
圆满教主除师外，
绍隆佛种谁堪称？！
所有智者应作法，
领会精修专注中。
由彼文殊作劝请，
随而生喜示此情。
继后，宗喀巴大师于猴年秋季同喇嘛乌玛巴一起前往前藏嘎哇东寺，去到拉萨（大昭寺）释迦牟尼佛像（即文成公主迎至拉萨的释迦像）前，作虔诚祈愿后，复返嘎哇东寺中。当师徒二人妥善地闭关专修时，在同大众一起饮茶用餐的阶段中，由喇嘛乌玛巴作翻译，大师在至尊文殊近前，听受了许多教法，并启问了无量的疑难的要点。那时宗喀巴大师在喇嘛乌玛巴的近前听受了由文殊传授给乌玛巴的“修定所缘”后，大师依法精修。有一时间，宗喀巴大师想到从现在起勤苦祈祷至尊文殊，闭关专修，似乎意义极大！遂将此意告诉喇嘛乌玛巴。喇嘛说：“那样作当能周延。”（即应无例外）于是大师昼夜都在与至尊文殊无二无别之上师前，勤苦祈祷，并闭关专修。未经多日，有一天他明显地真实看见有一座面积适中的曼荼罗，中心的颜色如用上好的靛青涂抹而出的那样鲜艳，而且极为莹彻，久看不厌！坛体为圆形，周边有如五彩虹光构成光网，在其面积适合的青色中心点上，明显现出一尊结跏趺坐的至尊文殊，（胸间现有）色如红花的“阿惹巴扎那”咒文。久看亦不厌足。此种情况，宗喀巴大师虽未向喇嘛乌玛巴说出，而乌玛巴却向大师说道：“你似乎已亲见本尊身像”，正符合事实。宗喀巴大师亲口说：“这样的本尊身像，若欲谒见，一作启请，即能出现在眼前。从那时起，大都经常不断地显现。”因此之故，绛央却杰所著《宗喀巴大师密传启请文》中也说：
“色如蓝宝极鲜青，（如蓝宝石般鲜青）
美妙如虹网光明，
圆形之中文殊身，
至尊法王亲见明，
具德上师前启请。
从此欲见文殊尊，
随时能见常听受，
密集、般若教义深，（密集金刚与般若波罗蜜多经典）
至尊法王宗喀巴，
具德上师前启请。”
那时，由喇嘛乌玛巴作翻译，至尊宗喀巴大师在本尊文殊前听受了“文殊独勇能怖金刚法”及无上瑜伽法等，以及护法神阎摩法王外、内、密三种的随赐灌顶和加持法，以及三摩地四灌顶等法。而且在传授独勇能怖金刚随赐灌顶时，至尊文殊亲自现为独勇能怖金刚身而进行传授。在传授内修和密修等灌顶时，独勇能怖金刚立即变为双身像（双身能怖金刚）。在传授护法随赐灌顶时，又即刻变为薄伽梵能怖金刚而对阎摩法王命令差遣，在刹那之间示现这样的稀有神变。此外，文殊传授给乌玛巴的作业诸法，及所缘修习次第等许多经教，宗喀巴大师是在乌玛巴的近前听受的。此后宗喀巴大师遵依文殊的指示，决心专修。他问本尊文殊应带领怎样的侍徒前去修行？文殊指示可以带领阿阇黎绛嘎哇·伯敦桑波（意为吉祥贤）、多敦·绛生哇（意为菩提狮子）、勒敦·仁钦坚赞（意为宝幢）、勒敦·桑迥哇（意为善护），此为前藏四徒。又有喇嘛多敦·绛伯嘉措（意为文殊海）、格西喜饶扎（意为慧称）、洛西绛伯扎喜（意为文殊吉祥）、格西伯迥（意为吉祥护），此为安多四徒。继后，由于喇嘛乌玛巴将往多康，护送的人，已来到拉萨。师徒二人须暂时离别。因此，宗喀巴大师意识到应趁此未离别之际，请求一修行摄要之法。师徒二人商决后，遂在拉萨大昭寺“阳托顶玛”的南边，镀金屋顶飞檐下，陈设供品，而作猛利的祈祷，以此获得本尊文殊开示一些修行摄要偈颂。那时，宗喀巴大师按照本尊文殊所说次第，笔之于书。并从乌玛巴座前圆满地听受了密集不动金刚的四灌顶法。此后，喇嘛乌玛巴就往多康方面去了。宗喀巴大师则去到觉摩隆。大师在秋末，为大众讲说了许多教法。将近冬季，临到猴年的十月，大师年届三十六岁，他领着纯正的八大弟子，从觉摩隆起程去作离开尘世的修行事业。
在这些时期中，一切智克珠杰的著述中说：“尤其是由于至尊宗喀巴大师从无始以来，善妙精修种习之力，已达到圆满成熟。因此他在闻、思、修习经论等所有一切事业中，完全未沾染丝毫为今生的利养恭敬、美誉名声、谋求侍众美满等，以及追求自己较他人特超等动机的秽垢，而且也未有少许只为一己成佛之打算，而情不自禁地故显其言词妥当，实际是想较其他智者所说更为突出，以及想在广大会众中，成立自宗，使他人不能逾越，对他者之所承许，用各种方法破斥而始心满意足等诸如此类的行动，大师是丝毫也没有的。因此意图自我尊胜，贬低他者，以及由自矝为智者的我慢，为了想在他众中出名起见，而作讲说、辩论、著作等这样的心行，大师从最初勤作闻、思起，直至现在，任于何时，想说出在某一时间，作过那般心行的话，凡是正直者，谁也找不出一次。凡属心中趋向于正法者，谁也是以正直心来作思考的。所以对大师的心行，确是令人情不自禁地生起敬信，认识是大德稀有行传！尤其是大师抉择经论等教义时，对于一切趣向解脱和一切种智之道，想到应如佛的密意，及应如诸大车轨的经教而作。大师心中牢记此要点而作考察，使不会落到其他边际，而获得定解。大师以渴者急欲求饮的那样心情来勤求经论之义。至尊宗喀巴大师曾经亲口说：“对现在西藏算作究竟上智和善知的人们来说，他们对于经典和释经论典等，大都仅一阅读，便能想到此义在其中，不用费力地明明白白地显现其义，对他人开示也能使人极大了解，令其心境中安然明亮地现起。这样的功能，我（宗喀巴）从前即已具有。但是对此功能不可信赖，应知以细微理智来考察时，最初经常是似乎获得了解，但是原有的了解大都归于破灭。因此，以清净的细微理智来作考察，直至考察尚未圆满之间，纵然对其义已能下断语，仍旧是归于虚假之言。那时宗喀巴大师意识到对于圣龙树师徒的究竟密意的正见，以及密集五次第道中的幻身极难了解。若知晓则成大义，若不知则有堕入邪途的极大险处！而且所谓修习空性和依无上密宗道而求成佛等，仅有言说而已。因此宗喀巴大师曾经说：‘能无误地开示怙主龙树师徒密意的善知识，印、藏、尼泊尔三地和卫、藏、康三区等不论何处有，如得其根源，为了寻觅彼师，宁舍身命，甘受任何困难，现在必须立即去寻找的猛利心情，那时我已经具有。’因此之故，大师和喇嘛乌玛巴会面时，以译事请托于乌玛巴，而在至尊文殊座前，启问了中观正见，以及显密的差别，还有无上密宗道的诸大扼要，并五次第的程序和数目决定（如决定其次第为五）等无边教义。为了决疑起见，完全由辩论而作启问，是其主要的方式。”这些决非假言虚构，完全是本质正直，成为合理合格的语言。凡属心存正直，具有观察智的人，对于这些情节，略作观察，无疑地会从内心知道至尊宗喀巴大师是无与伦比的伟大主宰。
此后，大师年届三十八岁，