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地方最高行政机构，在忽必烈即位之初，为十路宣抚司；同时，他又委派重臣以都省官“行某处省事”系衔，到各地署事，行使中书省职权，简称行省。至元后期，行省官员不复以中书省官系衔，行省逐渐由临时性的中央派出机构定型为常设的地方最高行政机构。除“腹里”（河北、山东、山西）直隶于中书省，吐蕃由宣政院辖理以外，所置有岭北、辽阳、河南、陕西、四川、云南、甘肃、江浙、江西、湖广等行省。在距离省治较偏远的地区，分道设宣慰司，就便处理军民事务，“与职民者，省治之；职军者，院临之”。边陲民族地区的宣慰司、宣慰司都元帅府及其所统路府州县或宣抚、安抚、招讨等司，多参用当地土官任职。御史台在地方上也有相应的分设机构，即监临东南诸省的江南诸道行御史台（简称南台）和陕、甘、滇、蜀地区的陕西诸道行御史台（简称西台）。中台和两个行台下各设若干道肃政廉访司（元初称提刑按察司），定期检查各种案卷帐目，监督纠劾各级官吏，复按已审案件。御史台（或行台）与诸道肃政廉访司相衔接，构织成全国范围的垂直监察系统。为了征伐或镇抚的需要，枢密院有时也在有关地区设置行枢密院（简称行院）。行省以下的行政机构，分别为路、府、州、县。诸王、勋戚在内地各行省的封地上仍保留相当的特权，但这些封地在行政建置方面同样被纳入郡县制体系。路治所在城镇，并没有一个或几个录事司，管理城区居民。
元政府在许多中央机构、行省以下的大部分地方行政机构和许多管军机构中都设立达鲁花赤一职，一般由蒙古人或色目人担任，以此保障蒙古贵族对全国行政、军事系统实行严密监控和最后裁决的权力。路、府、州除蒙古人任达鲁花赤，又以汉人为总管、知府（或府尹）、知州（或州尹），以色目人为同知，使他们互相牵制，以利于民族防范和阶级统治。元代主要行政、军事统治机构的领属系统如下页表所示。
军事制度 元代在漠北草原的蒙古人，仍过着兵民合一的游牧生活，战时出军，平时便屯聚牧养。在汉地和江南，元朝军士的来源采取从固定的军户中签发的办法。蒙哥二年壬子（1252）大规模籍户时，已明确地区分民户和军户。进入内地的大多数蒙古人户及被收编的金、宋降军之家，皆以军户著籍；此外还有一些汉族或其他各族人户陆续被新签为军户，一般都由中户充当。军户种田，可免税粮四顷，称为“赡军地”。蒙古、探马赤军和汉军（金朝降军和蒙古政权、元政府在华北签发的军队）军户，都是通过奥鲁进行管理的。奥鲁的主要职责，一是从军户中起发丁男当军应役，并及时起征亡故军人的“户下弟男”承替军役，弥补军队缺员。二是负责按时为本奥鲁起发的当役军人置备鞍马、器杖、盘费等军需。蒙古、探马赤军的奥鲁，隶属于该奥鲁当役军士所在的万户、千户之下，汉军奥鲁由所在地区的管民官兼领。新附军（南宋降军）未设奥鲁。
元代军事防卫分为两大系统，即戍卫京师（大都和上都）的宿卫系统和镇守全国各地的镇戍系统。宿卫军队由怯薛军和侍卫亲军构成。忽必烈建国后，保留了成吉思汗创立的四怯薛轮番入侍之制，用他们列值禁庭以充护卫侍从，常额在万人以上，由皇帝或亲信大臣直接节制。侍卫亲军用于环卫京畿，到元朝末年先后置三十余卫，卫设都指挥使或率使，品秩与万户相当（正三品），隶属于枢密院。进入内地的色目人军队，由于战斗力较强，相当一部分被编入侍卫亲军。镇戍诸军的布局，腹里主要由蒙古军和探马赤军戍守。华北、陕西、四川等地的蒙古、探马赤军由各地区的蒙古军都万户府（都元帅府）统领，隶属于枢密院。南方以蒙古军、汉军、新附军相参驻戍，防御重点是临江沿淮地区。隶属行省的镇戍诸军，方面有警时由行枢密院统领；平时日常事务归于行省，但调遣更防等重要军务仍受枢密院节制。全国军马总数，只有皇帝和枢密院蒙古官员知道，行省兵马也只有为首的蒙古官员知道。
法律 元代始终没有颁布完备的法典。至元八年（1271）以前，中原汉地断理狱讼，基本上参用金泰和律定罪，再按一定的折代关系量刑。至元八年十一月，在建“大元”国号同时，下令禁用泰和律。以后曾数次修律，都没有完成。判狱量刑，主要根据已断案例，类推解释，比附定刑，与其他封建王朝相比，司法的随意性较显著。其他方面的立法行政，也都以诏制、条格（经皇帝亲自裁定或直接由中书省等中央机关颁发给下属部门的各式政令）为依据。因此，元朝的法制体系，主要是由因时立制、临事制宜而陆续颁发的各种单行法构成的。政府下令，凡在朝及地方各衙门均应分别类编先后颁发的各种格例，使官吏有所持循。当时“内而省部，外而郡府，抄写条格，至数十册。遇事有难决，则检寻旧例，或中所无载，则施
行比拟”。条格和断例岁增月积，繁杂重出，互相抵牾。元政府有时将历年所颁降的某一方面的条例重加“分拣”、“斟酌”，厘定“等第”，形成新的法律文字，作为“通例”公布。同时，对国家的政制法程，也几次召集老臣，从以往颁发的政府文书中选出“可著为令者，类集折衷，以示所司”，所成《大元通制》、《至正条格》等格律类聚都是具有法典性质的政书（见《通制条格》）。
元朝法律大体上遵循前代“同类自相犯者，各从本俗法”的原则。“五刑”的刑罚体系与前代相比发生了某些变化。同时，由杀人者向被害者家属偿付烧埋银，以及将刺字断放的前科罪人发付原籍，由官司籍记充“警迹人”，交由村坊邻右监督等规定，从元代开始制度化。对伤害罪，规定由加害者交付给受害者一定数量的“赡养之资”、“医药之资”，对加害者所处的实刑则比前代相应减轻。元代法律从维护地主阶级利益出发，制定了种种不平等规定，如地主殴死佃客，只杖一百七，征烧埋银（丧葬费）五十两。又在许多方面明确规定四等人的不同待遇（见四等人制）。禁止汉人、南人收藏兵器、练习武艺、甚至集场买卖。法律规定杀人者死，但蒙古人因争斗和乘醉殴杀汉人，不须偿命，只罚出征，征烧埋银。蒙古人、色目人殴打汉人、南人，汉人、南人不得还报。因而元代刑法带有鲜明的民族压迫色彩。有些蒙古法，如对偷盗牲畜处以赔九之罚、倍赃制，屠宰牲口时禁抹喉放血等，对施临于汉族居民的刑罚体系也有一定的影响。
官员铨选制度 中统初，定都省及左三部、右三部之制，吏、户、礼为左三部，兵、刑、工为右三部。至元元年（1264），罢诸侯世守，裁并路府州县官吏，行迁转法。至此，任命、迁调各级官员的权力始收归中央，初定一代铨选制度。枢密院、御史台、宣政院用人得自选闻奏；此外，百官的任免进退，一般都须经过中书省系统。职官升迁，从七品以下属吏部，正七品以上属中书省，三品以上由皇帝决定。实际上，一般外任官都难以升到从四以上的品秩。高级官僚阶层基本上为世袭的蒙古、色目贵族和极少数汉族官僚所垄断。从怯薛中不断选拔人员担任军、政要职是保持这种垄断的重要途径之一。中下层官僚的来源大部分是掾史、书吏。他们的晋升途径，首先是从县吏经州、府做到路吏，然后被选入廉访司，经御史台或行台书吏升为省部掾史，遂出职为从六或正七品官；也有从儒人中直接荐入廉访司为吏而逐渐晋升者。常选之外，还有所谓“别里哥选”。别里哥为蒙语belge音译，意为“符验”。“别里哥选”指皇帝以特旨委任官员。由省部掾史出职往往比从九品官员依常例迁转至七品更快，所以元代有许多人宁可已官而复掾。据元人自己的估计，由吏入仕者占元朝官员总数的十分之八以上。元朝科举的最初尝试是窝阔台时期的“戊戌选试”（1238）。延祐年间，元政府始正式设科取士。直到元末，开科共十六次，取士人数仅占文官总人数的百分之四，其规模远不足与唐宋两代相比拟。南人想要入仕尤其困难，能做官的，大多数也不过州县卑秩。
户籍制度 元代户籍制度非常特殊，相当复杂，将全国居民按照不同职业以及其他某些条件（如民族）划分成若干种户计，统称诸色户计。他们所承担的封建义务有所不同，隶属和管理系统也不尽相同，而且一经入籍，就不许随意更动。诸色户计主要分为以下几类：
军户，出军当役的人户。站户，在站赤系统服役的人户。军户、站户占地四顷以内免税，四顷以外依例课税。元代前期军户、站户都可以豁免杂泛差役，中期、后期部分军户、站户有时也要负担杂泛差役。匠户，为封建国家从事各种工艺造作的人户。他们须缴纳地税，中叶以后也要负担杂泛差役。灶户，又称盐户，以煎盐为生的人户，按国家规定的数量缴纳额盐，支取工本钞或口粮，严禁私卖盐货。盐户的其他赋役经常得到宽免或优待。僧、道、也里可温、答失蛮等宗教职业者，也各有专门户籍。他们占有的土地中，凡属于皇帝赏赐和元初旧产都可以免税，续置土田须验地科征。终元之世，他们基本上享受免役的优待。儒户，验地缴税，元代中期曾一度负担杂泛差役。打捕户及鹰房户，专门为皇室猎兽以及捕养行猎时所用鹰隼等动物的人户。按元政府规定，打捕户必须送纳皮货以代替其他户计缴纳的丝料和包银。民户，一般的种田户等。对北方民户大体上征收丁税和科差，南方征两税（见税粮）。民户须负担杂泛差役。
此外还有医户、运粮船户、舶商等项户计。诸王、勋戚和功臣还各自拥有一部分私属人户，他们不承担国家赋役，完全供其领主役使。这种私属人户中也包括一部分匠人、打捕鹰房、金银铁冶户等。
赋役制度 元朝的赋税制度南北相异，北方主要是税粮、科差，南方征夏、秋两税。窝阔台八年丙申（1236），更定赋税制度，史称丙申税制，基本上确立了元代在华北地区的赋税体系。忽必烈即位后，对赋役数额有所调整，并在申明旧制的基础上，明确规定输纳之期、收受之式、封完之禁、会计之法，使之更趋完善。正税主要是税粮和科差。税粮分丁税和地税两项。地税白地每亩三升、水地每亩五升。以后又一律改为亩输三升；丁税每丁二石。各色户计分别按照不同的规定输纳丁税、地税之中的一种。官吏、商贾纳丁税。工匠、僧、道、也里可温、答失蛮、儒户等验地交地税，军户、站户占地四顷以