r mt＋×str…s mt…中，发现了约0。1％的后代合子中同时含有str…r和str…s，因为在这些合子体的减数分裂后代中，既有抗链霉素类型又有对链霉素敏感的类型，这种合子体称为双亲合子体（biparental zygotes），其细胞质基因组呈杂合状态，这样就提供了研究细胞质基因重组的可能性。在正常情况下双亲合子体的频率很低，研究起来有困难。但是如果在接合前用紫外线处理mt＋亲本，双亲合子体的频率可达40％~100％。表明未经处理的mt＋细胞可能有消除mt…细胞的叶绿体遗传物质的作用。
从1954年Sager获得衣藻抗链霉素突变开始，到1967年已得到上百个突变体。利用这些突变体进行了大量的杂交，通过对双亲合子体后代叶绿体基因的分离和重组频率分析，就可以建立它们之间的连锁关系。最有效的连锁分析方法之一是调查同一个杂交中来自双亲的两个叶绿体基因的共分离情况。如果两个基因紧密连锁，那么一个基因经历细胞质分离，另一个基因也会随着细胞质分离。这种共分离的频率与基因间的距离呈反比。Sager证明叶绿体基因间的距离是加性的，唯一与之不一致的地方可以用叶绿体遗传物质呈环状的现象来解释。环状叶绿体遗传物质在几种不同植物中得到了证明。图9…8是衣藻叶绿体基因组的遗传图谱。
图9…8 衣藻叶绿体的环状基因组
ap：附着点，acl、ac2：醋酸缺陷型，sm5、sm6：链霉素依赖性，sm2：高水平链霉素抗性，
sm3：低水平链霉素抗性，spc：壮观霉素抗性，car：碳霉素抗性，ery：红霉素抗性，
ole：夹竹桃素抗性，spi：螺旋霉素抗性，tml：对温度敏感，cle：锁霉素抗性
9。3。2。2 线粒体基因作图
大多数生物的线粒体DNA呈环状双链结构。对mtDNA的遗传作图可以通过重组分析，缺失分析等方法进行。下面以酵母为例，介绍线粒体基因作图。
1。 重组分析
首先挑选具有两对不同核外等位基因的两个个体杂交，在后代中检测重组个体出现的情况。例如，在啤酒酵母中将抗红霉素及螺旋霉素的抗性个体（eryRspiR）和对这两种抗生素都敏感的个体（erySspiS）杂交，让二倍体合子进行出芽生殖。在二倍体的芽殖过程中，细胞质会发生分离和重组（CSAR）在经历几次芽殖后，诱导其进行配子体生殖产生囊孢子。一个芽体产生一个子囊，每个子囊中有4个子囊孢子，根据其表型就可推断出芽体的胞质基因型。对胞质基因来说，这4个子囊孢子是相同的，在eryRspiR×erySspiS中，得到了预期的所有4种基因型，具体数目如下：
eryRspiR 63
erySspiS 48
erySspiR 7
eryRspiS 1
其中，erySspiR和eryRspiS是重组类型，重组率Rf=（7＋1）/（63＋48＋7＋1）=6。7％，即ery和spi的遗传距离为6。7％。这些重组类型不可能是减数分裂的产物，因为任何一个减数分裂细胞产生的4个分生孢子的抗药性都相同。如果来自减数分裂，每个发生重组的芽体将形成重组型和亲本型两种孢子。随着调查位点的增多，就可以对基因排序，得到完整的线粒体基因组遗传图谱。
利用重组分析进行线粒体基因作图存在着较大的局限性。首先，线粒体重组是一个群体现象，在经过多轮重组后，大多数基因都表现为不连锁，重组分析只能检测出那些靠得非常近的基因的连锁。其次，酵母的重组过程受到一个特异的遗传因子——ω的影响，而且一些线粒体中有ω因子，另一些中又缺乏，使得重组分析结果的可靠性较差。
2。 缺失分析
酵母中出现的小菌落突变体，已被证明是mtDNA的缺失所致。此外，一些抗药性突变体也属线粒体遗传。当将带有抗药性且菌落正常的个体单独培养时，往往会出现小菌落突变体，若再加入某些诱变剂，突变频率更高。那么，这样的小菌落是否也具有抗药性，抗药性会不会因为突变而丧失呢？对小菌落突变体细胞不能直接进行抗药性鉴定。鉴定的办法是把这样的小菌落与对药物敏感但菌落正常的个体接合，诱导二倍体合子进行出芽生殖，得到一定数的二倍体营养体。这些二倍营养体基上可长出数量不等的小菌落和大菌落。对其中的二倍体大菌落进行抗药性鉴定，如果原来的小菌落仍保持了抗药性，一些大菌落就会通过线粒体基因组重组获得抗药基因，因而表现为抗药性，反之则不能。在将eryR中选出的小菌落与eryS大菌落接合后确实出现了两种类型的后代：一种是既有eryR的大菌落又有eryS的大菌落，一种是仅出现eryS的大菌落（图9…9）。前者后代中的抗药性只可能是来自小菌落。而仅出现eryS说明小菌落中决定大菌落的野生型基因和eryR基因已同时丧失。
多个基因同时缺失的小菌落突变体可用于基因作图。从兼抗几种药物如eryR capR oliR spiR的大菌落中筛选出小菌落突变体，将之与对这几种药物都敏感的大菌落酵母接合，然后鉴定小菌落突变体的抗药性，检查哪些抗药性被保留下来。通过比较基因对一起被保留或丢失的频率就可以知道哪些基因是紧密连锁的。对任何一对基因，一起被丢失的频率越高，连锁就越紧密。
图9…9 来自大菌落eryR的小菌落突变系中抗药性的保持或丢失的鉴定
图中小菌落细胞1保留了抗性基因，小菌落细胞2丢失了抗性基因
9。4 其他细胞质遗传因子
在有些真核生物细胞质中，除了质和线粒体等必不可少的成分外，还有一些非必需的、以共生形式存在的颗粒或侵染微生物，被称为共生体（symbiont）。它们能够自我复制，或在寄主核基因组的作用下复制。寄主细胞内的共生体对寄主表型有一定的影响，很多通过细胞质传递的性状与它们的存在有关。
9。4。1 草履虫的放毒型特性
某些草履虫（Paramecium aurelia）能释放出一种称为草履虫素（paramecin）的细胞质物质，这种物质对敏感型草履虫有毒甚至是致死的。生产草履虫素的细胞质因子叫卡巴粒（kappa）。它是一种称为Caedobacter taeniospirali的共生细菌，其中可能含有温和噬菌体。噬菌体释放有毒产物杀死敏感型。我们将具有卡巴粒的草履虫称为放毒型，缺乏的称为敏感型。卡巴粒在放毒型草履虫细胞质中复制，其稳定性取决于一个显性核基因K，两者必须同时存在，才能保证放毒型的稳定。若K被隐性基因k所代替，便导致不可逆地失去卡巴粒，这时即使再引入K基因，也不可能再生出新的卡巴粒，而只能由外界引入。因此，K基因的存在对卡巴粒是必需的，而且只有当KK（或Kk）和卡巴粒同时存在时草履虫才是放毒型。但是，K基因本身不编码合成草履虫素的遗传信息。放毒型草履虫体内有200~1600个卡巴粒。卡巴粒对放毒型草履虫本身无不利效应，且对体外卡巴粒的毒害有免疫作用。尽管放毒型能杀死敏感型，但它们之间的接合仍能正常完成，因为在接合过程中，敏感型草履虫对毒素也有抵抗作用。
草履虫是一种二倍体原生动物。它有两种基本的生殖方式：一是无性生殖，即通过细胞分裂形成两个个体，基因型不变；二是通过接合进行生殖，即接合生殖（图9…10）。每一个细胞有一个大核，2个小核（有的只有一个）。大核是多倍体营养核；小核是二倍体，与遗传有关。两个细胞相互接触，在接合前每个细胞的两个小核进行减数分裂，形成8个小核。其中7个小核和大核解体。剩下的一个小核进行一次有丝分裂。两个细胞的细胞膜稍微破裂，彼此交换一个小核，并与未交换的小核融合成一个二倍体核。这时的两个细胞完全相同，但在遗传上是杂合的，且细胞质未混合。
图9…10 草履虫接合生殖过程
草履虫的单细胞偶尔也进行自体受精（autogamy）（图9…11）。细胞在减数分裂后只留下一个小核，这个小核经有丝分裂和核合并，回复到二倍体状态。当自体受精的细胞是杂合体时，新形成的二倍体细胞是纯合的，因为它来自一个减数分裂事件形成的单倍体产物。基因型杂合的细胞群体在自体受精后形成的二倍体细胞的基因型有两种，按1：1比例分离。
图9…11 草履虫的自体受精生殖过程
I。 减数分裂和7个小核解体，II。 有丝分裂，III。 核融合，Ⅳ。 两次有丝分裂，
V。 2个小核发育成大核，Ⅵ。 细胞分裂、小核有丝分裂
如果放毒型与敏感型接合时间短，接合后的二倍体基因型均为Kk。由于只交换了小核，一个细胞有卡巴粒，能产生草履虫素，是放毒型；另一个细胞没有卡巴粒，不能产生草履虫素，是敏感型。在自体受精后，敏感型后代仍是敏感型；放毒型则分离出放毒型（KK）和敏感型（kk）（图9…12a），且敏感型在开始几代仍保持放毒特性。随着细胞的不断分裂，由于没有K基因，卡巴粒逐渐减少，放毒特性最终丧失。如果接合时间长，除了核相互交换外，细胞质也发生交流，使得接合后两个二倍体个体都有K基因和卡巴粒，所以都是放毒型，但是，这样的放毒型其自体受精后代中一半基因型是KK，为放毒型；另一半基因型是kk，由于细胞质中有卡巴粒，开始时是放毒型，后随着卡巴粒消失而变成敏感型（图9…12b）。
图9…12 草履虫放毒性的遗传
图中填有阴影的示意细胞质中有卡巴粒，空白的示意细胞质中没有卡巴粒
草履虫中除了卡巴粒外，后来又发现其他一些共生性颗粒，如和卡巴粒一样具有放毒特性的σ粒和μ粒，及无放毒特性的δ粒和a粒。这些颗粒同样含有遗传因子，而且也和卡巴粒一样，表现为与核基因共同作用的细胞质遗传。
卡巴粒有误其他共生体与草履虫核基因在遗传中的共同作用，揭示了生物进化过程中相互适应的暂时性共生现象。现在认为，细胞质中其他细胞器如线粒体、叶绿体等，也都是从原核生物到真核生物进化途径中产生的永久性共生现象。线粒体类似于原始的好氧细菌，叶绿体类似于原始的蓝绿藻。它们之间在大小、形态、结构、膜系统、增殖能力等方面都有许多共同之处。研究这类遗传现象，对探索细胞的起源和进化有重大的理论意义。
9。4。2 细菌质粒
质粒（plasmid）是指存在于细胞中能独立进行自主复制的染色体外遗传因子。质粒一般以独立于染色体的形式存在，但有些质粒能够整合到染色体上，随寄主染色体的复制而复制，这种质粒称为附加体（episome）。
大肠杆菌（Eli）的性因子F是最早发现的质粒。现在已很清楚，质粒广泛存在于革兰氏阳性和阴性细菌中。目前对革兰氏阴性菌中质粒的研究最为透彻，这类质粒包括致育因子（如F因子），抗药性因子（如R因子等），以及合成一些抑制其他细菌生长的物质而提高其寄主竞争力的因子（如Col质粒）。F因子在第6章中已作了讨论，下面以R因子、Col质粒为例，介绍细菌中其他质粒的功能与遗传特性。
R因子（R factor）即抗药性质粒。