是指DNA标记。
依据检测手段的不同，DNA标记大致可以分为三类：第一类是以电泳和分子杂交技术为核心的分子标记，如限制性片段长度多态性标记（RFLP）。第二类是以DNA聚合酶链式反应（PCR）为基础的分子标记，如随机扩增多态性（RAPD）、扩增片段长度多太性（AFLP）以及简单重复序列（SSR）等。第三类是以DNA测序为核心的分子标记，如单苷酸多态性（SNP），表达序列标签（EST）等分子标记。
一般来讲，要想在分离群体中尽可能地检测到所有性状基因的遗传分离与重组，必须首先对亲本作多态型标记筛选，找到能覆盖全基因组的分子标记，以求构建饱和的遗传连锁图谱。从另一个角度而言，应该选择那些目标性状差异明显，遗传多态性较高的亲本构建分离群体，这样比较有利于检测到更多的多态型标记在群体中的分离情况。
3。 基因型检测与表现型测量
假设一个标记就代表一个位点（或标记位点），针对任何一个共显性标记位点，在F2群体中，若用电泳技术分辨不同基因型差异时，会检测到3种带型，如两个双亲各显示一条带谱，杂合体同时显示双亲的两条带，即3种基因型（两个新型，一个杂合型）。将含有亲本带型的个体分别赋值为1（A）和3（B），杂合体赋值为2（H），就可得到数据化的分子标记基因型。有了标记基因型，构建标记位点间的连锁图谱工作就可以进行。与此同时，可以展开群体中各个个体的数量性状表型的观察与测量。然后按个体为基础（编号）将数量性状表型值与其标记基因型赋值一一对应，这样获得的完整数据可作QTL作图分析。
表10…8是从一个水稻F2：3作图群体中节选的10个F2单株的分子标记基因型数据及其对应的F3家系的性状平均表现。需要指出的是，该表中RM1和RM5为SSR标记，其余为RFLP标记；绝大部分标记是共显性标记，而C161为显性标记，在该标位点上，杂合体与亲本之一的基因型无法区分，故只有两种基因型赋值。
表10…8 水稻F2：3作图群体部分数量性状平均值与分子标记基因型值
株号 分 子 标 记 性 状
C161 R753 RM1 G359 RG532 RM5 RG101 有效穗 千粒重
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
… B
D
D
D
D
D
D
D
D
B
H
H
B
H
H
H
B
A
A
H
B
H
H
H
H
H
B
A
A
H
H
H
H
H
H
H
B
A
A
H
H
B
H
H
H
H
B
A
A
H
… H
H
B
H
H
H
A
H
H
B
A
H
B
B
H
B
A
H
A
H
10。6
11。3
8。5
10。0
11。5
11。8
11。1
9。6
12。2
10。0
27。1
26。5
26。3
24。8
23。8
27。5
24。4
27。3
23。5
30。0
4。 作图统计分析
用统计方法分析数量性状值与基因型值间的关联程度，判断并确定数量性状位点在遗传图上的位置、数目以及效应大小是作图分析的主要内容。
在确定数量性状位点在遗传图上的位置、数目以及效应大小之前，需要利用分离群体的标记基因型构建分子标记连锁图。正如前面所提到的，每一标记位点上的基因型可通过分子了标记带型来确定。根据两位点上不同基因型在群体中出现的频率，可以估算标记间的重组交换值或相对图距。可采用适当的统计方法对两个基因位点是否呈连锁遗传分析。通常采用似然比检验判断位点间的连锁程度：存在连锁（重组交换值r