第三个困难是最致命的：达尔文找不到一个合理的遗传机理来解释自然选择。当时的生物学界普遍相信所谓“融合遗传”：父方和母方的性状融合在一起遗传给子代。这似乎是很显然的，白人和黑人结婚生的子女的肤色总是介于黑白之间。汤姆逊的学生、苏格兰工程师简金据此指出：一个优良的变异会很快地被众多劣等的变异融合、稀释掉，而无法象自然选择学说所说的那样在后代保存、扩散开来，就象一个白人到一个非洲黑人部落结婚生子，几代以后他的后代就会完全变成了黑人。达尔文虽然从动植物培养中知道一个优良的性状是可以被保留下来的，但是他没有一套合理的遗传理论来反驳简金。达尔文被迫做出让步，承认用进废退的拉马克主义也是成立的，可以用来补充自然选择学说。事实上，在达尔文逝世（1882年）前后，生物学界普遍接受拉马克主义，而怀疑自然选择学说。
而进化论也有个致命弱点
以达尔文思想为支柱的进化论是影响人类世界观的最重要的理论之一，但只要有致命的弱点，亦必须重新思考或被修正。 达尔文理论一直被受关注，对其持认同态度的人数众多，但持质疑态度的人亦不少。 质疑达尔文理论的众多学说中，比较著名的一个学说是“生命大爆炸理论”。 “生命大爆炸理论”认为进化论未能解析历史中曾发生过的生命大爆炸现象。 进化论认为，一切复杂的动、植物都由同一单细胞的祖先，经过漫长的岁月渐渐进化而成。我国科学家侯先光在云南省澄江县发现，远在五亿三千万年之前的石层中有复杂动物之后，曾有一个“动物大爆炸”的现象。 动物界中所有不同体形构造，属于“门”一级的动物同时一次性地爆炸性出现，完全没有渐进的痕迹，之后，再也没有新的“门”出现。其它国家的学者都发现了类似的现象。 人们之所以关注此学说，是因为进化论中的一个重要理论“生物渐变理论”在解释生命大爆炸现象时失效了。
如果世上存在一些事物，令进化论的所有支柱理论都失效，那这个现象就是进化论就是致命弱点。其实，这事物就在人的身上，人的大脑就是进化论所有支柱理论都失效的事物。
单说根据现代医学论证，人的聪明程度并不完全取决于脑容量的多少，脑容量较少，甚至无脑的聪明人不断见诸报端，而脑容量超出常人重的白痴也不乏例子。
根据考古学材料可知。新人的脑容量与现代人不相上下。那么新人就该同现代人一样聪明，换句话说，5万多年来，人类似乎并没有进化。如果进化，那么现代人的脑容量应该是最重的。也就是说，按进化论观点，人的脑容量永远也不会有相同的时候。我们按进化的观点推论开去，势必会有这样的结论：人类的脑容量相同，则说明这段时间人类没有进化：若进化，则脑容量不应该相同。所以，新人与现代人的脑容量相同，恰好证明进化论站不住脚。
现代医学证明：人脑细胞有140…160亿个，被开发利用的仅占1/10，大多数人只使用人脑百分之一左右的能力。这就使我们奇怪了，按进化论观点，现代人的智慧是以前的人无法比的，而脑潜能只使用了百分之一，那么新人肯定还没有达到这个水平，我们不得不问：新人何以将脑潜能进化到这种程度而不使用？这些没有使用的潜能是如何进化来的？因为按进化论来说，人类的各种器官的进化都是劳动的结果，由于劳动的刺激，器官就逐步进化。可是如此众多而搁置不用的脑潜能又是通过什么刺激进化而成的呢？
另外，人种问题也是进化论难以说清的现象。现在世界上主要有白、黄、黑、棕色四大人种。经科学证明，这不是变异的结果，也不可能是变异，而是从来如此。因变异毕竟是少数，更不可能如此集中、统一。可是进化论则认为只有一支猿猴进化成了人类，至于到底是进化成了何色人种，进化论根本难以说清，即使说得清，那另外三支人种又是什么进化而来？如果承认人类都是古猿进化而来，则至少有4支古猿进化成人类，也就是古猿进化成人类就不是偶然而是必然了。因此所有的猿类都该进化成人类，可是现在地球上的猿类同4万年前没有多大差别，尚无进化成人类的任何迹象。而詹腓力在他的《审判达尔文》一书中对达尔文的进化理论提出了更多的质疑。
科学越是进步，我们对人类起源发现的疑问就会越多，达尔文的进化理论其最大的贡献在于让人类开始以科学的眼光去探索我们的过去，达尔文的进化理论也事实的反映了动物进化史上某一特定阶段的物种进化的部分可能规律，但对于人类的全程的进化好象并不太适用，越来越多的科学证据显示我们人类可能并不是由一个单一的物种进化而来的，这一点可能让很多人难于理解和接受，但随着对我们人类人体特征和基因等科学研究的深入，发现我们人体是综合了地球上多种动物的特征和基因，比如我们有海生动物的特性，如会流咸泪，婴儿天生的亲水性等但这些特性在与人类同宗的猿类身上是找不到的。
达尔文与神一样，都有其存在合理的诸多理由，也有其不合理的诸多反对的理由，他们都无法解释人类所有疑惑！
第三节 人类是否能被制造
第一节中我们说过，人类很有可能是神创造的，而这个神有可能是超过人类当时认知能力的智慧生物，当然这只是一个假设，但当人类起源还没有定论时，一切假设都是有其存在的意义的，怀疑与思索是我们人类前进的动力，人类不因被某一种特定的思维所困扰，比如200年以前的神创论。而现在的达尔文进化理论，有点像200年以前的神创论一样被奉为真理，束缚着人们思想。1981年美国路易斯安纳州立法院不得不通过一项法律，规定政府公立学校在讲授进化论的同时，必须以公允的态度，讲授科学创造论，这是近代法律介入科学论证最明确的规定之一，这一法律解开了生物进化论近百年来束缚人们思想的绳索，还科学以公允，一定程度上恢复了人类起源问题的重新讨论。而在我们中国，在很长的一段时间内，达尔文进化理论与马列主义一样是不能怀疑的。所幸的是中国日渐的开放，人类起源问题在中国也开始了重新讨论。
如果能证明人不可能被创造的，那么无论那个神是真神还是拥有高科技能力的智慧生物，神创论的假设都不可能存在，而事实上没有任何证据能证明人不可能被创造，而随着科技的进步，越来越多的证据显示人类有可能被制造出来。
恩格斯关于生命的定义：生命是蛋白体的存在形式，这个存在形式的基本因素在于和他周围的外部自然界的不断的新陈代谢，而且这种新陈代谢一旦停止，生命就随之停止，结果便是蛋白质的分解。
也就是说我们人类能人工制造出蛋白体的话，也就有可能制造出生命，因为生命是蛋白体的存在形式，反过来也可以说是蛋白体构成了生命，构成了我们人体。
而早在1965年我国科学家完成了牛结晶胰岛素的合成，这是世界上第一次人工合成多肽类生物活性物质一种真正的生物蛋白体。
1965年9月17日，中国首次人工合成人类胰岛素，这也是世界上第一个人体蛋白质的全合成。这一成果促进了生命科学的发展，开辟了人工合成蛋白质的时代。这项工作的完成，被认为是六十年代多肽和蛋白质合成领域最重要的成就，极大的提高了我们国家的科学声誉，对我国在蛋白质和多肽合成方面的研究起了积极的推动作用。人工胰岛素的合成，标志着人类在认识生命，探索生命奥秘的征途中，迈出了关键性的一步，产生了及其巨大的意义与影响。
在康奈尔大学的实验室里，除了研究其他项目以外，还研究生物有机化学，探索生命形成的化学可能。他们将原始地球的气体混合在一起，然后用电火花辐照。这些气体包括：氢、水、氨、甲烷、硫化亚氢等，它们碰巧都存在于现代的木星上和整个宇宙里。电火花相当于闪电（在古代的地球和现代的木星上也有）。反应器皿起先是透明的，因为原始气体是看不见的。但是电火花辐照10分钟之后，他们看到一种奇特的棕色的东西顺着器皿壁慢慢地往下淌，器皿逐渐地变得不透明了，盖上了一层厚厚的煤油。假如我是用紫外线照射的话（模仿早期的太阳），其结果会大致相同。这种焦油是复杂有机分子（包括蛋白质的组成部分和核酸）的浓缩。生物竟然是非常容易制造的。
而我们人类从某种意义一说也是生命的一种形式，这是复杂了点而已，随着人类科技的进步，人类也是有可能制造出来的。
而事实上随着克隆技术的出现，在某种意义上说人类已经能制造自己了。
《侏罗纪公园》这部反映恐龙复活的影片，使世界疯狂，影片是这样幻想的：某一天，科学家发现了一块形成于侏罗纪时代（即恐龙时代）的琥珀，从里面取出了一只曾经吸过恐龙血的蚊子，通过对恐龙血的分析，人们破解了恐龙基因图谱，从而使曾是地球霸主的恐龙复活。在20年以前，这样的幻想无疑是幻想，但今天它基本上已经成了事实。前不久，美国的研究者莫尼卡·博诺其与罗·卡诺成功地从一只包裹在琥珀中的蜜蜂身上发现了距今4000万年左右的细菌，并使其复活。据中国报道，1994年北京大学生物研究者们从尚未完全石化的恐龙蛋化石中分离出了6000多万年以前的恐龙基因片断，使人们真正看到了恐龙复活的希望。
1996年2月，英国科学杂志《自然》上一篇文章一时间轰动了全世界，因为文章宣告了“多利”的诞生。多利是只温顺的小羊，本无奇特之处，问题出在多利的出生上，因为它不是自然繁殖的生物，而是一只完全被人类制造出来的动物，这就是所谓的克隆技术。英国科学家将一只母羊身上的一个活细胞取出，这个活细胞包含了构成这只羊的所有遗传信息，然后再取出一个母羊的卵子，并将卵子的内核挖去，将活细胞核塞入挖空内核的卵子内，再将其送人母羊的子宫使其发育成胚胎。出生后的羊与提供活细胞的那只母羊长得一模一样，就跟放进复印机里复印出来的一样。“克隆”羊的出现，的确让全世界的人难过了很长一段时间，因为从克隆羊中人们终于看到了克隆人的影子，这项技术一旦推行到人类，世界就混乱了，任何一个人都可以随便克隆几个或者几十个、上百个自己。
看过《星战前传Ⅱ：克隆人进攻》的克隆人部队吗，有一天我们人类可能会真的这样制造自己。
据英国《每日邮报》2008年1月18日报道，日前，美国科学家塞缪尔？伍德成为世界上第一个克隆自己的人！这项克隆技术突破激起了伦理道理的争议，据称，伍德将自己的皮肤细胞植入女性的卵子中从而建立晶胚细胞。这种首次提取成年人皮肤细胞克隆人类晶胚细胞。 虽然这些比针头还要小的晶胚细胞只存活了5天时间，它们却被视为治疗阿尔茨海默症、帕金森氏症等疾病的一个里程碑。但是持批判观点的人士担心这项克隆人类技术会被用于�