10世纪，佛教逐渐由西康、青海、阿里等地将戒律传回卫藏地区。同时有一些人去印度求法，其中最有成绩的是仁钦桑波（rin－chen－bzang－bo，958—1055），译出以密宗为主的不少显密经典。又从印度迎请阿底峡进藏，主要传授显宗教理，兼及密宗。这样，佛教逐渐在吐蕃复兴，并发展成独具高原民族特色的藏传佛教，而且从11世纪开始陆续形成各种支派，到15世纪初格鲁派的形成，藏传佛教的派别分支才最终定型。主要有宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派等前期四大派和后期的格鲁派等。格鲁派兴起后，噶当派则并入格鲁派而不单独存在。藏传佛教的派别差异既不像印度的小乘十八派是由于其遵行的戒律不同而分派，也有异于印度的大乘因其主张的教义不同而分派。其派别差异是因不同师承、不同修持教授、所据不同经典和对经典的不同理解等佛教内部因素和不同地域、不同施主等教外因素而形成众多派别。这是藏传佛教的又一特点。
藏传佛教教义特征为：大小乘兼学，显密双修，见行并重，并吸收了苯教的某些特点。传承各异、仪轨复杂、像设繁多，是藏传佛教有别于汉地佛教的一个显著特点。显宗说一切有部、经部、唯识、中观四宗中以中观为最发达。龙树一系的论典以“正理聚六论”为中心，经过宗喀巴的倡导，中观应成派月称所著的《入中论》最受推崇，成为中观论著的代表作。《现观庄严论》与《入中论》两书汉文未译，而龙树的《大智度论》藏文未译，因而成为藏传与汉传佛学之一重要区别。西藏密教一般分为事部、行部、瑜伽部、无上瑜伽部等四部，而各宗派多以无上瑜伽部的各种教授为主要修行法门。
藏传佛教的传承方式既有师徒传承方式，如宁玛派、噶举派、噶当派；也有家族传承方式，如萨迦派，基本上采用以昆氏家族为基础的家族传承方式。但最具特色的还是活佛转世制度。“政教合一”是喇嘛教的另一大特点。历史上，藏传佛教的多数派别都和一定的政治势力（包括地方实力集团或家族势力）结合在一起，形成政教合一制度，教依政而行，政持教而立，彼此依存。这一制度在吐蕃赤祖德赞赞普时初见雏形，至萨迦派时正式确立，其后不断完善，待格鲁派掌西藏地方政教大权后而达鼎盛。1959年西藏民主改革时废除。
藏传佛教传习和修证的处所分为讲道院和修道院两种，也有综合者。较大的寺院都有规定学制。各派各寺的规定不完全相同。如格鲁派哲蚌寺郭莽札仓规定：因明五年，般若四年，中观两年，俱舍四年，戒律一年，必须循序而进。戒律学完之后统称噶仁巴（经学士），其出路有三：1、少数申请应试格西学位，2、自由讲学或闭关修持，3、入密宗学院继续深造。藏传佛教的学位有多种名目，如噶希（四论士）、饶绛巴（博学士）等，原仅为尊称，后学制逐渐严密，须经过考试才能取得诸如拉仁巴、多仁巴、林赛、曼仁巴（医药士）等各种称号，统称为格西。
藏传佛教的寺院规模大小不一，小者只有数人，大者多至七八千人。大寺院一般由经堂、神殿、做为辩经场所的林苑、印经院，若干活佛拉章、僧舍、执事者的办事处、仓库、招待施主的客房、牲圈等等组成。寺院在旧西藏往往是一个地区的宗教、文化乃至经济、政治中心。中华人民共和国成立后，重要的寺院依其重要的程度分别规定为国家级、省级、县级的文物重点保护单位。文革期间许多寺院受到严重的破坏，1979年以后由政府资助和信徒群众自愿集资逐渐恢复。
藏传佛教的文献极为丰富。藏文《大藏经》分《甘珠尔》和《丹珠尔》两大部分，其中《甘珠尔》包括显密经律，主要为佛教的原始经典，《丹珠尔》为论藏，系释迦牟尼弟子对佛语的阐释和论述的译文集成。
清王朝通过尊奉藏传佛教，与生活在西藏、云南、四川、青海、甘肃、新疆、内外蒙和东北地区的蒙、藏民族建立了强大有力的共同的精神信仰纽带，进而控制了东北到西北、西南的广大地区，为入关统一中国创造了重要条件。
藏传佛教于后弘期时传入青海、四川、甘肃、内蒙、云南及今蒙古国，13世纪后开始传入元、明、清宫廷，对中央政府的治藏政策和宗教政策产生了重大影响。还先后传入尼泊尔、不丹、锡金、拉达克等周边邻国及邻境。本世纪初，开始传入欧美，分别建有传教中心或藏传佛教研究机构，并得到迅速发展，现已成为西方国家的不可忽视的宗教信仰之一。
【四大派别】
宁玛派（rnying－ma－ba）是藏传佛教最古老的一个派别。“宁玛”藏语意为“古”、“旧’，该派以传承弘扬吐蕃时期译传的旧密咒为主，故称为“旧”；其法统与吐蕃时期的佛教有直接传承关系，历史渊源早于后弘期出现的其他教派，故称为“古”。通称“旧译密咒派”。宁玛派僧徒可以分两大类：第一类称阿巴，专靠念经念咒在社会上活动，不注重学习佛经，也无佛教理论。第二类有经典，也有师徒或父子间传授。我们主要介绍是第二类。严格意义上的宁玛派是11世纪时“大素尔”索尔波且？释迦迥乃（1002－－1O62）、“小素尔”索尔穷？喜饶扎巴（1014－1074）、卓浦巴（本名释迦僧格，1074一1134）三素尔建立寺庙并有较大规模的活动时才形成的。到16、17世纪才有较具规模的寺院，后来在第五世达赖喇嘛支持下得到较大发展。著名的寺庙有西藏的多吉扎寺、敏珠林寺，四川的噶托、竹庆等寺。宁玛派14世纪就已传播到不丹、尼泊尔；近代来，印度、比利时、希腊、法国、美国等都建有宁玛派寺庙，并不断出版有关教义著作。
宁玛派的传承主要分经典传承和伏藏传承两部分。14世纪后，经典传承即不见史载，由伏藏传承取而代之。伏藏为前弘期时莲花生等密教高僧埋藏的密教经典法门，后弘期时发掘出来弘传于世。藏传佛教各宗派都有伏藏，但以宁玛派最为重视，有南藏、北藏之分，《大圆满法》即为该派独有的特殊伏藏法。
宁玛派的教法主要为九乘三部。九乘即声闻、独觉、菩萨等显教三乘，事续、行续、瑜伽续等外密三乘，摩诃瑜伽（大瑜伽）、阿鲁瑜伽（随类瑜伽）、阿底瑜伽（最极瑜伽）等内无上三乘。其中的阿底瑜伽即“大圆满法”。宁玛派最为注重修习心部的大圆满法，主张人心本自清净，三身圆满，不假造作，本自现成，修习的关键仅是消业净习，即可契证本性，圆满佛事。
萨迦派中的“萨迦”藏语意为灰白色的土地。因北宋熙宁六年（1073）昆？衮却杰波（1034一1102年）在后藏萨迦县萨迦寺弘法，故名。萨迦派有血统、法统两支传承。元代以后，萨迦派内又出现俄尔、贡噶、察尔3个支派。此外，萨迦派的重要寺院还有四川德格的贡钦寺，青海玉树的结古寺、称多县的示藏寺，西藏林周的那烂陀寺，今锡金境内的结蔡寺等。
萨迦派采用款氏家族世代相传的传承方法。代表人物有萨迦五祖。初祖贡噶宁波（1102？一1158）、二祖索南孜摩（1142一1182）、三祖扎巴坚赞（1147一1216）、四祖萨迦班智达？贡噶坚赞（1182一1251）、五祖八思巴？洛追坚赞（1235一1280，萨迦班智达侄子）。1244年，萨迦班智达应蒙古皇子阔端邀请赴凉州会谈，为元朝统一西藏作出了重要贡献。后来，八思巴被元世祖忽必烈封为国师、帝师，领总制院事，管理西藏地方政教事务。1267年西藏建立萨迦派政教合一地方政权，在元中央王朝的支持下，萨迦派势力大增，其寺院及势力波及到康区和安多各地，对元朝皇室亦有重大影响。与此同时，萨迦派内部的矛盾亦逐渐发展，1324萨迦寺分成细脱、仁钦岗、拉康、都却4个拉章，各领属民、土地。1351年，萨迦派在西藏的掌权地位被帕竹噶举派的大司徒绛曲坚赞取代，萨迦势力日渐衰落。明成祖时，封萨迦首领为大乘法王，萨迦派仅保有萨迦附近一小片领地，其首领称萨迦法王。明朝中期，其他3个拉章传承断绝，都却拉章则再分为彭措颇章和卓玛颇章两房，延续至今，萨迦法王由两房的长子轮流担任。现今的萨迦法王在美国居住。
萨迦派在显教方面注重经论的翻译及辩经。显宗方面有两个传承，一个倡导唯识见，传授法相学；一个主张诸法性空，传教中观应成学说。密教方面有萨迦十三金法（《十三种不越外围之金法》），“道果法”是最独特的教法。“道果”法认为，修习佛法有三个层次。第一个层次是舍去“非福”（“恶业”、做坏事）。专心于行善，来生即可投生三善趣之中。第二层次是断灭“我执”（“我执”指执于一切有形或无形的事物）。“我执”一断灭，烦恼苦痛便无从生起，人也可从流转轮回的痛苦中得以解脱。第三层次便是除去“一切见”。一切见指“断见”（指片面解释“宇宙万物皆非实有”）和“常见”（指一般人的见解）。萨迦派认为，要防止“断见”、“常见”，走中道，这样才能达到智者的境界。
萨迦派对藏族文化的发展有重要贡献，元代帝师达玛巴拉在北京召集藏、汉、印度、北庭名僧用梵文原本对勘藏汉文佛教大藏经典，历时3年撰成《至元法宝勘同总录》。这为《藏文大藏经》的编定和刻印打下了基础。萨迦寺至今仍是藏传佛教中藏书最为丰富的一座寺院。
噶举派是藏传佛教支派最多的教派。“噶举”，藏语意为“口授传承”，谓其传承金刚持佛亲口所授密咒教义。创立者先后有两人。一是琼布朗觉巴（990—1140），一是玛尔巴译师。这一派支系众多，有达波噶举和香巴噶举两大传承。达波噶举系统的创始人是达波拉结，但渊源却可以追溯到玛尔巴、米拉日巴师徒。达波拉结是米拉日巴的上首弟子之一，1121年在达布建冈布寺，收徒传法。他融汇噶当派的《道次第》和米拉的《大手印》教授，写成《道次第解脱庄严论》，逐渐形成独特的风规，而成“达布噶举派”。后来，达波拉结的众多门徒发展出更多的支系，通常有“四系八支”之称，遍布于藏区等地，至今未衰。达波噶举中的帕竹噶举、噶玛噶举的上层曾受元、明两朝册封，相继执掌西藏地方政权。格鲁派兴起后，噶举派中仅有止贡、噶玛、达隆、主巴四支系保有一定势力。香巴噶举系统的创始人是琼波南交巴，故也称琼布噶举。因琼波南交巴在后藏的香地区广建寺庙，传法讲道，故称“香巴噶举派”。
噶举派主要寺院有西藏墨竹工卡的止贡寺、四川德格的八邦寺等。
噶举派主要学说是月称派中观见，重密宗，采取口耳相传的传授方法，曾融合噶当派教义。修习上，噶举派注重修身，主修大手印法。大手印有显密之分。显教大手印为修心法门，修的是空性大手印，它要求修行者心住一境，不分别善恶美丑，以得禅定。密教大手印为修身法门，密宗大手印则以空乐双运为道，分实住太平印、空乐大平印和光明大手印等。大平印修身的方法有四种，最主要的目的是通过对人体呼吸、脉、明点（心）的修炼，而达到一�