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日本禅宗在经历了镰仓、南北朝与室町的鼎盛后，进入江户时代，已开始出现颓势。但这时中国黄檗山住持、临济高僧隐元隆琦的到来，打破了当时禅林的沉寂的局面。隐元在宇治开创黄檗山万福寺，创立日本黄檗宗，成为日本佛教史上一大事件。黄檗宗作为日本禅宗又一独立的宗派的出现，表明日本禅宗已经完成了它最后的宗教组织建设。隐元还将中国明代盛行的〃念佛禅〃带到了日本。这一从中国传来的独特的禅法不仅在日本站住了脚，而且大大刺激里本已处于停滞状态的临济、曹洞两宗。两宗重振宗风，终于使日本禅宗三派鼎立，长盛不衰。
日本禅宗产生于镰仓时代。镰仓时代是幕府执掌政权、武士统治的开始。日本禅宗从它产生那天起，就与幕府政权发生密切的关系。幕府政治在镰仓时代结束以后，又经历了室町幕府和江户幕府两个时期。在长约七百年的幕府政治中，禅宗曾随着几代幕府政权的兴衰而消长。但总的说来，它是在以幕府为首的武士支持下，得到相当大的发展。故人们有时说，日本禅宗是武士的宗教。
作为〃武士的宗教〃的日本禅宗，在当时主要以两大派别出现，即临济宗和曹洞宗。这两派又都在幕府武士中形成了自己的阵营，即临济宗主要和幕府上层武士关系密切，而曹洞宗则注重在地方上的发展，得到各地领主地头等中下武士的支持。当时流行的〃临济将军，曹洞土民〃是很能概括这一特征的。
临济宗的开山祖师荣西在宣传介绍禅宗时，受到天台宗僧人的攻击，因而他写下了《兴禅护国论》，强调〃兴禅〃可以〃护国〃，这就把禅宗与国家的关系紧密结合了起来，为此，得到了幕府将军源赖家的信奉和支持。源赖家不仅为他在京都建造了建仁寺，又请他到镰仓，开创了寿福寺。荣西在关西和关东传布禅宗，都是凭借了幕府的势力。
荣西以后的临济宗的发展，基本仍是循此路线，一些著名禅匠都与幕府上层关系密切，并积极在武士之间传授禅法。如〃圣一国师〃圆尔辨圆入宋从无准师范学禅，回过后，受到摄政九条道家的崇信，在京都特意为他创建了东福寺。此后，辨圆又应请为幕府的执权北条时赖和嵯峨上皇授菩萨戒，其禅法在朝廷与武士之间很有影响。又如东渡弘禅的中国禅僧兰溪道隆，一到日本就受到镰仓幕府的欢迎，掌权的北条时赖为他建造建长寺，闻风而来参禅者很多，影响深远。中国禅僧无学祖元也深受幕府的崇信，北条时宗为他建圆觉寺，他的禅法在武士间影响很大。另一位赴日的元代禅僧一山一宁，也受到北条贞时的尊崇，请他住持建长寺、圆觉寺，后又移住京都主南禅寺。如此等等，我们完全可以说，日本的临济宗在相当大的程度上是依靠镰仓幕府而兴起并逐渐发展的。
南北朝与室町时代，幕府将军独裁，武士专横，战乱频繁，社会动荡，民众困苦不堪。在佛教各派趋于沉寂的大背景下，禅宗却一家独盛，这与禅宗的休息方式有很大关系。在那动荡不安的时代，人心趋于淡泊，禅宗以明心见性为标榜，这符合一般人的心理，所以流行于社会各阶层。临济宗此时出了梦窗疏石和宗峰妙超两位大师。梦窗学问渊博，道誉隆高，深受室町幕府的开创者足利尊的敬仰，足利尊还皈依了他。另外，梦窗又受醍醐天皇尊重，诏入皇宫，特赐锦座，敕赐〃国师〃之号。作为〃七朝帝师〃的梦窗，周旋于朝廷与幕府之间，为调和其中的矛盾作了极大努力。梦窗门下弟子云集，活跃于室町时代所创立的〃五山十刹寺〃，形成〃五山官刹禅派〃。〃五山十刹〃之制本就是室町幕府足利义满制定的，所以当时的〃五山禅僧〃也就成为室町幕府政治中的重要工具，他们经常参与军政外交机要，为幕府起草政治外交文书，有的还作为国使出使邻国。这样的历史文化背景，自然有利于禅宗的兴盛。
即使在江户时代，禅宗已走向衰落，但临济宗仍与幕府关系密切，并由此得以维持。如江户初期的以心崇传，深受德川家康、德川秀忠两代幕府政权中枢的信赖和重用，除被请参与军政、外交机要以外，还被任命制定了如〃寺院诸法度〃、〃禁中并公家诸法度〃、〃武家诸法度〃等一系列德川政权确立期的重要法度。在他后来的大德寺派的泽庵宗彭，也得到将军德川家光的皈依，在当时宣传以禅为背景的武道哲学。
曹洞宗作为日本禅宗的另一大派别，也与幕府武士有着密切关系，但因宗风不同，所以主要在武士的中下层传布。
曹洞宗的开山祖师道元在初传曹洞禅法时，也曾受到朝廷与幕府的崇信，北条时赖闻其道誉，深表敬慕，请他到镰仓授菩萨大戒，并托道元的首座弟子元明将施舍永明寺土地的字据带回。但道元不喜好交结权贵，不近王臣，他对元明私自接受时赖的字据非常生气，将其赶出了山门。他自己则从不主动结交那些显贵，因为他所宣扬的〃默照禅〃，最基本的应是在僻静山林一心坐禅，〃不顾万事，纯一辨道〃。
道元之后，曹洞宗的又一位杰出僧人是莹山绍瑾。他在加强曹洞宗派的建设，制定曹洞清规等方面作出了很大贡献，使曹洞宗得到了很大发展。另外，绍瑾尤为重视禅的民众化，他改变了道元的只重视打坐的枯淡的禅风，对下层社会的教化作出了极大的努力，将禅普及于广大民众，从而得到地方各地领主地头等中下武士的支持。
绍瑾以后曹洞宗的发展，基本上仍是遵循了绍瑾的禅风，注重地方在扩展教线，充分吸收民间及其他宗教所盛行的一些祈祷仪礼、修法仪礼，这样使得布教方式更为简便，对一般的下层民众有着很大的吸引力。所以，到室町幕府时代，曹洞宗在全日本广泛流传。
即使最晚立宗的黄檗宗，因幕府政治已近尾声，日本禅宗的发展虽已过了它的黄金时期，但黄檗宗还是得到了德川幕府的支持。隐元赴日，先住长崎，声闻全日本，后应邀到外地传禅。他率弟子们来到江户，晋见了德川幕府家纲将军，计划筹建寺院。是年，以家纲为施主，以隐元为开山祖的京都宇治黄檗山万福寺正式建成。
禅宗之所以能如此地在日本武士中受欢迎，乃至成为〃武士的宗教〃，如前所说主要与其修行方式以及幕府统治下的社会环境有关。另外，禅宗的许多宗教特质也被认为特别吻合于武士道精神。如禅僧视死如归，生死一如的思想，对武士的忠孝、武勇、不畏生死的精神就影响很大。又如禅宗以寡欲质素为宗旨，要求禅僧克服营私纵欲的念头，这与武士们提倡的廉洁操守也很相似。另外，禅宗把佛教的教理化为具体的日常生活，搬柴运水，都是佛事，不立文学，以心传心，见性成法。这种简单易行的方法，更受广大武士的欢迎。
总之，日本武士道的德目，以忠孝、武勇、慈悲、礼让、勤俭、质素为主。而这些内容，几乎可说全与禅宗的教义相契合，所以禅宗自中国传入日本后，进一步激发了日本的武士道精神，在武士阶层中广为流行，乃至被定为完成武士人格修养的基本方法。武士们对禅宗的修行方式极为注重，禅宗的高僧都得到幕府将军和武士的尊敬、拥戴，无论是〃临济将军〃，还是〃曹洞土民〃。这也就是为什么禅宗能在近七百年的幕府政治中，保持繁盛局面的原因。
在日本历史上，中国传统文化的影响是巨大的，而它的传播渠道恰是隋唐以后，借助于佛教徒的传教求法运动，即依附于佛教的东渡而传到这个岛国的。
中国禅宗的东传，正值宋代；日本禅宗的创立并兴盛，也已在镰仓及此之后，所以从这时开始（即中国的宋、元、明），中国传统文化在日本的传播就主要是依赖中日两国的禅僧了。禅宗与日本文化有着密切的关系。
由禅宗而传到日本的宋代文化，最突出的莫过于宋代理学。最早的传播者是日本律学沙门俊仍。他于建久十年（1199）入宋学习天台、禅和律，建历元年（1211）回国，带回了大量的佛典和儒家经典。在他之后，东福寺的开山祖圆尔辨圆也于1242年自宋带回数千卷典籍，并亲自撰《三教典籍目录》。这些典籍对于日本五山儒家、诗文学的兴盛起过很大的推动作用。另外，中国禅僧兰溪道隆和一山一宁对传播宋代理学也贡献颇大。道隆在上堂传授禅法时就常借用儒学〃四书〃中的思想，通过对僧侣参禅者说禅，把宋儒的哲学杂糅到佛法禅学中。一宁学识渊博，他在日本二十年，除了大振禅风外，还积极传播宋学。后来日本著名的宋学先驱虎关师炼、雪村友梅等都曾是他的学生。
室町时代，五山十刹正式确立。五山不仅成为当时禅宗的中心，而且逐渐兼有了宋学研究中心的作用。由春屋妙葩主持开印出版的〃五山版〃，不仅有大量的禅书，还有很多的儒典。五山禅僧中更是涌现出不少精通宋学的学者。因为他们的努力，宋学边在日本的知识阶层中广泛传播开去。直到江户时代，宋学本来附着于禅宗的文化形态，才逐渐离开其本体而成为独立的存在，成为日本文化中的重要内容。
除此而外，因为中日禅的密切交往，随禅宗东渡来日的中国传统文化，从形式到内容可谓林林总总。从荣西的《吃茶养生记》引进中国的吃茶风习和吃茶方法，成为日本〃茶祖〃，到明末隐元等带来大批书画，黄檗山遂成为中国书画美术馆；从辨圆、绍明、道元等人从中国带回先师的顶相，到江户日本书法史出现的以隐元、木庵、即非为代表的〃黄檗三笔〃，乃至义堂周信的文，绝海中律的诗，春屋妙葩的出版事业，梦窗疏石的庭院建筑……禅宗对日本文化的影响真是既深刻又广泛，从而形成了今天具有特殊意义的日本〃禅文化〃这一概念。〃禅文化〃是日本传统文化中的重要内容，它可以说是伴随着禅宗传入日本，并在日本发展、流传的基础形成的内涵丰富的文化形态。它是中国文化与日本文化相结合的产物。
印度的禅传入中国，经过发展，有了中国的禅宗。中国禅宗又东渡日本，又有了日本禅宗。日本禅宗对中国禅宗并不只是全盘地吸收，不是简单的翻版。因为历史线索和文化背景的不同，禅宗要适应这岛国的政治、文化氛围，就必须有新的发展。这实际是从荣西在建仁寺内设立真言院和止观院，安置禅、真言、天台三宗，融合三宗思想，形成日本临济宗就开始了的。所以说，日本禅宗虽源于中国，各派的思想和风格基本�