传佛教的形成和发展作出过重要贡献。
昆·贡却杰布的父亲叫释迦罗追，他还有一位名叫昆·若喜饶茨诚的出家为僧的兄长，他们都信奉宁玛派，特别是兄长昆·若喜饶茨诚学识渊博、持戒严谨、精通密法，既是当时昆氏家族中的教主，又是昆氏家族自信奉宁玛派教法以来最后一位大师。因此，藏传佛教史籍以昆若喜饶茨诚为界，此前昆氏家族信奉宁玛派，他之后从贡却杰布开始建立并信奉萨迦派。贡却杰布从小跟随释迦罗追和兄长昆若喜饶茨诚学习昆氏家族的教法传承，即宁玛派教法。然而，贡却杰布年长后，则对当时藏族地区流行的新密法很感兴趣。有一次，贡却杰布去参加在卓地方举行的大型庆典会，该庆典会不拘一格，热闹非凡，表演的节目名目繁多，使人眼花缭乱，但其中最引人注目的，则是那些咒师们表演的剧目，他们头戴二十八位自在母面具，手持各种法器，简直是一群女性装扮，甚而以散发天女这鼓舞姿态，在手舞足蹈或翩翩起舞。在整个庆典会上，咒师们别出心裁地向人们展示出一派异彩纷呈的景象。贡却杰面回家后，将看到的这些情景全告知兄长，并请教为何出现这种现象等问题。兄长回答道：现在旧密法正处在没落时代，故出现这种混乱的局面，这是一种不祥之兆，以后修持旧密法者中很难产生德高望重的大师，也就是说，在佛教显密教法上有成就的法相学家或密宗大师，今后在修持旧密法的僧众中很难出现。因而咱们原先拥有的旧教典、旧法器，以及过去制定的佛教三宝等一切供养对象，均应自主地封闭，成为伏藏，开始吸纳新的密法，建立新的教法体系。然而，他们后来在付诸实施、封闭旧密法的过程中，大密马头明王和金刚橛二尊护法神，由于神秘莫测、法力无比而没能制伏封闭。也就是，萨迦派在重组神灵系统或重新选择神灵对象时，无法撤消马头明王和金刚橛二大护法神的神圣地位。所以，至今萨迦派依然供奉或修持这二尊从旧密续中一直传承下来的怒相护法神或本尊，同时还保持了白品日月姊妹施食仪轨。其中萨迦派向号称为白色护法神的日月姊妹神，抛掷朵玛食子等举行的宗教仪式，是萨迦派特有的一种季节性的宗教仪轨。
特别是当时昆·若喜饶茨诚劝告小弟贡却杰布，去亲近当时在后藏最为著名的卓弥·释迦益西，学习藏传佛教后弘期内兴起的新密法或新密续，以便为昆氏家族建立新的教法系统。后来贡却杰布实现了兄长的意愿，为昆氏家族创立了新的宗派，即萨迦派。
卓弥·释迦益西（１０３４——１１０２年），是藏传佛教后弘期中翻译新密续的大翻译家之一，他在藏传佛教后弘期的初期阶段，翻译了不少重要新密续，为藏传佛教新密续的建立，作出过巨大贡献故在藏传佛教史书中一般称其为卓弥译师。尤其是卓弥译师在萨迦派的历史上，更具有无与伦比的崇高地位。因为萨迦派最注重的核心教法，即道果法源自卓弥译师。在某种意义上讲，萨迦派的历史，其主线始终是道果法的历史传承。所以，叙述萨迦派的历史，尤其是疏理萨迦派的教法传承的历史，就得从卓弥译师开始讲起，才能顺理成章，脉络清晰。
卓弥译师不仅是一名享誉全藏区的大翻译家，而且也是一位培养高僧的著名上师。不少高僧大德都曾在卓弥译师的门下学习过佛法，诸如萨迦派创始人贡却杰布、噶举派的祖师玛尔巴大师、父续《密集》的主要传播者桂译师，以及为宁玛派的形成起过关键性作用的高僧索布切，等等，他们都曾拜卓弥译师为师求法。其中昆贡却杰布，则全面继承了卓弥译师倡导的以母续《胜乐》为主的教法，特别是贡却杰布将卓弥译师传授的道果法得以发扬光大。
贡却杰布遵循兄长的劝告，前往卓弥译师处学法。在途中遇到一位名叫钦译师的大德，便决定先在这位大德前学习新密法。贡却杰布向钦译师请求授予喜金刚灌顶，并讲授其密续。但未待密续授完，钦译师便不幸逝世。贡却杰布不得不直接赴后藏拉堆地方的聂谷隆寺，求教于在那里传授佛法的卓弥译师。最初贡却杰布在卓弥译师前，继续听讲在钦译师前未完成的喜金刚密续。之后，贡却杰布将自家的部分田地出售，买来十七匹马，连同一串作为饲草款的珍珠，一起献给卓弥译师作为传法的报酬，求授完整的大宝经论。卓弥译师给贡却杰布只讲授了部分大宝经论，而着重传授了密宗三续的经论部分。此外，特意传授了道果法。因而贡却杰布成为卓弥译师众弟子中最优秀的教法继承者。
贡却杰布在他四十岁那年，即１０７３年，在今后藏仲曲河谷边的波布日山脚的一块灰白色的土地上，兴建了座寺院。这就是著名的萨迦寺。“萨迦”一词为藏语音译，其意思就是灰白色的土地，寓意为：这是一方吉祥之土。贡却杰布以萨迦寺之中心，向以昆氏家族为主的信徒，开始传授新密法，并逐步建立以道果法为密法传承的新的教法系统，从而形成了藏传佛教萨迦派。许多学者以萨迦寺围墙等建筑物上刷红、白、蓝三种颜色为由，将萨迦派俗称为“花教”，而且出现于各类论著之中，其实这种称谓并不妥。
萨迦派的第一祖是贡噶宁布（１０９２——１１５８年），是贡却杰布的小妻子生的也是惟一的儿子。贡噶宁布幼年时随父学法，但他是贡却杰布晚年时期出生的，十岁时，父亲便与世长辞。萨迦寺主持由拔日仁青札译师暂时担任，而贡噶宁布的主要任务是学习佛法，他当时广拜印、藏名师，遍学佛教显密二宗包括“道果法”在内的全部教法仪轨。贡噶宁布主要拜拔日仁青札译师为师，修习佛法，他在修持文殊法时，自称亲自面见文殊菩萨之显身，由此导师给他特别传授了《离四耽著》等般若教授。《离四耽著》后来成为萨迦派的一种教戒，也就是一种修心而远离四个执著的教法。如耽著今生非佛徒，耽著轮回非出离，耽著自利非菩提心，耽著实执非正见。另外，贡噶宁布拜章德达玛宁布为师学习《俱舍论》，拜琼仁钦札巴和党美朗材两位大德为师学习《中观》与《因明》，拜南库瓦兄弟为师修习《密集》和《大黑天》等法，在居曲瓦札拉巴座前修习《喜金刚》法，在贡唐瓦麦罗座前求学《胜乐》和《明王》教授，在布尚洛琼座前求学《胜乐》等法，特别在香顿座前居留四年，专心修学教言（道果法）传授。此外，天竺大成就者布瓦帕，为了开启法门，亲自抵达萨迦，向贡噶宁布传授七十二部密续之教授，尤其传授了不越围墙之十四部深奥教法。总之，天竺大师向贡噶宁布传授了丰富圆满的近传深奥教言大法，即道果法。最后贡噶宁布学业有成，成为一名神通广大的密宗大师，据说他能一身显现六种不同神相，因而被公认为观世音菩萨之化身。
贡噶宁布二十岁时，接任萨迦寺主持，行使萨迦派教主之权力。他大力宣讲显密教法，尤其重视教言道果法的教授。贡噶宁布主持萨迦寺达四十七年之久，为萨迦派的教法体系趋于完善、宗派势力的不断壮大，均作出了重要贡献。因此，后人将贡噶宁布尊称为“萨钦”，意即萨迦派的第一大师。由于贡噶宁布的不懈努力，萨迦派在这一时期得到飞速发展，并在藏传佛教界崭露头角，其宗派势力急剧壮大，社会影响力也同时迅速扩大。
贡噶宁布在世弘法时期，培养了诸多弟子。诸如获得最殊胜成就者三名、获得能忍成就者七名、通达经论讲说之心传弟子十一名、精于讲解文句之心传弟子七名。
贡噶宁布是以居士身份自居的一位大德，他有四个儿子，依次是贡噶跋、索南孜摩、札巴坚赞、柏钦沃波。贡噶跋赴印度求法，二十二岁时卒于天竺摩揭陀地方；索南孜摩继任父亲贡噶宁布的法位，成为萨迦派第二祖；札巴坚赞继任兄长索南孜摩的法位，成为萨迦派的第三祖；柏钦沃波（１１５０——１２０３年）没有出家为僧，娶妻成家，繁衍后嗣。
萨迦派的第二祖索南孜摩（１１４２——１１８２年），幼年跟随父亲贡噶宁布学习萨迦派教法，年长后赴桑浦寺拜噶当派高僧恰巴却吉僧格为师，学习慈氏五论和因明等显密教法。贡噶宁布去世后，索南孜摩继任父亲法位，成为第二祖。但索南孜摩继任法位不久，便将法位即萨迦寺主持职位，让给弟弟札巴坚赞，自己集中精力，专心修习佛法。他主要在前藏的桑浦寺研习佛教显密教法。因而索南孜摩博通显密，尤以注重密宗修炼和严守戒律而誉满当时藏传佛教界；同时，他还娴熟藏族文化五明学，即声明学、工巧明学、医方明学、因明学和内明学，为推动藏族传统文化的进一步发展作出贡献。
萨迦派第三祖是扎巴坚赞（１１４７——１２１６年），他继任兄长索南孜摩法位，成为萨迦派的第三祖。札巴坚赞幼年，跟随父亲贡噶宁布学法至十二岁。他在十一岁时讲说《喜金刚》等密法，震惊周围人士，曾在睡梦中修习三续经函，由此不学而自通三续。特别对于道果法产生很深的感情。此外，札巴坚赞从绛胜达瓦坚赞处受梵行优婆塞戒，从此不食酒肉，成为一名严守戒律的高僧。据史料记载，札巴坚赞十三岁多就担任萨迦寺寺主，为该寺的不断发展壮大尽自己的职责，他主持建造了萨迦旧寺大殿屋顶的佛殿，用金汁写大藏经甘珠尔部。总之，札巴坚赞将广大信徒布施的全部财物用于建造佛像、佛殿和佛塔或分发给贫困农牧民，因而当他担任萨迦寺寺主达五十七年后去世时，只留下一个坐垫，一套袈裟，别无它物，表现了一个清规戒律僧具有的高尚品德。
萨迦派第四祖是贡噶坚赞（１１８０——１２５１年），他是贡噶宁布最小的儿子柏钦沃波的长子，从小跟随叔叔札巴坚赞学佛习法，打下良好的佛学知识。比如，贡噶坚赞幼年时，在叔叔札巴坚赞座前受了优婆塞戒，同时广泛学习佛教文化。贡噶坚赞于１２０４年在他二十三岁那年，从克什米尔大师释迦室利处受了比丘戒，并学习法称的《量释论》等七因明论，以及《现观庄严论》等经论，还学习了工艺学、星象学、声律学、医学、修辞学、诗歌、歌舞等印藏文化。因此，贡噶坚赞在藏传佛教后弘期成为一名既娴熟因明学、医药学、工艺学、声律学和佛学（包括般若、中观学、戒律学、俱舍论等显宗经典以及行、事、瑜伽和无上瑜伽密宗四续部），又精通修辞学、辞藻学、韵律学、戏剧学和星象学。当时藏族地区贯通此十个学科（一般称十明学）的学者，则称班智达。萨迦贡噶坚赞就获得这一称号，即萨迦班智达，从而成为第一位享誉整个藏族地区的大学者。
贡噶坚赞获得萨迦智达这一大学者称号后，印度南方的绰切噶瓦等六名外道学者，慕名前来西藏同萨迦贡噶坚赞辩论，他们当时在芒域吉仲的圣瓦第桑布寺附近的一个集市辩经十三天，最后六位印度学者败北，他们便削发出家为僧，承认自己的失败。从此萨迦班智达的名声在藏族地区更加响亮。
萨迦班智达作为一名大学者，给后人留下了丰富的佛学著作和文化论著。诸如《三律仪