位依止师及另一位学问上的师长，但也有学僧依同一位长者为依止师及学问上之师长的情况。在这两位师长以外，年资较长的及具转世者身份的学僧也可以另觅额外的明师而学，并无寺规约束。
我在色拉寺的依止长老是洛桑仲尼比丘（GelongLobsangJungne）。这位老师主修药师佛法门，是一个很踏实的僧人。洛桑仲尼比丘在家乡时，跟我在大藏寺时的老师洛桑达华学法，所以与我份属同门，成为我的监护长老是最自然不过的了。在佛法学问上，我则依止图丹初藏格西（GesheThuptenChozang）。这位学问极高的‘格西’是第二世萨巴仁宝哲的外甥（第一世萨巴仁宝哲是选认第十三世达赖喇嘛及柏绷喀大师的人，地位十分崇高）。
依传统来说，身负转世者封号的人与普通僧人入寺时程序大是不同。普通僧人只要在有监护长老后，由长老引荐至方丈及专管纪律的铁棒师处拜见、编好所属的僧舍后，便算是寺中的一份子了。转世者入寺的程序则甚为铺张，必须在院殿中升座坐床，再在僧堂中又一次升座，然后才算是正式入学的转世者。在升座典礼中，全院僧众都会出席，转世者坐在法座上接受众僧们的哈达等供养，又要被正式引见至寺堂中重要人物处，转世者的家庭更要负担大额的供茶布施。在待遇方面，转世者与普通僧人也是不同。在日常生活中，普通学僧必须分担各自僧院、僧堂及僧舍的杂役，尤其在初入寺的几年中特别辛苦。转世者在登座后，学习日程与普通学僧基本一样，但却不必参与杂役工作，生活比较舒适。在法会中，转世者不论在院殿或僧堂分殿中，都有固定的法座，但这只是指在法事诵经的时候。在听法时，转世者顶多只会被安排坐在较前位置，当然不可能坐在法座上闻法。此外，转世者由于必须早日回到自己的家乡担任精神领袖的责任，一般准许跳班学习，可以把长达近二十年的课程在十年内大致学完而考得‘格西’学衔。普通学僧则不论成绩及天资，只可一年、一年地读，不准许跳级考试。
我身负大藏寺法台的名位，本来应该分别在昧院及嘉绒僧堂升座，但因当年在到达拉萨后早已一贫如洗，便只好以普通学僧的身份入学，入寺时并无任何仪式，亦不享受其他转世者的待遇。就这样地，我入住了嘉绒堂阿底僧舍，身份是一位普通的学僧。
在初入寺时，我心中十分思念故乡。这并非单只出自正常的思乡情绪，也夹杂对大藏寺及双亲在动荡下的安危之担心。在生活习惯及语言方面，我感到十分陌生。西藏语言分为多种地区性的方言，互相之间几乎完全不能相通。我在初入寺时，只懂说嘉绒语及少许安多语，对拉萨语几乎完全听不懂。在僧堂中情况比较好一点。虽然寺规规定学僧不准说地方语言，大多僧众在自己僧舍中都以乡话沟通，所以感觉还不太难受。在一出僧堂以外，我基本上就如一个哑巴，所以感受很孤独。
在入寺三个月后，我才开始正式学习。在开始的三年，生活十分艰苦。在第一年中，每天一大早我便起床。在礼佛一百次后，我便要赶赴大殿为在殿中聚集的诵经僧众奉茶。在早课中，寺中大部份僧人都要上殿诵经，但初入寺的新僧则要负责煮茶及倒茶的工作。很多人会以为倒茶是一份轻易的差事，但要为八千多人逐一倒上热茶却是另一回事！我们新僧要往茶房提取极重的茶壸，面所装的是刚煮沸的新茶，然后要赤足在雪地中奔往大殿，用笨重的巨壸为僧人逐一上茶，倒完壸中的茶后又要跑回茶房再取。在早课上，上茶的时间有严格规定，所以茶僧必须在极短时间内完成整个程序，太慢固然要受铁棒师的打骂，要快却又快不来，而且还要注意在大殿中禁止快速奔走的有关纪律。我视为僧众供茶为一种大功德，每天总尽力争取所供僧人中至少包括七位‘格西’长老，供茶时我则会同时在心中修诵忏罪文。
在供茶后，我的一天便是千篇一律的学经、去师父处上课、到辩经场辩法、更多的杂役等等。在晚上，很多僧人会整夜在户外背诵经书，我也有同样的习惯，有时候甚至是隔天才睡一觉。
在入寺一年后，我得到施主供养，终于在嘉绒僧堂中举行了早就应完成的升座仪式，自此便免除了僧堂中的杂役差事。但由于没钱举行院级的升座及供养，我仍然必须履行普通新僧对整体僧院的杂役责任，早上仍需上殿奉茶，直至后来略有年资时方由新僧顶替，我才也成为殿中坐诵经的一份子。在最初的这三年，作为一个普通的新学僧，虽然生活很辛苦，但我在内心中却十分乐于为寺院及其他僧人干杂役，心中很欢喜有这样的机会积聚功德。如果当时我有钱举行升座及供养，虽然生活上可以免却了这些辛苦的差事，但却会失去了天天为几千个僧人服务的大好积德机会。
我在色拉寺期间与大藏寺时的膳食安排方面分别并不大。除了前面几年必须任奉茶僧外，我每天的早餐都在大殿中吃用，午餐及晚餐则在自己房中吃。在早上上殿时，学僧会带自己的糌巴粉及一只碗。到诵至中段休息时，各人坐在原位取出碗放入糌巴粉，待奉茶僧添入热茶后，便以手搓成面团而食。我们这种饮食习惯十分简便，并没有汉地寺院僧众集体上另一个饭堂用餐的需要，而且也不需浪费时间煮烹和洗碗。我的午餐及晚餐虽然是自行在房中进食，但吃的仍是一样的糌巴粉。在初入寺的几年，学僧不得私自煮茶，一天中只有三次进食时方可用茶。到年资较长时，这规定便较为松懈，僧人才可以在想喝茶时自己在僧舍中煮茶。
在住宿方面，我被安排住在阿底僧舍的一间房子中，自己有一间睡房。一般来说，新僧入寺是没有房间的，只能睡在僧舍的茶房中。我的监护长老特别慈悲，对并未正式在色拉寺升座的我也尽力给予转世者待遇，所以我才有自己的独立房间。这位当年约四十五岁的老师对我恩德极大，而且对我的性格影响很深。
三大寺的学习内容分别不大，课程主要都是围绕五科佛学来安排的，只在教科书及年级编制上有少许不同。五大学科是因明、般若、中观、俱舍及戒律部。依色拉寺昧院的课程，般若部经论必须八年才学完，中观部要学四年，俱舍部学四至五年，戒律学六至七年，因明学则分开在每一年中各有一个月教授。在以上学科都一一依次学完及过关后，学僧便得‘格西’学衔。这种学衔虽然并不保证持有者的德行和内证，但却是对其佛学水平的一种极高肯定。
在三大寺中，教育方式主要分为背诵、听闻及辩论。对所学的经论，学僧必须逐一背熟，逐年接受考试。在各种大、小背诵考试中，长老会随意抽取某章节的某一页，考试者必须凭记忆顺背出内容，直至考官满意为止。这种制度对弘法十分有利，毕业的僧人日后在说法时，随口便能引据极大量的经典原文，不易发生曲解佛法的情况。
学僧在每天当中，有几段时间必须往各自的老师房中听闻所学经论的阐释。藏传佛教很注重传承的清净，对经论的理解尤其注重历代以来传下的阐释角度，不容个人以己意臆测，以防止传承的变质。
辩论则是自原始佛教以来传下的传统。在佛教史上，本师释迦牟尼便曾辩倒不少外道师，令其皈依正法。历代以来如龙树等大师亦相继曾以辩论的方式折服外道。在汉地，似乎并没有辩法的具体训练，但汉地的菩萨译师玄奘倒是曾在印度辩倒不少小乘法师，从而声名大噪。在西藏格律派中，辩法更可说是学制中最重要的一环。
在色拉寺中，昧院与志院各有其独立的辩经院。所谓‘辩经院’，其实是一块由四面围墙组成的露天场地，其中有一个法座供场中监督的长老坐视察及在每场训练中加以指点。志院的辩经院中间有一块石头，石上有天然呈现的七个‘阿’字，是宗喀巴时代天上降下的字印入石中而变出的（‘阿’字表义一切佛法的精髓）。在昧院的辩经场向上看，则刚好可看到后山的石刻密勒日巴像。对西藏佛教有认识的人都知道，密勒日巴是经过苦行而由一个曾造重罪之身而即身成佛的一个著名西藏大师，其大半生都在山洞中渡过。他没有财物，但成就最高。我们昧院历来僧人大多在生活上极为贫困，但却曾出过不少有大证悟的行者，许多人都认为这是因为辩经院与密勒日巴石刻遥遥相对的缘起寓意所致。
在辩经院中，僧人席地而坐，分为一个一个辩论不同课目章题的小组。所辩论的章题，与相应年级所学经论内容主题呼应。刚开始学经的新僧，会编入初级班辩论小组，天天学辩该组的课程内容，直至晋级时便全组移上一个位，本来位置又由刚入寺的新人补上。所以，在院中的某一个位，几百年来都是在辩论同样的章题，变动的只是辩论的人。学僧由最初坐在院中的左下角，依次逐级晋升，至近学成时便坐在初入寺时所坐之辩经地点旁，完成了整个循环，也辩尽了整个课程所有的章目。在辩经院中，凡同级的僧人便编为一组辩法，并不分原藉及所属僧堂与僧舍，统一使用拉萨语沟通。
在辩经时段的前后，僧人必须共诵经典。在每场辩经中，铁棒长老会踱步场中察听及监察僧人风纪。
在辩经时，有多种不同方式，有时是一人对一人，有时则数人对数人。辩方坐在地上，问难方站立大声喝问，并以各种手部动作、身体推撞、取笑、佛珠的摆动及脚部的进退增加自己的声势及打乱辩方的思路，旁边围观的学僧则视双方表现而发出喝采或喝倒采的叫声，场面十分吵闹。在不知情的人眼中，这种辩论或许有点似吵架，其实面大有学问，丝毫不可胡来。辩论双方必须依据佛的教法及因明逻辑而问答，胜败是明确俐落的，绝无空间可以靠胡辩或兜圈子而混过去。看似激烈甚至有点粗鲁的大动作，除了增加声势及打乱对方外，也有其内在的表义，例如拍掌时一手下压表义闭三恶道，另一手上扬表义拔众生超脱苦海等等。坐答辩的一方，必须漠视取笑及问方的各种动作及推撞拉扯，冷静而不加思索地给予合乎佛法及逻辑的回覆。如果在某一题上落败，答方便要摘下僧帽，直至在下题辩胜时才能重新佩帽。
以上所说的辩经训练，每个学僧都要通过，一年中还有三大寺的同级学僧代表聚在一起辩论的定期活动，但我从未参加过。在学僧毕业考试时，主要的内容仍然是辩经，投考头等‘格西’还要在大昭寺中，面对派中所有长老、达赖喇嘛及两万多个僧人，在他们面前辩经多场方能考成。
除了正式的背经、听法及辩经外，学僧一般还会抽时间到师长处请益学问上的疑难。这是属于主流课程以外的私人补习，纯属私人自愿，并不受寺方限制。
不少非藏族的佛教徒以为佛教中的学习与证悟只是单纯的学问累积，所用的只是智慧，其实不然。要通达佛学中的精微之处，单靠智慧是不足够的，必须有一定的功德才能成就。我在后来的日子中跑到世界多个地方，常常碰到精神错乱的俗家人。在西藏，老百姓虽然生活是落后了一点