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虽然大藏寺历代僧人在进修高等佛学课程时，多会前往拉萨色拉寺成为学僧，但大藏寺本身也有其整套佛学教育制度，涵括中观、般若、因明、俱舍及戒律五部，并有完善之密部学修体系，主修大威德、密集及胜乐三部无上密续。大藏寺僧的勤奋好学向来广为人知，历代以来大藏寺僧在拉萨色拉等三大寺中成为头等‘格西’的甚多，以致西藏三大寺的僧人每见有来自大藏寺的新学僧加入时，便会笑言：‘又来了一个“拉然巴”（即‘头等格西’之意）！’。在西藏历史上，曾出现过一位传奇性的高僧达勒方丈，他正是大藏寺的僧人。这位僧人在大藏寺期间，并非甚么大师之辈，只是一位出身贫困的普通僧人，身上只穿麻质僧袍。有一天，他在挑水时被一阵怪风把他卷走了，风停时他竟已身在当年路程要走好几个月的拉萨甘丹寺，身上仍扛挑水的水桶！达勒方丈（当时未称为‘方丈’）就只好在甘丹寺留下来修学。大藏寺的其他僧众发现他失踪了，便四处搜觅，在他失踪的地方发现了几块石头，每块石上清楚印有驴的蹄印。在该年代，甘丹寺蒋孜院的方丈职位并非由民主选举所产生，而是由一种奇怪的方法选出的。在需要选新方丈时，寺僧会齐集殿中向该院的护法吉祥天母（PaldenLhamo）祈求，然后便全体离殿，在殿门及窗户上都封上印条。第二天，大众在官员及长老的监督下开封入殿，会发现方丈法座上有一个坐垫。不论坐垫的主人是谁（每位僧人常年在殿中都有固定的座位及坐垫），这个人便是护法显灵选出的新一任方丈。在达勒方丈读至佛学低级一年班时，寺院举行了方丈选举，他的坐垫竟然被护法显灵放于方丈法座上，于是他竟便成为了新方丈。在举行升座大典时，由于他的学识极低，大部份僧人不甘心向他顶礼，便改向甘丹寺宗喀巴大师灵塔顶礼。这时候，方丈座后的一尊宗喀巴像竟然开口说话：‘我在这！’，于是大家被吓倒了，只好向佛像方向（亦即方丈所坐方向）顶礼，此后便对新任方丈生起了尊敬之心。自此，这尊像被称为‘曾说话的祖师像’，至今或许仍在甘丹寺。由于这位大藏僧人才在读一年班，后来便被称为‘达勒方丈’，即‘一年级方丈’之意。达勒方丈虽无奈地成为了方丈，后来却的确学有所成，并在其长达四十五年的任内为该院作出了甚大的贡献，他的故事从此成为了一个美谈。当年的大藏寺僧人，在发现失踪者竟然神秘地到了拉萨，又成为了甘丹寺蒋孜院方丈，当然目定口呆，此时才惊觉那几块石上的蹄印，必定为甘丹寺蒋孜院护法吉祥天母座骑（吉祥天母骑驴）在带走达勒方丈时所留下的。大家都认为吉祥天母一早就因为某种因缘，而认定了该僧人为未来方丈的适当人选，所以把他以神通在一刹那间由大藏寺带到了甘丹寺（由大藏寺至甘丹寺的路程极远，我当年走路就用了多个月的时间）！这些有驴蹄印的石头，现今在大藏寺仍保存一块，蹄印清楚可见。
达勒方丈在晚年回到了他的生地，曾建一佛塔，并把自己的佛珠放在塔内。这串佛珠后来长出了柏枝，穿透塔身而出，村民都喜欢取柏枝带在身上作为护身物，我童年时听说这些护身物十分灵验。在入住大藏寺年间，我曾经去过距大藏寺一小时脚程的达勒方丈所生村落，并亲眼见过这座佛塔。这座塔后来在文革时被毁，后来在一九九三年我曾经捐款重修佛塔。现在该村中仍有达勒方丈的家族后人居住。
有关大藏寺的历史，还有一段重要的事值得一提。大藏寺的右方有一座小石碑，上刻观音大士之形相，这是纪念第六世达赖喇嘛到访的一个石碑。第六世达赖喇嘛一生十分富传奇性，他喜欢扮作普通僧人，甚至乞丐的形相，在藏地云游四方，有说更曾到过汉地五台山。在他的自传中，亦提及曾到访大藏寺之事，而且对寺院之规模及僧人修学之勤奋甚表嘉许。在大藏寺时，尊者秘密地躲藏于护法殿中修持，本来未为人知。有一次，他在现在石碑所在地被一位曾到过拉萨晋见他的老寺僧认出了。尊者嘱咐老僧代他保密，但老僧坚决要求他留下一些驻锡大藏寺之纪念，尊者便说：‘在我走后，你在现在我俩见面之处立一个观音大士石碑。见碑者如同见我本人！’，于是老僧便在该地立了石碑，至今尚在，藏民在绕寺时都会在此碑前顶礼。此外，尊者又于护法殿外墙写了一些文字，但该墙在近年维修时被忍痛拆除，只好在新墙上同位置依旧照片拓上原来的字迹聊作纪念。
大藏寺中的僧人生活日程很紧密，除了过新年的三天假期及结夏安居后有一周假期外，全年都要诵经、修学及负责寺务。在一年四季中，每季都有其固定的宗教仪式，凡僧人不论是方丈或长老都必须参加上殿、年复一年地循环举行与拉萨下密院一模一样的周期法事。除了有重病的僧人外，全寺必须参与这些诵经活动，在殿中不可谈天、走动、站立或倚墙而坐，连吃东西时也不可发出任何声音。在座位排列上，僧众必须依出家先后而坐，长幼有序，丝毫不得弄错，这其中只有法台及转世者是例外。大藏寺历来由湛康仁宝哲及祈竹仁宝哲这两个世系的转世者所住持，所以我在殿中有一个较高的法座，而且坐在前方。另一位法台湛康仁宝哲也有自己的法座。在我住在大藏寺时，湛康法台比我还年幼，恐怕大概是四岁左右。他的先世转生我也见过（大概是在我五岁未入寺前的时候，记忆已不太清楚了）。在当时，寺中还有两位并无法台地位的转世者，他们在大殿中各有自己的法座。
在法会中，僧人不可看经诵读，必须靠记忆而背诵仪轨。由于一年中每季及每月所修的仪轨都不同，我们必须背诵极多的经文。但凡新僧入寺，便先要背好由宗喀巴应阿旺札巴之求而着之菩提道次第短论《道之三主要》，然后便要背诵《般若心经》、《大日如来仪轨》、《五大愿文》、《上师会供》、《度母仪轨》、《大白伞盖佛母仪轨》、《玛哈卡那护法仪轨》、《吉祥天母护法仪轨》、《法王护法仪轨》、十三尊大威德金刚自灌顶及火供仪轨、上乐金刚自灌顶及火供仪轨及密集金刚自灌顶与火供仪轨等等，还要在课余学好使用法器、多种唱诵声律、供品制造及排列规格与绘画砂制坛城等等，总共约需六年以上方可全部学懂。
新入寺的僧人一般被安排至同村僧人的僧舍中居住，由年长的同村长老僧人管教，纪律很严。这种依生地而分的僧舍团体，在大藏寺共有七个，分别代表附近的七个村寨。僧舍提供教育、食用及衣，僧人完全不需担心钱银问题，也不准许有私人存钱的情况，生活很简单，不像其他西藏寺院中僧人有做生意经商的不良世俗风气。凡有僧人圆寂，便会由死者所属僧舍负责其后事。在附近的七个村寨中，凡有例如超度等宗教需要时，与该村有关连的那个僧舍便会自动派人前往主持法事。这类民众的宗教法事，我们视为僧人及寺院的当然责任，并不涉及供养或钱财。
在各种大藏寺法会中，我对护法殿的护法供养法会印像特别深刻。护法殿中十分阴沉，诵这种仪轨又有特别的声律规矩，每个音会拉至一、两分钟长度而诵念，在黑暗中便只有钹、鼓及诵经声。大藏寺的玛哈卡那护法特别灵异。在供奉祂的法会中，常会听到一些不知来源的脚步声，这些便是护法在殿中走动的声音。如果寺中有僧人持戒不清净，便会有野熊等猛兽不怕人地走入寺院范围内的情况。遇上这类情况时，僧众便会检讨及忏罪。
在一年一度的玛哈卡那护法修持闭关中，全体僧人聚集殿中，由长老把殿门锁上，往后的一周内僧人就在殿中诵经，食及睡也都在大殿中，绝不可离殿中断（大殿中有厨房及厕所）。由于寺僧的修持严谨及护法与大藏寺的不共密切加持，大藏寺的护法薰香粉极为灵验，带佩身上便能防止魔障及灾劫，薰烧则能除病息灾而得护法来临加持。当年大藏寺寺产中有不少马匹及牛只，平时放牧于深山森林中。在五十年代前的大藏地区森林，有许多熊、狼及猛虎等凶兽，经常会杀猎林中放牧的牲口，但身上佩带了大藏寺薰香的牲口却从未受过猛兽伤害。有一次，一些小贼牵走了大藏寺的牛只，寺僧便向护法像祈求，这时候已被带远的牛只竟然由牛角喷出火光，把贼众吓得惊惶失措，马上便走原路回头把牲口全数归还寺院，并害怕地祈求护法原宥。
在一年一度的观音修持闭关中，寺僧亦是在大殿中被关起来，一连七天在殿中渡过，分开几组轮班诵观音真言，保持七天内二十四小时都诵咒不断。在这种法会中，僧人会预先以珍贵药材及圣物舍利等造成大批丸子，放在一个纯银制的瓶子中，上盖以一块布料，整个银瓶置方丈面前。在法会期间，如果一切如法及僧人中没有戒律不清净者，往往能清楚看到瓶子会冒出蒸气及感到瓶子发热。在法会后，方丈把布料打开，如果本来装得半满的小丸自然增多了，便是修法成功，这些小丸便分发僧人及民众。有时候，小丸甚至会神奇地增长得极快，未等法会终结便长多至溢出瓶口。这些小丸，可以置家中供奉、佩带身上或于病时服用，灵验惊人。即使供在家中，只要能保持干净，它们仍会神奇地自然变多。除惊叹加持之奇妙外，别无其他解释这种现像的可成立理论。在上述闭关中，常常会见到殿墙神奇地渗出水珠，这是附近地神等来护持闭关的征兆。以上都是我亲历的经验。我在后来往西方弘法后，曾把许多这些观音丸分赠汉人及洋人弟子，他们在家中供奉后，很多人亦见证到小丸增生之殊胜现像，这与佛陀及圣人舍利子增生之情况相似。
在每年的夏、冬两季，大藏寺全体僧人必须往附近村落为俗家人诵经。最远的村落要走半天才到达，年老及脚有病患的僧人可以骑马前往，其他人则必须徒步。由于僧人早已能背诵要诵的经，上路时大家只会带僧袍及随身的佛像，行装十分简便。村民对僧人很尊敬，往往以最好的食物供养，而僧人亦很认真的诵经，每天由清晨五点诵至晚上九时。这类村中法事，普通僧人必须出席，但作为法台的我则有权选择是否随行。我当年虽然年少，但也知道作为一个地区精神领袖的责任，从来不会缺席而让村民失望。在每次入村诵经时，一般都是两天一夜，也不算怎么辛苦。
除了以上所述的活动外，大藏寺的僧人是不许外出的，村民亦只可在寺外绕寺朝圣，平日不可入寺，这只有一年两度的寺院开放日是例外。
在不需上殿的时间，新僧必须背经及依长老学法，同时也要干些杂役。对于个人的修持，寺院并无限制，但大多僧人都修大威德金刚法门，在其余时间则口诵观音咒及宗喀巴祖师赞，此二咒基本上是闲余时近乎不离口的。此外，玛哈卡那护法赞也是寺僧在每天私下诵念多次的修行课目。我