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此外，有关佛教逻辑的专著，包括大乘空有两宗，开始传进，如《方便心论》、《回诤论》、《如实论》等。有关天竺佛教史料的译介也在加强，如《十八部论》、《部异执论》、《付法藏传》等；继鸠摩罗什的《马鸣传》、《龙树传》和《提婆传》外，还有《诃梨跋摩传》和《婆薮盘豆传》的译出。
其它如数论师的名著《金七十论》，介绍天竺历法的《婆罗门天文》（已佚），介绍天竺多学科的《五明论》（已佚），也有所翻译。西游归来的僧侣竞相撰写旅途纪事，除法显的《佛国记》外，还有智猛的《游行外国传》、宝云的《外国传记》、昙无竭的《历国传记》、宋云的《家纪》、惠生的《行传》，以及《历国传》、《扶南记》等，反映了当时内地社会通过佛教的交往，产生了对外来文化和外在世界渴望了解的需要。
晋宋之际和南北朝的译经事业，在南北不同的朝代和地区情况有所不同。按照地理分布，大致可分4个译经集团：凉州的昙无谶译经集团自竺法护之后，沿河西走廊建立的诸凉和西秦等国，译事从未中断。道安时列凉土异经59部，79卷，《开元录》著录的有西秦圣坚译15部24卷，前凉支施仑出4部6卷。相对来说，比较寥落。及至沮渠氏建立北凉（401—439），译事有较大的发展。在这个政权控制的38年中，有译者9人，所出佛典82部，311卷（包括新旧失译），是历史上河西地区译经的第二个高峰，此后再未复兴。
北凉译事发达的原因，直接出于沮渠蒙逊政权的建立。401年，蒙逊据有张掖，412年占领姑臧，420年灭西凉（国都敦煌），完全开通了向西域的道路，为佛教向内地传播提供了良好的政治条件。蒙逊本人酷信妖言巫术，为了求得佛菩萨鬼神的祐护，也支持佛教的译经事业。其中的主要译者是昙无谶。
昙无谶，原籍天竺，游历过罽宾、龟兹、鄯善等地，最后转至敦煌、姑臧。他自称能役神使鬼，左右灾异，咒龙禁雨，令妇人多子，并能“言他国安危，多所中验”，为蒙逊所敬惮，在西域号称“大神咒师”。他所译佛籍，《祐录》列11部，104卷，《开元录》刊定为19部，131卷。内容大略可分《涅槃》、《大集》、《菩萨戒》等三类。现存《大方等太集经》60卷，前30卷即是昙无谶译。其显著特点是强化鬼神系统和禁术咒语，把万物有灵和多神主义引进佛教。这在相当程度上反映了西域各族的土著信仰，也含有在汉地流行的十二生肖、二十八宿等传统的神话与迷信。《菩萨戒本》也很有特性，它一反小乘戒律动輙数百条的严苛琐细，而用“四波罗夷”法统摄之。中心有两条：第一，衡量佛徒的准则，不再看他是否犯有杀、盗、淫等实际罪行，而是决定于他是否有贪、瞋、悭等不端正的思想动机，第二，在思想动机中，最根本的戒条是对“大乘”要绝对忠诚，若有违背，罪等叛教：若勤于护持，就是履行“本戒”。因此，这种戒律以禁锢人的意识活动为基石，把宗派观念作为超乎社会和个人的一切利益和一切道德之上的至高原则。在佛学思想上影响重大的是《大般涅槃经》。法显译的《大般泥洹经》，承认有“佛性”的存在，使佛学从般若学的怀疑论中解放出来，但它否认“一阐提”可以成佛，仍然是一副枷锁。《大般涅槃经》把这一枷锁也解除了，认为不但一切众生悉有佛性，而且人人皆能成佛。这一说法立刻风靡全国。
《涅槃》在南北朝的流行程度，堪比《般若》之在魏晋，几乎没有一个中国知识僧侣不加研习的。由于此论对于佛性下过多种定义，以及由此引起的先天“佛性”与后天修持的关系问题，成为当时热烈讨论的论题。
时在凉州译经的还有浮陀跋摩等。他泽出的《阿毗昙毗婆沙》100卷，是有部前期的宏论巨著。参与译事的义学僧侣有慧嵩、道朗和道泰、道挺等300余人。
南朝的佛驮跋陀罗和求那跋陀罗译经集团
据《开元录》，在南朝宋的近60年（420—479）中，共有译者22人，所出佛典（包括失译）465部，717卷，是南北朝诸国中成果最富的朝代。公元413年，鸠摩罗什卒，417年，刘裕攻入长安，聚集在罗什周围的知识僧侣先后南下，成为刘宋的佛教中坚。439年，北魏拓跋焘进军姑臧，掠虏僧侣，焚荡佛籍，使围绕在慧嵩、道朗周围的凉州僧众，除西行者外，也大都流入宋境。446年，拓跋焘下“灭佛法诏”，又迫使魏境沙门大批南逃。这样，散布于全国的义学僧侣，大都集中到江南一地，从而也带动了刘宋一代译经事业的蓬勃开展。
先是北天竺沙门觉贤（佛驮跋陀罗）游学闹宾，应秦僧智严的邀请来到长安，传播禅法，显示禅异，与鸠摩罗什门下僧众发生激烈冲突，约411年被摈出境，与慧观等40余人南投庐山慧远，着手译经。经年许，西适江陵，为出征至荆州的刘裕罗致，回到建康，住道场寺，前后译出佛典13部，125卷。其中他与法显等共译的《大般泥洹经》10卷，系《大般涅槃经》的前分，在鸠摩罗什弟子群中曾引起爆炸性反响。僧叡说，“泥洹不灭，佛有真我，一切众生皆有佛性”，这一《泥洹经》的基本观点，使长期困惑于般若空观的学僧豁然开朗，即使罗什在世闻得此理，也“应如白日朗其胸襟，甘露润其四体”。此经的译出，是中国佛教思潮由般若学转到佛性论的重要标志。
觉贤应慧远译出的《达磨多罗禅经》，传播的是罽宾佛大先的禅法，达摩多罗是佛大先之师，属于萨婆多部系统，尤重厌生禁欲的不净观，与主苦行的头陀行接近，在中国早期禅思想发展中占重要地位。《大方广华严经》60卷，由支法领自于阗取回，觉贤在建康百余人参与下将其译出，开创了全面研习《华严经》的新阶段。《华严经》的思想繁杂，在理论上将说明世界人生本原的十二缘起统一到“唯一心作”；在实践上，号召僧侣学习生产和其它谋生技能，把菩萨行彻底贯彻到社会日常生活。这种理论与实践的结合，要求融合各种关系，磨灭一切矛盾，据说这就是佛光普照无限万有，无限万有都能纳进诸佛胸怀的表现。此经特别推崇毗卢舍那佛，贬低释迦牟尼的地位，显示了佛教在信仰上的又一变化，为密宗在中国的发展提供了新的崇拜对象。
主持觉贤译事的，是他的弟子慧观、慧严。他们二人原是从鸠摩罗什问学的，后来成为觉贤译经的得力助手，得到刘宋的国家支持，重要的译家求那跋摩、僧伽跋摩、卑摩罗叉、求那跋陀罗等，或由他们招致，或由他们笔受，是南朝宋最主要的佛教组织者和学者。从西域归来的学僧，如法显、宝云等，也集中在这里。
觉贤死于429年。435年，中天竺求那跋陀罗经师子国到广州登陆，进入扬都（建康）。宋文帝敕慧严、慧观等接待，并着手译经。一时声誉大振，“通才硕学”颜延之“束带造门”，彭城王刘义康、谯工刘义宣均以师事之。
有徒众700余人。446年，刘义宣镇荆州，请与俱行，继续有经泽出，法勇传译。454年，刘义宣谋叛，求那跋陀罗亦随军东下。叛平，孝武帝命人护送进京，未作追究，而译事中断，468年卒。《开元录》记其所译佛籍52部，134卷。其影响于佛教义学发展的部分，都是在建康的10年中译出的；至荆州唇，则着手传译杂咒和净土类典籍。
求那跋陀罗最主要的译籍是《杂阿含经》。另有慧观笔受的《胜鬘师子吼一乘大方便广经》，简称《胜鬘经》。此经对中国佛学的影响极大，由此形成所谓“如来藏缘起”的理论体系。
《楞伽阿跋多罗宝经》，简称《楞伽经》，以“一切佛语心”作为全经品名，用“五法”、“三自性”、“八识”、“二无我”等唯识法相家的组织方法，发挥“如来藏缘起”的思想，同时也谈及大小乘在禅观上的差别，为多种宗派所信奉。此外，传说《十二头陀经》也是求那跋陀罗译，此经提倡远离村落都邑，游化乞食，苛戒苦行，行所谓“头陀行”，与“不净观”
禅法结合起来，在游离的下层僧侣中有广泛影响。
北朝译经和菩提流支译经集团自鸠摩罗什死后，北方诸国再无重要泽事。北魏自迁都平城，佛教陆续兴隆，信仰盛于南方，但着力在兴办佛教福事，除昙靖伪造《提谓波利经》和昙曜造《付法藏因缘传》外，在译介佛典上几乎无可记述。孝文帝（471—499）加强了对佛教义学的研讨，宣武帝（500—515）更“笃好佛理”，孝明帝（516—522）遣惠生等往西域求经，魏境才真正有了译经的需要。据《开元录》载，有魏一代155年，共出译者12人，译经83部，274卷。这个数字很小，且基本上集中在宣武帝至迁邺后的35年（508—543）中，这就是以菩提流支为“元匠”的译经集团。
菩提流支，北印度人，魏永平初（508）年至洛阳，开始译经，通过昙无最而为魏帝所重，后随迁至邺城（534），不知所终。他共译出佛籍30部，101卷，笔受者有僧朗、道湛、僧辩、昙林、觉意、崔光等。他重译4卷《楞伽经》为10卷《入楞伽经》，解释“如来藏缘起”，同以后所传的《大乘起信论》的思想接近，是个值得注意的现象。比菩提流支稍后的佛陀扇多，也是北印度人，自525年到539年，译出佛籍10部，11卷，昙林等笔受。此外，勒那摩提，中印度人，508年来洛阳，译经3部9卷，笔受者有僧朗、觉意、崔光等。瞿昙般若流支，中印度人，516年来洛阳，随迁邺城后，自538年到543年，译经18部，92卷，笔受者昙林、僧昉、李希义等。毗目智仙，北印度人，从538年到541年，于邮城泽出佛籍5部5卷，亦由昙林笔受。
以上5僧所译经籍的种类虽不尽相同，但却共传无着、世亲的瑜伽行派的经论。研习这些经论的成果，似乎甚少，义学的作用发挥不多。唯一的例外，是对世亲的《十地经论》的研讨。《十地经》原是《华严经。十地品》的单行本，由世亲作论发挥，提出了两个带世界观性质的论点：第一，《经》谓三界“唯是一心作”，《论》谓这“一心”就叫做“阿黎耶识”；第二，《经》谓众生有“种种心差别相”，《论》谓，这“种种心”就有一种是“自性清净心”。但是，作为世界终极本原的，究竟是“阿黎耶识”还是“自性清净心”，《论》本身并未讲清，由此引起了佛枚义学界持续长久的争论，一直波及到唐宋。
南朝真谛译经集团
刘宋之后，南朝译事相对沉寂，自齐至陈（479—589）的110年中，译者十五人，译籍92部，260卷。其中梁陈之际的真谛（499—569）是译经史上的一颗明星，也是知识渊博的佛教学者。