吉藏弟子很多，知名的有慧远（蓝田悟真寺）两个、智凯、硕法师、慧灌等。其中出自硕法师问下的元康，算是吉藏再传弟子中的佼佼者，此后式微。慧灌是高丽僧，他把三论宗传入日本，并成为该宗在日本的祖师。
三论宗的思想驳杂多端，与法相宗的细密烦琐，并称为中国佛教史上的难治之学。造成这种印象的主要原因，在于吉藏的理论体系是在论战中形成，并通过论战表达出来的。
吉藏在《大乘玄义》中说：“以有无教，表非有无理”，又说：“能表是有无，所表非有非无”，可以说是三论宗的哲学基础。此中所谓“教”、“能表”，指思想意识、语言文字，或曰“名”、“假”、“假名”等；所谓“理”、“所表”，指不依人的意识而独立存在的客观实在，亦名“体”、“性”、“境”、“实”、“义”等。总的意思是，在言语思维与客观实在之间，有一条不可逾越的鸿沟，前者以分别有无是非等差别性为特点，绝对不可能对无任何差别性的后者作出正确的反映，故曰“文言终不得理”。这种观点属于不可知论，三论宗就是从这里出发，来讨论当时佛教的主要问题的。
首先是“二谛”论。“二谛”是南北朝佛教的热门话题之一，梁代昭明太子曾组织过一次规模颇大的专题讨论。他在《解二谛义令旨》中说，真俗二谛，“以定体立名”，所以真谛是“实”，即“无生境”：“俗谛”由“浮伪”所作，境是“生灭流动”。这种把“二谛”当作二个对立的实体，很容易引导人们抛却世俗世界，去追求另一个“无生境界”。吉藏的“二谛”论集中批判这种观点，他说，“以理不二”，所以“二谛”只是“假名”。假名二谛，又分“于谛”和“教谛”两种：“诸法性空，世间颠倒谓有，于世人为实，名之为谛；诸贤圣真知颠倒性空，于圣人为实，名之为谛，此即二于谛。诸佛依此（二于谛）而说，名为教谛”。①这就是承认众生间的各种认识，哪怕是完全对立的，也各具真理性；佛所说法，包括各种论师的理解，不论如何矛盾，均可以成立。但本质上，它们又只是假说，达不到绝对真理。
三论宗关于“中道实相”的理论，同样具有这种色彩。吉藏发挥《中论》的“三是偈”说：“一者因缘是空义：以因缘所生法即是寂灭性，故知因缘即是空义；二者因缘是假义：即无自性故不得言有，空亦复空故不得言空，为化众生故以假名说，故因缘是假义；三者因缘是中道义：即此因缘离于二边，故名为中道。”①就是说，从假名上可以言“缘起”法为“有”，“自性”
是“空”；从实体上既不可言有，也不可言空。离有离空等诸种“边见”才是“实相”，也就是“中道”。所以说，“缘起有，性空无——二是为假，①《大乘玄论》卷5。①《中论。因缘品疏》。
二非为中“。
对于《中论》开首归依颂所说的“八不”，吉藏给予了高度评价，认为它是“正观之旨归，方等之心骨；定佛法之偏正，示得失之根源”。②据此，他依二谛实相之理，作了许多新的解释，提出“八不”中的“俗谛中道”、“真谛中道”、“二谛合明中道”等许多烦细的说法，其实意思是一样的：诸法实相也是远离生灭、一异、断常、来去等范畴的。“不执二边”就是“中道”的原理，在这里得到更广泛的运用。
吉藏倡导的中道实相说，是用破执的方法说明本体不可知，不可思议，即所谓“诸法实相，忘言绝虑”，其要求于践行方面则是心“无所得”。他说，正邪的表现很多，总之“不出二种，谓有得与无得。有得是邪须破，无得是正须证”。“有得”与“无得”的根本区别，是前者有“性执”，后者视一切为“假名”，因此，对任何道理都不要当真计较，不要把是非得失看得太重。反之，从假名的角度看，各种说法部有相对真理，不容彼此说短道长。这种说法，很容易导出“立处皆真”
的结论，即承认一切现实的都是合理的。
吉藏的言论看起来批判性很强，但最后仍然归于圆融无碍。他在《三论玄义》中反复强调：“以内（学）外（学）并冥，大（乘）小（乘）俱寂，始名正理。悟斯正理，则发生正观。正观若生，则戏论斯灭，……苦轮便坏”。
反之，“若存心内外，情寄大小，则堕在偏邪”，必然受苦无尽。
吉藏的这类主张，是针对当时佛教内部师说竞起，社会上三教争立而言的，在客观上反映了隋唐统一的要求。
佛教史
第五章 佛教中心的转移（公元7—10世纪）
三阶教，又名三阶宗、普法宗，是产生于南北朝末期，于隋代兴起的一个被视作“异端”的佛教宗派。
创教者信行（540—594），俗姓王，魏郡（今河南安阳）人。出家后，博、涉经论而蕴独见之明，与先前的高僧大德解行不同，开始以巡游远近影塔，周行礼拜为主，表达其敬世礼俗和反对厌离世间的独特主张。继之于相州法藏寺，舍小乘具足戒。专行菩萨乘，甘愿“居大僧下，在沙弥上”，行“头陀、乞食，日止一食。在道路行，无问男女，率皆礼拜”，①实践《法华经》中的“不轻菩萨”行。他发愿为众生亲服劳役，倡导16种“无尽藏”行，在下层贫因群众中，产生广泛的影响。隋开皇初，被召入京，仆射高颎邀住真寂寺（化度寺），继续在长安推行他的学说。在短短的十数年中，于京师又建寺四所，其它寺院亦赞承其度，习其仪礼，学其乞食。著有《对根起行杂录集》、《三阶位别录集》等。
三阶教自信行死后，曾多次遭受重大打击。开皇二十年（600），隋文帝有敕禁断，不听传行。而“其徒既众，蔓延弥广，同习相党，朋援繁多”，仍有持续扩大之势。唐武则天证圣元年（695），有制将三阶教著述定为伪经，列入“伪杂符录”的范围，似乎也没有产生什么效果。所以圣历二年（699）
又敕：“其有学三阶者，唯得乞食、长斋、绝谷、持戒、坐禅。此外輙行，②《中论。因缘品疏》。
①《历代三宝记》卷12。皆是违法“。开元十三年（725），唐玄宗敕将诸寺别建的”三阶院“，一律除去隔障，与大院相通，众僧错居，不许别住。同时，全部除毁三阶教特有的集录著述。代表官方的一些高层僧侣，也激烈反对三阶教。唐释智升说，三阶教”即以信行为教主，别行异法，似同天授（即提婆达多），立邪三宝“。
①据此断定三阶教为“异端”，理由是十分充足的。净土宗的怀信更说，洛阳福先寺某僧见信行去世后变大蛇身，三阶禅师受神鞭打。唐初的另外两大宗派法相的窥基、华严的法藏等，也都有批判。
但也有不少学僧对三阶教表示同情。隋费长房认为涅槃一理，趣有万途，信行所行，亦是万衢之一术；有人爱同恶异，才对三阶教进行攻击。唐道宣还补充说，不管怎样禁止，“其属流广，海陆高之”。同样，统治阶级也不都是采取打击的态度。神龙二年（706），越王李贞撰《信行禅师兴教碑》，就是支持三阶教的一个证明。安史之乱以后，三阶教更有新的发展。据古本《贞元释教录》载，到贞元年间（785—804），京城内55寺别置三阶禅院：住持相续200余年，僧尼千人以上。贞元十六年（800），化度寺僧善才等状请三阶教籍入藏获准，并即编入《贞元新定释教目录》中，也就是说，三阶教得到了官方的承认。只是在经过会昌法难以后，才逐渐湮灭无闻。
从8世纪到13世纪，日本与高丽都有三阶教流行的痕迹，对域外佛教有一定的影响。
三阶教提倡“解”、“行”并重。它的基本理论是三阶普法说；最重要的实践是“无尽藏行”。
信行将整个佛教依时、处、人（根机）划分三个历史阶段。据佛经说，佛灭后经历正法、像法、末法三个时期。佛灭后的第一个500年为“正法”
时期，第二个500年为“像法”时期，千年后进入“末法”时期。依处和人分，正法期是“净土”，为一乘（佛菩萨）众生居处；后两个时期均属“秽土”，其中像法期是三乘（凡圣混杂）的“秽土”，而末法期则是世间众生（邪解邪行）的“秽土”，亦名“五浊诸恶世界”。信行认为，他所处的时代属于末法期，所处的世界是五浊诸恶世界，一切众生戒见俱破，根性低劣，亦名“第三阶机”。按当时佛教通行的说法，众生能否接受佛教和接受什么教法，取决于众生自身的根性利钝优劣。既然“末法秽土”众生根劣，所行佛法就不能与“正法”和“像法”期的利根众生相同。“第一阶”行“一乘”
法，“第二阶”行“三乘”法，各有特殊的所信所教，被称作“别教”，相对而言，第三阶于“法”不能再分大小，于人不能再分“圣”、“凡”，理应无差别地普信一切法，普敬一切人，是谓“普法”，全称“普真普正佛法”。
“普法”的另一个含义是“认恶”，即认识自己具有的过恶。唐临的《冥报记》说，三阶教大旨在“劝人普敬认恶，本观佛性，当病授药，顿教一乘。”
把对他人的“普敬”，同对己的“认恶”结合起来，形成了三阶教的许多特殊的实践和信仰，称为普行。他们反对净土信仰，主张念“地藏菩萨”。据说地藏菩萨介于释迦之后，弥勒之前，立誓尽度众生，拯救诸苦，始愿成佛。
他们还归依五种佛，其中四种佛名是自己独创的。有一种叫做“普真普正佛”
的，又分为如来藏佛、佛性佛、当来佛、佛想佛四种，也就是世间一切众生；一切众生又实为同一的。“普佛”。据此，他们不崇拜释迦牟尼，而普礼一切众生。
①《开元释教录》卷18。然而三阶教提倡的这一切普行，中心则是“无尽藏行”。
“无尽藏”是专为支持和发展佛教而求得和储藏的财物积累，始建于梁武帝时代，三阶教把它作为最重要的普行手段，并成为此教的一大特色。信行认为，“以无尽藏物，施贫下众生，由数得施奴，劝发善心，即易可得”；“教贫穷人，以少财物同他菩萨无尽藏施，令其渐发菩提之心。”①用无尽藏的财物，施给贫人，可以激发其从善之心，而施财物给无尽藏的人，则可发菩提心。信行还特别强调，布施不应该是个人的独自活动，而需要成为集体的事业：“若复有人多饶财物，独行布施，从生至死，其福甚少；不如众人，不问贫富贵贱、通俗，共相劝化，各出少财，聚集一处，随宜布施贫穷、孤老、恶疾、重病困厄之人，其福甚大。”因此，他要求每个人的思想行为都必须融化于“无尽藏行”中，加入无尽藏的，每天至少要“舍一分钱或一合粟”。事实上，京城施舍，也遍及官僚富户。
无尽藏的建立和提倡，使三阶教的经济力量迅速成长。三阶教的无尽藏，不仅包括一般金钱、财物，以致“钱帛金绣积聚不可胜计”，而且拥有大量土地、庄园、六畜。
关于“无尽藏