或被兼并，或自行消亡。
帕竹系以丹萨替寺为主寺，与其它分支同时并存。1208年，山南的封建主朗拉斯家族扎巴琼乃夺取了丹萨替寺的寺主职位，帕竹噶举由此被朗氏家族把持，其传承仅限在这个家族之内。元至元五年（1268年），忽必烈封帕木竹巴为十三万户之一，万户长由寺主推荐，呈宣政院任命；后来则由寺主兼任，形成了比萨迦时期更加典型的政教合一体制。到14世纪，帕竹万户实力大增，扎巴琼乃的侄孙大司徒绛曲坚赞（1302—1364）先后用武力消灭了萨迦派地方势力，于1354年建立了帕竹地方政权，统治了卫藏的大部分。明永乐四年（1406），成祖封帕竹首领扎巴坚赞（1374—1432）为“阐化王”，朗氏家族在政治、经济、宗教上的实力达到极盛。
极盛期的帕竹政权，完善了封建庄园制度，规定“宗”为基本行政单位，相当于县，宗本由扎巴坚赞任命；对有功家臣所赐谿卡，承认为世袭领地。
他还制定了一部统治农奴的法典《十六法》。
早在1351年，绎曲坚赞在泽当地方建成泽当寺，广弘显密经典，为西藏各个教派开放；专传帕竹密法的，则是丹萨替寺。帕竹地方政权的统治者，必须从任过泽当寺的寺主中选拔，以保证宗教领袖对世俗政治的控制权。
帕竹政权在西藏统治了近百年，农奴制经济得到显著发展。1481年被它的属部仁蚌巴以武力击败，帕竹噶举随之衰落，到17世纪初完全失势。
此外，噶举派的另一传承“香巴噶举”，由琼波南交巴（意为琼波家族的瑜伽行者）创建，幼年学苯教教法，后学宁玛派大圆满法，曾多次赴印度、尼泊尔学梵文和密宗教法，晚年从名僧噶当派朗日塘巴受比丘戒。因该派寺庙多集中在香地（南木林县），故称香巴噶举。琼波南交后辈又建立甲寺和桑定寺，形成香巴噶举的两个支系。桑定寺在浪卡子县羊卓雍湖畔，寺内全为男喇嘛，唯有主持是女活佛，名多吉帕姆，是西藏佛教的唯一女活佛，地位很高。14、15世纪时，宗喀巴和克主杰师徒先后向香巴噶举僧人学法。
噶举派虽然派系复杂，但教义却大同小异，都属玛尔巴、米拉日巴的传承，以应成中观论为理论基础。它最主要的教法是所谓“大手印法”，显密兼修。它要求从“拙火定”开端，调整呼吸，使行者身不畏寒冷，不惧饥渴。
由此逐步做到心住一境，不起分别，无善无恶，这就是“禅定”；然后再集中观察安住于一“境”之“心”，如果身内身外遍找不着，那就“证悟”到心非“实有”，达到了所谓“空智解脱合一”的境界，这就是“佛”。此派的显教大印重于修心，利用呼吸控制意识活动；密教大印则重修身，其最高修法是无上瑜伽密的“双身修法”。
佛教史
第八章 藏传佛教的再兴及其向国内外的传播（公元11—18世纪）
藏传佛教除五大教派（黄教后叙）外，还有一些较小的教派，也有一定影响。
1。希解派
“希解”意为“能寂”，即依靠对般若性空的认识和一系列相应的苦修，息灭苦恼根源，超脱生死流转。创始人印僧当巴桑结（？—1117），生于南印，先后在超岩寺、金刚座、祇多林等处，从50余名高僧学显密教法。他以《现观庄严论》阐述的般若学为理论基础，密教以大印法门为主，但不拘一格。先后来藏五次，在前后藏传法，弟子不计其数。他重视若行修持，弟子们都在荒山野林坟墓葬场等人迹罕至的地方长期苦修，不立寺庙，没有僧伽组织，远离社会闹市生活，更不参与政治活动。当巴桑结曾在后藏定日建过一座寺庙，并未形成他的教法中心。据说他在晚年朝拜过山西五台山。
希解派教法的传承有前、中、后三代，相当于当巴桑结在三个时期传授的三种不同教法，时间集中在12—13世纪。到14世纪，传承不明，它的一些修行方法，则为其它教派所吸收。
2。觉域派
“觉”意为“断”，指能断除人生苦恼、生死根源：“域”，指佛教说的“境”，即认识对象。此派认为，作为流转生死根源的烦恼，产生于人们对世界的误解和由此引起的爱憎；如果用佛教的智慧和慈悲，断除这一根源，就能达到涅槃境界，此种教法曰“觉域”。也有人把“觉”解之为“行”，即人的认识和思维活动。意思是说，“般若空性见”和“慈悲心”，有把错误认识转化为正确认识的功能，以此达到解脱。
觉域派也源于当巴桑结。他第三次进藏时，把觉域派教法传给交。释迦意希和雅隆。玛热色波。交。释迦意希传其侄交。索南喇嘛，再传女弟子劳准玛，从此门徒皆为女性，这一传承被称为“摩觉”（女传觉域法）；雅隆。玛热色波所传一系皆是男性，被称为“颇觉”（男传觉域法）。这两个传承都以传授显教的般若教义为主，也有密教的内容；徒众们经常深夜到荒山野林中苦修，与希解派相似，所以命运也同希解派一样，到15世纪以后，逐渐失传。
3。觉囊派
渊源于域摩。弥觉多吉，生卒不详。据传他原是在家瑜伽行者，出家后改名台巴杰波，曾跟多人学时轮金刚和集密等密法，立“他空”义，著书加以申述。五传弟子突结尊追（1243—1313）建觉摩囊寺（在日喀则西拉孜县东北），因此得名。再传弟子凯尊云丹嘉措（1206—1327），专学时轮金刚，曾到过北京。由于他的弟子笃补巴（1290—1361）的努力，觉囊派才开始兴盛起来。
笃补巴原名喜饶坚赞，生于笃补的班仓家族，幼年随吉顿绛央巴叔侄学《现观庄严论》、《入中论》、《俱舍论》、《量决定论》等显教四论，兼习金刚鬘等密法，特别是熟谙热泽师传的时轮金刚法。此后，曾到萨迦寺讲授显宗四大论及噶当派常习的《入菩提行论》，受到萨迦派上层宗派主义的排斥，便离开萨迦寺，到前后藏各大寺庙云游。1321年到觉囊寺，从凯尊云丹嘉措习《时轮金刚无垢光疏》及其教授，1324年继任寺主。撰有《了义海》、《第四结集》等阐发觉囊派关于“他空义”的教义，此外尚有《究竟一乘宝性论注》、《现观庄严论注》、《佛教总释》、关于《时轮金刚无垢光疏》的注释和摄义等密教和历算方面的著作。他建造的大佛塔哀本通卓钦摩相当著名。
笃补巴的弟子据说有2000余，其中乔列南杰（广胜，1306—1386），又称博东巴，系阿里人，自幼到前藏学法，曾在却廓林寺习般若、因明等显教经论，后历游前后藏辩场，成为有名学者。后遇笃补巴，认为本师，从学时轮金刚的讲解、灌项及其秘密教授，颇有成就。笃补巴的另一弟子绛巴代完巴，“代完”二字是元赐“大元国师”封号的一部分，相当于“大元”：“绛”
指拉堆绛，可能是拉维绛万户长家的成员。他在绛地建昂仁寺，后由乔列南杰任寺座主，并教授般若、因明等显教经论，徒众亦多。1354年乔列南杰将座主传给丹必坚赞，自己任觉囊寺座主，1359年再次退位，到前藏蔡巴寺和雅隆昌珠寺传法。此后，党囊派逐渐消沉，直到16、17世纪出现了多罗那它（1575—1634）。
约在16世纪晚期，觉囊派开始实行活佛转世制度，多罗那它就是转世承袭的活佛。多罗那它原名贡噶宁波，卫藏交界处的喀热琼尊人，相传是嘉译师的后裔。幼年在觉囊寺学经，后游学卫藏，广习显密教法，年30受比丘戒。
1608年写成《印度佛教史》，材料来源于西路进藏印度人的口述，着重记述印度佛教晚期的历史，史料价值很高，现有汉文、外文译本多种，在印度有相当影响。此外还有若干阐扬本宗教义的著述。
觉囊派世受拉堆绛地方（后藏昂仁）首领的支持，16世纪晚期，拉堆绛地方势力衰落，觉囊派又得到第悉藏巴汗的支持。17世纪早期，藏巴汗的势力正盛，1612年，丹迥旺波之父彭措南杰武力统一后藏，1618年又控制前藏，使觉囊派出现了再度兴旺的局面。1614年，多罗那它在觉囊寺附近建达丹彭措林寺，势力明显扩大。
藏巴汗强大的声势，进一步强化了与漠北蒙古的联系。尽管外蒙已早有萨迦派寺院和传经喇嘛，喀尔喀部汗王依然派使赴藏邀请喇嘛前往传教。明万历四十三年（1615）左右，藏巴汗同意派遣多罗那它去蒙古。行前，据说四世达赖赠给他“迈达理”（意为慈氏）的称号，因此蒙古人称他为“迈达理活佛”。到达漠北后，常驻库伦传法，前后约20年，建了不少寺庙，深得蒙古汗王的信奉，被尊称“哲布尊丹巴”，意为“尊胜”；蒙语称作“谒都尔格根”，意为“高位光明者”。1635年，即多罗那它死后第二年，蒙古土谢图汗适得一子，即以此子为多罗那它的转世，从此建立了外蒙古佛教哲布尊丹巴活沸的转世系统。1649年，第一世哲布尊丹巴进藏学经。此时，清廷正大力支持黄教发展，五世达赖已接受顺治封号，势力大盛。所以当一世哲布尊丹巴学毕将回蒙古时，五世达赖要求他必须改信黄教，否则不承认他的活佛地位，不允许他回蒙古。这个条件被接受了，由此开始，漠北蒙古的佛教首领均信奉黄教。
达赖喇嘛对于觉囊派给予多方压迫，达丹彭措林寺改名甘丹彭措林寺，归信黄教，其它属寺也改为黄教寺庙，唯有川青交界处的一些小庙残留下来，但作为一个教派已不复存在。
觉囊派的教理是“他空义”，是藏传佛教中的一种独特见解。这种教理认为，任何事物都有它的真实体性，即至高无上、永恒不变的真谛；一般人不能把握真谛，反而在事物自性之上给以“虚妄分别”的认识，从而使对象变成了虚假的东西，般若所谓的“性空”，就是指这“虚妄分别”而言，而不是指事物的本体。事物的“本真”叫做“自”，加在事物身上的“虚妄分别”称作“他”。因此，般若“性空”的含义只是“他空”，而不是“自空”。
这种见解其实是说一切有部思想的延伸，但与中观学派的观点大相径庭，所以特别受到黄教的反对，甚至斥之为异端邪说。
4。郭扎派
由郭扎巴。索南坚赞（1182—1261）创始，他曾向进藏的班钦。释迦师利跋陀罗学法，后又普习各教派的显密教法，年29受比丘戒，后去罔底斯山修法5年，在江孜年楚河上游建郭扎寺。又向尼泊尔请来毗普底旃陀罗，在定日相互学习。郭扎巴曾著名一时，门徒甚众，但其学说没有得到流传。
5。夏鲁派
又称布顿派，由