771卷，称《铁眼版一切经》或《黄蘗版大藏经》，印量多，对后世开展佛教研究影响很大。
在这个时期，佛教内部的世俗化倾向有了进一步发展。有不少僧人鼓吹诸教合流，主张吸收世俗伦理道德，肯定现实封建秩序，提倡生活日用即为佛道的思想。天台宗敬光《山家正统学则》要人学儒书；真言宗宗慈《十善法语》、《为人之道》等书，说“十善”为“做人之道”，说“有人即有此道，不假外求……人人具足，物物自尔”；净土真宗本来就采取世俗生活形态，此时更强调孝行论；曹洞宗铃木正三著《万民德用》、《盲安杖》等，主张在度世日用、万事万善、五伦之道、法度、武勇的世俗生活中应用佛法，士农工商尽其职分，即为修行佛道，日莲宗知足庵《一心常安》主张“知足常乐，知止不耻”，“世事之中即有一心三观之理”。
随着儒学特别是朱熹学说、神道教在社会上的独立发展和影响的扩大，不少儒者和神道学者对佛教提出批评，矛头主要指向三个方面：一是佛教的弃家州世主义，认为背离忠君孝亲的伦理纲常；二是建寺造像，浪费土地财物，僧侣不劳而获；三是佛教教义中地狱天堂之说的虚妄性。针对这些批评，一些学僧著书提倡儒道佛三教一致论。他们的著作受到了中国禅僧契嵩、宗果以及袾宏、智旭、德清等人的影响，但有的结合日本国情有新的发展，如在宣传三教一致时也把神道包括进去，提出神、儒、佛一致。禅宗慧训《三教论衡》认为佛教的心性论、儒教的天命论和道教的虚无论，本无二致。白隐《三教一致之辨》说儒教的“至善”，即道教的“虚无大道”，与佛教禅的“白性本有”相同。净土宗大我《三教鼎足论》以五戒与五常的一致说明佛儒关系，以佛教的戒、定、慧三学，儒教的君臣、父子、夫妇的三纲和神道的剑、玉、镜三种神器的一致，来说明神道与儒、佛的关系：又用佛教的般若、慈悲、方便，儒教的智、仁、勇，神道的明镜、灵玺、宝剑的一致，论述神道教与儒、佛具有一致性，说三者皆“劝善惩恶”，儒佛二教也“辅翼神抵，益吾灵国”。这些理论的提出，促进了僧人对佛教以外各种知识的学习，为明治维新以后僧人从事各种社会文化事业创造了条件。
佛教史
第十章 佛教的消长变化和多元化发展（下）（公元11世纪一）
1868年至1873年，随着德川幕府的垮台，地主资产阶级拥立以明治天皇为首的中央集权国家进行一系列改革，史称“明治维新”。明治政府以所谓“富国强兵”、“殖产兴业”和“文明开化”的三大政策作为指导改革的总方针，积极推动政治、经济和文化教育的发展。在宗教方面，由于在“王政复古”和倒幕运动中神道教起了动员舆论和维系人心的作用，明治政府成立后被定为国教。明冶天皇颁布《神佛分离令》，使神道教完全脱离佛教而独立，在政府八省之外设置“神祗官”（后改神祇省）。接着又下诏置“宣教使”到处宣传“皇统神圣”、“皇道至上”的神道教义，明确实行“祭政一致”的制度。废除因皇室、贵族出家而形成的特权寺院（御所、门迹、院家等），没收一切寺院领地，废除僧位、僧官；规定僧侣是一种职业，应称姓氏；解除官府禁止僧人食肉、娶妻、蓄发的禁令等。在维新过程中，不少地方发生了“废佛毁释”的运动，寺院佛像被毁，经书被焚，僧侣被迫还俗。
由于农民信徒的激烈反抗，“废佛毁释”没有在全国展开。此后，在民部省设寺院寮管理佛教事务。1872年政府置教部省，命神道教的神官和佛教僧人担任“教导”（共十四级）向全国人民宣传“三条教则”，即：“敬神爱国”，“天理人道”，“奉戴皇上，遵守朝旨”，为巩固立宪制天皇专制统治和维新政策服务。此后在东京成立“大教院”，各地成立“中教院”，各宗寺院成立“小教院”，混合吸取神道和佛教、儒教的学说，也吸收西方文化，培养“教导职”人员。教部省命令各地教导人员向民众灌注“神德皇恩”、“人魂不死”、“天神造化”和“君臣、父子、夫妇”等说，佛教也就被用来配合神道教进行这种“敬神忠皇”，维护新政的宣传。
让佛教完全依附神道的做法，在佛教内部引起强烈不满。净土真宗本愿寺派的梅上泽融、岛地默雷、赤松连城等人在1872年曾到欧洲视察，回国后上书教部省，把他们见闻到的欧洲宗教盛行情况及教化意义作了介绍，并提出《三条教则批判》，要求信仰自由。明治政府采纳了他们的建议，废除“大教院”，在各宗设置学校，又废除教部省，将其事务移到内部省社寺局。明治二十二年（1889）颁布《大日本帝国宪法》，规定“日本臣民在不妨碍安宁秩序及不违背臣民义务的条件下”可以享有“信教自由”的权利。此后，佛教在新的历史时期又有发展。下面从5个方面进行简要介绍。
（1）寺檀关系的弛缓。德川幕府为防止基督教的传播，曾授权佛教寺院掌管户籍，形成严格的寺檀关系。寺院依靠信徒的奉献和由幕府、大名施舍的土地，保持丰厚的经济来源。明治政府以神道教为国教，建立以神社为中心的“氏子”（当地神社的信徒）制度，在有限的“信教自由”范围内允许基督教传播。这样，佛教原有的寺檀关系基本瓦解。明治政府又把寺院原有的领地收归国有，这对以领地为主要经济来源的天台宗、真言宗、禅宗、净土宗，是很大打击。当然，上缴领地并不意味着寺院完全没有土地，由开垦或以买卖方式得到的土地仍归寺院所有，原由大名领主施舍的土地也可以用钱赎买。因此，寺院除从信徒那里取得贡物外，也把土地出租，从佃农那里索取租米等。旧的寺檀关系虽已破坏，但信徒仍到寺院祭祀祖先、举行丧葬仪式及传统信仰活动，寺檀关系仍在相当程度上存在。
（2）佛教宗派在组织上的中央集权化。1882年规定神道教和佛教各派都设“管长”。规定各宗设“总本山”，各派设“本山”，各宗各派都设有“管长”，负责委派寺院住持及制定各种宗寺法规等等。“管长”的名称各宗派不尽一致，如天台宗称“座主”，真言宗称“长者”，曹洞宗称“贯首”
等。各宗在东京设本山的办事处（支所），地方上设教区，置教务所。按选区选宗议员，组成各宗的议会，定期召开决定宗制寺法等事项。
（3）明治政府鼓励各宗办学，一些学僧为振兴佛教也致力佛教教育事业。从明治初年到大正年间（1912—1926）佛教各派兴起不少大学，著名的有净土真宗大谷派创立的大谷大学，净土真宗本愿寺派的龙谷大学，曹洞宗的驹泽大学和东北福祉大学、爱知学院大学，临济宗的花园大学，真言宗的高野山大学和由真言宗智山派、丰山派、天台宗、净土宗四宗派联合创立的大正大学，日莲宗的立正大学，净土宗的佛教大学等。佛教学者井上圆了（1858—1919）创办哲学馆，后发展为东洋大学。此外还有不少由佛教宗派创立的中小学。当然，由佛教宗派创立的学校除负有讲授宗教学培养佛教人才外，也广设文理其它学科，培养文教科技人才。
（4）佛教和社会政治活动在明治维新以后，佛教虽然没有以前那种特殊地位和影响，但从整体来看，它仍依附于君主立宪的地主资产阶级政权，为它服务，其中传统教团表现尤为突出。大正时期佛教僧人获得参政权，各宗管长联合组成“佛教护国团”。在国家日益法西斯化，向外推行侵略扩张时，一些传统教团表示“护持天皇制，战争协力”。1940年为适应战争体制，政府公布《宗教团体法》，对各宗派进行合并统编，把原来的十三宗五十六派编为十三宗二十八派。神道教、佛教、基督教联合组成“大日本宗教报国会”作为“大政翼赞运动”
的一环，开展拥护战争的宣传和资助活动。
然而从明治开始，佛教界内部就出现了一些有民主意识的学僧，对日本的军国主义和侵略政策进行批评。禅宗的内山愚童（1874—1911）认为“佛道是一种基于牺牲精神的实践”，在《入狱纪念。无政府共产》一书中提出不缴租米，拒绝征兵，否定天皇制的思想。真宗的高木显明著《我是社会主义》一书，以释迦牟尼为“灵界的社会主义者”，以亲鸾为平民的朋友，否定权力和财富，认为反战和和平是符合“真谛”之道的。也有不少学者提出各种对佛教进行改良的主张。
这里应该特别一提的是日本佛教团体所兴办的“社会慈善事业”。早在中世纪，一些寺院也举办济贫、治病施药等社会事业，但在明治维新以后带有新的意义。传统佛教教团根据“王法为本，镇护国家”的说教，主张通过传教和举办社会福利调和社会矛盾，防止革命思想的深入传播。1911年召开“大日本佛教大会”，宣言“佛教是国家风教的基础”。有些传统教团，如真宗本愿寺派和大谷派，成立了专门的慈善机构，开展救贫、救灾、军事援助、医疗护理、保护儿童，以至到军队传教、到监狱教诲等等。1928年召开了以神道教为主的“日本宗教大会”，佛教、基督教也有代表参加，决议提出以宗教教导国民思想，使宗教成为“共产主义思想的防护堤”。佛教界一部分上层追随政府的侵略政策的言论和行动，受到教团内部和广大人民的批评和抵制。
（5）日本近代以后的佛教研究
明治维新以后，日本佛教学者通过到欧美、印度、斯里兰卡的留学考察，并通过吸收西方的科学文化思想，对佛教采取西方社会学和历史学的方法进行研究，又借助汉、梵、巴利、藏语文献的对比研究，在佛典的研究和整理佛教历史、教义、艺术等多方面取得丰富的成果。南条文雄在英国马克斯。缪勒帮助下所编的《英译明藏目录》，高楠顺次郎主编日译的《南传大藏经》，高楠顺次郎、渡边海旭等人主编的《大正新修大藏经》等先后问世。在佛教史研究上，村上专精、鹫尾顺敬等人编辑《佛教史林》杂志，宣传以近代史学方法研究佛教历史；村上所著《日本佛教史纲》比较有名。在佛教哲学研究方面有井上圆了的《外道哲学》、《印度哲学纲要》，本材泰贤的《印度哲学宗教史》、《印度六派哲学》、《原始佛教思想论》等，字井伯寿的《印度哲学研究》（有多种著作）等。在辞书编纂方面，织田得能的《佛教大辞典》、望月信亨的《佛教大年表》、《佛教大辞典》等在佛学界受到好评。
此外，不少日本学者在研究中国、日本的佛教方面也做出很多成绩。
从明治中期（19世纪末）以来，日本的净土真宗本愿寺派、大谷派、真言宗、曹洞宗、净土宗、临济宗、日莲宗等开始海外传教活动，在夏威夷、美国、加拿大、墨西哥、巴西等地的日本移民和土著居民中传教，设置传教场所，派遣专职传教人员，随着年代的推移取得