步不前，几乎被官军射及。双方鏖战，天已过午。忽然一阵大风，将官军大将旗折断，军阵为之震动。朱棣带劲骑绕到敌后袭击，反败为胜，官军大溃，被斩首及溺死者十余万，横尸百余里。李景隆单骑走德州。燕军又破德州，围济南。山东参政铁铉坚守济南，三月不克，朱棣暂时退师。
朝廷命左都督盛庸为大将军，再次率兵北伐。朱棣佯称攻辽东，发兵攻打沧州。沧州陷落。燕军再经临清、馆陶、大名，至于东昌，与盛庸、铁铉所率主力相遇。双方大战，燕将张玉战死，燕王朱棣挺身短兵接战，有几次处境十分危险。燕军大败，被擒斩万余人，燕王独以一人殿后，赖二子朱高煦带兵营救，始免于难。不久两军再战于夹河，官军大败。
一个月后，两军再战于藁城。燕军再次乘风击败官军，斩首六万余级，擒其骁将，获其军资。
自举兵以来，已经三年了，燕军所克城邑，兵去后又为官军所据，所得不过北平、保定、永平三府。双方处于僵持状态。这时有一批被罢斥的宦官从南京来投奔燕王。他们向朱棣透露了南京布防的情况，说南京空虚可取。朱棣决心迅速了结这场战争，“临江一决，不复反顾！”
建文四年（1402），朱棣麾师南下，由馆陶渡河，循徐州，与官军大战于齐眉山下（在今凤阳灵璧西南）。不料官军连连获胜，燕军几员大将相继战死。朱棣下令有进无退，麾军继续前进。燕军下泗州，克盱眙，徇扬州，驻军江北。朱棣凭藉大江麾师强渡。谷王朱橞、李景隆开南京金川门迎降，朱棣率师进入南京。朱允炆下落不明。
建文四年六月己巳，朱棣在南京奉天殿即皇帝位。他以次年为永乐元年（1403），从此开始了他二十二年的统治。
残杀建文“奸党”
朱棣上台后的首要任务是宣传自己即位的合法性和处置政治反对派。这两点如果处理不好，可能不利于统治的巩固。朱棣对政治反对派的镇压不仅是残酷的，也是空前野蛮的。起初，他公布的“奸党”名单不过齐泰、黄子澄等二十九人，而实际被杀戮和被迫害的难以统计。
朱棣进入南京后，打算借重著名文人方孝孺起草即位诏书，遭到拒绝。
方孝孺说：“死即死耳，诏不可草。”朱棣见方孝孺不为所用，便以诛九族相威胁。方孝孺说：“便诛十族奈何！”于是便酿出一场诛杀十族的惨祸。朱棣令人“以刀挟其口两旁至双耳”，并将其投入狱中，接着便大肆搜捕他的门生，连坐被处死者八百七十三人，谪戍边远而死者不可胜计。对兵部尚书铁铉，则割了耳鼻，又割了肉烧了，塞到铁铉的嘴里让他吃，还问他“甘否”。铁铉说：“忠臣孝子之肉有何不甘！”铁铉至死骂不绝口。户部侍郎卓敬不屈，临刑，神色自若，也被灭三族。礼部尚书陈迪不屈，朱棣派人把他的儿子捉来杀掉，并割其鼻舌，强塞给陈迪吃。陈迪唾向凶手，骂得更厉害，终于被凌迟处死，宗族被戍者一百八十余人。刑部尚书暴昭不屈，“先去其齿，次断手足，骂声犹不绝，至断颈乃死”。左佥都御史景清，因刺杀朱棣不成，被“抉其齿，且抉且骂”，含血喷了朱棣一身，朱棣下令“剥其皮、草椟之”，“碎磔其骨肉”。右副都御史练子宁，被逮语不逊，“命断其舌，磔死，宗族弃市者一百五十一人，九族之亲被抄没戍远方者数百人”。其他不一而足。
第二节文治武功恢复洪武旧制，俭朴勤政朱棣执政，特别是在永乐初年，努力恢复洪武旧制，凡建文年间更改者，罢废殆尽。
首先，朱棣在对众亲王的态度上与建文帝相比有所变化。凡在建文年间被废黜幽系的诸王一律恢复了王位。他们纷纷到京师朝见新天子，朱棣动辄给予大量赏赐。这在表面上看来是遵从祖制以笃亲亲之谊，但实际上却寓有驾驭之意。在胁迫宁王结盟时，朱棣曾许宁王以“事成当中分天下”，但朱棣做了皇帝却不认旧账，不要说中分天下，就是宁王乞求苏州、钱塘也不获准，终于改封南昌。朱棣还暗中削夺诸王的实际权力及军权。代王、岷王、齐王的护卫先后被削，连同母弟周王的护卫也被迫交出。必使其力不足与一镇相抗。
建文帝曾说《大明律》量刑较前代往往加重，因而稍稍放宽。朱棣则声称“刑名一以《大明律》科断”。看似恢复祖制，实际他的严刑酷法比朱元璋更有过之。他登上皇位后，对反对派的残酷杀戮令人发指。更为恶劣的是，朱棣强化了恐怖的特务统治。皇帝的亲军锦衣卫设有监狱，称为诏狱，它曾是朱元璋实行残暴统治的工具。后来朱元璋也认为这太过分，先下令焚毁锦衣卫刑具，继而又宣布内外刑狱不得上交锦衣卫，而由司法机关审理。朱棣上台，重新设立了诏狱，而且刑罚花样翻新，为后世开了恶端。朱棣由藩王夺位，为钳制人口，又用宦官组成了东厂，专门“缉访谋逆妖言大奸恶等”。厂卫联结，形成一个严密的特务网。
苏松重赋是一个由来已久的问题。建文年间曾宣布减免，而且解除苏松人不得在户部做官的禁令，这一德政也在恢复旧制的口号下被取消了。结果是“吴民大困，流亡日多”，特别是在迁都北京之后，苏松农民不仅要交纳重赋还要承担税粮北运的费用，负担更加沉重。更有甚者，朱棣连建文年间限制僧道占田的规定也予以废除。
建文年间，对官制作了若干变革，文职官员的地位有所提高。朱棣上台则强调“悉复皇考之旧”，“纪纲政令一出于天子”。当然，这并不是说朱棣不注重文官，在他身边也常聚集着一些文士。他们不仅与皇帝一起说文论史，吟诗作赋，有时还参预机务。这些文士虽接近皇帝，但品级都不高，多为翰林院编修、检讨、侍讲、侍读官。他们在文渊阁入直，地处内庭，故称内阁。
内阁的出现，是明朝官制的一大变化。以后，阁权日重，逐渐成为明朝政务中枢。
朱棣夺得天下，主要凭借武力，所以他多少带有开国君主的气质，不少表现很像朱元璋，居安思危、俭朴勤政。
朱棣常以安不忘危告诫群臣。他说：“天下虽安，不可忘危。故小事必谨，小事不谨，将至大患。小过不改，积之将至大坏。皆致危之道也。”永乐十五年（1417），他又说：“朕德凉薄，托于万姓之上，惧弗克负荷，夙夜祗事，不敢暇豫。。夫戒谨者，治之所兴，宴安者，乱之所自。”朱棣确实是个勤奋的皇帝。永乐初，他每天“四鼓以兴，衣冠静坐”，“思四方之事，缓急之宜”，上午有早朝，下午有晚朝，外朝处事完毕，还要处理宫中之事，“闲暇则取经史览阅，未尝敢自暇逸”。有人建议他务简默，他回答说：“人君固贵简默，然天下之大，民之休戚，事之利害，必广询博闻，然后得之”，“不如是不足以尽群情。”因此，他事必亲闻。他曾指责通政司：“四方奏疏非重务者悉不认闻。”他说：“朕主天下，欲周知民情，虽微细事不敢怠忽。盖上下交则泰，不交则否。自古昏君其不知民事者多至亡国。。凡书奏关民休戚者，虽小事必闻，朕听之不厌也。”他曾令人将中外官员的姓名写在武英殿南廊，闲暇观览，以熟悉政情。永乐初年，朱棣处事也较为谨慎。他自称“每退朝静坐，必思今日所行几事，其事于礼如何，于人情如何，若皆合宜，心则安矣；有不合宜，虽中夜必命左右记之，俟旦而改之。盖一事失当，人受其蔽，故不得不勤。”
朱棣对民情也比较关心。永乐元年，他说：“朕即位未久，尝恐民有失所，每宫中秉烛夜坐，披阅州郡民籍，静思熟计，何郡近罹饥荒，当加优恤，何郡地近边鄙，当置守备。旦则出与群臣计议行之。近河南数处蝗旱，朕用不宁，故遣使省视，不绝于道。如得斯民小康，朕之愿也。”
朱棣比起后世皇帝也还算是节俭的。他曾说：“内库所贮，皆天下财，待赏有功，虽朕不敢妄费。”永乐十二年（1414），一次百官奏事毕，朱棣退朝坐在右顺门，“所服衷衣衣袖敝垢，纳而复出。”有侍臣称赞他贤德，他说：“朕虽日十新衣未尝无，但自念当惜福。故每濯更进。”这一点和朱元璋相类。他说：“昔皇妣躬补绩故衣，皇考见而喜曰，皇后富贵勤俭如此，正可为子孙法。故朕常守先训不忘。”
以上所述，不免有朱棣的自我标榜，有史臣的溢美，但与明代中后期的皇帝相较，实胜多多矣。明人称他“英武神授，决机应变，飙发川流，群臣莫窥其际。爱惜下民，屡蠲租赋，犹嗜俭朴，不喜纷华”。均不为无据。可惜，他的好大喜功，使他的政绩大为减色。
修书朱棣以武力得天下，又以高压治国，但却锐意标榜文治。他喜欢聚众编书，编有《古今列女传》、《历代名臣奏议》、《五经四书大全》、《为善阴骘》、《孝顺事实》等。其中以《永乐大典》最为著名。
永乐元年，朱棣命翰林侍读学士解缙等人，广采天下书籍，分类编辑成书，不厌浩繁。第二年冬便编成了一部大型类书，朱棣命名为《文献大成》。但朱棣仍嫌此书简略，又命姚广孝等人重修，自有书契以来，凡经、史、子、集、百家、天文、地志、阴阳、医、卜、僧、道、技艺各书无不包罗。永乐五年（1407），书成，朱棣赐名《永乐大典》。这是一部规模空前的大型类书。全书22937 卷，其中仅目录就有16 卷，共11095 册，总计约三亿七千万字。自先秦至明初，所引书七八千种之多，保存了大量的文献资料，极为珍贵。
朱棣修书为了标榜文治，同时也为了进行思想控制。明清之际的人将其比拟于宋朝修《册府元龟》、《太平御览》、《文苑英华》，其用心实有深意。
另一部引人注目的书是《太祖实录》。记载洪武一朝史实的《太祖实录》在建文年间已经修成。但朱棣以为这部实录不利于自己的统治，于是又命人重修。重修之后，朱棣仍然不满意，又命三修。三修实录历时七年之久才完成，这时朱棣才说：“庶几稍副朕心。”重修实录无非是想掩盖历史事实，说明自己做皇帝的合理性。与此同时，朱棣将有关建文的史籍一概禁毁，于自己不利者则片纸不留。
在掩盖历史事实的同时，朱棣更懂得从思想意识上进行统治的重要，为此，他进一步强调程朱理学为学术正统。朱棣派人编辑的《五经四书大全》，其目的就是为了宣扬程朱理学，用以控制士人的思想。朱元璋与朱棣的文化专制政策，对后世的影响至为恶劣，至为深远。而朱棣在这方面的活动较其父实有过之而无不及。
开边朱棣继承了朱元璋的政策，对北方故元势力怀柔与武力兼施。朱棣曾说：“朕为天下主，覆载之内，但有贤才，用之不弃。近世胡元，分别彼此，柄用蒙古、鞑靼人而外汉人、南人，以至灭亡，岂非明鉴！”因此，在朱棣的军队中有不少“鞑官”和“鞑军”，这些人在靖难之役中为他效了力。他即位后，更以优厚的待遇给予归服的蒙古军民，除根据原有官爵授予官衔外，还赐予衣、钞、牛羊、孽畜。有愿居京师者，还给以居第及日用什器。在蒙古族聚居地，凡归顺的，也如内地设置卫所。这些卫所以�