有时遇到涉及事情较多的题奏，刘健有意取回细看：“此本事多，臣等将下，细看拟奏。”孝宗却主张就此处理：“文书尚多，都要一看，下去不也是闲，就此商量，岂不好？”
这次皇帝与辅臣一同处理题奏，前后大半天时间，将主要的处理过后，弘治帝指着案上余本道：“此皆常行事，不过‘该衙门知道’耳。”诸臣这才叩头告退。
李东阳后在《燕对录》中写道：“自天顺至今四十年，先帝及今上之初，尝召内阁，不过一二语。是日经筵罢，有此召，因得以窥天质之明睿，庙算之周详，圣心之仁厚，有不可测量者如此。”①这确是历朝罕见之举，孝宗用矫枉过正之举重振勤政之风，并得到了朝中正臣的称许。
① 《明史》卷一八一《徐溥传》。
② 谷应泰：《明史纪事本末》卷四二《弘治君臣》。
① 陈洪谟：《治世余闻》上篇卷二。
不久后一个偶然的事件，给弘治朝政的振作又提供了一个机会。弘治十一年（1498），小公主患水痘病死，太皇太后将其归罪于李广信奉左道，李广畏罪自杀，孝宗身边减少了个佞臣。弘治中得到宠任的太监有李广和蒋琮，二人后均事发而败，司礼太监萧敬历事英宗、宪宗诸朝，用孝宗的话说：“萧敬朕所顾问，然未尝假以权也。”①原因之一是萧敬谙习典故。
外廷诸臣中，最主要的当属内阁、六部及都察院。弘治朝内阁，初有万安、刘吉、尹直等人，后万安罢，尹直被劾致仕，仅存刘吉，虽身居首辅，实附名于徐溥、刘健诸正臣之后，窃美名以自益而已。弘治帝即位之初，丘濬以进《大学衍义补》获重用，四年（1491）入内阁参预机务；八年（1495）谢迁、李东阳同时入内阁，而是年丘濬卒。终弘治之世，居内阁者仅此诸人。十一年（1498），徐溥以目疾乞归，刘健代为首辅，与谢迁、李东阳三人同心辅政，竭情尽虑，知无不言。所奏请无不纳，呼为“先生”而不名。
内阁的构成变化，也是孝宗求治所致，他以传统道德规范要求于己，也必然以此术要求诸臣。刘吉虽有“刘棉花”之号，以其耐弹闻名，终于五年（1492）被讽今致仕，也正在于此。
六部之臣的选用也必然遵循这一原则。王恕以正直入掌吏部，于宅门写道：“宋人有言，受任于朝者，以馈及门为耻，受任于外者，以苞苴入都为羞。今动曰贽仪，而不羞于人，我宁不自耻哉！”②后又以彭韶为吏部左侍郎，皆不避权贵之人，一时请谒路绝。
刑部初用何乔新，也是以刚正闻名的官员，后虽遭刘吉等诬陷致仕，而代之者则彭韶。史书称：“韶莅部三年，昌言正色，秉节无私，与王恕及乔新称三大老，而为贵戚、近习所疾。”③礼部尚书耿裕，为人坦夷谅直，谙习朝章。对时政之弊，多有陈言，后代王恕为吏部尚书，反对中旨内降授官，敢以疏争。为人公正，不偏于爱憎，自奉澹泊，家业萧然，以名德著称于时。六年（1493）改吏部后，以倪岳代为礼部尚书，晚年再代屠滽为吏部尚书，严绝请托，不徇名誉，也是名声甚好的官吏。
马文升有文武才，尤重气节，厉廉隅，直道而行。成化末，官兵部尚书，遭李孜省谮，外调南京。这种清望极高的官吏，正适合于弘治之治所需，因此孝宗即位之初便将马文升调任左都御史，但马文升所长在军政，于是次年又有代余子俊掌兵部之任。十四年（1501）吏部尚书倪岳死后，马文升以高龄资深再掌吏部，虽已八十老人，遇事侃侃论列不少衰。马文升离兵部后，刘大夏拜兵部尚书，大夏忠厚长者，曾言：“居官以正己为先。不独当戒利，亦当远名。”又言：“人生盖棺论定，一日未死，即一日忧责未已。”①又有老臣闵珪、戴珊，闵珪初任左都御史，后改刑部尚书，戴珊官左都御史，掌都察院，都是不畏权势，老成持重之人，且久居法司，熟于刑律，又廉介不苟合者。
又有儒臣丘濬，成化末为礼部右侍郎，掌国子监祭酒之事。孝宗即位，他进所撰《大学衍义补》，于宋真德秀《大学衍义》之外，博采群书，补治① 《明史》卷三○四《萧敬传》。
② 焦竑《玉堂丛语》卷五《廉价》。
③ 《明史》卷一八三《彭韶传》。
① 《明史》卷一八二《刘大夏传》。
国平天下之条目内容，得到皇帝赏识，擢升礼部尚书，并于弘治四年（1491）以文渊阁大学士入阁参预机务。他死于弘治八年（1495），在阁仅四年，且与吏部尚书王恕不相得，言官对其颇有微词，但他为官廉介持正，一生好学，极负文名，也是弘治朝重要官员之一。
《明史》中对诸人皆有精辟评语，称：“徐溥以宽厚著，丘濬以博综闻。观其指事陈言，恳恳焉为忧盛危明之计，可谓勤矣。刘健、谢迁正色直道，蹇蹇匪躬。”包括李东阳在内，皆为“明贤宰辅”。①“王恕砥砺风节，马文升练达政体，刘大夏笃棐自将，皆具经国之远猷，蕴畜君之正志。绸缪庶务，数进谠言，迹其居心行己，磊落光明，刚方鲠亮，有古大臣节概。”②又称：“孝宗之为明贤君，有以哉。恭俭自饬，而明于任人。刘、谢诸贤居政府，而王恕、何乔新、彭韶等为七卿长，相与维持而匡弼之。朝多君子，殆比隆开元、庆历盛时矣。”③① 《明史》卷一八一《赞曰》。
② 同上卷一八二《赞曰》。
③ 同上卷一八三《赞曰》。
第三节弘治中兴后世史家在论及有明一代政事时，认为：“明有天下，传世十六，太祖、成祖而外，可称者仁宗、宣宗、孝宗而已。仁、宣之际，国势初张，纲纪修立，淳朴未漓。至成化以来，号为太平无事，而晏安则易耽怠玩，富盛则渐启骄奢。孝宗独能恭俭有制，勤政爱民，兢兢于保泰持盈之道，用使朝序清宁，民物康阜。《易》曰：‘无平不陂，无往不复，艰贞无咎。’知此道者，其惟孝宗乎。”④洪、永开国，姑可不论；仁、宣之治，国力强盛，至正统以后，外有瓦剌之扰，内有农民起义之忧，交困之势，堪为疲敝。至成化朝，后宫干政，宦官当道，朝臣多小人，似颓势已定，而孝宗登极之后，挽定局面，清宁朝序，一时间内外无忧，难怪后世史家称之为“中兴令主”，以弘治朝为“中兴之世”。
事实上，宪宗留给儿子孝宗的，不仅是一个紊乱的朝政，而且是一个千疮百孔的国家。
成化年间，声势浩大的荆、襄流民起义和大藤峡地区瑶族和壮族人民的起义，给当时日趋激化的社会矛盾添了一把干柴烈火。直到成化中叶以后，这些起义才逐渐被镇压下去。这里还多亏一批有识之士，例如祭酒周洪谟的《流民说》，兵马司吏目文会的上疏，都是建议朝廷以抚代剿，而都御史原杰更是竭力于抚定流民，以致劳累而死。内乱同时，且有外忧。自成化初年起，蒙古鞑靼部首领孛来与小王子、毛里孩等先后进入河套地区，并以此为基础，不断骚扰延绥、大同等地。明廷派兵征伐，鞑靼各部则去而复来，迄无宁岁。
对于这些情况，孝宗在宫中为太子时应该是已经有所了解的。他即位之初，力改成化弊政，其目的还在于解决这些危及统治的社会矛盾问题。不过，起初他的精力主要放在了朝廷要员的人事安排上，待到这些问题基本解决之后，他便开始注重于对内忧外患的治理。
弘治元年（1488），马文升初任都御史时曾陈时政十五事：“选廉能以任风宪，禁摭拾以戒贪官，择人才以典刑狱，申命令以修庶务，逐术士以防煽惑，责成效以革奸弊，择守令以固邦本，严考课以示劝惩，禁公罚以励士风，广储积以足国用，恤土人以防后患，清僧道以杜游食，就怀柔以安四裔，节费用以苏民困，足兵食以御外侮。”①这其实都是些人所共知的治国道理，关键在于统治者能否去施行。于是又回到了一个人事问题上。倘若还是那批权奸佞臣当道，再简单的道理也是没有用处的，因为他们的心思无非在怎样巩固自己的地位和势力，至于国家、朝廷、百姓，则无心顾及了。可喜的是孝宗一上台便有用贤去佞之举，这些显而易见的治国道理也便成为君臣共遵的原则。
这一年五月，史书记述说：“嘉兴盗起”。但是这所谓的“盗”，其实却是官。百户陈辅恃权横行，平日以盗贩私盐为利，事发被革官，遂招集亡命无赖，自造兵器，四出剽掠，郡县官吏置之不问。直闹到陈辅等人攻陷府城，占据府库，开狱放囚，抢得军器，在城中大掠一番，又逃入太湖。知府徐霖逾墙而逃。这件事对朝廷触动颇大。
④ 《明史》卷十五《孝宗纪赞》。
这是一起权势豪强与官府同流造成的典型案例。淮、浙盐政自成化年间为势豪所垄断，地方官府不敢得罪，每事姑息，终至酿成动乱。案件发生后，朝廷命彭韶清理浙江盐政，李嗣清理两淮盐政。彭、李均朝中正臣，严责地方，变更盐法，商人、灶户稍解抑配赔折之困，势豪之家始不得肆意与民争利。孝宗整顿吏治的作用得到了充分体现。
几个月后，四川发生大饥荒，当地少数民族首领与成化间啸聚山林的野王刚等乘机起事。朝廷截调湖广漕运米二十万石赈济四川，但不想湖广当年亦歉收无粮，转漕之事竟未能成。这时的新任四川巡抚为都御史谢士元，急檄设置流民收容济食之所，给符遣归。途经郡县验符给粮，孝宗又发帑金二万两，给饥民耕种之具。随着饥民复业，谢士元以行边为名，前往土番族地区，谕散其众。野王刚势孤，转入陕西、湖广交界一带，为郧阳巡抚戴珊与谢士元合兵镇压。这又是一起处理及时的事件。上赖于孝宗支持，下赖于谢士元、戴珊等人之尽力，四川大饥不乱，旧乱且平，又是弘治新政的作用。不过当时最见效果的措施还当属对黄河的治理。自洪武建国以来，对黄河曾有两次大规模治理，一在永乐间，一在景泰间。成化中，河患又厉，屡决于开封，河南颇受其害。
弘治二年（1489）五月，黄河于开封及荆隆口决堤，由北道入山东张秋，汇于运河，淹及山西郡县。因为开封城受灾尤甚，有人建议迁徙开封城以避水患，只是河南布政使徐恪坚决反对，才得以不迁。于是朝廷以户部侍郎白昂，会同山东、河南及北直隶三地巡抚相机修治河道。白昂荐举郎中娄性协治，调动民夫二十五万，筑长堤，修减水闸，疏月河（泄水之河），塞决口，引黄河流入汴水，再入睢水、泗水，入淮河以达黄海。同时修筑山东鱼台、德州及吴桥古堤，又开凿东平以北小河十二道，由大清河与黄河故道入海，河口各建有石堰，可以启闭，为日后黄河复北道有所准备。
但是，这水患稍宁不过三四年，到弘治六年（1493），黄河又于张秋决堤，由汶水入海，漕运中绝。
明代漕运，自永乐浚通后，一直为南粮北运的倚靠，黄河水患往往危及运河，也就阻断了明朝南北运输的生命线。当时总理可道的官员为工部侍郎陈政，他调集民夫十五万修治，事未见效而病卒，这使孝宗深感忧虑。他自即位之初便着力于吏治，朝中多选用正人，但是治水之役却不比政务，如白昂性谦厚，�