这些事实对于我们从格雷戈尔·孟德尔以来了解到的有关基因的一切真是迎头一击。它们与基因组的数码特点似乎不太相符，这就意味着一个基因不仅仅是一个基因，它还带有一些它的出身的隐秘历史。一个基因“记着”它是从父母哪一方来的，因为在卵子受精的时候它得到了一个父方或母方的印记——就像是来自某一方的基因是用斜体字写的。在这个基因呈活跃状态的每一个细胞内，带有印记的那个基因拷贝是活跃的，另一个拷贝则不表达。这样，身体就只表达来自父方的那个基因（在普拉德·威利综合症的情况下），或只表达来自母方的那个基因（在安吉尔曼综合症的情况下）。这具体是怎么发生的我们全然不知，但是我们已经开始在了解它了。它的成因，将是一个不同寻常而又大胆的进化理论所要解释的。
80年代晚期，在费城和剑桥的两组科学家有了一个出人意料的发现。他们试图制造出只有父亲或只有母亲的老鼠。由于那时从体细胞中直接克隆老鼠还不可能（在多莉＇世界上第一只克隆羊，是第一只克隆成功的哺乳动物。——译者注＇之后，情况急转直下），费城的那组便把两个受精卵的“前核”做了交换。当一个卵细胞受精的时候，带有染色体的精子细胞核进入卵细胞，却并不马上就与卵细胞核融合在一起：这两个细胞核被称为“前核”。一个灵巧的科学家可以用他的移液管“潜入”受精卵，把精子的细胞核吸出来，把另外一个卵细胞的细胞核放进去；他也可以把卵细胞核取出来，放进另外一个精子细胞核。结果是他得到了两个受精卵，从遗传角度说，一个受精卵有两个父亲，没有母亲，另一个则有两个母亲，没有父亲。剑桥的那一组用了略为不同的技术，但得到的是同样的结果。但是，这两组得到的胚胎都没有能够正常发育，很快就死在子宫里了。
在有两个母亲的那种情况里，胚胎本身有正常的结构，但它却无法制造一个胎盘来给自己获取营养。在有两个父亲的那种情况里，胚胎制造出了一个又大又正常的胎盘，也基本上有围绕着胎儿的膜。但是，在膜里面胚胎应该在的位置上，只有一小团没有结构的细胞，看不出头在哪里。
这些实验结果引向了一个不寻常的结论。遗传自父方的基因负责制造胎盘；遗传自母方的基因负责胚胎大部分的发育，特别是头部和大脑。为什么会是这样的？五年之后，当时在牛津的大卫·黑格认为他得到了答案。他开始重新诠释哺乳动物的胎盘，不把它当成是一个用来维持胎儿生命的母体器官，却更把它看做是胎儿的一个器官，目的是寄生于母体的血液循环，在这个过程中又不服从于任何阻挡。他注意到，胎盘实实在在地是钻进母体的血管里去，迫使血管扩张，进而又产生一些激素提高母体的血压和血糖浓度。母体的反应是通过提高胰岛素的浓度来抵御这种“入侵”。但是，如果因为什么原因，胎儿的激素没有分泌出来，母体就不需要提高胰岛素的浓度，仍然有一个正常的怀孕期。换句话说，尽管母体和胎儿有共同的目标，两者却在细节上激烈地争吵，关于胎儿可以使用母体资源的多大一部分——同以后在婴儿断奶时的冲突一模一样。
但是，胎儿的一部分是由来自母体的基因造成的，所以它们如果发现自己有些相互冲突的利益，也不足为奇。胎儿体内来自父体的基因就没有这样的问题。它们心里没有母亲的利益，她只是为它们提供了一个家。暂时用个拟人的说法，父亲的基因不太信任母亲的基因能够造就一个侵入性足够强的胎盘，所以它们要自己来完成这项工作。因此，我们才得以在有两个父亲的胚胎里发现胎盘基因上有父方的印记。
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第十五号染色体性别（2）
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黑格的理论做出了一些预测，很多在短时间内就被证实了。具体地说，它预测了给基因加印记这个过程在下蛋的动物里不存在，因为一个在蛋里的基因无法影响母亲在蛋白有多大这个问题上所做的投资：在它可以影响母亲之前，它就已经离开母体了。与此相似的是，袋鼠之类的有袋动物以口袋代替胎盘，从黑格的理论出发，也不会有带有印记的基因。到现在为止，看起来黑格是对的。基因标记是有胎盘的哺乳动物与种子依靠母体才能存活的植物所特有的。
还有，黑格很快就带着胜利感注意到，一对新近发现的带印记的老鼠基因与他预测的功能一致：控制胚胎的发育。IGF2是由一个基因造出的非常小的蛋白质，与胰岛素类似。它在发育中的胎儿体内很充足，在成人体内却不被表达。IGF2R是另外一个蛋白质，IGF2与之连接起来，但是目的是什么，还不清楚。IGF2R的存在可能只是为了除掉IGF2。现在听好，IGF2和IGF2R基因都带有标记：前者只从来自父方的染色体表达，而后者只从来自母方的染色体表达。它看起来非常像是一场小小的竞赛：来自父方的基因鼓励胚胎的发育，来自母方的基因使其发育不要过度。
黑格的理论预测，带有标记的基因通常会在这样相互作对的基因对里被发现。在有些情况下，甚至在人体内，他的预测是正确的。人体的IGF2基因位于第十一号染色体上，带有父方的印记。如果有人偶然遗传到了两个父方的版本，他就会受拜克维斯·魏德曼（BeckwithWiedermann）综合症的折磨，心脏和肝脏会发育得过大，肿瘤在胚胎组织里也会比较常见。尽管人体内的IGF2R基因没有印记，倒确有一个带有母方印记的基因，H19，是与IGF2作对的。
如果带有印记的基因之所以存在，只是为了跟对方作对，那么你就应该能够把两者的表达都停掉，对胚胎的发育应该没有任何影响。你能够这样做。把所有的印记都去掉，仍然能够得到正常的老鼠。我们又回到我们所熟悉的第八号染色体了，在那里基因是自私的，它们做对自己有利，而不是对整个身体有利的事情。基因标记几乎没有任何内在的目的性（尽管很多科学家曾做过相反的猜测）；它只是基因自私的理论和两性冲突的一个具体事例。
当你开始用基因都是自私的这个方式来思考的时候，一些真正奇怪的想法就进入了你的头脑。试一试这个吧。受父方基因影响的胚胎如果与其他拥有同一个父亲的胚胎一起分享子宫环境，它们的行为会和与其他拥有另一个父亲的胚胎一起分享子宫环境时不太一样。在后一种情况下它们或许有更多的自私的父方基因。这个想法一旦被想到，做一个自然的实验来验证这个预测就是相对容易的事了。不是所有的老鼠都是一样的。在一些种类的老鼠里面，例如Peromyscusmaniculatus，母鼠与多个公鼠交配，每一窝老鼠通常都有几个不同父亲的后代。在其他种类的老鼠里，例如Peromyscuspolionatus，母鼠只与一只公鼠交配，每一窝老鼠都有同一个父亲和同一个母亲。
那么，当你让P。maniculatus与P。polionatus交配时，会发生什么呢？这取决于哪一种是父亲哪一种是母亲。如果多配偶的P。maniculatus是父亲，幼鼠生下来的时候就有巨大的个头。如果单配偶的P。polionatus是父亲，幼鼠生下来时个头就会很小。你看出来是怎么回事了吗？maniculatus的父方基因，因为估计着自己会与跟自己不同父的其他胚胎合住在子宫里，已经被自然选择培养出了与其他胚胎争夺母体资源的能力。maniculatus的母方基因，估计着子宫里的胚胎们会为了她的资源争斗不停，被自然选择培养出了反击的能力。在事态比较温和的polionatus的子宫里，气势汹汹的maniculatus的父方基因只遇到了一点象征性的抵抗，所以，它们赢了这场竞争：如果幼鼠有多配偶的父亲，它的个头就大；如果有多配偶的母亲，个头就小。这是基因标记理论的一个很清楚的演示。
这个故事虽然很流畅，但并不是一丝漏洞都没有。就像很多吸引人的理论一样，它好得都不像真的。具体来说，它的一个预测没有实现：带有印记的基因应该是进化得比较快的。这是因为两性之间的冲突会成为分子之间“军备”竞赛的动力，每一种分子通过暂时获得先手而获益。通过一个物种一个物种地比较带有标记的基因，没发现有这种现象。相反地，带有标记的基因似乎进化得很慢。事情看上去越来越像是这样一种情况，即黑格的理论可以解释基因标记的一部分现象，却并非全部。
基因标记有一个很有意思的后果。在一个男人体内，来自母体的第十五号染色体带有一个记号，说明自己来自母方。但是，当他把这条染色体传给自己的儿子或女儿的时候，它必须用某种方法得到一个记号表明自己是从他体内来的，亦即父方。它必须从一个母方染色体变成父方染色体。在母亲体内有相反的工作需要进行。我们知道，这样的一个转换肯定是发生了的，因为在一小部分安吉尔曼综合症患者体内，两条染色体都没有什么不正常的地方，只除了两者的行为好像它们都来自父方似的。这些是转换没有成功的例子。它们的原因可以被追回到上一代体内的某些突变，这些突变影响一个名叫基因标记中心的东西，它是一小段离有关基因很近的DNA，通过某种方法把父方的标记放到基因上去。这个标记就是一个基因的甲基化，就是我们在第八章里谈过的那种。
你还记得吧？字母C的甲基化是使基因变得“沉默”的方法，它被用来把那些自私的基因“软禁”起来。但是，在胚胎发育的早期，所谓的胚囊形成的时候，甲基化被去掉了，然后在发育的下一个阶段，原肠胚形成的时候，又被重新加回来。不知为什么，带有标记的基因逃过了这一过程。它们顶住了去甲基的过程。关于它们是怎样做到这一点的，有一些很有意思的线索，但是还没有任何确定的答案。
我们现在知道，带有标记的基因躲得过去甲基这个过程，是多年以来科学家试图克隆哺乳动物时的惟一障碍。蟾蜍可以很容易地被克隆，只需要把体细胞里的基因放进一个受精卵里即可。但是在哺乳动物那里这一招就是行不通，因为一个女性体细胞内的基因组带有一些被甲基化因而不再活跃的重要基因，男性体细胞里又有另外一些不活跃的基因，这些就是带有标记的基因。所以，在基因标记被发现之后，科学家们曾很自信地宣布，克隆哺乳动物是不可能的。一只克隆出来的哺乳动物，它的有标记的基因在它出生时要么在两条染色体上都表达，要么都不表达，如此就破坏了动物细胞所需要的合适的量，也就导致了发育的失败。发现了基因标记的科学家写到：“用体细胞的核来成功克隆哺乳动物之不可能性，是顺理成章的。”
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第十五号染色体性别（3）
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之后，突然之间，在1997年上半年，出现了多莉，克隆的苏格兰母羊。她与后来的那些克隆是怎样避开了基因标记这个问题，还是个谜，甚至对她的创造者来说也是如此。但是看上去，在克隆过程中给她的细胞施加的处理方法中，肯定有某一部分把基因的所有标记都抹掉了。
第十五号染色体带有标记的那一段区域带有大概八个基�