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三位法官随后退到他们的会议室去商议。而《华盛顿邮报》当天的出报稍微耽搁了一下，在10点43分第一份报纸送到了街头。在这期报纸上，报道了根据五角大楼文件而披露的约翰逊总统关于暂停轰炸的决策是怎样出来的。美联社电讯稿也有了《华盛顿邮报》的这一报道，也就是说，几分钟之内，全国几百种报纸都可以得到这一报道了。
而在关起门来的法官室里，三个法官正争论得不亦乐乎。关键是第三个法官罗宾逊的态度。
上诉法院的三个法官里，赖特是一个久负盛名的支持民权的法官，常常被外界评论为“激进法官”，罗博则是一个保守派法官，而第三个法官罗宾逊则是一个温和中立、深思熟虑、小心翼翼的法官。他在上诉庭通常投票支持自由派，和赖特比较一致，但是这一次，他却多了一种顾虑，这种顾虑是程序性的。他觉得，如果司法部没有得到和《纽约时报》案中一样的听证机会，这在程序上就有了疑问。他的犹豫就使得投票无法立即进行，就在这时候，《华盛顿邮报》的星期六版正在印刷机上一份一份地下来。不过他们保持着和法庭记者的电话联络，看上诉法庭会做出什么样的裁定。
最后，夜间1点20分，法官罗宾逊决定投罗博的票，2∶1推翻法官格赛尔的决定，立即命令《华盛顿邮报》暂时停止。
消息立即通过电话通知《华盛顿邮报》。《华盛顿邮报》新闻室里顿时一片寂静。印刷机开始改版，把五角大楼文件的系列报道的版页换掉，并且重做第一版。
《华盛顿邮报》的律师，这段时间一直在法庭上，也时刻保持和《华盛顿邮报》的联系，现在他们立即意识到，上诉庭的裁决有一个纰漏。因为在上诉庭耽搁的这一段时间里，已经有几千份《邮报》印好并随即送上了街头，这些送出去的报纸是收不回来的。你不可能向读者说，对不起，刚才你买的报纸不算，请退回来。这时候，律师的水平和作用就表现出来了。他们立即向上诉庭发出一个紧急请求，要求对裁决做出澄清：你们说的“立即停止发表”到底是什么意思。
法官们只好马上做出澄清：既然第二期已经上街，这个命令适用于《华盛顿邮报》第二期以后要发表的报道。《华盛顿邮报》的印刷机重新开动，同时把上诉法庭的裁决作为紧急新闻刊登在了头版上。结果是，6月9日星期六的《华盛顿邮报》头版是一种自相矛盾的消息：右边是一条消息说联邦上诉法庭命令停止发表有关五角大楼秘密文件的报道，左边就是一篇这样的报道。
第二天，星期六，三位上诉庭法官略为休息一下以后，要起草正式的法庭意见，为昨晚的裁决做出说明。罗博和罗宾逊的法庭意见中说，“新闻自由确实重要，但并不是无限制的”，既然法庭没有对五角大楼文件做过最起码的检查，怎么可以断定发表这些文件不会危及国家安全？所以，裁决书要求法官格赛尔在下星期一主持一次听证，检查政府一方提出的证据。
法官赖特在反对意见中指责他的同事使这一天成为“美国悲伤的一天”。他尖锐地批评说，美国政府行政分支利用司法程序来压制我们最宝贵的自由。他指责司法部对所谓危及国家安全的说法过于模糊：“仅仅因为有些政府官员把一些资料定为不适合美国人民知情，他们就要求我们向宪法第一修正案背转身去……通过一套官僚分类制度就允许政府压制言论自由，这种做法把我们的传统出卖得实在太贱了。”
就在星期五这紧张的一天，纽约的联邦法庭里，法官古尔芬的法庭从早到晚在为《纽约时报》案听证。这星期，这个法庭已经开了几天，包括关门的秘密听证。法官古尔芬先是要求《纽约时报》把手上的五角大楼文件交给法庭，《纽约时报》的律师坚决反对。法官转而要《纽约时报》提供一份清单，说明手上有哪些五角大楼文件。星期五一开庭，《纽约时报》的律师比盖尔就指出，现在《华盛顿邮报》也开始刊登五角大楼文件的报道，局面已经有了重要的变化，继续禁止《纽约时报》发表报道已经没有意义了。
此话一出，司法部的律师显然一惊，他们不知道《华盛顿邮报》在这一天开始报道五角大楼文件。司法部在华盛顿的人居然就没有通知他们。而《纽约时报》是分分秒秒注视自己的竞争对手的动态的，消息分秒不误。
《纽约时报》律师和司法部代表的诘辩从晚上9点50分开始。双方到这个时候同意，在某些情况下，如果事实证明必须的话，对出版物实施某些约束是可以允许的。但是，《纽约时报》的比盖尔强调，“证明的负担在政府一边”，政府必须证明这种危机、这种紧急性，而至今为止政府没有做到这一点。他指出，《纽约时报》决定发表五角大楼文件，这是它的日常操作。
《纽约时报》的华盛顿分部主任福兰克尔用自己几十年的新闻生涯指出，如果绝对不能使用政府规定的“秘密”，那么民众就得不到他们想知情的外交、军事和政治报道，“我们的政府和人民之间就不会有一个成熟的交流系统”。他举了大量例子来证明，在美国的新闻报道中，记者极力地搜罗和报道所谓“秘密”，政府各部门，军队各军种，甚至总统和国会，都曾经有目的地透露“秘密”给新闻界。这是美国新闻业的正常作业环境。如果政府一标上“秘密”，新闻界就不能碰，一碰就要受法律制裁的话，美国的新闻业就不存在了，民众的知情权就名存实亡。
法官古尔芬和他的助手在辩论后连夜起草法庭意见。星期六凌晨2点45分，长达17页的联邦法庭意见公布，完全支持《纽约时报》的行动。在裁决书中，法官古尔芬就像是在给政府上课：
国家安全并不是关在堡垒里能得到的。国家安全还依赖于我们这个自由制度的价值。为了保障表达的自由和民众知情的权利，一个不受压制的顽强的无所不在的新闻界，必然会遇到权势方的刁难……宪法第一修正案不仅仅保护社论作者或者专栏作家的意见。宪法第一修正案保护的是信息的自由流动，从而公众可以了解政府及其作为。当今正是困难时期。没有什么是比表达自由更好的安全阀了。在我们的历史上，这是我们制度的守护神。这是我们国家区别于其他形式的政府和国家的主要特点。
法官古尔芬指出，在秘密听证阶段，政府没有提供令人信服的证据来证明这些文件会危及国家安全。针对反间谍法，法官指出，反间谍法禁止传播国防情报，但是并没有把新闻报道包括在内，反间谍法根本就没有提到新闻报道。
和华盛顿的法官格赛尔不同，法官古尔芬仍然延长他的禁制令，给司法部一方有时间去上诉法院上诉。
星期六，上诉法庭只能找到法官考夫曼。法官考夫曼以往是宪法第一修正案的坚定捍卫者，但是他在简短的听证以后说，鉴于“制度性的考虑”，上诉庭一般得由三个法官组成，所以他把禁制令延长到6月21日星期一。
这样一延，《纽约时报》和《华盛顿邮报》就在同时处于几乎相同的位置了。
在华盛顿，法官格赛尔对于上诉法庭把案子又踢回给他、叫他重审很不痛快。本来他想干脆周末就连轴转开庭，却由于周末法院大楼的空调维修，没法用。他和两造律师联系，星期一早早开庭，他本人5点45分就到了法院。正式辩论8点开始。
这一次，司法部把一整套五角大楼秘密文件用小车推进了法庭，不过在整个过程中并没有机会去引用其中任何部分。法官格赛尔要司法部把当初将五角大楼文件列为最高机密的人带来，让他来说明为什么这么定。可是司法部代表不得不承认，现在他们找不出当初是谁定的了。不过这一次他们请来了政府和军队部门的证人，来证明五角大楼文件不应公开发表。他们要求这个听证关门秘密进行。法官勉强同意了，但是法官也决定，在随后的秘密听证会上，《华盛顿邮报》的所有被告和几位专门记者可以出席。凯瑟琳·格雷厄姆也出席了听证会。
秘密听证会上，司法部的证人有军队的军官、情报专家等。不过，司法部的官员还是小看了新闻界的记者。每次这些证人举例说明五角大楼文件的哪部分可能涉及国家安全，在场的《华盛顿邮报》的人就飞快地递给他们的律师一张纸条，上面写着哪本书哪一页，或哪本杂志哪一期，这一情报早就为公众了解了。《华盛顿邮报》的律师后来说，他们那天深受教育。
在一名前中央情报局人员作证，证明发表这套文件情况将多么严重之后，法官格赛尔表示他不相信，他要求负责美国作战计划的将军前来法庭作证。他说：“假如有人以为这是我们的作战计划，我真心希望人家这么认为，因为这些东西早就过时了。”
《华盛顿邮报》的记者在听证会上作证，用亲身经历告诉法庭，他们的职业生涯里，所谓“秘密”是怎么来的，他们是怎样来处理这些“秘密”的。他们告诉法庭，记者和编辑对“秘密”的性质做出的判断，比之政府官员对文件的分类更符合实际。真正危及国家安全的“机密”，其危险状态通常只有几个小时或者几天，过后虽然还被看做“秘密”，但是实际已不会危及国家安全了。著名记者罗伯茨说：“在新闻界和政府之间，有一种，从来就有一种，而且始终必须有一种内在的冲突机制。这是我们制度中的一种制约和平衡机制。”
到傍晚5点以前，法官格赛尔稍事思考以后，带着一个讲话提要，发表了12分钟口头裁决。他指出，没有证据证明，发表五角大楼文件会破坏外交关系，会引起武装攻击美国，会引起武装攻击美国的盟国，会引发一场战争，会毁坏军事或防卫计划，会破坏情报作业，会破坏科研或技术资料。他说，司法部可能忘记了，“公众的利益和政府的利益紧密不可分割。公众的利益是要求发表这些文件的”。
法官还指出，和政府活动相比，“宪法第一修正案高于一切”。
到下午4点40分，法官格赛尔告诉司法部的代表，你们还有20分钟提出上诉。上诉庭的法官还在楼上。
这名格赛尔法官曾经是《华盛顿邮报》老板夫妇的朋友，当时的老板还是凯瑟琳·格雷厄姆的丈夫菲尔·格雷厄姆。格赛尔在困难的时候，菲尔·格雷厄姆解雇过他。他们后来一直没有来往。多年以后，在格赛尔法官退休之后，他对凯瑟琳说，假如我要在自己的墓碑上刻点什么的话，我可以说，在听证过“五角大楼秘密文件案”的29名法官中，我是惟一的一个，一分钟也没有禁止报纸出版。“作为惟一的一个，我有点自豪。”
司法部的代表立即冲到楼上上诉法庭。两个小时以后，上诉法庭发布一条决定，定于明日下午2点，上诉法院的全体九个法官将听取两造辩论。在此以前，《华盛顿邮报》禁止发表五角大楼文件。
与此同时，纽约的联邦第二巡回法区上诉庭三位法官决定，《纽约时报》案将于星期二下午2点由上诉法院的全体八名法官听证。在此以前，临时禁制令仍然有效。
就这样，美国新闻界的两大报纸，�