辑自洽的故事线，哪怕将设定构思给他们推演了一遍，少恭也要力图一次性解决导演迷糊的问题。
因为导演对剧本犯迷糊，这样的电影是绝不能开拍的。毕竟连导演都没弄明白剧本，这样的电影拍出来也是扑街货。
按理说这个故事讲开了也很简单，如果将它当成一部纯科幻来讲，确实有些匪夷所思，但按照少恭的设定故事的开头，人类和机器/人工智能展开一场末日对决。人类很快溃败。那时候的机器是依赖于太阳能的，于是人类设法用覆盖整个地球的黑云屏蔽了阳光，试图以此阻止机器。结果却丝毫也没有起到作用，人类完败。照理说，这时候机器完全有能力彻底灭绝人类，但奇怪的是它们没有这么做。人类没有灭亡，而是被做成生物能电池，成了机器的能量来源。
如果从硬科幻的角度去较真的话，机器从人类身上获取能源显然不太合理。先把包含热量（能量）的营养物质让人类吃下去，人类依靠这些能量维生，然后其中显然只有极小的一部分转化为生物电能。兜了这么一大圈，机器就靠着最后转化出来的一丁点儿生物电存活。这在能源转化率上，实在是太低效了。即便是依靠现实世界中当前的人类科技，也有太多高效无数倍的方法将食物中的能量更直接地转化为电能。更别说在影片里那种程度的高科技设定下，机器有太多更有效的方法来获取能量。所以说，机器从人类身上获取能源只是个幌子。或者说，人类的确在做机器的电池，但这显然不是机器真正的目的。圈养人类的目的可能是出于别的理由。
，这点才是导演理解不了的地方，因为一部好的科幻影片绝不能再逻辑上出现悖论，这是商业模式下大制作最不能出现的问题。
让少恭对剧本的设定是一开始机器就不是完全冷血，它们本来就不希望人类灭绝，但同时也不想再想受人类威胁。这样一来，要与人类共处，最好的解决方案就是囚禁人类的身体，然后用一个虚拟世界来控制他们的精神，这个虚拟世界，就是后来的那个“母体”、“矩阵”ri。而把人类作为生物电池，就只是副产品。甚至很有可能“人类是电池”这个说法只是后来那些觉醒的人类的猜测而已，囚禁人类身体的那个容器根本就不是电池，而只是一个纯粹的维生＋虚拟世界接入设备。
而另一个原因，可能是机器一直以来都希望研究人类以改善它们自己，这一点，从“先知”这个程序存在的目的上看出来。同样，出于消除人类威胁的考虑，将人类的意识接入虚拟世界供机器观察研究的同时，必须把人类以某种方式囚禁起来。于是，不论是出自哪个原因，总之不是“当电池”那么简单，“维生设备＋ri”这个软硬合一“人类圈养系统”就这样诞生了。从此，所有人类的身体都放置于维生设备里，而他们的精神都活在ri中。而大部分人都没有意识到自己感受到的一切，只是ri朝大脑发出的一系列神经刺激信号而已。
ri的设计者，是那个第二集重装上阵结尾处登场的“建筑师”。
建筑师只是机器世界里的一个i（人工智能）程序在ri世界里人型化的投影而已。实际上，，建筑师与第三集矩阵革命里现实世界中那个婴儿脸的“机器大帝”其实就是一体两面。它的背后，就是机器世界里拥有最高权限的管理程序。机器大帝是它在现实中控制实体机器的形象，而建筑师是它在ri里人型化投影的形象。
根据第一集里i探员和第二集里建筑师的描述，ri有过很多个历史版本。
一开始，建筑师对人类心理的了解非常有限，那时的它更像是纯粹的“计算机”。它设计的第一代ri里的一切都是可计算的。那一代ri在数学上完备，人类的大脑也必须在这个完美的数学模型中运行。但显然人类并不是这样的，人脑里不可以用简单的数学公式预测的怪点子太多了。这些东西，其实就是我们人类自己再熟悉不过的“自由意志”，人得有一些自由选择的空间才活得下去。因此一切都由数学公式定好的ri，显然不适应于人类大脑的这一特性，于是它崩溃了。
于是建筑师不死心，还以为这是因为人类不适应新环境，所以又以人类历史为背景重写了ri，让人类生活在某个他们的祖先曾经生活过的历史年代里。可这一代ri还是失败了。之后机器世界的最高管理程序建筑师这才意识到，它们对人类心理的了解实在太少了。于是它们编写了一个专门用于研究人类心理的高级程序——它就是“先知”。
而在这个新的机器程序先知的帮助下，建筑师的脑筋开始变得有点会转弯了。它为ri加入了一些数学上的随机性，里的人类开始有了一些让自由意志运转的余地，人的命运在这一版的ri里有了一些随机性。这样的ri就更接近现实世界了。
但是这一版ri还是有问题，问题主要来自两种bg。
第一类bg：人类中的叛逆之徒，因为即便是人类社会，人类中也总有1％的人“天生反骨”，这一小撮刺头总是天天怀疑ri是不是真实的。于是他们就成了系统的bg。如果放着他们不管，ri还是会崩溃。
为了对付这种bg，建筑师的方法是：允许那1％不太老实的人类觉醒，从ri中脱离。既然他们留在ri中会危害系统，那么索性就让他们离开。于是，机器世界放任这些觉醒叛逆分子在现实世界的地底造了一座叫锡安的城市，同时也默许他们时而接入ri，成为ri中的黑客，进行抵抗运动。这也是二、三两部续集中对第一部最大的颠覆：第一集中象征着人类自由的黑客，其实根本就身处建筑师的局中而不自知。
第二个bg源自程序自己，由于ri系统的不断改进，一些旧的程序会不时被删除。但是由于i的高级先进，ri中的这些程序除了本来被设计出来的属性外，也越来越多地沾染上了人类的思维方式与情绪。比如说，它甚至变得跟人类一样有了“怕死”的本能。这是ri里最有趣的设定之一。
这样一些不想死、不想被删除的程序，就在ri里躲了起来。第二集里的法国人就是这类程序中的佼佼者，他不但自己成了ri世界里最大的法外之徒，同时也为其他非法程序提供庇护，俨然是ri里最大的地下国王。
于是这些多起来的非法程序，就成了bg。bg太多的话，ri也有崩溃的危险。对于这一类bg，建筑师的对策是：集合他能找到的与非法程序有关的代码，编写了一个叫做“救世主”的程序，也就是主角。而第二部法国人的言论以及i探员与主角的命运纠葛就很容易看出来，主角程序与这些非法程序无疑是同类型的存在。而且，是他们的集大成者。
然后建筑师把这样一个程序植入某个人类的精神中，于是主角就诞生了。在ri的世界里，程序产生的意识和人的灵魂的差别其实已经很小了。这点第三部里的印度人一家其实就是程序，而它们显然就有了人类的感情。人与程序的不同仅仅是载体不同而已，程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。所以程序和灵魂完全是可以结合的。他们的结合产生了新的物种，不属于机器，也不属于纯粹的人类，他们的精神，其实是跟主角一样的人脑产生的神经信号与程序代码的结合体，这也是建筑师与先知的最终目的，让机器与人类相融合，建立一个不分彼此的世界。
不过在这种世界建立之前，ri和现实还需按照设定好的演变。所以每一次当机器威胁到锡安中觉醒的人类时，抵抗军的黑客们就会遇到先知，而先知会让黑客们去寻找救世主，也就是主角，因为救世主能帮助他们打败机器。而这，显然是建筑师和先知的安排。
当主角被找到后不久，它的超能力就会觉醒——这也是他身上那些代码被激活，开始自己使命的一刻。而其他非法程序如法国人、白化兄弟、i探员的互动中，他自己身上的非法程序代码也会演进，最终演进成非法程序的集大成者。也就是说，通过与bg们的互动，救世主自己最后会成为bg之王。
随后，主角会在先知的指引下，率领着黑客们来到ri的代码之源，而主角会在这里见到建筑师。在被告知上述真相后，救世主不得不带着身上的非法程序代码、遵从建筑师的安排返回代码之源，将自己身上集大成的非法程序融入ri的代码库。
这个代码库就相当于是一个收集病毒代码，专门负责把代码写入防火墙的病毒库。一旦完成后，ri就在此基础上升级重载，而重载后的ri代码源由于已经内置上一个版本的病毒库，因此原先那些非法程序就可以被新一代的ri制约了。所以，救世主，也就是主角的真正使命并不是引领人类对抗机器，而是为ri升级病毒库，或者说是帮ri这个系统dbg。
听到这里，导演沃卓斯基兄弟中的安迪沃卓斯基疑惑道：“主角应该可以选择吧，选择帮助建筑师或者人类。”闻言，拉里沃卓斯基点点头：“主角的身份被安排成人类的救世主，从情感上来讲，他应该会帮助人类，这点与设定就又有冲突了？”
“不行。”
少恭摇了摇头：“这正是建筑师将主角身份设计成抵抗军的救世主的阴险之处，因为救世主虽然是人类与程序的合体，但他的立场毕竟是维护人类对抗机器。因此建筑师就可以用“毁灭全人类”来要挟救世主。而第三部矩阵革命建筑师就会这么干，在第二部主角会见建筑师时时，在现实世界里，机器军队也会按照建筑师的计划有条不紊地毁灭锡安。只要主角不从建筑师，他就会随手灭锡安中觉醒的黑客们，这就是救世主，也就是主角的悲剧宿命。在完成“升级病毒库”的任务后，救世主就领到了他的第二项任务：那就是从ri中选23个男男女女重建已毁灭的锡安。
完成这个任务后，主角便功成身退。曾经有个救世主的这个传说，就在新的锡安中流传下来。这样一来，新的这一代ri里那些天生叛逆的1觉醒后，就还是有一个锡安可去。然后，也许在经历了若干代人的传承之后，这23个人的后代们又会在先知的指引下去寻找新一代的救世主。这是一个无限循环的悲剧过程
，直到人与机器完全相容，再不分彼此的那一刻，这种循环才会结束。
所以说我创作的黑客帝国三部曲只是人与机器革命的开始，至于之后的故事继续创作会是个非常疲乏的过程，我想表达的故事理念就是黑客帝国三部曲，至于人类和机器能否相融便在影片中留个悬念好了。我相信这样才是最经典的，强行创作拍摄黑客帝国四、五或者六，强行给这个故事画上一个圆满的句号，在创作上就落了下成，这样与一般的科幻电影就没有区别了，这样为了填坑、为了画上句号而拍的电影续作，会扑街的。”
听到这里，安迪点点头：“k，我理解了，由此也可以看到，“救世主”其实是一个一石二鸟的总体解决方案。通过救世主，ri系统的两**g——叛逆的人类反抗者与不想死的非法程序，都得到了控制和清理，从而为完美世界的诞生提供了时间。”
“正因为为了完美世界，前几代救世主的命运才是妥协建筑师，这才延续到了我们故事