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所谓“上面”，就是王洪文。他对关于彭加木的审查报告，作了如下“指示”：
“解除隔离，送干校劳动，继续审查，内部控制使用。”
在全院大会上，宣读了王洪文的“指示”。不过，只是最后“内部控制使用”六个字没有宣读。
1970年3月，彭加木终于获释，回到家里。那时，夏叔芳已经解除了隔离审查。多时不见，当彭加木出现在夏叔芳面前，使她深为震惊：他因为好久不见阳光，脸色苍白，双眼呆滞无光，胡子很长（在隔离室里，刮胡刀片被拿走了，怕他自杀），人消瘦无力。
当天，彭加木就被送往设在上海郊区奉贤县的上海科技“五七干校”。
◆又遭“猛轰”
一般的科技人员在“五七干校”经过为期半年的轮训，便回上海了。彭加木在那里却度过了三年岁月。
这所“五七干校”面临杭州湾，建在一片盐碱荒滩上。这里离上海100多公里，每月集中休假四天，让学员们回上海。
彭加木离开了隔离室，像鸟儿飞出了樊笼。然而，15个月的隔离生活，使他的身体变得非常虚弱。那时，他连晒太阳的权利都被剥夺了，只好在监视人员不注意的时候，做做体操，或者练练下蹲。初到干校，他手无缚鸡之力，干起活来比普通的女同志还不如！
彭加木开始每天跑步，加强锻炼，拼命干活，以恢复体力。渐渐地，他的体力增强了，以致能够一手夹起一袋100公斤的水泥，疾步如飞。
好景不长。不久，开始清查“5。16分子”，一查，又查到彭加木头上。大字报又开始围攻彭加木。这时，他们用一个崭新的名词称呼彭加木——“双料反革命”。
何谓“双料反革命”呢？
因为彭加木本是“老反革命”、“老特务”，如今旧账未清，又欠新账，成为“5。16分子”、“现行反革命”，于是，新账、老账一起算，成为“历史加现行”的“双料反革命”。
唉，那时候人们的创造力，不是用在科学研究工作中，却花费在大字报上，花费在数不清、没个完的政治运动中。彭加木的命运，真是多劫多难。
其实，彭加木被指责为“5。16分子”的依据，只不过是因为他当分院革筹会头头的时候，在社会上参加过几次会议，据说与会者中有“5。16分子”。尽管会议的内容与“5。16分子”活动无关，但是，“专案”人员便按照如此逻辑加以推理了：
彭加木与“5。16分子”有联系→“5。16分子”与会的会议当然是“黑会”→彭加木参加了“5。16分子”的“黑会”→彭加木是“5。16分子”
经过大字报的一阵“猛轰”，并没有在彭加木身上打开缺口。
随着时间的推移，清查“5。16分子”的高潮过去了。对彭加木的审查，又是不了了之。所谓“历史加现行”，都查无实据。
彭加木埋头在劳动之中。对他的审查稍一放松，他又去长跑、游泳。一个月难得回家四天，他却没有待在家中，而是骑着他那辆破自行车去旅行了。他骑车到苏州，到杭州。尽管自行车已经“老掉牙”了，由于彭加木总是随车带着修理工具，所以即使作长途旅行，也未在半途之中抛锚——哪儿坏了，自己动手修一下，几分钟之后，又骑着车前进了。
有人以为，大约彭加木长期住在干校，心境不好，想乘休假之际，外出旅游一番，散散心。
万万没想到，从彭加木嘴里，蹦出了这么一句话：“我在锻炼身体，我要为重上边疆做准备！”
“啊，你还想去边疆？”人们都以为他为被打成“老特务”、去边疆被说成“搜集情报”而寒心，谁知他的心里还在念叨着边疆。
彭加木点点头：“我还想去边疆！”
就这样，彭加木差不多每次休假，都骑车旅行。
如果刮风，他逆风而骑，笑着说：“阻力越大，我越要前进。这叫‘风游’。
“如果下雨，他更高兴，称之为‘雨游’。
“如果下雪，他最高兴，称之为难得的‘雪游’。”
◆吡啶中毒
直到1972年，彭加木离开了干校，回到了上海生物化学研究所。
不过，彭加木并没有回到实验室，却被分配去做煤渣砖。那时候，上海流行把煤渣与泥拌在一起，做成煤渣砖。这种煤渣砖作为燃料烧过之后，泥变成了砖，可供砌墙之用。
彭加木做了一阵子煤渣砖，又被分配去蒸馏吡啶。吡啶是一种常用的有机化学试剂，有毒。彭加木在一间小小的不通风的房间里，整天蒸馏吡啶。本来，这项工作是由好多人轮流做的，此时硬要他独力承担。他的脸浮肿了，开始剧烈地咳嗽。
后来，让他和另一个“牛”轮流，一星期做煤渣砖，一星期蒸馏吡啶。
浓烈的吡啶蒸气，使彭加木咳嗽得越来越厉害，牙龈出血，四肢无力，食欲不振。他发烧了，依旧去上班。他没有去医院看病，除了他本来不大愿意上医院之外，还由于他的病历卡上盖着一个“黑章”。这“黑章”，表示患者是“牛”，提醒医生“千万不要忘记阶级斗争”。
夏叔芳着急了，去请一个熟悉的医生帮忙想想办法。这个医生深知彭加木的倔脾气，便附在夏叔芳耳边，吩咐如此如此……
晚上，彭加木正在家看书，响起了敲门声。夏叔芳装着没听见，彭加木放下书本，便去开门。
门开了，来访者就是那位医生。她多日不见彭加木，刚坐下来，便细细打量起他来，惊讶地说道：“老彭，你脸色不对呀，是不是生病啦？”
彭加木强忍着咳嗽，头说：“没病，好好的。”
那医生便用手摸他的前额，连连说：“没病？你好像在发烧！”
医生转身问夏叔芳：“家里有体温表吗？”
夏叔芳说时迟，那时快，一拉开抽屉，就拿出了体温表。
彭加木没办法，只好坐在那里，量了体温。
医生一看体温表，又吃了一惊：“唷，都快40℃了，怎么还不去看病？”
这时，夏叔芳在一旁，也连连催促彭加木去看病。
谁知彭加木来了个“缓兵之计”，说道：“现在医生们都下班了，明天去吧。”
医生早料到这一手，说道：“医院规定，体温39℃以上，就可以挂急诊。我陪你去，现在就挂急诊。”
这下子，彭加木无可奈何，只好在医生和夏叔芳的陪同之下，到中山医院去了。
夏叔芳一边走，一边暗暗佩服医生的妙计。倘若不用如此妙计，即使用拖拉机拖，恐怕也难把彭加木拖到医院里来。
后来，夏叔芳背着彭加木，把他的病情反映到中国科学院上海生物化学研究所，请求不要再让他蒸吡啶。但是，上海生物化学研究所根本不理，仍然叫彭加木蒸吡啶，致使他早已得的吡啶慢性中毒越来越严重，大大地损害了他的健康。
◆“只有一个人也干！”
直到1973年，彭加木才结束了蒸吡啶的生活，回到科研岗位上来。
领导找彭加木谈话，问他愿意干什么工作。
出人意料，彭加木提出了正式申请：“我愿到西藏工作！”
领导一听，怔住了。因为他牢牢记住，王洪文的“指示”中有“内部控制使用”这么六个大字，这样的人怎能到西藏去呢？可是，又不好把话讲明，便故意制造障碍，说道：“到西藏去，户口也得迁去！”
谁知彭加木一听，很痛快地答道：“行，把我的户口也迁去，我愿意在那里干
一辈子！”
领导无话可答，只好在屋里来回踱着方步。半晌，才说道：“这件事，我们再研究研究。你再考虑一下，如果把你留在所里，你想干什么？”
“继续过去的工作，研究植物病毒。”彭加木答道。
“研究植物病毒？在运动中，植物病毒组不是散伙了吗？现在，这个组连一个人也没有。”领导以为，彭加木在“牛棚”中关了多年，消息一点也不灵通。
“只有我一个人，我也干。”彭加木深知研究植物病毒，在农业上有着重要意义，所以无论如何要坚持这项研究工作。
就这样，彭加木又回到了电子显微镜实验室，用这“科学之眼”继续探索植物病毒的奥秘。不过，植物病毒是庄稼的大敌。要研究它，第一步就是到田间去观察庄稼病状，采集样品。不下乡，不到农业第一线去，研究植物病毒成了无米之炊。这时“内部控制使用”这六个字，像紧箍咒似的，束缚着彭加木。
彭加木来了个“以子之矛，攻子之盾”，当时，正刮起“开门办科研”之风，彭加木要求下乡，他们没有理由可以阻拦。
于是，植物病毒组又恢复了，被锁困多年的彭加木，终于又在祖国各地奔忙了：
他来到江苏、浙江，考察桑树萎缩病；
他来到广东、福建，调查柑橘黄龙病；
他来到山东泰安，了解枣疯病；
他来到河南新乡，探索小麦黄矫病；
他来到北京、河北，研究小麦丛矮病；
他来到上海郊区，探讨蔬菜病毒……
彭加木以“植物病毒组”的名义，在短短的几年之中，连续发表了多篇科学论文，请注意，彭加木的这一系列论文，绝大部分是在《中国科学》杂志上发表的。这一点便说明了这些论文是具有较高的学术水平。
其中，特别是详细研究了柑橘黄龙病。为了调查这种植物病害的病因，仅福建一地，彭加木便去过多次：
1964年，到了福州、龙溪；
1965年初夏，到龙溪工作了一个月；
1965年下半年，到龙溪采集柑橘黄龙病样品；
1966年，到龙溪；
1967年，到福州、龙溪；
1973年，又来龙溪。
1974年、1977年、1978年、1979年，又多次到福州、龙溪……
彭加木的论文，正是在这样反复考察、深入研究的基础上写出来的。他的关于柑橘黄龙病的论文，引起了学术界的注意。
所谓柑橘黄龙病，是指柑、橘得病之后，树梢的叶子全部发黄，看上去像条黄龙。得病之后，根系腐烂，全树衰竭，产量大减，是柑、橘生产中的大患。
早在1943年，我国科学工作者陈其，首次对华南柑橘黄龙病作了研究，发表了论文。但是，柑橘黄龙病是由什么原因引起的，不清楚。从此，人们开始探讨这种病害的病因，多年悬而不解。
1965年初，陶铸邀请彭加木到广东考察柑橘黄龙病，他便开始着手深入研究这个问题。当彭加木用电子显微镜观察样品时，初步看出可能是由病毒感染引起的，可是，当时大部分人认为，这是由一种“类菌原体”引起的。
彭加木在政治上、生活上是倔强的，在科学上也是那股倔脾气。他不随波逐流。他到各地采集柑橘黄龙病的病叶，终于初步分离出病毒。就在这时，那场政治风暴打断了他的研究工作。
当他重操旧业，首先便着手继续研究柑橘黄龙病。他与持“类菌原体”感染的科学工作者展开了激烈的争论。
在科学上，彭加木有一股子“牛劲”，但也有一股子“牛脾气”。他轻易不服输。他鲜明地坚持自己的观点。经过多个日日夜夜，他用电子显微镜拍出了清晰的柑橘黄龙病线状病毒的照片！这是在国内首次用事实证明，柑橘黄龙病的病因是由线状病毒引起的。
这么一来，连那些支持“类菌原体”论的科学工作者，也不能不在事实面前承认，的确存在着柑橘黄龙病的病毒。不过，他们也并不轻易放弃自己的论点，因为他们也有许多事实证明“类菌原体”引