这似乎很奇怪，俄罗斯和西方一些严肃的记者将叶利钦为自己寻找合适的接班人这一真实、自然、完全可以理解的做法，看作是应当受到指责的不光彩的事情。一些政治学家在谈到叶利钦的接班人时认为，这是总统周围或远或近的人——也就是赫赫有名的家族成员的一个阴谋，或者说这是一场秘密“阻截”行动，其中发挥最大作用的甚至不是叶利钦本人，而是鲍里斯·别列佐夫斯基以及他与弗拉基米尔·古辛斯基的秘密串通。
根据政治家兼企业家康斯坦丁·扎杜林的说法，恰恰是别列佐夫斯基和古辛斯基选中了普京，把他强加给叶利钦和整个俄罗斯。在扎杜林的“示意图”中，无论普京还是叶利钦都扮演着傀儡的角色，而社会意识以及俄罗斯的政治经济进程则完全不算作考虑因素。著名的意大利记者和政治观察家朱利叶拓·科耶扎在自己的著作《俄罗斯轮盘》中，发展了这种观点。 他认为，就连车臣战争，还有巴萨耶夫、哈塔卜武装分子对达吉斯坦的进攻都是由克里姆林宫自己一手挑起的，其目的是在俄罗斯形成战争的狂热状态，保证由另外一个更年轻的、对克里姆林宫来说更可靠的人来取代叶利钦。
甚至到了2001年夏天和秋天时，一些西方和俄罗斯的报纸、杂志还继续坚持这种观点，他们认定普京的候选人身份是别人强加给叶利钦的，并非叶利钦的意愿；这完全是一个非常复杂的、多步骤地将俄罗斯政权从一号总统转给普京，然后再交给我们所不知道的三号总统计划的一部分；所有表面所发生的一切都是不真实的，或者说是一个个被简化了的图形；它们都是更大的、更复杂的整幅构图中一个小的局部图。是的，围绕任何一个政权都有阴谋，在这方面克里姆林宫也从来不缺少——无论列宁或斯大林时代，还是伊凡雷帝时期。但是，绝不能将阴谋与事件本身的发展逻辑、国家和社会发展的主要推动力的作用以及带有个人目的而投身政治舞台的主要参与者的作用相混淆。很多证据可以表明，选择普京作为接班人的决定恰恰是叶利钦本人做出的，而在这个问题上叶利钦并没有得到家族的赞同。
两位总统（6）
众所周知，任何一位作为改革者和革命派的政治家都关心着继承人问题。他们总是在自己总统任期或是生命即将结束之时认真思考，可以将总统权柄交给哪一个人。叶利钦在此也不例外，无论是他本人，还是他身边的人，对寻找接班人的事情都从不讳言。在1996年到1999年间，许多文章和评论都谈到了总统权力继承和克里姆林宫领导人的更迭问题，一时众说纷纭。这一议题几乎是俄罗斯国内媒体，还有美国驻莫斯科使馆进行每月社会舆论调查的主要内容。调查形式五花八门，内容则包括从叶利钦能否开始第三任期到他自愿提前辞职的可能性。
普京也参与了克里姆林宫范围内的这些讨论，开始时作为克里姆林宫办公厅的高级官员，后来作为联邦安全局局长参加。亚历山大·沃洛申的顾问格列布·巴甫洛夫斯基后来回忆说：“曾经有过一个搞了三年的叶利钦计划。总统办公厅也成立有一个类似草案委员会的机构。这个委员会开过几百次会议，有很多方案和结论。从一开始，普京就是这个草案的参与者。这个草案没有名称，不过大家都知道它的主要政治任务是什么。我自己将这个草案称为‘叶利钦辞职草案’。草案主要目的是保证叶利钦在他任期结束时平稳地、按照宪法程序离开，维护90年代初革命中形成的制度基础。普京最开始不过是草案的普通参与者。当然，这并不意味着我自己就是引人注目的。对叶利钦来说，他认为普京的过去有一些不足：即他的特工机构出身。在这种氛围中，普京的处境并不容易。”
从斯大林时代开始，苏联共产党、苏联以及俄罗斯联邦的领导人就同时担任国家武装力量的最高统帅，他们将“自己的”将军们推向军队的领导层。有许多客观、公正的文章和一本书曾经描述过有关“叶利钦的将军们” ，不过叶利钦本人对忠于自己的将军们却并不是很关心。叶利钦在自己的回忆录中证实：“当1993年，或者可能是更早的1991年，我就想我们的某些将军好像有什么地方不对劲儿。他们身上似乎少了一些非常重要的东西，比如高尚的品质、文化修养、也可能是精神支柱。而军队是整个社会的晴雨表，特别是俄罗斯。在这里，军队就是石蕊试纸，我盼望有一位和现在的将军不同的新型将军出现。真心实意地说，这个人应该像我青年时代在书中读到的那些将军那样。我盼望着，光阴如梭，这位将军出现了。随着他的出现，整个社会突然见到了我们军队真正的、勇敢的、高度专业化的形象，这位‘将军’就是弗拉基米尔·普京上校。”
是的，叶利钦终于等到了。但并非他培养了这位新的将军，也不是他教育了普京，叶利钦没有把自己的经验、意识形态和方法传授给后者。叶利钦90年代初的亲密战友米哈伊尔·鲍尔托拉宁说：“叶利钦一直很幸运，他任何时候都能够摆脱困境。”
似乎让人难以想像，上任仅仅一年多、甚至仍保持极强神秘性的弗拉基米尔·普京靠这种性格、智慧，能在俄罗斯首任总统日益缩小的圈子里脱颖而出。
鲍里斯·叶利钦辞职了
早在1999年8月，许多观察家和政治家就多次谈到，叶利钦可能提前结束自己的任期，甚至有人认为他必须这样做。关于这一点，米哈伊尔·戈尔巴乔夫和亚历山大·邵欣在文章中提过，我的哥哥若列斯和我在接受采访时也谈过 。日期分别是9月17日，10月17日，然后是1999年12月17日。但是似乎谁也没有预见到，叶利钦的辞职是如此出人意料和具有轰动效果，他选在了新年、新世纪、甚至是新千年的前一天。在这一时刻，世界上所有国家都开始准备大规模的庆祝活动。叶利钦的这个决定是自己做出的，他同谁也没有商量，而且早在12月初就做出了决定。
根据叶利钦本人的回忆，他就提前辞去总统职务这一话题与普京进行第一次谈话是在1999年的12月14日，谈话持续了很长时间。弗拉基米尔·普京并没有马上接受叶利钦的意见和理由。普京解释说：“我还没有做好接受这个决定的准备，鲍里斯·尼古拉耶维奇。您了解，这是非常沉重的使命。最重要的是，我希望与您一起工作。您能不能按期离任？” 叶利钦态度坚定，他不断开导、劝说普京。普京最后说：“我同意，鲍里斯·尼古拉耶维奇。”但即使在那时，叶利钦也没有说出辞职的准确日期。
12月28日，叶利钦录制了自己传统的全国新年贺词。贺词录完后，他请求把所有的设备和录像带留在自己的办公室里，理由是自己想修改一下其中的内容。这天晚上，叶利钦将自己的辞职决定通知了亚历山大·沃洛申和瓦连京·尤马舍夫——自己办公厅的两位领导人。叶利钦指示他们两人准备好相应的总统令和新的全国讲话版本。随后，他将自己的女儿塔季扬娜·季亚琴科叫来，告诉她自己的决定。12月29日早上9点，叶利钦再次请普京到自己的办公室来，通知他交接日期，并讨论了政权移交的具体技术细节。直到12月31日清晨，鲍里斯·叶利钦才对自己的妻子奈娜说了自己的辞职决定。
在这一年的最后一天，叶利钦早晨8点来到了克里姆林宫。8点15分，他走进自己的办公室。早上9点，总统办公室主任瓦列里·谢缅琴科手里拿着一叠文件的信函走了进来。但叶利钦没有看，而是叫来了沃洛申，读了两遍已经准备好的辞职命令并签署了它。9点30分，普京走进总统办公室。被请进办公室的还有礼宾局长弗拉基米尔·谢甫琴科、新闻秘书德米特里·亚库什金、克里姆林宫摄像师格奥尔基·穆拉维约夫、摄影师亚历山大·先佐夫等人。他们亲耳聆听叶利钦朗读自己刚刚签署的命令。据此，从1999年12月31日中午12时起，总统权力将移交给俄罗斯联邦政府主席。
两位总统（7）
10点30分，新的俄罗斯总统致全国民众讲话录制完成。11点，叶利钦、普京与赞同叶利钦决定的东正教大牧首阿列克谢二世会晤。大牧首离开后，克里姆林宫的摄像师录下了叶利钦将总统权力的象征之一——赫赫有名的核手提箱转给普京的场面。然后，强力部门的领导人来到叶利钦这里，叶利钦向他们解释并宣布了自己的决定。吃完简短的午餐后，在12点时，所有克里姆林宫的人都开始收看电视台播放的、事先录制好的致全国讲话。俄罗斯所有人在各自的家里也都认真地收听、收看了这一讲话……
“我即将离开……”在致俄罗斯人民的电视讲话中，鲍里斯·尼古拉耶维奇·叶利钦几次重复了这句话。
在俄罗斯，一年和一个世纪的终结成为占据政治舞台整整10年的叶利钦时代的结束。他是在1999年最后一天主动辞职的。在轰鸣的礼炮声中，在觥筹交错中，在五彩礼花的绽放中，俄罗斯的一个时代成为了过去。这是20世纪中，俄罗斯第一次在没有革命和流血，没有宫廷政变或阴谋中结束一个时代。
在叶利钦致全体俄罗斯公民的最后一次讲话中，人们不仅可以感受到离别的苦涩，而且还有遗憾：“有人说我永远不会离开。”但是叶利钦还是请求俄罗斯人民原谅：因为有些事情他想做，但是却没有能够做到。他还请人民原谅他的失误和幻想，他曾设想用一次跃进摆脱过去的残缺，用“正常的文明” 社会来取代集权社会，但这一切都没有成功。叶利钦现在希望自己的接班人弗拉基米尔·普京能够取得成功。
看过电视讲话后，叶利钦开始与自己的秘书、工作人员和官员们惜别。他同男人们喝香槟酒，向女士们赠花，还将一支自己用来签署文件的派克笔送给了弗拉基米尔·普京。普京从房间里出来，来到克里姆林宫的院子里，为已经是前总统的鲍里斯·叶利钦送行。叶利钦走下台阶，环顾四周，并向所有人挥手，在说了一句“请呵护俄罗斯！”之后便坐上了汽车。
作为代理总统，弗拉基米尔·普京在这一天签署了自己的第一个命令。这一命令规定，鲍里斯·叶利钦及其家人终身不受侵犯，而且他的生活和安全保卫等条件必须得到保证。正如一些观察家所认为的那样，对于叶利钦、他的家人以及身边人来说，今天普京所扮演的角色就像1974年美国副总统杰拉德·福特对待被迫下台的总统理查德·尼克松一样。福特宣布对尼克松所有违反美国法律的行为实施完全大赦。那时，杰拉德·福特保证了早先开始的针对尼克松的调查的结束。叶利钦也需要类似的大赦。
在其他的一些总统令中，普京对总统办公厅进行了一系列的调整，其中包括解除叶利钦女儿塔季扬娜·季亚琴科的总统顾问职务。然后，代理总统录制了新年和新千年的全国电视讲话。过了几个小时，快到晚上的时候，普京没有与妻子去圣彼得堡，而是像先前计划好的那样飞往车臣迎接新年。
车臣的军事行动和整个高加索的形势继续是代理总统弗拉基米尔·普京最