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12月21日，清华大学校长梅贻琦率领第二批被〃抢救〃学人飞离北平抵达南京，同机者有李书华、袁同礼、杨武之、江文锦等24位教授。梅贻琦一下飞机即对记者抱怨〃市内新机场跑道太软，只能载重三千磅〃云云，似是有可以多载几人而不能的惋惜之意。
未久，蒋介石给胡适冠以〃总统资政〃头衔，坚持胡适前往美国，既不当大使，也没有具体任务，只是希望胡〃出出看看〃。胡适在经过一番心灵煎熬后，决定服从这一委派，重返美国为政府〃做点面子〃。【5】
1949年元旦，共产党通过新华社发表新年献词，提出〃打过长江去，解放全中国〃的响亮口号。国民党败局已定，蒋介石正式委任心腹干将陈诚为台湾省政府主席，倾全力经营台湾，为国民党撤退做准备。这道命令，连时任副总统的李宗仁和台湾省主席魏道明事先都毫不知情。
就在这个元旦之夜，南京城一片死寂，胡适与傅斯年聚会一室共度岁末，师徒二人置酒对饮，相视凄然。瞻念前途，满目苍凉，思前想后，两位书生不禁潸然泪下。午夜的钟声响过，二人打起精神，重新抖起了文人的癫狂之态，一边喝酒，一边背诵陶渊明《拟古》第九：〃种桑长江边，三年望当采。枝条始欲茂，忽值山河改。柯叶自摧折，根株浮沧海。春蚕既无食，寒衣欲谁待。本不植高原，今日复何悔！〃抗战胜利，傅斯年、胡适接办战后的北大，此时正好三年。〃三年望当采〃，正期望北大有所建树和成就之时，〃忽值山河改〃，由青天白日忽然变成了满地红旗，期望中的〃事业〃随之付诸东流。柯，枝干也。沧海，指东海。此二句是说桑树的枝干被摧折了，根叶漂浮到大海中去了。一切希望皆成泡影。〃本不植高原〃，〃种桑〃之地本就没在风雨无忧的高原，面对今日这般悲怆凄凉之境，又有什么后悔可言？待把此诗吟过数遍，二人酒劲上来，倒在桌旁昏睡过去。
当此之时，与胡、傅二人友善的新任台湾省主席陈诚，以雷厉风行的军人作风和惊人的办事效率，于1月5日迁入台北主持政事。同日，陈诚即致电傅斯年：〃弟已于今日先行接事，介公深意及先生等善意，恐仍须有识者之共同努力，方能有济。弟一时不能离台，希先生速驾来台，共负巨艰。〃
傅斯年接到电报，意识到自己何去何从的最后时刻到来了，在命运重要转折关头，向来干练决断的傅氏再度犹豫起来。此前，随着陈布雷自杀身亡，傅斯年也产生了继之而去的念头。这个念头存在他的心中已有时日，早在1932年他就说过：〃国民党曾为民国之明星者若干年，而以自身组织紊乱之故，致有今日拿不起，放不下之形势。于是一切残余的旧势力蠢蠢思动，以为'彼可取而代之也'。〃又说：〃平情而论，果然共产党能解决中国问题，我们为阶级的缘故，丧其性命，有何不可。我们虽不曾榨取劳苦大众，而只是尽心竭力忠其所职者，一旦'火炎昆冈，玉石俱焚'自然当与坏东西们同归于尽，犹之乎宋朝亡国时，若干好的士人，比贪官污吏还死得快些一样子。一从大处设想，即知如此命运真正天公地道，毫无可惜之处。〃【6】
陈槃回忆：〃当首都仓皇之日，时有陈布雷、段锡朋二氏之殁，师（傅斯年）因精神上大受刺激，悲观之极，顿萌自杀之念。而师未于此时殉国者，赖傅夫人爱护防范之力也。〃【7】陈氏之说后来得到了俞大的证实。当时俞正准备陪母亲去广州、香港就医，傅斯年的弟弟傅斯严（孟博）暗中劝俞不要离开。俞大说：〃那时我的母亲患严重心脏病住院，大姐大，以南京危在旦夕，决奉母先飞广州，转香港就医，她要我同行，与她共同随机照顾病母。我虑及孟真旧病复发，加以他感时忧国，情绪极劣。母亲重病在身，长途飞行，极感忧虑，左右为难，不知何所适，从商之于孟真。他毫不迟疑地说：'你母亲病情严重，此行如有不测，你未能尽孝，将遗恨终生。你非去不可，不要顾虑我。'我略整行装，准备隔日启程，当夜孟博赶来痛哭流涕，责备我不该离开孟真。他说：'你难道不知道哥哥随身带着一大瓶安眠药，一旦匪军攻入，他便服毒自尽么？那时，你将何以自处？'骨肉情深，感人肺腑，我们相对涕泣，我便放弃了广州之行。〃【8】
第三部分 第33节：醉不成欢惨将别（2）
傅斯年之所以没有自杀，除了他的夫人看护有加，与傅本人在心中牵挂着史语所同人和他的故朋亲友亦有极大关系，也正是这一条若隐若现的锁链，最终拴住了他的心并延长了其生命历程。就在傅氏准备赴台之时，胡适已向他透露自己不去台湾而想赴美国的打算，这个选择意味着胡、傅从此分道扬镳，天涯海角再难相见，这对傅斯年而言无疑又是一个极其重大的打击。傅顿感失去了一根庞大的精神支柱，心情更加凄凉与心慌意乱，不知自己该何去何从。当接到陈诚自台湾发来的电报后，他将自己关在房间里三天三夜，不住地绕室踱步，对脚下的故土越发生出一股难舍难离之情。傅氏反复咏吟、书写宋代著名忠烈辛弃疾《别茂嘉十二弟》之词句：〃将军百战身名裂，向河梁，回头万里，故人长绝。易水萧萧西风冷，满座衣冠似雪。正壮士，悲歌未彻。啼鸟还知如许恨，料不啼，清泪长啼血。谁共我，醉明月？〃
其时，正是壮年的傅斯年已很清楚，在阵阵悲歌声中，已没有多少人与他共醉明月了。
1949年1月9日夜，被共产党部队围困在徐蚌战场达66个日夜的国民党军，激战后全面溃败。解放军以伤亡13万人的代价，歼灭俘获国军55。5万人，徐州〃剿总〃副总司令、战场总指挥杜聿明被俘。
1月19日，傅斯年去意已决，决定搭乘军用飞机赴台。这天晚上，在惨淡的星光照耀下，傅斯年携夫人走出了史语所大院中的家门，胡适与傅氏夫妇在前，秘书那廉君殿后，一行人在漆黑寒冷的夜色中悄无声息地走着，没有人再说话，千言万语已说尽，最后要道的〃珍重〃又迟迟不能开口。当那扇宽大厚重的朱红色大门咯咯推开时，沉沉的夜幕中，把门的老工友接过傅斯年手中的行李，在送向汽车的同时，呜咽着道：〃傅先生，今日一别，还能相见吗？〃傅听罢，悲不自胜，滚烫的热泪〃刷〃地涌出眼眶，顺着冰凉的面颊淌过嘴角，又点点滴滴地随着夜风四散飘零。
〃好兄弟，等着我，我会回来的。〃傅说着，握住老工友的手作了最后道别，然后登车仓皇离去。正可谓：〃最是仓皇辞庙日，教坊犹奏别离歌。垂泪对宫娥。〃
当夜，傅斯年飞抵台北，此一去，竟是〃回头万里，故人长绝〃了。
1月31日，解放军占领北平城，中共宣布北平和平解放。
随着淮海、平津战役的终结，国民党政府已到了仓皇辞庙之日，再无心力〃抢救〃学人，这个〃抢救大陆学人计划〃最终未能像抢运大批的金银国宝一样顺利完成。据后来统计，除胡适、梅贻琦等几十位教授之外，中央研究院81位院士有60余位留在了大陆，各研究所除傅斯年领导的史语所算是较完整迁台，其他的几个如数学所等只有一少部分人员与仪器迁台。而此时被〃抢救〃出的学人，亦有一部分人最终去了香港和美国而不是台湾。
继蒋介石暂时隐退之后出任国民政府代总统的李宗仁，马上派代表张治中、邵力子等赴北平与中共进行谈判，展开了旨在保住江南半壁江山的和平攻势。为加强社会各界的力量和谈判砝码，李宗仁专门向已赴台湾的傅斯年发电，希望傅能出来助其一臂之力，尽快达到〃和平之目的〃。但此时的傅斯年对国共和谈已不抱任何希望，当场给予谢绝。在致李宗仁的信中，傅以一贯的处事作风和政治立场，直言不讳地表达了对时局的看法。文曰：
德邻先生赐鉴：
前奉复电感佩之至，我公以民生为念，倡导和平，凡在国人，同深感荷，然共产党之行为，实不足以理喻。共产党本为战争党，以往尚如彼好战，今日走上风，实无法与之获得和平，今看共产党态度，下列数事至为明显：
1。分化敌人，彻底消灭中央政权，只与地方谈和，以实行其宰割之策，绝不以人民为念。
2。绝对走苏俄路线，受苏俄指挥，而以中国为美苏斗争中之先锋队。
3。对多年掌兵符者，必尽量摧毁，介公固彼所不容，而我公及健生、宜生诸先生，彼亦一例看待，即我们读书人，不受共产党指挥者，彼亦一样看待也。
第三部分 第34节：醉不成欢惨将别（3）
在此情形之下，中央倡导和平，忍辱负重，至矣尽矣，受其侮辱亦无以复加矣，凡此情形可以见谅于国人矣。乃共产党既如此，则和平运动恐须适可而止矣。盖如文伯、力子、介侯诸先生之办法，和平既不可得，所得乃下列之结果：
1。江南各省分崩离析，给共产党以扩张势力以方便，而人民亦不能减少痛苦。
2。合法政权既已大明，则权衡轻重，恐须即为下一步之准备，力子、文伯之谈和平，毫无办法，只是投降而已；偏偏共产党只受零星之降，不受具体之降，不知张、邵、甘诸公作何解也？
3。大江以南之局势，如不投降，尚有团结之望（至少不是公开之纷争），如走张邵路线，只有全部解体而已。只要合法之政权不断气，无论天涯海角，支持到一年以上，将来未必绝无希望也。司徒大使实一糊涂人，傅泾波尤不可靠，彼等皆不足代表美国，今日希望以美国之助，与共产党取和乃绝不可能之事也。【9】
傅斯年这一与中共决绝的强硬态度，并不是一时性起的妄言，实与他一贯的政治主张相吻合。他认为国民党之所以〃半壁万里，举棋中儿戏失之〃，则是因为〃不能言和而妄言和，不曾备战而云备战〃，直至导致了不可收拾之残局。他在为国民党的败局潸然泪下与〃不堪回首〃之后，于痛定思痛中决定把全部精力投入到台湾大学的建设上，借以在精神上得到一点寄托和安慰。
4月21日，中共中央军委一声令下，百万大军在西起九江东北的湖口，东至江阴，总长达千里的战线上，强渡长江，蒋介石苦心经营达三个半月，号称〃固若金汤〃的长江防线轰然崩溃。4月23日，解放军占领南京，国民党统治了22年的〃首都〃失守，国民政府南迁广州。
8月14日，毛泽东在为新华社写的《丢掉幻想，准备斗争》一文中，对胡适、傅斯年、钱穆三人进行了点名抨击：〃为了侵略的必要，帝国主义给中国造成了数百万区别于旧式文人或士大夫的新式的大小知识分子。对于这些人，帝国主义及其走狗中国的反动政府只能控制其中的一部分人，到了后来，只能控制其中的极少数人，例如胡适、傅斯年、钱穆之类，其他都不能控制了，他们走到了它的反面。〃【10】
1949年10月1日，毛泽东在北京天安门城楼上宣告中华人民共和国中央人民政府成立。
10月14