，中国科学院还算是比较安静的，这与父亲和周恩来的努力是分不开的，但是后来他们都无能为力了，中国科学院成了“文革”的重灾区。
不久，云南落雪山宇宙观测站一位科学家打电话给国防科委，告急说：“由于两派武斗，观测站已经开了枪，现在有人正在烧房子，如果局势发展下去，观测站可就要被毁了。”
“那里不是有‘支左’的部队吗？”
“有是有，可是上面不准‘支左’的部队动手，阻止不住啊！”
情况十分危急，国防科委立即向父亲请示。这个观测站太重要了，绝不能让其毁掉。父亲焦急万分，立即打电话给云南省军区领导人，严厉地明确指示：“部队不是‘支左’，而是要保护好观测站。”
正是由于父亲的当机立断，这个观测站保住了，有关的科学家和国防科研项目也被保护下来。
11月30日，军委召开常委会，父亲不失时机地汇报说，现在有些科学家不断受到冲击，有的被抄家，有的被批斗，有的被隔离。这对“两弹”的研制十分不利。他建议请毛泽东、林彪、周恩来接见一次有关的科学家，一方面可以鼓励他们努力搞科研，另一方面也可以向造反派表示，中央肯定科学家的贡献，不要再去无端地干扰他们。
会议同意了父亲的意见，包括林彪，他也支持父亲的想法。这次会议还做出决定：对科学家抄家，是违反党的政策的，有关部门和个人，该道歉的道歉，该赔偿的赔偿。
虽然后来毛泽东没有出面接见科学家，但是父亲的意见还是起到了一定的作用。为了保护科学家，父亲可以说是煞费苦心，竭尽全力。
文化大革命初期，父亲的老部下傅崇碧担任北京卫戍区司令员。这位正直、勇敢的将领帮了父亲的大忙，他理解父亲，也尊重、敬佩父亲，知道父亲是在为国家和民族的未来着想，才舍身去保护科学家的。所以，他宁可自己受委屈，受责难，也要冒险去按老领导说的办。他说：“聂帅都豁出去了，我还怕什么？”
傅崇碧永远忘不了，1966年下半年到1967年上半年，父亲两次忧心如焚地找到他，叫他派兵保护那些被打成反动学术权威的专家，说这些人是我们国家非常需要的，并把名单提供给他，还特别叮嘱，一定要保管好涉及国防尖端的机密材料。
傅崇碧点头答应了。很快，卫戍区对专家们的驻地加强了警卫，还派了一些便衣。江青闻知，怒不可遏地说：“他们造反，你们为什么这个也限制，那个也限制，就是开红灯不开绿灯。”
中央文革小组的人再次命令造反派去揪斗专家。父亲得到消息，马上亲自给傅崇碧打电话，下令“无论如何要保护这些人”。于是，这批曾对中国国防尖端事业做出过卓越贡献的科学家，被请到七机部的一座僻静的楼上。傅崇碧先是派一个连在楼下警戒，感到还是有些不放心，又派了一个加强连，相当于一个营的兵力在此保护，其他一些科研机构也加强了警戒。
江青很快知道了这事，她责问傅崇碧：“谁叫你保护这些‘臭老九’的？”
让你牵挂让你忧（3）
傅崇碧将军晚年回忆说：“我也不能讲是聂帅要我加强警戒，保护他们的。我就打了周总理的旗号，也打了毛主席的旗号……毛主席给我说过，不能叫知识分子‘臭老九’，还说：‘老九不能走’。就是这样讲的。”
傅崇碧就这样把江青顶了回去。后来他把情况报给周总理。周总理旗帜鲜明地说：“聂老总的做法对！”
正是由于周恩来、父亲和傅崇碧等人采取了这个严密的措施，那些科学家才顺利地度过了文革初期最混乱的岁月。
没过多久，应用地球物理研究所一批与核试验有关的绝密资料，被造反派装上汽车拉走了！傅崇碧问研究人员，得知这些资料非常重要，他立即向父亲作了汇报，父亲一听，急了，他斩钉截铁地说：“要千方百计想尽一切办法把材料搞回来！”
傅崇碧也向周总理作了报告，总理也是这个态度。于是，傅崇碧指派副司令员刘光甫具体负责，组织了100多人，连夜分乘10多辆汽车四处去追讨，自己在家坐镇指挥。
傅崇碧后来说：“这中间，聂老帅几乎是每过一个小时打次电话，问：材料追回来了没有？他都没有睡觉，不停地过问这个事情。我说还没有，还没有音讯。一晚上他就问了4次，亲自打电话，最后快到天明了，把这些材料追回来了，给他报告了，他很高兴。说：这些材料无论如何要严格封闭起来，不能让造反派乱动。”
事后人们才知道，那是一批决定着中国科研事业命运的宝贵资料。全部追回来后，父亲才放心，并亲自给周总理打电话作了汇报。
傅崇碧说：“没有总理、聂帅，老实讲，这些搞原子弹，搞导弹的专家，没有人保护，很危险。只要总理、聂帅讲要保护，我们坚决执行。不管你江青，还是“文革”小组的王（力）、关（锋）、戚（本禹），怎么捣乱也不成。你江青、文革小组这些人，没有在党里干过什么事，我们不能马马虎虎听你的，虽然不敢反对，你讲了我可以听，但不执行，拖，还是按聂帅、总理讲的办，对这些人进行保护……正因为如此，‘四人帮’在文化大革命中一直没有放过聂帅，为什么？因为他保护‘臭老九’，保护这些知识分子。”
动乱发生后，各地的国防工厂纷纷告急。这些工厂有的十分重要，关系到国家的重大利益，必须保护好，否则一出问题就是大问题，就难以收拾。
父亲平时最担心的，除了科学家们，就是那些事关国家命运的国防工厂。
最早出现问题的国防机密工厂，是设在青海省西宁市的221厂。前面已经讲过，由于父亲的立机立断，经请示周总理后，这才平息了该厂的内乱。
接着，兰州的国防工厂也告急。七机部两派之间的武斗不断升级，各国防研究院、工厂与国防科研协作关系密切的中国科学院的某些研究单位，也都纷纷告急。
那段时间，每天都有告急的电话打到父亲那里。父亲意识到，任其乱下去，如不采取断然措施，国家将会蒙受重大损失，因为那些国防工厂、科研单位不是一般的单位，一般的工厂受到冲击，顶多停产，而这些单位事关国家机密，有的还对社会安全构成隐患，如果大乱，局面肯定会难以收拾。
忧心如焚的父亲想到了一个办法。3月11日，他向毛泽东、林彪、周恩来等中央常委、中央军委、中央“文革”小组送上了《关于军事接管和调整改组国防科研机构的报告》，报告中说：现在国防工业部的各研究院和中国科学院承担国防科研任务的各研究所，大多瘫痪，研究工作停顿，三线建设问题很多。这种状况十分不利，必须迅速改变。建议将二机部九院、三机部六院、五机部机械研究所、四机部十院、六机部七院、七机部、中国科学院新技术局所属各单位，由国防科委军事接管，以恢复科研和生产工作。
据父亲的秘书们回忆，报告送上去后，父亲寝食不安，就怕万一给打回来，他若再想保护国防科研单位和工厂，就无能为力了。
10天之后，毛泽东批示：“退总理照办。”
周恩来把毛泽东的批示发给父亲，父亲心中大喜，10天来的忧虑，终于有了结果。他立即组织国防科委落实。他在对参加军管的人员讲话时，明确提出：“国防机密工厂不搞夺权，群众组织不得监督单位领导人的工作，所有接管的单位，要尽快着手组建党委，使他们自身走上正轨，以便撤出军管人员。”
不久，被军管的各单位形势一度好转。父亲终于松了口气。他想趁热打铁，在7月15日的军委常委会议上，他又提议把军事接管的单位，组成18个研究院，以便开展国防科研工作。9月20日，这个提议在经过周恩来主持的国务院业务组会议讨论后，正式形成了《聂荣臻同志关于国防科研体制调整改组方案的报告》，上报毛泽东、林彪、周恩来、中央常委、国务院、中央军委、中央文革小组审批。
让你牵挂让你忧（4）
报告中说：“根据集中统一、分工协作、以军为主、军民结合的原则，从军队发展武器装备的需要出发，进行全面规划，统筹安排，拟将中央批准接管的国防科研单位，调整改组为18个研究院。”
这18个研究院分别是：1、地对地导弹，2、地对空导弹，3、舰对舰导弹，4、潜对地导弹，5、卫星，6、飞机，7、舰艇，8、探空火箭，9、核武器，10、电子整机，11、火炮，12、装甲坦克，13、特种武器，14、电子元件，15、光学和精密机械，16、新材料，17、空气动力，18、工程设计。父亲在报告中说，这样调整改组的好处是：可使研究与作战使用紧密结合，更好地为我军战略方针服务；有利于大力协同；可更好地贯彻“两弹为主，导弹第一，努力发展电子技术”的方针；可迅速自行设计武器装备。
这18个研究院，大部分是原有的，进一步补充加强；一部分是把分散的急需的科技力量集中起来，新组建的。
这是文革中父亲为摆脱国防科研工作面临的困难局面，所采取的一项重要措施。可以说，这是父亲在动乱年代为保护国防科研所做出的最大努力。他的愿望是，既要保护好这些单位不受冲击，同时还不中断国防科研工作。这是一举两得的事情。
10月25日，毛泽东在这个报告上批示：“荣臻同志：此件压了很久，今天看过，很好，照办。”
11月9日，中共中央、国务院、中央军委、中央“文革”小组联名发出中共中央文件，要求各单位遵照执行。
父亲太爱科学事业了，他的努力没有白费。正是这个举措，使国防科研单位在混乱的年代里基本得以保全。而且“文革”期间，科研成果仍然能够涌现，比如氢弹爆炸，比如卫星上天，比如核潜艇下水。这都是在“文革”的狂风暴雨中试验成功的。中国的国防科研人员，于逆境中为民族做出的贡献，更是弥足珍贵。
但是，他个人却又为此多了一份“罪状”，国防科委的造反派说：“聂荣臻为了垒聂氏山头，所以想出了组建18个研究院的主意。”
还有人说：“过去说罗长子（罗瑞卿）手伸得很长，现在聂荣臻的手伸得比罗长子更长，他从原子弹一直抓到了山药蛋（马铃薯）。”这个人之所以这样说，是因为不久前，父亲在听取刘西尧汇报原子能利用问题时，曾经说过，放射性同位素如何用在民用方面，值得研究，比如山药蛋经过同位素辐照，有利于防止霉变和种子的提纯复壮。
父亲去世之后，“两弹一星”功勋科学家王大珩说：“‘文革’期间，聂帅提出，要保护从事国家任务的专家。我也是保护对象。我很幸运地受到聂帅的保护，虽受到精神压抑，总算没受皮肉之苦。这也是要向聂帅表示衷心感谢的一件事。这件事才使我有可能在以后更好地从事科研工作。”
文化大革命期间，科技界尤其是国防科技界所受的冲击比较少些，父亲为此尽了自己最大的努力。
在那个动乱的年代里，父亲牵挂科学�